データベースのレコード一覧  (件数: )

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運用機関: National Cancer Institute at Frederick
生物種: Equus caballus | Homo sapiens | Mus musculus | Rattus | Canis lupus familiaris | ...
説明: non-B DBは、ワトソン・クリックの右巻き二重らせん構造(B-DNA構造)を取らないnon-B DNAの情報を集めたデータベースです。このDBでは、ゲノム上でnon-B DNA構造をとる可能性がある領域を予... 詳細へ
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運用機関: Department of Biochemistry, Eötvös Loránd University
生物種: Homo sapiens | Eukaryota | Drosophila melanogaster | Saccharomyces cerevisiae | Caenorhabditis elegans | ...
説明: 生きた細胞内で液-液相分離を引き起こすタンパク質のデータベースです。タンパク質ごとにコードする遺伝子名、由来生物種名、形成する「膜のないオルガネラ (Membraneless organelles)」の種... 詳細へ
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運用機関: Peking University
生物種: Homo sapiens | Metazoa | Dictyostelium discoideum | Tetrahymena thermophila | Trypanosoma brucei brucei | ...
説明: 細胞内に液液相分離(LLPS)によって形成された機能的区画やmembraneless organellesに関連するphase separation associated proteinsのデータベースです。データは人の手で文献や公共データ... 詳細へ
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運用機関: 富山大学 和漢医薬学総合研究所
生物種: Viridiplantae
説明: 漢方など天然薬の作用機序や科学的データを統合するデータベースです。漢方処方(日本語名、伝統薬データベースへのリンク)、生薬情報、構成する天然化合物、標的となるタンパク質や遺伝子... 詳細へ
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運用機関: EMBL-EBI
生物種: Arabidopsis thaliana | Caenorhabditis elegans | Candida albicans | Danio rerio | Dictyostelium discoideum | ...
説明: AlphaFoldによって予測されたタンパク質の3次元構造を収録したデータベースです。各タンパク質について、UniProtから取得した基本情報とアミノ酸配列、残基ごとの信頼性メトリック(pLDDT)... 詳細へ
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運用機関: 広島大学大学院統合生命科学研究科
生物種: Bacteria
説明: Kraken2によるメタゲノムデータ解析で使える16S RNA配列データセットです。Taxonomy ID, Accession No, Definitionと配列情報がfastaファイルで提供されています。 詳細へ
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運用機関: National Genomics Data Center, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences
生物種: Bacteria | Archaea
説明: 原核生物の18種類の抗ウイルス防御機構に関係する遺伝子のデータベースです。30000種以上の原核生物の系統ごとに、Assembly accession、各防御機構に関係する遺伝子の数、それらのGene symbo... 詳細へ
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運用機関: Lécuyer Lab, Institut de Recherches Cliniques de Montéral
生物種: Homo sapiens | Caenorhabditis elegans | Danio rerio | Drosophila melanogaster | Mus musculus
説明: ヒトやマウスなど5種類の生物のRNA結合タンパク質の推定結合ドメインのデータベースです。各RNA結合タンパク質について、生物種、コードする遺伝子名、モチーフ名、モチーフのゲノム上の位置... 詳細へ
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運用機関: Institute of Structural and Molecular Biology, Birkbeck College
生物種: Homo sapiens
説明: ヒトの生殖細胞系列変異のデータベースです。世界の研究者から提出された配列データを国際がん研究機関(IARC)が検証し、信頼性が認められた変異について、IMGTの定めた配列名、全体の配列... 詳細へ
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運用機関: Huazhong Agricultural University, College of Informatics
生物種: Homo sapiens
説明: ヒトのncRNA(non-coding RNA)発現に影響を与えるSNPに関する情報のデータベースです。TCGA (The Cancer Genome Atlas) のデータから、33種類のがんそれぞれについて、ncRNA発現量に関連す... 詳細へ
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運用機関: 特定国立研究開発法人理化学研究所
生物種: Homo sapiens
説明: 化合物に応答したプロテオーム解析の結果をまとめたデータベースです。がんの代謝阻害剤を含む化合物を暴露した細胞の2D-DIGEを用いたプロテオーム解析により、プロテオームの変動を分析して... 詳細へ
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運用機関: 奈良先端科学技術大学院大学
生物種: Homo sapiens
説明: 疾病や身体の異常の指標となるバイオマーカー情報を集めたデータベースです。バイオマーカーについて、名称(物質名)、指標になる疾病、マーカーのタイプ(タンパク質または代謝物)を文献... 詳細へ
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運用機関: 広島大学 薬学部
生物種: Homo sapiens
説明: Phos-tag SDS-PAGE によるタンパク質リン酸化解析データを収集したデータベースです。広島大学医薬分子機能科学研究室が開発したリン酸化アニオン認識分子Phos-tagを用いるSDS-PAGEによるリ... 詳細へ
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運用機関: イモリネットワーク
生物種: Cynops pyrrhogaster
説明: アカハライモリの遺伝子配列情報データベースです。正常時および体の再生時に発現する遺伝子の配列や実験についての文献情報を収録しています。プロテオーム、De novo assembledトランスクリ... 詳細へ
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運用機関: 大阪府立大学
生物種: Ephemeroptera | Odonata | Plecoptera | Hemiptera | Megaloptera | ...
