SALAD Database: Surveyed conserved motif ALignment diagram and the Associating Dendrogram
国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構 (J-Globalへのリンク) | |
日本 | |
SALADデータベースでは、植物間のアミノ酸配列の類似性をもとにデンドログラムを作成し、機能的に似たタンパク質をクラスタリングすることができます。特徴として、保存領域(モチーフ)の有無がグラフィカルに表示されること、植物種間でのアノテーション比較が容易であること、アノテーションの類似性を指標にクラスタリングできること、保存モチーフごとに簡単に分子進化系統樹を作成できること、冗長性のない全ゲノム情報を解析していること、クラスタリングにアミノ酸置換マトリックスを用いていることなどが挙げられます。最新版では、生物種10種間で比較ができます。 | |
タンパク質 | |
配列, 分類 | |
PubMed ID: DOI: | |
日本語, 英語 | |
稼動中 | |
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PlantsT KEGG SSDB Database Blocks CyanoClust database HAMAP database of microbial protein families PANDIT MnM COGs Pfam InterPro |
Integbio Database Catalog | |
2011-12-08 | |
2015-04-02 | |
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