ALCOdb: Algae Gene Coexpression Database
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| 運用機関名: | 東北大学 大学院情報科学研究科 (J-Globalへのリンク) |
| 運用機関所在国・地域: | 日本 |
| 説明: | 微細藻類の遺伝子共発現データベースです。公共データベース (Sequence Read Archive: http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01098, Gene Expression Omnibus: http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00080) からデータを取得し、遺伝子発現マトリクスに変換して遺伝子共発現データを算出しています。遺伝子の基本情報、共発現ネットワーク、共発現する遺伝子の一覧が掲載されています。他の微細藻類やシロイヌナズナにおけるオルソログ情報からそれらの生物における共発現遺伝子を確認することもできます。遺伝子IDやキーワードによる検索や、遺伝子リストからのブラウズが可能です。また配列の相同性からの検索も可能です。 |
| 生物種: | , |
| タグ （対象）: | ゲノム/遺伝子 |
| タグ (データの種類): | 発現, 相互作用/パスウェイ |
| 論文等 (PubMed ID/DOI): | PubMed ID: DOI: |
| 言語: | 英語 |
| 稼動状況: | 稼動中 |
| 一括ダウンロードデータへのリンク: | http://alcodb.jp/coexpression/download |
| 一括ダウンロードデータのデータ説明: | http://alcodb.jp/coexpression/download |
| データベースの利用許諾へのリンク: | ― |
| データベースの使い方 | ― |
| データベースの連絡先: | ― |
| API / SPARQL endpoint: | ― |
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LSDBアーカイブへのリンク:
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MEDALSデータベース便覧へのリンク:
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統合TVへのリンク:
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FAIRsharingへのリンク:
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類似データベース:
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PODC MSigDB CREEDS Open Regulatory Annotation ATTED-II ED-Genes FlyMine GENIES Rubber Genome & Transcriptome Database Gemma |
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レコード管理者:
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Integbio Database Catalog |
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レコードの由来:
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レコード公開日:
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2018-12-18 |
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レコード最終更新日:
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2018-12-18 |
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本レコードの利用条件:
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Creative Commons CC0 license |