データベースのレコード一覧  (件数: )

並べ替え:
Thumbnail
追加
運用機関: Université de Sherbrooke
生物種: Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus |
Pan troglodytes
| Danio rerio | ...
説明: Open reading frames (ORFs)のデータベースです。真核生物10種の30コドン以上のORFについて、既知のタンパク質(RefProt)、新規予測アイソフォーム(Isoform)、代替ORFによる新規予測タン... 詳細へ
Thumbnail
追加
運用機関: Peking University Cancer Hospital and Institute, Chinese Academy of Sciences, University of Michigan
生物種: Homo sapiens
説明: がんに関わる体細胞変異の統合データベースです。TCGA、ICGC、COSMIC、ClinVarから収集した体細胞変異について、アノテーションを行なっています。局所的なクロマチンシグネチャー、異なる細... 詳細へ
Thumbnail
追加
運用機関: BIG Data Center, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences
生物種: Arabidopsis thaliana | Caenorhabditis elegans | Candida albicans | Danio rerio | Drosophila melanogaster | ...
説明: 生物種を超えたゲノムワイドなヌクレオソーム配置マップのデータベースです。 ヌクレオソームの位置情報を1ヌクレオチドの解像度で照会および視覚化します。生物を選んでゲノムをブラウジン... 詳細へ
Thumbnail
運用機関: Cancer Science Institute of Singapore
生物種: Homo sapiens | Mus musculus
説明: DNAメチル化プロファイルと統合した転写因子結合サイトのデータベースです。転写因子結合部位(TFBS: transcription factor binding sites)について、ChIP-seqとWhole Genome Bisulfite Seq... 詳細へ
Thumbnail
運用機関: SBCB Unit, Department of Biochemistry, University of Oxford
生物種: All
説明: PDBに収録された膜タンパク質について、脂質二重膜に挿入した際のモデルをシミレーションし、分析した結果をまとめたデータベースです。脂質二重膜に組み込まれた膜タンパク質の3D視覚化、膜... 詳細へ
Thumbnail
運用機関: Computational Epigenomics Lab, Evolutionary Genomics and Bioinformatics Group, Dept. of Genetics, Inst. of Biotechnology, University of Granada
生物種: Homo sapiens
説明: 生体液中のsmall RNA配列解析のデータベースです。データはSRAから取得しており、SRA study levelで閲覧、またはユーザ自身でカスタマイズしたサンプルセットを解析し、自身のデータと比較す... 詳細へ
Thumbnail
運用機関: Icahn School of Medicine at Mount Sinai
生物種: All
説明: リン酸化酵素の立体構造と構造特異性を示す阻害剤のサブセットのためのデータベースです。リン酸化酵素の構造と基本情報(PDB ID、3次元構造、タンパク質名、Uniprot ID、遺伝子名、種名、... 詳細へ
Thumbnail
運用機関: National Genomics Data Center, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences
生物種: Canidae
説明: 飼い犬(Canis lupus familiaris)および野生のイヌ科動物の統合データベースです。 遺伝子、ゲノム、SNP、品種/疾病特性、遺伝子発現、GO機能アノテーション、イヌとヒトとで共通する疾患、... 詳細へ
Thumbnail
運用機関: University of Bari
生物種: Homo sapiens
説明: ヒトミトコンドリアDNAのバリアントと疾患に関するデータベースです。GenBankから、HmtVarの兄弟サイトであるHmtDB ( https://www.hmtdb.uniba.it ) にダウンロードされた、健常人と病気のヒ... 詳細へ
Thumbnail
運用機関: Vanderbilt University Medical Center
生物種: Homo sapiens
説明: ヒトの転写調節バリアントを解釈するためのエンハンサーのデータベースです。 GRO-seq、PRO-seq、CAGEデータからエンハンサーの情報を収集しています。細胞型特異的エンハンサー情報だけでな... 詳細へ
Thumbnail
運用機関: 中国科学院
生物種: Bacteria | Archaea
説明: マイクロバイオーム研究の情報を収録するプラットフォームです。各研究について、研究概要、連絡先、サンプルの情報(採集環境、研究方法、データの種類など)を収録しています。研究方法や... 詳細へ
Thumbnail
運用機関: University of Texas Health Science Center at Houston
生物種: Homo sapiens
説明: がんに関わる融合遺伝子のデータベースです。 3つの代表的な融合遺伝子リソース(ChiTaRS 3.1、TumorFusions、The Cancer Genome Atlas)から遺伝子の概要、遺伝子オントロジー、ORF情報、ア... 詳細へ
