NLDB: Natural Ligand DataBase
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| 運用機関名: | 東北大学 大学院情報科学研究科 (J-Globalへのリンク) |
| 運用機関所在国・地域: | 日本 |
| 説明: | タンパク質とリガンドの３次元相互作用データベースです。KEGG代謝パスウェイ上の酵素反応について、自動的に収集及び予測したタンパク質とリガンドの3D複合体構造が収録されています。以下の3つのカテゴリーから成っています。 - Natural Complex：実験的に検証されPDBに登録のある複合体 - Analog complex：標的リガンドに類似したリガンドとタンパク質の複合体、PDB構造から予測 - Ab initio Complex：ドッキング・シミュレーションから予測した構造データ 様々なキーワードによってデータを検索できる他、ヒトゲノムの多型のタンパク質構造へのマッピング、および、KEGGの化合物IDsを介したエンリッチメント解析の機能も備えています。 |
| 生物種: | ― |
| タグ （対象）: | タンパク質, 代謝物, 化学物質 |
| タグ (データの種類): | 3D構造, 相互作用/パスウェイ |
| 論文等 (PubMed ID/DOI): | PubMed ID: DOI: |
| 言語: | 英語 |
| 稼動状況: | 稼動中 |
| 一括ダウンロードデータへのリンク: | http://nldb.hgc.jp/nldb/download |
| 一括ダウンロードデータのデータ説明: | ― |
| データベースの利用許諾へのリンク: | ― |
| データベースの使い方 | http://nldb.hgc.jp/nldb/help |
| データベースの連絡先: | ― |
| API / SPARQL endpoint: | ― |
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LSDBアーカイブへのリンク:
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MEDALSデータベース便覧へのリンク:
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統合TVへのリンク:
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FAIRsharingへのリンク:
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類似データベース:
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iPfam Protein-Chemical Structural Interactions Protein-ligand affinity change upon mutation PSCDB FMODB STING 3DMET LigandBox Ligand Expo Protein Protein Interaction Inhibition Database |
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レコード管理者:
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Integbio Database Catalog |
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レコードの由来:
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レコード公開日:
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2019-07-02 |
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レコード最終更新日:
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2019-07-02 |
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本レコードの利用条件:
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Creative Commons CC0 license |