Nucleic Acid Phylogenetic Profile: NAPP
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| 運用機関名: | Gautheret Lab, Institute for Integrative Biology of the Cell |
| 運用機関所在国・地域: | フランス |
| 説明: | 配列決定された1000 以上の細菌ゲノムのリストに含まれる任意のゲノムから、RNAリッチのクラスターを検索することができるデータベースです。参照ゲノムの遺伝子間領域を、重なり合う50塩基毎のセグメントにタイル化し、全てのタイルとタンパク質コード配列を出現プロファイルに基づいて分類しています。RNA リッチのクラスターは個別に見ることができる他、RNA リッチクラスターの全てのタイルを大きな要素へと連結し、ゲノムブラウザ、または他の予測/RNA配列実験との比較に使用するための CSV または GFF ファイルとして抽出することができます。 |
| 生物種: | , |
| タグ （対象）: | RNA |
| タグ (データの種類): | 分類, 配列 |
| 論文等 (PubMed ID/DOI): | PubMed ID: DOI: PubMed ID: DOI: |
| 言語: | 英語 |
| 稼動状況: | 稼動中 |
| 一括ダウンロードデータへのリンク: | ― |
| 一括ダウンロードデータのデータ説明: | ― |
| データベースの利用許諾へのリンク: | ― |
| データベースの使い方 | ― |
| データベースの連絡先: | ― |
| API / SPARQL endpoint: | ― |
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LSDBアーカイブへのリンク:
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MEDALSデータベース便覧へのリンク:
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統合TVへのリンク:
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FAIRsharingへのリンク:
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https://fairsharing.org/10.25504/FAIRsharing.vr52p3 |
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類似データベース:
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AREsite Rfam snOPY UMASS Amherst Yeast snoRNA Database Noncoding RNA database Gclust Server COGs RBPDB 機能性RNAゲノムブラウザー worm UTRome |
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レコード管理者:
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See the corresponding part in the FAIRsharing record. |
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レコードの由来:
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 (2018-12-21)
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レコード公開日:
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2019-03-28 |
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レコード最終更新日:
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2020-07-09 |
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本レコードの利用条件:
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Creative Commons Attribution and Share-alike (CC-BY-SA) International 4.0 license |