本カタログについて

 

Integbioデータベースカタログとは

Integbioデータベースカタログでは文部科学省、厚生労働省、農林水産省、経済産業省の4省による、生命科学系データベースの統合の一環として国内外の生命科学系データベースの所在情報と、データベースについての説明や生物種などのさまざまな属性情報 (メタデータ)をまとめたリストを提供しています。生命科学系データベース統合の取り組みの詳細についてはintegbio.jpをご覧ください。また、国内データベースの所在情報を広く国外に発信すると共に国外のデータベース情報を収集するため、国際的な生命科学系データベース情報を収集・公開しているFAIRsharingと2017年から連携し、データベース情報の交換を行っています。FAIRsharingの活動については類似サイトリンク集のページのFAIRsharingの欄をご覧下さい。


カタログ収録の範囲

本カタログでは以下の既存のデータベースリストのエントリーを照合し、記載内容の統合を行ったものをレコードとして収録しています。今後も継続的に各省と協力し、省や専門領域の枠を越えた国内の生命科学系データベース情報の網羅を目指しています。また海外で運用されているデータベースについては、FAIRsharingと連携することによって国際的に主要なデータベース情報を収集することに努めています。

* 本カタログには、NBDCがIntegbio.jp として独自に管理し提供しているレコード (以下「Integbio.jp由来レコード」) と、FAIRsharing.orgから提供を受けたデータベース情報を元にNBDC側で独自データを加え再編したレコード (以下「FAIRsharing.org由来レコード」) の2種類があります。2種のデータは利用許諾の条件が異なるため、「ご利用にあたって」を精読の上ご利用ください。

 

<本カタログに収録されている既存のデータベースリスト>


レコードの作成

本カタログのレコードは本事業の関係者が公開されている情報などをもとに作成しています。

<レコードの記述項目> (記載例: KNApSAck Family)

記述項目記述内容備考
基本情報
ID NBDC ID NBDCが付与した管理ID
名称 データベースの名称
別称 データベースの別称
URL データベースをWebで公開している場合、そのURL
運用機関名 現在データベースを運用している機関名
運用機関所在国•地域 運用機関が所在する国及び地域名 コンソーシアムで運用しており運用機関の所在国を定めるのが難しい場合は"Global"としています。
説明 データベースの説明
生物種 データベースが扱う生物種のTaxonomy NameとNCBI TaxnomyのID
タグ (対象) データベースに収録された主要データの対象を示すタグ 下記のタグ一覧を参照のこと
タグ (データの種類) データベースに収録された主要データの種類を示すタグ 下記のタグ一覧を参照のこと
論文等 (PubMed ID/DOI) データベースに関連した論文のPubMed IDまたはDOI データベースの作成事実や内容を発表した論文を中心に調査していますが、他の観点からの論文も含まれる場合があることをご了承ください。
言語 データベースの内容の記載に使用されている言語
稼動状況 データベースの稼動状況 以下の4つのステータスに分類されます。
1.【稼動中】データベースサイトにアクセス可能な場合
2.【休止】データベースサイトにアクセスできない場合
3.【公開停止中】データベースサイトの公開が停止されている場合
4.【運用終了】データベースサイトの運用が終了された場合
【稼動中】と【休止】については毎日自動更新されます。
一括ダウンロードデータへのリンク 当該データベースにおけるダウンロードサイト (またはそのリンクがあるページ) へのリンク データベースオリジナルサイトからのデータダウンロードです。
一括ダウンロードデータのデータ説明 当該データベースにおけるダウンロードデータの説明ページへのリンク
データベースの利用許諾へのリンク データベースの利用条件が記載されたページへのリンク
データベースの使い方 データベースの利用手順に関する説明が存在するページへのリンク
データベースの連絡先 データベース作成者・運営者への連絡先が記載されたページへのリンク、または連絡先のメールアドレス メールアドレスは[at]を@に,[dot]を.に変換して利用してください。
API / SPARQL endpoint データベース運用者が提供または関連するものとして紹介しているAPI (SPARQL endpointを含む)について記載されたページへのリンク
拡張情報
LSDBアーカイブへのリンク 「LSDBアーカイブ」へのリンク LSDBアーカイブでは当該データベースのデータセットを一括ダウンロードできます
MEDALSデータベース便覧へのリンク 経済産業省のライフサイエンス統合データベースポータルサイトの「MEDALSデータベース便覧」へのリンク
統合TVへのリンク ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) の「統合TV」へのリンク リンク先では統合TV上でDBの名称(または略称)を用いて絞り込んだ番組リストが表示されます。統合TVでは当該データベースに関連する動画(使い方等)が閲覧できます。
FAIRsharingへのリンク 「FAIRsharing」へのリンク
類似データベース 類似の内容を含むと考えられるデータベースの名称 「データベースの説明」の形態素解析から得られた用語と「タグ」を併せて類似度推定を行い、上位10データベースを示しています。
このレコードの管理情報
レコード管理者 レコード管理者 FAIRshariing由来のレコードはFAIRsharingの該当ページのRecord maintainerをご確認下さい。
レコードの由来 レコードを管理する機関 Integbio Database CatalogまたはFAIRsharing.org。 FAIRsharing.orgの場合はロゴの後ろにFAIRsharing.orgからのデータ取得日を記載。
レコード公開日 レコードの公開日
レコード最終更新日 レコードの最終更新日
本レコードの利用条件 本レコード(データベースに関する情報)の利用条件 データベース自体の利用条件ではないことにご注意ください。

