運用終了
Pfam
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| 名称: | |
| 別称: | ― |
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| 運用機関名: | EMBL-EBI |
| 運用機関所在国・地域: | ドイツ |
| 説明: | 現在最もよく整備されたタンパク質ドメインデータベースの一つで、膨大な数のタンパク質ファミリーのコレクションを保持しています。手作業で分類を行った高品質のPfam-Aと、機械的に分類を行ったPfam-Bから構成されています。最大の特徴は、検索システムとしてHMMERというプログラムを使用している点であり、これにより高速で精度の高いモチーフの検索を可能にしています。 |
| 生物種: | ― |
| タグ （対象）: | タンパク質 |
| タグ (データの種類): | 配列, 分類 |
| 論文等 (PubMed ID/DOI): | PubMed ID: DOI: PubMed ID: DOI: PubMed ID: DOI: |
| 言語: | 英語 |
| 稼動状況: | 運用終了 |
| 一括ダウンロードデータへのリンク: | ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam |
| 一括ダウンロードデータのデータ説明: | ― |
| データベースの利用許諾へのリンク: | http://pfam.xfam.org/about |
| データベースの使い方 | ― |
| データベースの連絡先: | ― |
| API / SPARQL endpoint: | ― |
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LSDBアーカイブへのリンク:
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MEDALSデータベース便覧へのリンク:
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― |
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統合TVへのリンク:
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https://togotv.dbcls.jp/result.html?type=manual&page=1&query=Pfam |
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FAIRsharingへのリンク:
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https://fairsharing.org/biodbcore-000081 |
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類似データベース:
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HAMAP database of microbial protein families PANDIT CluSTr Blocks InterPro TIGRFAMs PlantsT PeroxiBase PROSITE MnM |
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レコード管理者:
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Integbio Database Catalog |
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レコードの由来:
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レコード公開日:
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2011-12-08 |
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レコード最終更新日:
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2022-11-14 |
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本レコードの利用条件:
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Creative Commons CC0 license |