説明: 日本産水生生物類デジタルデータ集です。大阪府立大学 河川メタゲノム研究グループが採集・収集した日本産水生生物類の生体試料について個体全体および種判別に特徴的な形態部分の写真と種判... 詳細へ
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運用機関:
生物種: Homo sapiens
説明: アルツハイマー病(AD)患者死後脳で測定された様々なオミックスデータ(一塩基多型(SNP)、コピー数多型(CNV)、mRNA量、マイクロRNA量など) を再解析し、統合するデータベースです。2021年7月... 詳細へ
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運用機関: LINK-Group
生物種: Homo sapiens
説明: ヒトの細胞における転座タンパク質 (translocating proteins) に関するデータベースです。文献から手動でキュレートした局在、輸送メカニズム、生体活性、病理的役割、相互作用、構造特性な... 詳細へ
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運用機関: College of Life Science and Technology, Huazhong Agricultural University
生物種: Bos taurus | Caenorhabditis | Danio rerio | Drosophila | Equus caballus | ...
説明: 性関連遺伝子 (SAG) に関するトランスクリプトームデータを整理したデータベースです。遺伝子ID、生物種、遺伝子タイプ、染色体上の位置、組織ごとや発生ステージによる発現量の比較、タンパ... 詳細へ
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運用機関: EMBL-EBI
生物種: All
説明: 種々生物のゲノム内に機能的一連のタンパク質(パスウェイを構成するタンパク質など)がどの程度まとまって存在するかの情報(Genome Properties)を算出した結果を収録しており、任意のゲノ... 詳細へ
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運用機関: Boyce Thompson Institute (BTI), Cornell University
生物種: Cucurbitaceae
説明: メロン、キュウリ、スイカ、カボチャ、ヒョウタンなどのウリ科植物のゲノムデータベースです。全ゲノム情報、RNA-seqコレクション、ESTのデータを収録しています。各生物種ごとに遺伝子名や... 詳細へ
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運用機関: Bioinformatics Institute (BII), A*STAR
生物種: All
説明: アロステリックタンパク質やそのシグナル伝達のデータベースです。タンパク質のPDB ID、遺伝子名、残基数などの情報を収録しており、各タンパク質の3次元構造と、結合/変異サイトの位置や... 詳細へ
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運用機関: Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), Switzerland
生物種: Bacillus subtilis | Brucella suis | Burkholderia pseudomallei K96243 | Burkholderia thailandensis E264 | Chlamydophila caviae | ...