<タグ一覧>

  • 本カタログではNBDCの担当者が各データベースに対して適切と思われるタグを以下の表から選択しレコードに記載しています (複数選択可)。
  • データベースが休止や運用終了のために閲覧できない場合は、レコードの記載などをもとにタグを付与している場合があります。
  • このタグ一覧は、Integbioデータベースカタログにおいて収集されたデータベースについて説明を付与するための語彙を集めたものです。Contributors*
  • 各タグについて、EDAM、UBERON、ChEBIの3つのオントロジーから、同一の意味を持つものを併記しました。ただし、DBの性質を表すタグ(ポータル、リポジトリ)にはオントロジー由来のタグは付与しておりません。Contributors**
  • 「分布」タグを「局在」と「地理的分布」の2つタグに分割しました(2023.12.30)。既存レコードで「分布」が付与されているものは、順次対応していきます。
  • 随時タグの追加や変更がありますことをご了承ください。
タグ説明EDAM, UBERON, ChEBIEDAM, UBERON, ChEBIのラベル
対象
ゲノム/遺伝子ゲノムや遺伝子関連のDBEDAM / topic:3053Genetics
cDNA/ESTcDNAやEST関連のDBEDAM / data:3134Gene transcript report
遺伝的多様性遺伝的多様性関連のDBEDAM / topic:0199Genetic variation
エピジェネティクスエピジェネティクス関連のDBEDAM / topic:3295Epigenetics
DNADNA関連のDBEDAM / topic:0654DNA
RNARNA関連のDBEDAM / topic:0099RNA
タンパク質タンパク質関連のDBEDAM / topic:0078Protein
糖質糖質関連のDBCHEBI:16646carbohydrate
脂質脂質関連のDBCHEBI:18059lipid
代謝物代謝物関連のDBCHEBI:25212metabolite
化学物質化学物質関連のDBCHEBI:24431chemical entity
薬関連のDBCHEBI:23888drug
細胞/オルガネラ細胞や細胞内小器官関連のDBCL_0000000cell
個体/種生物個体やその一部分または生物群集関連のDBEDAM / data:2530Organism report
健康/疾患健康・疾患関連のDBEDAM / topic:0634Pathology
データの種類
表現型表現型・形質関連のDBEDAM / data:0920Genotype/phenotype report
バイオリソースバイオリソース関連のDBEDAM / topic:3277Sample collections
手法実験・解析手法関連のDBEDAM / data:2531Protocol
オントロジー/用語/命名法オントロジーや用語集、もしくは分子や生物種の命名法及びその目録関連のDBEDAM / topic:0089Ontology and terminology
環境生物と環境関連のDBEDAM / data:3736Ecological data
配列核酸やアミノ酸配列関連のDBEDAM / data:2044Sequence
3D構造3次元構造関連のDBEDAM / data:0883Structure
化学構造化学構造関連のDBEDAM / data:0883Structure
発現転写産物・タンパク質の発現や蓄積量関連のDBEDAM / data:2603Expression data
局在(旧:「分布」)細胞内局在関連のDBGO:0051179localization
地理的分布(旧:「分布」)地理的分布関連のDBEDAM / data:3720Geographic location
相互作用/パスウェイ相互作用やパスウェイ関連のDBEDAM / topic:0602Molecular interactions, pathways and networks
生物分類生物分類関連のDBEDAM / data:1872Taxonomic classification
分類分子の分類関連のDBEDAM / operation:2990Classification
画像/動画画像や動画関連のDBEDAM / data:2968Image
書誌/ドキュメント書誌情報やドキュメント集関連のDBEDAM / data:2526Text data
ポータルデータベース集やツール集関連のDB--
リポジトリリポジトリ機能をもつDB--
  • Contributors*(50音順) 片山俊明, 川島秀一, 小林紀郎, 信定知江, 畠中秀樹, 坂東明日佳, 藤澤貴智, 桝屋啓志, 箕輪真理, 山田一作
  • Contributors**(50音順) 井手隆広, 片桐沙弥, 建石由佳, 信定知江, 藤澤貴智, 山本泰智

