Microbial Genome Annotation & Analysis Platform: MicroScope
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| 運用機関名: | Laboratoire d'Analyses Bioinformatiques pour la Genomique et le Metabolisme (LABGeM) |
| 運用機関所在国・地域: | フランス |
| 説明: | MicroScope は微生物の比較ゲノム解析と手動機能アノテーションのためのオンラインプラットフォームです。リレーショナルデータベーススキーマを用いて統語論的および機能的アノテーションパイプラインの事前計算結果、ならびに各ゲノムに固有のパスウェイツールおよび代謝解析を収録しています。 各ゲノム上の遺伝子について、類似配列、配列からの機能予測（InterProドメイン予測など）、代謝ネットワーク予測、実験からの機能予測など、遺伝子アノテーションを付与するための様々な情報を提供しています。ゲノムの解析とアノテーション、メタゲノム配列の解析とアノテーション、RNAseqデータのリファレンスゲノムへのマッピングと発現解析、異なる進化系統間のSNP/indelの抽出に利用できます。 |
| 生物種: | |
| タグ （対象）: | ゲノム/遺伝子 |
| タグ (データの種類): | 配列, 相互作用/パスウェイ, 分類, オントロジー/用語/命名法 |
| 論文等 (PubMed ID/DOI): | PubMed ID: DOI: |
| 言語: | 英語 |
| 稼動状況: | 稼動中 |
| 一括ダウンロードデータへのリンク: | ― |
| 一括ダウンロードデータのデータ説明: | ― |
| データベースの利用許諾へのリンク: | ― |
| データベースの使い方 | ― |
| データベースの連絡先: | ― |
| API / SPARQL endpoint: | ― |
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LSDBアーカイブへのリンク:
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MEDALSデータベース便覧へのリンク:
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統合TVへのリンク:
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FAIRsharingへのリンク:
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https://fairsharing.org/10.25504/FAIRsharing.3t5qc3 |
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類似データベース:
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Eukaryotic Linear Motifs cis-Regulatory Element Database PIR SuperFamily A Systematic Annotation Package KEGG ORTHOLOGY (KO) Database MarpolBase MBGD SPARQL Search GreenPhylDB: A phylogenomic database for plant comparative genomics PGF-DB KEGG BRITE |
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レコード管理者:
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See the corresponding part in the FAIRsharing record. |
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レコードの由来:
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 (2018-12-21)
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レコード公開日:
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2019-03-28 |
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レコード最終更新日:
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2020-07-09 |
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本レコードの利用条件:
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Creative Commons Attribution and Share-alike (CC-BY-SA) International 4.0 license |