説明: 遺伝子発現調節部位についてのゲノムワイドアノテーションを収載したデータベースです。モデル生物全体のプロモーター領域にある調節モチーフ、プロモーター、およびTF結合部位(TFBS)のゲ... 詳細へ
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運用機関: European Medicines Agency, London, United Kingdom
生物種: Homo sapiens
説明: 2004 年 5 月 1 日以降に欧州連合(EU)または欧州経済地域(EEA)において開始された医薬品に関する介入的臨床試験に関する情報を収載したレジストリです。 詳細へ
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運用機関: European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ センター, National Center for Biotechnology Information (NCBI)
生物種: All
説明: 本サイトは、3大DNAデータベースであるDDBJ、ENA(European Nucleotide Archive)、 NCBIの協力で運営されるINSDC(International Nucleotide Sequence Database Collaboration)のポータルサイ... 詳細へ
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運用機関: European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), National Center for Biotechnology Information (NCBI)
生物種: Homo sapiens
説明: ゲノム、転写産物、タンパク質のリファレンス配列のデータベースです。臨床に関連する変異配列を報告するためのリファレンス配列を、 NCBI(RefSeq)とEMBL-EBI(Ensembl / GENCODE)の協力... 詳細へ
運用機関: 国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構
生物種: bacteria | Fungi | Nematoda
説明: 全国各地の農耕地で収集された土壌物理・化学性、作物栽培様式、 およびその畑土壌由来の eDNA (environmental DNA) 解析情報を収納した 「国内初の農耕地 eDNA バンク」です。 詳細へ
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運用機関: 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ センター
生物種: All
説明: BioSample は実験データを得るために使われた生物試料 (サンプル) についての情報を管理するデータベースです。データは DDBJ,EBI と NCBIのBioSample データベース間で共有されます。生物... 詳細へ
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運用機関: 医薬品規制調和国際会議(ICH)
生物種:
説明: MedDRAは人間が使用する医薬品の規制情報を国際的に共有しやすくするために作成された、標準化された国際医療用語集です。英語版の他に、中国語、チェコ語、オランダ語、フランス語、ドイツ... 詳細へ
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運用機関: Monarch Initiative
生物種: Homo sapiens
説明: 疾病の定義を統合して構築したオントロジーです。疾病を定義しデータモデルを収録している多くのデータベース(HPO、OMIM、SNOMED CT、ICD、PhenoDB、MedDRA、MedGen、ORDO、DO、GARDなど)... 詳細へ
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運用機関: McDonnell Genome Institute, Washington University School of Medicine
生物種: Homo sapiens
説明: DGIdbは薬物と遺伝子の相互作用および創薬可能なゲノム資源に関するデータベースです。 DrugBank、PharmGKB、Chembl、Drug Target Commons、TTDなど、様々な論文、データベース、その他のWeb... 詳細へ
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運用機関: Genome Aggregation Database Consortium
生物種: Homo sapiens
説明: 大規模シーケンスプロジェクトから得られた、エクソーム、ゲノムシーケンスのデータベースです。さまざまな疾患特異的および集団遺伝学研究の一部として配列決定された個人からのエクソーム... 詳細へ
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運用機関: National Center for Biotechnology Information (NCBI)
生物種: Homo sapiens
説明: 遺伝医学に関連する症状や表現型に関する情報を集約したポータルデータベースです。NIHのGTR、UMLS、HPO、Orphanet、ClinVar、その他のソースから得られた用語を概念に集約し、一意の識別子... 詳細へ
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運用機関: The Jackson Laboratory
生物種: Homo sapiens
説明: The Human Phenotype Ontology (HPO) はヒトの疾患に関連する形質の標準化された語彙を提供しています。医学論文、Orphanet、DECIPHER,やOMIMを基に開発されており、疾患と関連する形質の語... 詳細へ
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運用機関: The McDonnell Genome Institute, Washington University School of Medicine
生物種: Homo sapiens
説明: CIViCは癌におけるバリアントの臨床的解釈のための知識ベースです。遺伝性および体細胞性の全てのタイプの癌におけるバリアント情報と、その治療、予後、診断、素因への関連性を、専門家によ... 詳細へ
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運用機関: 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
生物種: Homo sapiens
説明: NanbyoDataは難病オントロジー(Nanbyo Disease Ontology, NANDO)を介して国内外の難病関連情報を集積したサイトです。日本の難病関連制度である指定難病・小児慢性特定疾病の対象疾患に関... 詳細へ
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運用機関: World Health Organization
生物種: Homo sapiens
説明: 世界保健機関 (WHO) が提供しているICD (International Statistical Classification of Diseases and Related Health Problems: 国際疾病分類) のversion 11のサイトです。ICDとは、ICDコー... 詳細へ
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運用機関: EMBL-EBI
生物種:
説明: ChEMBLは創薬を目的とした生理活性をもつ化合物や小分子のデータベースです。化合物、核酸などの小分子と、そのターゲットやアッセイ情報を紐付けて収載しています。化合物や小分子の名称、... 詳細へ
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運用機関: Cornell University
生物種: Homo sapiens | Arabidopsis thaliana | Caenorhabditis elegans | Drosophila melanogaster | Drosophila melanogaster | ...
説明: 構造解析データを基にしたタンパク質間相互作用のデータベースです。PDBに収録されている既知の共結晶データから得たドメイン間相互作用情報を基に、タンパク質間相互作用を推論しています。... 詳細へ
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運用機関: Cornell University
生物種: Homo sapiens | Saccharomyces cerevisiae | Schizosaccharomyces pombe | cDrosophila melanogaster | Caenorhabditis elegans | ...
