ATTED-II: Arabidopsis thaliana trans-factor and cis-element prediction database
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| 運用機関名: | 東北大学 (J-Globalへのリンク), 東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター (J-Globalへのリンク) |
| 運用機関所在国・地域: | 日本 |
| 説明: | ATTED-IIは、シロイヌナズナを中心とした植物の遺伝子共発現データを提供するデータベースです。AtGenExpress (TAIR)、ArrayExpressからのマイクロアレイデータと、DDBJからのRNAseqデータを利用して計算された共発現データは、ピアソンの積率相関係数をベースとしたオリジナルの指標 Mutual rank (MR)で表わされます。興味のある遺伝子を検索すると、共発現する遺伝子のリストとそのオルソログが表示されます。また、NetworkDrawerツールにより、複数の遺伝子をクエリとした共発現ネットワークを視覚的に表示できます。共発現データの一括ダウンロードも可能です。 |
| 生物種: | , , , , , , , , |
| タグ （対象）: | ゲノム/遺伝子, cDNA/EST |
| タグ (データの種類): | 発現, 相互作用/パスウェイ |
| 論文等 (PubMed ID/DOI): | PubMed ID: DOI: PubMed ID: DOI: PubMed ID: DOI: PubMed ID: DOI: PubMed ID: DOI: PubMed ID: DOI: |
| 言語: | 英語 |
| 稼動状況: | 稼動中 |
| 一括ダウンロードデータへのリンク: | http://atted.jp/top_download.shtml |
| 一括ダウンロードデータのデータ説明: | http://atted.jp/download.shtml |
| データベースの利用許諾へのリンク: | http://atted.jp/license.shtml |
| データベースの使い方 | ― |
| データベースの連絡先: | ― |
| API / SPARQL endpoint: | ― |
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LSDBアーカイブへのリンク:
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― |
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MEDALSデータベース便覧へのリンク:
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http://medals.jp/list/detail/126.html |
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統合TVへのリンク:
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https://togotv.dbcls.jp/result.html?type=manual&page=1&query=ATTED-II |
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FAIRsharingへのリンク:
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https://fairsharing.org/biodbcore-000211 |
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類似データベース:
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ALCOdb COXPRESdb Rubber Genome & Transcriptome Database PODC RefExA RIKEN Hub Database Project ARTADE CREATE portal （アーカイブ） HPV Sequence Database Cucurbit Genomics Database |
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レコード管理者:
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Integbio Database Catalog |
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レコードの由来:
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レコード公開日:
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2011-12-08 |
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レコード最終更新日:
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2022-01-24 |
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本レコードの利用条件:
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Creative Commons CC0 license |