データベースのレコード一覧  (件数: )

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運用機関: ICube, Université de Strasbourg
生物種: Eukaryota | Archaea | Bacteria
説明: 3つの生物界(真核生物、古細菌、バクテリア)にわたるタンパク質のオーソログのデータベースです。タンパク質のオントロジー、配列、タンパク質ドメイン、オーソログなどを収録しています... 詳細へ
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運用機関: TAGC, Inserm U1090
生物種: Homo sapiens | Mus musculus | Drosophila melanogaster | Caenorhabditis elegans | Saccharomyces cerevisiae
説明: 相関関係のない複数の機能を持つ多機能タンパク質やMoonlightingタンパク質のデータベースです。手動でキュレート、または推測された多機能タンパク質について、遺伝子名、機能、UniProtKB I... 詳細へ
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運用機関: College of Bioinformatics Science and Technology, Harbin Medical University
生物種: all
説明: ceRNAs (competing endogenous RNAs) の相互作用のデータベースです。手動でキュレート、もしくは予測されたceRNAsについて、ceRNAとなるRNAと、これらと結合するmiRNAの情報、由来生物種や... 詳細へ
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運用機関: Network Biomedicine Lab, Yonsei University, Marcotte Lab, University of Texas at Austin
生物種: Homo sapiens
説明: HumanNetはヒト遺伝子ネットワークのためのデータベースです。さまざまなタイプのオミクスデータを統合し、独自のネットワーク推論アルゴリズムによって遺伝子と疾患の関係を提供しています... 詳細へ
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運用機関: The Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research
生物種: Homo sapiens | Mus musculus
説明: 造血細胞における遺伝子発現の研究データベースです。Walter and Eliza Hall Instituteによる研究で得られたデータセットと、公的に入手できる高品質データセットについて、RNA-Seqデータ、... 詳細へ
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運用機関: EMBL Heidelberg
生物種: Homo sapiens | Mus musculus
説明: GENCODEは、ヒトとマウスの全ゲノムの基本的なリファレンスゲノムアノテーション、およびそのアノテーションを維持・改善するためのツールとデータを提供しています。遺伝子セットは、包括的... 詳細へ
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運用機関: University of Washington
生物種: Homo sapiens
説明: ヒトゲノムの一塩基バリエーションおよび挿入/欠損による有害性をスコア化するCombined Annotation-Dependent Depletion (CADD)のためのサイトです。CADDはバリアントに様々なアノテーショ... 詳細へ
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運用機関: Weizmann Institute of Science
生物種: Saccharomyces cerevisiae
説明: 出芽酵母タンパク質の細胞内局在と細胞内蓄積量を網羅的に調べたデータベースです。従来法によるC末端のGFPタグ蛍光のデータに加え、SWAp-Tag法により作成されたN末端、C末端に蛍光タンパク... 詳細へ
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運用機関: Luxembourg Centre for Systems Biomedicine (LCSB) of the University of Luxembourg
生物種: Homo sapiens | Bacteria
説明: ヒトと腸内細菌の代謝と遺伝子、栄養、疾患を結びつけたデータベースです。マニュアルキュレーションで文献から収集した13,000を超える代謝反応ネットワークを元にした、ゲノムスケールの再... 詳細へ
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運用機関: University of Michigan Medical School
生物種: Bacteria | Viruses | Parasitus | Fungi
説明: ヒトと動物の病原体における病原因子のデータベースです。病原因子の情報はピアレビューされた出版物から手動キュレーションにより集められました。細菌、寄生虫、菌類の病原因子について、... 詳細へ
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運用機関: UniLectin
生物種: All
説明: レクチンのデータベースです。3D構造に基づいた分類(UniLectin3D module)、キュレートされたドメインを元にしたβプロペラドメインの予測(PropLec module)、全てのレクチンクラスの予測... 詳細へ
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運用機関: 特定国立研究開発法人理化学研究所 バイオリソース研究センター 統合情報開発室
生物種: Mus musculus
説明: 実験マウス系統のゲノム多型情報データベースです。汎用される古典的な近交系マウス系統(西ヨーロッパ亜種;M. m. domesticus由来C57BL / 6Jなど)と、日本で確立された近交系マウス系統(J... 詳細へ
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運用機関: 特定国立研究開発法人理化学研究所
生物種: All
説明: 理化学研究所が管理する生物遺伝資源(バイオリソース)のメタデータに関するデータレポジトリです。マウス、植物、細胞、遺伝子、微生物に関する各バイオリソースと「農業環境エンジニアリ... 詳細へ
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運用機関: University College Cork
生物種: Caenorhabditis elegans | Drosophila melanogaster | Escherichia coli | Homo sapiens | Mus musculus | ...