Thumbnail
運用機関: Harbin Medical University
生物種: Homo sapiens
説明: EWAS (epigenome-wide association study) 研究の包括的なデータベースです。シングルマーカーの情報(マーカーの形質や遺伝子名、染色体上の位置等から検索)、KEGG pathway、GOカテゴリー... 詳細へ
Thumbnail
運用機関: National Genomics Data Center, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences
生物種: Homo sapiens
説明: エピゲノムワイド関連解析(EWAS)のデータベースです。DNAメチル化に焦点を当て、640以上の研究から報告されたデータを手動によるキュレーションで抽出しています。データは形質、プローブ... 詳細へ
Thumbnail
運用機関: College of Life Science and Technology, HUST
生物種: Homo sapiens
説明: 細胞外小胞(EV; extracellular vesicle)に含まれるmiRNAの包括的なデータベースです。NCBI SRAからダウンロードした全てのエキソソームと微細小胞サンプルのデータを解析しています。miRNA... 詳細へ
Thumbnail
運用機関: The Encyclopedia of Traditional Chinese Medicine
生物種: Embryophyta
説明: 中国伝統医学に用いられる薬と一般的に使用されるハーブの成分や予測標的遺伝子、疾患との関連に関するデータベースです。原材料の中国名、学名、種の説明、生息地、成分、効能、予測標的遺... 詳細へ
Thumbnail
運用機関: School of Life Sciences, The Chinese University of Hong Kong
生物種: Eukaryota
説明: 核酸結合タンパク質(NBP)とその機能情報のデータベースです。さまざまな真核生物のDNA結合タンパク質(DBP)、RNA結合タンパク質(RBP)、DNAおよびRNA結合タンパク質(DRBP)について、手... 詳細へ
Thumbnail
運用機関: VIB-KU Leuven Center for Cancer Biology (CCB)
生物種: Homo sapiens | Mus musculus | Danio rerio | Rattus norvegicus | Bos taurus | ...
説明: 内皮細胞(endothelial cells; ECs)の遺伝子発現に関するデータベースです。Gene Expression OmnibusおよびArrayExpressから単一細胞RNA-seqデータセットを含む内皮トランスクリプトミクス... 詳細へ
Thumbnail
運用機関: 国立研究開発法人科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター
生物種: Bombyx mori
説明: カイコの組織別遺伝子発現データのデータベースです。カイコの新規リファレンスゲノム配列を用いてRNAseqで解析したカイコP50T系統の前部絹糸腺、後部絹糸腺、中部絹糸腺(前部・中部・後部... 詳細へ
Thumbnail
運用機関: National Institute of Neurological Disorders & Stroke
生物種: All
説明: 既知の膜タンパク質を、配列、構造、四次構造および内部対称性の観点から関連付けるデータベースです。すべての膜貫通PDBエントリ、およびそこに含まれるすべての膜貫通チェーン個々に対して... 詳細へ
Thumbnail
運用機関: National Genomics Data Center, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences
生物種: Homo sapiens | Viruses
説明: RNA編集と疾患の関連についてのデータベースです。mRNA、miRNA、lncRNA、ウイルスのRNA上でおこる実験的に検証された異常な編集イベントと疾患との関係や、RNA編集酵素に関連する異常な活動... 詳細へ
Thumbnail
運用機関: Arieh Warshel Institute of Computational Biology, The Chinese University of Hong Kong
生物種: Archaea | Bacteria | Fungi | Embryophyta | Homo sapiens | ...
説明: 抗菌ペプチド(Antimicrobial peptides: AMP)のデータベースです。AMPについて配列、取得生物種、ターゲットとなる種などの基本情報、抗菌活性、物理化学的特性、相互作用タンパク質、構造... 詳細へ
Thumbnail
運用機関: Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences
生物種: Homo sapiens | Mus musculus
説明: 体細胞における一塩基多型(SNV)の包括的なカタログです。ヒトおよびマウスの正常組織の単一細胞で発生する体細胞のSNVの情報を、公開された研究成果または独自の研究成果から収集しています... 詳細へ
運用機関: Xishuangbanna Tropical Botanical Garden, Chinese Academy of Sciences
生物種: Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus | Sus scrofa | Oryctolagus cuniculus | ...
