データベースのレコード一覧  (件数: )

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運用機関: Lawrence Berkeley National Laboratory
生物種: Bacteria | Archaea
説明: 原核生物の転写制御について、文献情報を基に手作業でキュレートした転写制御相互作用情報と転写因子結合サイト情報、検証に用いた実験情報を提供しています。遺伝子名や制御因子名、エフェ... 詳細へ
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運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種: Mus musculus | Homo sapiens
説明: 代表的な免疫関連細胞の標準的な状態(無刺激、もしくはごく一般的な刺激後)のmRNAプロファイル、タンパク質定量プロファイルデータを閲覧、ダウンロード、解析できるデータベースです。測... 詳細へ
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運用終了
RED II:  Rice Expression Database II
運用機関: 国立研究開発法人農業生物資源研究所
生物種: Oryza sativa
説明: イネウィルストランスクリプトームプロジェクト(2007年~)において得られた、9種類のイネウイルスに感染させたイネの遺伝子発現データを収録したデータベースです。マイクロアレイは、Agil... 詳細へ
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運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所 筑波研究所
生物種: Viruses
説明: 理研バイオリソースセンター遺伝子材料開発室で収集している組換えレトロウイルス、組換えアデノウイルス、DNAクローンのデータベースです。組換えアデノウイルスは、研究で実際に使用された... 詳細へ
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運用機関: University College Cork
生物種:
説明: Recodingとは、塩基配列を通常の規則に沿わないで読み取ることを指します。Recodingが起こることにより、セレノシステインが挿入されたり、停止コドンが無視されたりなどの現象が起こります... 詳細へ
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運用機関: New England Biolabs Inc.
生物種: Eukaryota | Bacteria | Archaea | Viruses
説明: 制限酵素と関連するタンパク質に関する情報を収集したデータベースです。制限酵素の認識サイトや切断サイト、同一の塩基配列を認識するイソ制限酵素、入手先、メチル化感受性、文献情報など... 詳細へ
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運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種: Arabidopsis thaliana
説明: PSI-BLAST検索により検出されたシロイヌナズナの全転写因子1,978件と転写因子ファミリーの情報を扱うデータベースです。完全長cDNA配列、Ds-tagged 変異体、ファミリー間のマルチプルシーク... 詳細へ
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運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種: Homo sapiens
説明: アジアの原発性免疫不全症の問題の解決を目指した情報基盤リソースです。アジアでの研究者、臨床家と連携し、情報や技術を共有し、より有効な診断治療の確立を目指しています。インドのバイ... 詳細へ
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運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種: Arabidopsis thaliana
説明: 理研植物科学研究センターで作製したシロイヌナズナトランスポゾンタグラインのデータベースです。Line Codeをキーにした検索と、表現型を選択することによる検索が可能です。Line Codeの一... 詳細へ
運用機関: Consorzio interuniversitario per le Applicazioni di Supercalcolo Per Universita e Ricerca / CASPUR
生物種: Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus
説明: 哺乳類の細胞を用いて電離放射線による転写の影響を測定したマイクロアレイデータを公共リポジトリや文献から収集し、データベース化しています。遺伝子名や放射線の種類、時間や量、生物種... 詳細へ
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運用機関: National Center for Biotechnology Information
生物種:
説明: 薬物名や分子量、SubstanceIDやCompoundIDなどで薬物の情報を検索することができるサイトです。医薬品名やその効能、LogP値などの物性値も掲載されています。また、類似構造を持つ別の化合物... 詳細へ
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運用機関: National Center for Biotechnology Information
生物種:
説明: 化合物名や分子量、CompoundIDなどで化合物の情報を検索することができるサイトです。医薬品名やその効能、LogP値などの物性値も掲載されています。また、類似構造を持つ別の化合物の検索も... 詳細へ
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運用機関: National Center for Biotechnology Information
生物種:
説明: 化合物を用いた実験結果を参照できるサービスです。どの様な目的で行った実験か、どの様なデータを取得したか、用いた複数の化合物データがPubChemIDと結びついて閲覧することができます。使... 詳細へ