検索機能

本カタログでは目的のデータベースのレコードを一覧から効率よく探せるように以下の検索機能を提供しています。


<一覧内を検索する>

収録レコードの記述内容をキーワードにより検索できます。

<一覧を絞りこむ>

収録レコードの記述項目にもとづいた以下の条件により一覧上のレコードを絞り込むことができます。複数の条件を組み合わせることが可能です。本カタログの記述項目についてはレコードの作成をご参照ください。

  • 生物種

    「生物種」項目に記載されているNCBI Taxonomyのエントリー情報にもとづいて一覧を絞り込むことができます。

  • タグ

    「タグ(対象)」及び「タグ(データの種類)」項目に記載されているタグ名で一覧を絞り込むことができます。複数のタグを選択すると、選択したすべてのタグを記載しているレコードに絞り込まれます。

  • 稼動状況

    「稼動状況」項目に記載されている情報をもとに、【稼動中】、【休止】、【公開停止中】、【運用終了】の4つの条件で一覧を絞り込むことができます。 各レコードに記載されている【稼動中】と【休止】の情報については毎日自動更新されます。

  • 地域

    「運用機関所在国」項目に記載されている国名の情報をもとに、【日本】、【日本以外の国・地域】の2つの条件で一覧を絞り込むことができます。

  • その他の条件 > LSDBアーカイブ収載のDB

    「LSDBアーカイブへのリンク」項目にURLが記載されているレコードに絞り込まれます。LSDBアーカイブでは当該データベースのデータセットを一括ダウンロードできます。

  • その他の条件 > 統合TVで紹介のあるDB

    「統合TVへのリンク」項目にURLが記載されているレコードに絞り込まれます。統合TVではDBに関連する動画が提供されています。

  • その他の条件 > 一括ダウンロード可のDB

    「一括ダウンロードデータへのリンク」項目にURLが記載されているレコードに絞り込まれます。これらのDBはまとめてダウンロードできるデータセットを持っています。

本カタログの使い方

統合TVにて解説動画が公開されています (2017年10月04日 版)