説明: Trips-vizは、リボソームプロファイリング (Ribo-Seq) データについて様々な可視化ツールを備えたデータベースです。公的に利用できるリボソームプロファイリングデータとRNA-seqデータセッ... 詳細へ
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運用機関: Beijing University of Chinese Medicine
生物種: Homo sapiens
説明: 漢方薬と近代医学とを関連付けたデータベースです。漢方薬の名称、中国名、抽出される分子的成分、伝統的な漢方で使われる症状用語、近代医学の症状用語、疾患名、漢方薬の有効対象となる遺... 詳細へ
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運用機関: Agricultural Genetic Engineering Research Institute
生物種: All
説明: マイクロサテライトのデータベースです。生物種ごとにさまざまなSSRやマイクロサテライトマーカーの配列を収集しています。種名と繰り返しの型を指定すると、primer IDごとに、SSRのある配列... 詳細へ
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運用機関: Harbin Medical University
生物種: Homo sapiens
説明: 細胞特異的遺伝子発現制御に重要だとされているsuper-enhancerについての包括的なデータベースです。ENCODE、Roadmap、NCBI GEO/SRA、GGRに収録されたサンプルから集められたスーパーエンハ... 詳細へ
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運用機関: Centre for Genomic Regulation (CRG)
生物種: Homo sapiens | Mus musculus | Saccharomycotina
説明: モデル生物におけるタンパク質–RNA相互作用のデータベースです。実験データもしくはSONAR やcatRAPID (protein–RNA interaction prediction algorithm)による予測から得られたタンパク質–RNA... 詳細へ
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運用機関: INRA
生物種: All
説明: 酵素−基質特異性に基づいた生化学反応の法則(ルール)のデータベースです。初期反応、代謝物、EC番号、酵素配列を相互に関連付けています。ルールはSMARTS (SMIRKS) 形式で記述しています。... 詳細へ
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運用機関: Sun Yat-sen University Cancer Center
生物種: Homo sapiens
説明: ヒトの組織や細胞におけるタンパク質のリン酸化に関するデータベースです。文献からさまざまな状況下にあるタンパク質リン酸化のデータセットを抽出し、UniProt、HPRD release 9、dbPTMなど... 詳細へ
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運用機関: Institut de Biotecnologia i de Biomedicina, Universitat Autònoma de Barcelona
生物種: Homo sapiens
説明: 人類の環境適応に応じたゲノム変異についてのデータベースです。1000 Genomes Project により得られた配列データ(SNP等)を種々の方法で解析し、染色体位置、遺伝子名、ハプロタイプ検出 (... 詳細へ
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運用機関: Saarland University
生物種: Bacteria
説明: NCBI nucleotide database から取得したバクテリアプラスミドの配列とメタデータを整理したデータベースです。各レコードには配列長、トポロジー、分類学的情報のような種々のパラメータを付... 詳細へ
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運用機関: Faculdade de Medicina, Universidade de Lisboa
生物種: All
説明: NCBI RefSeqに登録されているプラスミドとそのメタデータを検索できるデータベースです。プラスミド名、生物種、抗生物質耐性、病原性、プラスミドファミリー、配列長、類似性による検索が可... 詳細へ
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運用機関: 触媒インフォマティクスプロジェクト
生物種:
説明: 触媒開発のためのデータプラットフォームです。データや分析結果を共同研究者と共有するためのデータレポジトリ、データ分析や機械学習モデル選択に利用できる視覚化ツール(散布図、ヒスト... 詳細へ
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運用機関: 東海大学 医学部
生物種: Eukaryota | Viruses
説明: 真核生物ゲノム内に存在するウイルスゲノム様配列(endogenous viral element:EVE)の予測データベースです。GenomeSync databaseから得られた真核生物およびウィルスのゲノムの配列につい... 詳細へ
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運用機関: 公益財団法人日本モンキーセンター
生物種: Cebuella | Aotus | Cebus | Macaca | Cercopithecus | ...