説明: CRISPR/Cas9システムにおける長鎖ノンコーディングRNA(lncRNA)用のガイドRNA(sgRNA)のデータベースです。lncRNAのID、ゲノム上の位置、配列や機能とともに、ペアとなるsgRNAの配列、prot... 詳細へ
Thumbnail
運用機関: University of Lausanne
生物種: Euteleostomi
説明: タンパク質コード遺伝子の分子内共進化のデータベースです。脊椎動物亜門のうち現存する真口類(bony vertebrates, Euteleostomi)の中の8,000以上のタンパク質ファミリーについて共進化の予... 詳細へ
Thumbnail
運用機関: National University of Singapore
生物種: Viridiplantae | Homo sapiens
説明: 食用・薬用等さまざまな有用植物の分子活性を集めたデータベースです。文献および公開データベースより情報を収集しています。キーワード、成分、植物の用途、標的タンパク質、KEGG Pathway... 詳細へ
Thumbnail
運用機関: University of Miami Miller School of Medicine
生物種: Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus | Danio rerio | Schizosaccharomyces pombe | ...
説明: クロマチン免疫沈降法における定量的PCR(ChIP-qPCR)のための、検証済プライマーを格納するレポジトリです。査読付き論文から、有効な対照と比較して5倍以上の増幅が報告されているプライマ... 詳細へ
Thumbnail
運用機関: Kunming Institute of Zoology, Chinese Academy of Sciences
生物種: Tupaia belangeri
説明: 南アジアに広く分布するツパイのゲノムデータベースです。リファレンスゲノム(高品質ドラフトゲノム、染色体レベルのゲノムアッセンブリ)についてのアノテーション、組織ごとの遺伝子発現... 詳細へ
Thumbnail
運用機関: Wellcome Sanger Institute
生物種: Homo sapiens
説明: がん細胞株およびオルガノイドモデルの情報を提供するデータベースです。患者、検体及び細胞モデル間の関係についての情報や、遺伝子変異・発現・CNV・メチル化・薬剤感受性等の、付随するゲ... 詳細へ
Thumbnail
運用機関: Harbin Medical University
生物種: Homo sapiens | Mus musculus
説明: ヒトおよびマウスの組織における様々な細胞タイプに対する網羅的で正確な細胞マーカーの情報を提供するデータベースです。細胞マーカー、組織タイプ、細胞タイプ、がんタイプおよびソースの... 詳細へ
Thumbnail
運用機関: Huazhong University of Science and Technology
生物種: Homo sapiens
説明: 33のヒトがんタイプにおける、スプライシング量的形質座位(sQTL)の情報を提供するデータベースです。ユーザーは、sQTL、患者の全生存期間と関連のあるsQTL、および、GWASによる連鎖不平衡... 詳細へ
Thumbnail
運用機関: Harbin Medical University
生物種: Homo sapiens
説明: 25のがんタイプにおける、単一細胞レベルでの機能的な状態および遺伝子発現プロファイルを提供するデータベースです。シングルセルRNA-seqデータから情報を収集し、各細胞に14の機能的状態(... 詳細へ
Thumbnail
運用機関: Edward Via College of Osteopathic Medicine
生物種: Homo sapiens
説明: マイクロサテライトの比較解析データベースです。1000ゲノムプロジェクト中の2529人からの生殖細胞系列のマイクロサテライト情報を含んでいます。民族や集団名から検索し、個々のサンプルの... 詳細へ
Thumbnail
運用機関: Helmholtz Centre for Infection Research
生物種: Pseudomonas aeruginosa
説明: 緑膿菌(Pseudomonas aeruginosa)の臨床分離株の情報を集めたデータベースです。各分離株の薬剤感受性や毒性などの表現型データに加え、遺伝子配列や発現情報が格納されています。Phenotype... 詳細へ
Thumbnail
運用機関: Tongji Medical College Huazhong University of Sciences and Technology
生物種: Homo sapiens
説明: 翻訳後修飾(PTM)に影響するSNPの情報を集めたデータベースです。実験データおよび複数の予測ツールによって得られた、SNPに影響されるPTMの強度を数値化して格納しています。遺伝子名、rsI... 詳細へ
Thumbnail
運用機関: University of Southern California
生物種: cellular organisms
説明: 再構築された共通祖先生物の遺伝子およびゲノムのリソースです。階層的なツリー表示もしくは系統樹表示から祖先生物種を選択すると、存在が推測されるタンパク質コード遺伝子リストが表示さ... 詳細へ
Thumbnail
運用機関: Institute of Molecular Genetics of the ASCR
生物種: Homo sapiens
説明: 古代ヒトミトコンドリアゲノムのデータベースです。古代検体より得られたミトコンドリアDNA(mtDNA)配列(FASTA形式)および手作業によりキュレーションされたメタデータが提供されており、... 詳細へ
Thumbnail
