RNAapt3D
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| 運用機関名: | 国立研究開発法人産業技術総合研究所 (J-Globalへのリンク) |
| 運用機関所在国・地域: | 日本 |
| 説明: | RNAapt3Dは、RNAアプタマーのデータベースであり、RNA配列や2次/3次構造情報、標的タンパク質、RNA-タンパク質の相互作用ネットワーク情報を含んでいる。RNAアプタマーの3次構造は、与えられたRNA配列情報からRASCLA(モデリングツール)と分子動力学シミュレーションにより多様な2次構造を考慮した上で予測している。このデータベースは、3次構造解析、塩基の反転位置によるモチーフ検索、RNA-タンパク質複合体分子シミュレーションの出発点として利用できる。また、標的分子に対するRNAアプタマー設計の研究を容易にし、候補選択の効率化や生産性の向上が期待される。 |
| 生物種: | |
| タグ （対象）: | RNA, タンパク質, 薬 |
| タグ (データの種類): | 配列, 3D構造, 相互作用/パスウェイ |
| 論文等 (PubMed ID/DOI): | PubMed ID: DOI: |
| 言語: | 英語 |
| 稼動状況: | 稼動中 |
| 一括ダウンロードデータへのリンク: | ― |
| 一括ダウンロードデータのデータ説明: | ― |
| データベースの利用許諾へのリンク: | ― |
| データベースの使い方 | https://rnaapt3d.medals.jp/static/guide/RNAapt3d_User_Guide_v1.2.pdf |
| データベースの連絡先: | ― |
| API / SPARQL endpoint: | ― |
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LSDBアーカイブへのリンク:
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MEDALSデータベース便覧へのリンク:
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統合TVへのリンク:
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FAIRsharingへのリンク:
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類似データベース:
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SRPDB RNAct RNAJunction: A Database of RNA Junction and Kissing loop Structure tmRDB BindingDB database of measured binding affinities Pocketome: an encyclopedia of small-molecule binding sites in 4D Noncoding RNA database LncACTdb 3.0 dbAMP RNA Characterization of Secondary Structure Motifs |
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レコード管理者:
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Integbio Database Catalog |
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レコードの由来:
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レコード公開日:
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2022-11-18 |
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レコード最終更新日:
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2023-09-28 |
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本レコードの利用条件:
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Creative Commons CC0 license |