説明: 日本モンキーセンターが所蔵する霊長類の脳標本の高解像度MRI撮像データレポジトリです。各標本について、和名、学名、分布域などの種情報、標本の個体情報、撮像条件、9.4テスラのMRIにより... 詳細へ
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運用機関: 国立研究開発法人科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター
生物種: Bovidae | Cervidae | Giraffidae | Hippopotamidae | Cetacea | ...
説明: I型コラーゲンをコードする遺伝子配列のレファレンスデータベースです。複数の生物種について、学名、英語名、タキソノミーID、他DBへのリンク、Ⅰ型コラーゲン相同領域のアミノ酸配列を収録... 詳細へ
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運用機関: 産総研・早大 生体システムビッグデータ解析 オープンイノベーションラボラトリ
生物種: Homo sapiens | Mus musculus
説明: long non-coding RNA(lncRNA)-mRNAまたはlncRNA-lncRNA間の相互作用の網羅的な予測をするためのウェブサーバーです。予測されるローカルな塩基対相互作用について、クエリとターゲットの情報... 詳細へ
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運用機関: Cistrome Project
生物種: Homo sapiens | Mus musculus
説明: 公開されているChIP-seqやDNase-seqのデータセットのポータルブラウザーです。生物種、文献の情報等データセットについて手動でキュレーションされた情報、各サンプルを均一なパイプラインで... 詳細へ
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運用機関: University of Toronto
生物種: Saccharomyces cerevisiae
説明: 出芽酵母Saccharomyces cerevisiaeタンパク質の局在と蓄積量に関するデータベースです。 さまざまな化学物質や変異体について処理した酵母ORF-GFPコレクションのタンパク質局在および存在量... 詳細へ
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運用機関: Stanford University
生物種: Saccharomyces cerevisiae
説明: 出芽酵母 Saccharomyces cerevisiaeにおけるタンパク質局在化研究のためのデータベースです。GFPもしくはTAPでタグ付けしたタンパク質発現株のコレクションを対象とし、細胞質と核内に分けた... 詳細へ
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運用機関: Institute of Genetics and Molecular and Cellular Biology
生物種: Arabidopsis thaliana | Caenorhabditis elegans | Danio rerio | Drosophila melanogaster | Gallus gallus | ...
説明: NGS-QC databaseはChIP-seqおよびターゲットエンリッチメントNGSデータのquality control (QC)情報を集めたデータベースです。GEOなどの公開データベースから8万件以上のデータセットを格納... 詳細へ
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運用機関: University of Massachusetts Medical School
生物種: Homo sapiens | Mus musculus
説明: FactorbookはENCODEに登録されているChIP-seqデータより得られた、転写因子とその結合領域に関する情報を提供する、Wiki形式のデータベースです。ホームページには転写因子と細胞株におけるC... 詳細へ
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運用機関: 公益財団法人 かずさDNA研究所, 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
生物種:
説明: 主要な食品に含まれる成分を液体クロマトグラフィー−質量分析(LC-MS)によりメタボローム解析したデータベースです。日本食品標準成分表2015年版(七訂)に含まれる約2000品目(調理方法の... 詳細へ
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運用機関: FMODD Consortium
生物種: All
説明: タンパク質に対する量子化学計算値データベースです。フラグメント分子軌道法(FMO法)によるIFIE、PIEDAや電荷などの各種計算値を収録しており、タンパク質‐リガンド複合体構造に対するFMO... 詳細へ
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運用機関: 国立研究開発法人 国立精神・神経医療研究センター
生物種: Homo sapiens
説明: 難治性神経・筋疾患の患者情報登録サイトです。ジストロフィノパチー、縁取り空胞を伴う遠位型ミオパチー、筋強直性ジストロフィー、先天性筋疾患、福山型筋ジストロフィー、ミトコンドリア... 詳細へ
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運用機関: 日本ブレインバンクネット
生物種: Homo sapiens
説明: 脳組織等のヒト試料リソースの整備と普及を行う日本ブレインバンクネットのデータベースです。ヒト死後脳の凍結組織について、年齢,性、精神疾患コード、神経病理コード、死後時間、 脳重な... 詳細へ
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運用機関: 一般社団法人 日本消化器内視鏡学会
生物種: Homo sapiens