運用機関: University of California, San Diego
生物種: Thermotoga maritima MSB8 | Methylorubrum extorquens AM1 | Escherichia coli B str. REL606 | Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 | Escherichia coli BW25113
説明: 微生物の実験室内適応進化実験から得られた突然変異の情報を集めたデータベースです。突然変異情報はゲノム上の位置、変異の種類、実験条件、文献などと関連づけて格納されています。遺伝子... 詳細へ
Thumbnail
運用機関: 独立行政法人酒類総合研究所
生物種: Saccharomyces cerevisiae Kyokai no. 7 | Saccharomyces cerevisiae S288c
説明: 清酒酵母ゲノムデータベースでは、清酒酵母の代表的な菌株である「きょうかい7号(K7)」のゲノム配列や個別の遺伝子に関する情報の閲覧や、相同性検索などが可能です。また、ドットプロット... 詳細へ
Thumbnail
運用機関: Iowa State University
生物種: Sus scrofa
説明: ブタゲノム情報を総合的に提供するデータベースです。Gene Pages・Biomart(遺伝子情報の検索)、Pig QTLdb・Gbrowse(量的形質遺伝子座などゲノム情報のマッピング・閲覧)、ANEXDB・ESTdb... 詳細へ
Thumbnail
運用機関: Simon Fraser University
生物種: Burkholderia
説明: バークホルデリア属細菌のゲノムデータベースです。嚢胞性線維症(Cystic Fibrosis)患者に感染症を引き起こすセパシア菌群(Burkholderia cepacia complex)ゲノムのアノテーション情報およ... 詳細へ
Thumbnail
運用機関: 公益財団法人 かずさDNA研究所
生物種: Chrysanthemum morifolium
説明: キク類のゲノムデータベースです。全ゲノム配列の決定から遺伝子を推定し、遺伝子ごとの塩基配列、アミノ酸配列、CDSの配列、TAIRやAraport11からBLAST検索により得られる解析結果、InterPro... 詳細へ
Thumbnail
運用機関: 公益財団法人 かずさDNA研究所
生物種: Eucalyptus camaldulensis
説明: ユーカリのゲノム情報データベースです。Eucalyptus camaldulensis について遺伝子ごとの配列データに加えてBLAST2による相同性検索結果、InterProからタンパク質ファミリー、ドメイン、機能... 詳細へ
Thumbnail
運用機関: 公益財団法人 かずさDNA研究所
生物種: Zoysia japonica | Zoysia matrella | Zoysia pacifica
説明: シバ属のゲノム情報データベースです。シバ(Zoysia japonica)、コウライシバ(Z. pacifica)、コウシュンシバ(Z. matrella (L.))について、遺伝子ごとの配列データに加えて予測配列(cds... 詳細へ
Thumbnail
運用機関: 公益財団法人 かずさDNA研究所
生物種: Ipomoea batatas
説明: サツマイモのゲノム情報データベースです。遺伝子ごとの配列データに加えてTAIR、NRからBLASTにより得られる解析結果やInterProScanからのGOアノテーション情報を収録しています。BLAST検索... 詳細へ
Thumbnail
運用機関: 公益財団法人 かずさDNA研究所
生物種: Prunus avium | Prunus yedoensis
説明: 佐藤錦 (Prunus avium) とソメイヨシノ (Cerasus x yedoensis) のゲノム情報データベースです。遺伝子アノテーションを伴う全ゲノム配列、SNPやindelの分子マーカーを収録しています。また、... 詳細へ
Thumbnail
運用機関: 公益財団法人 かずさDNA研究所
生物種: Solanum melongena L.
説明: ナス (Solanum melongena L.)のゲノム情報のデータベースです。遺伝子ごとの配列データに加えてBLASTによるITAG、TAIR、NR、Swissprotなど既存データベースから得られる解析結果やInterProSc... 詳細へ
Thumbnail
運用機関: MISTEA / LEPSE, INRA (French National Institute for Agricultural Research)
生物種: Viridiplantae
説明: 植物フェノミクスデータのための、オントロジーをベースにしたオープンソース・インフォメーションシステムです。温室やフィールド等異なる条件下で得られた、画像・数値・テキストデータな... 詳細へ
Thumbnail
運用機関: 独立行政法人製品評価技術基盤機構
生物種: Bacteria | Fungi
説明: 生物資源とその関連情報(生物の特定情報、オミックス情報など)を一元化する生物資源データのプラットフォームです。NBRCが保有する2万種類以上の微生物株情報について、物質生産や薬剤耐... 詳細へ
Thumbnail
運用機関: 国立研究開発法人国立環境研究所
生物種: Scolopax mira | Haliaeetus albicilla | Ciconia boyciana | Bubo blakistoni | Grus japonensis | ...
説明: 絶滅危惧種を中心とした全ゲノムドラフト配列のデータベースです。国立環境研究所の環境ゲノム科学研究推進事業の成果として生態系環境研究センターが作成した、アマミヤマシギ、コウノトリ... 詳細へ