運用終了
PGF-DB: Plant Gene Family Database
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| 運用機関名: | 国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構 (J-Globalへのリンク) |
| 運用機関所在国・地域: | 日本 |
| 説明: | PGF-DBは、RAP-DB (Rice Annotation Project Database)とつないで、イネ、ソルガム (モロコシ) 、トウモロコシ、シロイヌナズナの遺伝子ファミリーを解析するためのデータベースです。各遺伝子ファミリーについて、ファミリーを構成する遺伝子のTranscript ID、機能アノテーション、生物種の情報が収録されています。解析にはマルコフクラスタリング (Markov CLustering; MCL) とBLASTPの完全一致クラスタリング手法が用いられています。遺伝子ファミリーの名前はInterProのドメインに基づいて割り当てられており、ファミリー名やキーワードから検索が可能です。 |
| 生物種: | , , , |
| タグ （対象）: | ゲノム/遺伝子 |
| タグ (データの種類): | 配列, 分類 |
| 論文等 (PubMed ID/DOI): | ― |
| 言語: | 英語 |
| 稼動状況: | 運用終了 |
| 一括ダウンロードデータへのリンク: | ― |
| 一括ダウンロードデータのデータ説明: | ― |
| データベースの利用許諾へのリンク: | ― |
| データベースの使い方 | ― |
| データベースの連絡先: | ― |
| API / SPARQL endpoint: | ― |
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LSDBアーカイブへのリンク:
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MEDALSデータベース便覧へのリンク:
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統合TVへのリンク:
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FAIRsharingへのリンク:
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類似データベース:
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RARTF PROSITE GreenPhylDB: A phylogenomic database for plant comparative genomics PhylomeDB ASAP II ECRbase Hoppsigen Evola Genome Project of Symbiobacterium thermophilum SALAD Database |
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レコード管理者:
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Integbio Database Catalog |
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レコードの由来:
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レコード公開日:
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2014-11-18 |
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レコード最終更新日:
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2017-08-06 |
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本レコードの利用条件:
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Creative Commons CC0 license |