PreDom
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| 別称: | ― |
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| 運用機関名: | 長浜バイオ大学 (J-Globalへのリンク) |
| 運用機関所在国・地域: | 日本 |
| 説明: | タンパク質立体構造分類データベース（SCOP、CATH）に登録されている構造ドメインのドメイン-ドメイン相互作用面を収集したデータベースと、ドメインインターフェースの予測、およびマルチドメインタンパク質の全体構造の予測をおこなうWebツールです。 ・PreDom:DiD（ドメイン間相互作用部位表示） 相互作用部位のアミノ酸配列とドメイン情報、JSmol による立体構造が表示されます。PDB ID およびドメインリストからの検索が可能です。 ・PreDom:Interface（ドメイン間相互作用部位予測） ドメインの立体構造にもとづいて、２種類のアルゴリズムによりドメインインターフェースを構成するアミノ酸残基を予測します。 ・PreDom:Structure（マルチドメインタンパク質構造予測） 個々のドメインの立体構造にもとづいて、マルチドメインタンパク質の全体構造の予測を行います。 ・PreDom:Evtrace（進化トレース法による機能部位予測） タンパク質の進化情報と立体構造情報にもとづいて、タンパク質の機能部位予測を行います。 |
| 生物種: | ― |
| タグ （対象）: | タンパク質 |
| タグ (データの種類): | 配列, 3D構造, 相互作用/パスウェイ |
| 論文等 (PubMed ID/DOI): | ― |
| 言語: | 日本語, 英語 |
| 稼動状況: | 稼動中 |
| 一括ダウンロードデータへのリンク: | ― |
| 一括ダウンロードデータのデータ説明: | ― |
| データベースの利用許諾へのリンク: | ― |
| データベースの使い方 | https://harrier.nagahama-i-bio.ac.jp/domain/tutorial.php?lang=ja |
| データベースの連絡先: | https://harrier.nagahama-i-bio.ac.jp/domain/mail.php?lang=en |
| API / SPARQL endpoint: | ― |
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LSDBアーカイブへのリンク:
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MEDALSデータベース便覧へのリンク:
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統合TVへのリンク:
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FAIRsharingへのリンク:
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類似データベース:
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Structure, Interfaces and Alignments for Protein-Protein Interactions Database 3D interacting domains PiSITE WCPDB PASS2 PIR SuperFamily HotRegion EncoMPASS DOMMINO: A comprehensive database of macromolecular interactions Agile Protein Interactomes Dataserver |
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レコード管理者:
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Integbio Database Catalog |
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レコードの由来:
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レコード公開日:
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2024-03-22 |
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レコード最終更新日:
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2024-03-22 |
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本レコードの利用条件:
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Creative Commons CC0 license |