説明: タンパク質間相互作用についてのデータベースです。8つのリソース(BioGRID、MINT、iRefWeb、DIP、IntAct、HPRD、MIPS、PDB)からタンパク質間相互作用の情報を機械的および手動で収集し、... 詳細へ
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運用機関: 国立医薬品食品衛生研究所
生物種: Entoloma rhodopolium | Omphalotus guepiniformis | Colchicum autumnale | Narcissus | Veratrum | ...
説明: 自然毒を持つ有害植物および菌類(きのこ)についてのデータベースです。形態学的な判別が難しく、かつ食中毒事例が多いクサウラベニタケ近縁種やツキヨタケ、イヌサフラン、スイセン、バイ... 詳細へ
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運用機関: ライフサイエンス出版株式会社
生物種: Homo sapiens
説明: 糖尿病に関連する大規模臨床試験結果を整理、編集した医療従事者向けのデータベースです。米国医学図書館(NLM)のPubMedより「diabetesを主題とするもの、症例数が1群50例以上のもの、トゥ... 詳細へ
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運用機関: Broad Institute, Inc., UC San Diego
生物種: Homo sapiens
説明: 遺伝子発現のエンリッチメント解析をするための元になる遺伝子セットをまとめたコレクションです。2つの生物学的状態間で遺伝子セットに統計的に有意な差があるかどうかを判断するソフトウェ... 詳細へ
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運用機関: Icahn School of Medicine at Mount Sinai
生物種: Homo sapiens | Mus musculus
説明: 遺伝子、疾患、薬物間の関連性についてのデータベースです。Gene Expression Omnibus (GEO) から得られた大量の遺伝子発現プロファイルを注釈付けし再分析するクラウドソーシングプロジェク... 詳細へ
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運用機関: 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構
生物種: Citrus unshiu | Citrus trifoliata | Citrus clementina | Citrus sinensis | Citrus maxima | ...
説明: ミカンゲノムデータベース(Mikan Genome Database: MiGD)はカンキツ育種のためのDNAマーカー開発支援を目的としたゲノムデータベースです。ゲノムブラウザTASUKEを用いて、9種のカンキツの... 詳細へ
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運用機関: 特定国立研究開発法人理化学研究所 ライフサイエンス技術基盤研究センター
生物種: Homo sapiens
説明: AMED Cardiotoxicity Databaseは心臓の拍動に関係するイオンチャンネルに結合して阻害することで心毒性の原因となりうる低分子化合物に関するデータベースです。公共データベースおよびAMED... 詳細へ
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運用機関: 独立行政法人製品評価技術基盤機構 バイオテクノロジーセンター
生物種: Bacteria | Fungi
説明: 微生物(細菌・真菌)に関する有害性情報の総合サイトです。微生物(細菌、真菌)の危険度/有害性の判断基準となる国内外の情報を一元化した「微生物有害情報リスト」( https://integbio.j... 詳細へ
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運用機関: 独立行政法人製品評価技術基盤機構 バイオテクノロジーセンター
生物種: Bacteria | Fungi
説明: MALDI-TOF MS (マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析計)を用いた微生物の迅速同定(フィンガープリント法)において比較参照とするマススペクトルデータライブラリーの... 詳細へ
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運用機関: 創薬支援インフォマティクスシステム構築事業
生物種: Homo sapiens | Rattus norvegicus
説明: 薬物動態と毒性(心毒性・肝毒性)予測を行うための総合的なデータベース、ツールのポータルサイトです。オールジャパンでの医薬品創出を支援するための「創薬支援インフォマティクスシステ... 詳細へ
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運用機関: Institute of Biophysics, Chinese Academy of Sciences
生物種: Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus | Drosophila melanogaster | Caenorhabditis elegans | ...
説明: PIWI-interacting RNA (piRNA)の機能解析とアノテーションに関するデータベースです。生殖細胞に特異的なイベントに関与するPiwiタンパク質に結合するpiRNAを手動でキュレートし、配列、生物... 詳細へ
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運用機関: EMBL-EBI, The Jackson Laboratory
生物種: Mus musculus | Homo sapiens
説明: 患者由来腫瘍移植(PDX)マウスモデルのデータベースです。様々な学術研究室、共同研究機関、受託研究機関によって生成、配布されているPDXマウスモデルリポジトリについて、モデル名、腫瘍... 詳細へ