EncoMPASS: Encyclopedia of Membrane Proteins Analyzed by Structure and Symmetry
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| 運用機関名: | National Institute of Neurological Disorders & Stroke |
| 運用機関所在国・地域: | アメリカ合衆国 |
| 説明: | 既知の膜タンパク質を、配列、構造、四次構造および内部対称性の観点から関連付けるデータベースです。すべての膜貫通PDBエントリ、およびそこに含まれるすべての膜貫通チェーン個々に対して、構造と配列の両方の類似性による、内在性膜タンパク質間の関係分析と内在性膜タンパク質構造の対称性分析を行なっています。X線決勝構造解析の分解能3.5Å以下のデータのみを対象としています。各エントリには以下のようなデータが収録されています。 1）各膜タンパク質構造の生物学的ユニットに関する一般情報（チェーン数、アミノ酸数、解像度など） 2）生物学的ユニットに含まれるチェーンのリストと、データベース内の他の構造との関係（構成部位、種類、TMドメイン数など） 3）2つの対称性検出プログラム（CE-Symm、SymD）からの出力データ（順番、角度、RMSDなど） 4）SymDおよびCE-Symmをデフォルトやカスタマイズされたパラメーターで処理して得られたときの結果（チェーン順、角度、TMスコア、繰り返し数など） |
| 生物種: | |
| タグ （対象）: | タンパク質 |
| タグ (データの種類): | 配列, 3D構造, 相互作用/パスウェイ |
| 論文等 (PubMed ID/DOI): | PubMed ID: DOI: PubMed ID: DOI: |
| 言語: | 英語 |
| 稼動状況: | 稼動中 |
| 一括ダウンロードデータへのリンク: | https://encompass.ninds.nih.gov/downloads |
| 一括ダウンロードデータのデータ説明: | ― |
| データベースの利用許諾へのリンク: | ― |
| データベースの使い方 | ― |
| データベースの連絡先: | https://encompass.ninds.nih.gov |
| API / SPARQL endpoint: | ― |
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LSDBアーカイブへのリンク:
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MEDALSデータベース便覧へのリンク:
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統合TVへのリンク:
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FAIRsharingへのリンク:
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類似データベース:
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MIPModDB: A Central Resource for the Superfamily of Major Intrinsic Proteins 3D interacting domains PreDom Bactibase: database dedicated to bacteriocins RESID Database of Protein Modifications Structure, Interfaces and Alignments for Protein-Protein Interactions Database BISC M-CSA Protein Protein Interaction Inhibition Database WCPDB |
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レコード管理者:
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Integbio Database Catalog |
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レコードの由来:
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レコード公開日:
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2019-10-09 |
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レコード最終更新日:
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2019-10-09 |
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本レコードの利用条件:
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Creative Commons CC0 license |