説明: 日本全国の内視鏡関連手技・治療情報を登録し、集計・分析する JED-Project のサイトです。患者の基本情報、検査時の状況、内視鏡による診断所見、処置、病理結果を収集しています。登録され... 詳細へ
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運用機関: 国立研究開発法人産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター
生物種: Homo sapiens | Rattus norvegicus
説明: 低分子化合物を曝露した際の遺伝子発現データを用いて、ユーザーが入力した遺伝子群の発現パターンに類似の発現プロファイルを持つ化合物一覧の類似度を表示するアプリケーションです。 詳細へ
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運用機関: 国立研究開発法人産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター
生物種: Homo sapiens | Rattus norvegicus
説明: 低分子化合物を曝露した際の遺伝子発現データを数理解析した結果を格納したデータベースです。OpenTG-GATEsに登録された約170化合物によるin vivo (ラット肝臓)や in vitro (ヒト・ラット肝... 詳細へ
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運用機関: 国立研究開発法人 医薬基盤・健康・栄養研究所
生物種:
説明: 毒性の作用機序とプロセスに関する用語を体系化したオントロジーのデータベースです。作用機序マップ(毒性発現の過程)、プロセスマップ(機能分解手法に基づくプロセスの分解)、オントロ... 詳細へ
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運用機関: 国立研究開発法人 医薬基盤・健康・栄養研究所, 熊本大学
生物種: Homo sapiens | Rattus norvegicus
説明: 医薬品および化学物質によって引き起こされる肝毒性に関するデータベースです。既存のデータベース(Open TG-GATEs,DrugMatrix,LINKS、Liver Toxicity Knowledge Base)に登録されているin... 詳細へ
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運用機関: 国立研究開発法人 医薬基盤・健康・栄養研究所
生物種: rattus | Homo sapiens
説明: 肝毒性に関わる情報のデータベースおよび肝毒性を予測するツールのポータルサイトです。国立研究開発法人 医薬基盤・健康・栄養研究所、国立研究開発法人 産業技術総合研究所、明治薬科大学... 詳細へ
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運用機関: 一般社団法人 日本循環器学会
生物種: Homo sapiens
説明: 循環器疾患について診療実態を調査するためのデータ登録・入力サイトです。循環器科・心臓外科を標榜する施設から施設情報(病床数、心疾患系患者数、死亡数、剖検数、専門医数など)、検査... 詳細へ
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運用機関: 厚生労働省, NPO痛み医学研究情報センター
生物種: Homo sapiens
説明: 厚生労働省慢性の痛み診療・教育の基盤となるシステム構築に関する研究班とNPO痛み医学研究情報センターが慢性痛対策事業の中で運営する、慢性の痛みについてのデータベースです。代表的な慢... 詳細へ
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運用機関: 国立成功大学
生物種: Caenorhabditis elegans | Caenorhabditis briggsae
説明: トランスポゾンをサイレンシングすることにより変異から動物ゲノムを保護する、小型非コードRNA(piRNA)のデータベースです。 C. elegansとC. briggsaeについて実験上または予測上piRNAター... 詳細へ
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運用機関: National Genomics Data Center, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences
生物種: Viridiplantae
説明: 植物のRNA編集因子(editosome)のデータベースです。文献やオルガネラゲノムアノテーションから手動で収集した情報に基づいて、RNA編集因子、ターゲットとなるオルガネラ遺伝子の編集機構、... 詳細へ
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運用機関: 華中科技大学, University of Texas Health Science Center at Houston
生物種: Homo sapiens
説明: ゲノム全体の遺伝子型と統合したDNAメチル化の量的形質遺伝子座 (meQTL) を提供するデータベースです。ゲノムのメチル化レベルに対するSNPの影響を体系的に予測する目的で作成されました。Ca... 詳細へ
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運用機関: 公益財団法人がん研究会がん研究所
生物種: Homo sapiens
説明: がんゲノム研究で集積されたゲノム、トランスクリプトーム、miRNAなどの研究プロジェクトに関する情報を整理したデータベースです。研究プロジェクトの概要、検体の解析方法、患者から提供さ... 詳細へ
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運用機関: Université de Sherbrooke
生物種: Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus |
Pan troglodytes
| Danio rerio | ...
説明: Open reading frames (ORFs)のデータベースです。真核生物10種の30コドン以上のORFについて、既知のタンパク質(RefProt)、新規予測アイソフォーム(Isoform)、代替ORFによる新規予測タン... 詳細へ