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PGF-DB: Plant Gene Family Database
国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構 (J-Globalへのリンク) | |
日本 | |
PGF-DBは、RAP-DB (Rice Annotation Project Database)とつないで、イネ、ソルガム (モロコシ) 、トウモロコシ、シロイヌナズナの遺伝子ファミリーを解析するためのデータベースです。各遺伝子ファミリーについて、ファミリーを構成する遺伝子のTranscript ID、機能アノテーション、生物種の情報が収録されています。解析にはマルコフクラスタリング (Markov CLustering; MCL) とBLASTPの完全一致クラスタリング手法が用いられています。遺伝子ファミリーの名前はInterProのドメインに基づいて割り当てられており、ファミリー名やキーワードから検索が可能です。 | |
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ゲノム/遺伝子 | |
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RARTF PROSITE GreenPhylDB: A phylogenomic database for plant comparative genomics PhylomeDB ASAP II ECRbase Genome Project of Symbiobacterium thermophilum Hoppsigen Evola SALAD Database |
Integbio Database Catalog | |
2014-11-18 | |
2017-08-06 | |
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