運用機関: University of Pennsylvania
生物種: Saccharomyces cerevisiae
説明: 通常のパスウェイデータベースと異なり、出芽酵母の3つの遺伝子の情報を1つのかたまり(MFG triplet)としてみなして文献から情報を収集してデータベースを構築しています。文献からの情報は... 詳細へ
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運用機関: Simon Fraser University
生物種: Pseudomonas
説明: シュードモナスゲノムに関するデータを集めているデータベースで、緑膿菌の一種、PAO1株のゲノムに対するアノテーションが付与されています。それ以外にもシュードモナス属の各種株の情報を... 詳細へ
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運用機関: National Center for Biotechnology Information
生物種:
説明: アミノ酸配列の類似度やタンパク質の機能でグルーピングされたRefSeqタンパク(Cluster)を検索するサイトです。BLASTで得られたScoreを基に自動的にグルーピングされ、後に機能詳細などの情報... 詳細へ
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運用機関: National Center for Biotechnology Information
生物種:
説明: GenBank、EMBL、DDBJの核酸配列から翻訳したコード領域のアミノ酸配列と、PIR(Protein Information Resource)、SWISS-PROT、PRF (Protein Research Foundation)、PDB (Protein Data Bank) ... 詳細へ
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運用機関: Goteborgs universitet
生物種: Saccharomyces cerevisiae
説明: 遺伝子欠損出芽酵母のコレクションの表現系について定量的な情報を提供しているサイトです。成長速度、成長効率、適応時間(成長を始めるまでの時間)を用いて表現系を定量化しています。 詳細へ
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運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種:
説明: PRIMeプロジェクトで分析された標準化合物を検索するウェブアプリケーションです。Standard Spectrum Searchでは、PRIMeプロジェクトで測定されている標準化合物を化合物名またはPubChem Com... 詳細へ
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運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種:
説明: メタボロミクスにおいて2次元NMRは新しいアプローチです。そのため、スペクトルの測定から物質を帰属する流れは確立されていません。SpinAssignでは、標準化合物の2次元NMRスペクトルデータ... 詳細へ
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運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種:
説明: メタボロームやトランスクリプトームを研究するためのプラットフォームを提供するポータルサイトです。クロマトグラフィー/マススペクトロメトリーの様々なタイプに対応するツール、マスス... 詳細へ
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運用機関: 国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所
生物種: Pan troglodytes
説明: チンパンジーの脳や皮膚、上皮組織を材料に作成した全長cDNAライブラリーについて5' ESTを決定、その一部の全長配列を解読しデータベース化しています。現在、14,004の5'EST配列を格納してい... 詳細へ
運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種: Zinnia violacea
説明: ヒャクニチソウ(Zinnia elegans)の遺伝子発現をESTおよびマイクロアレイで解析した結果が掲載されています。ESTは各配列によるBLASTX検索結果が併記されています。また、マイクロアレイ解析... 詳細へ
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運用機関: 国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種: Homo sapiens
説明: PPI viewは、ヒトのタンパク質間相互作用情報の表示を行います。H-Invitationalプロジェクトで構築されたヒトの転写物データから予測されるタンパク質について、タンパク質間相互作用情報の... 詳細へ
運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種:
説明: 任意のキーワードから、対応する遺伝子、染色体領域、生体内相互作用を検索・推論し、そのオリジナル論文とともに出力します。まず、最初に指定キーワードをMEDLINEなどの文献データベースか... 詳細へ
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運用機関: 公益財団法人 かずさDNA研究所
生物種: Porphyra yezoensis
説明: かずさDNA研究所で決定したスサビノリのEST配列と、非冗長タンパク配列データベースとの間で行ったblastx検索の結果が収録されています。 詳細へ
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運用機関: National Center for Biotechnology Information
生物種:
説明: ある集団の進化的関係を解析するために集められたDNA配列のセットを収録しています。集団は同一生物種の個体で構成されている場合と、異なる種の個体で構成されている場合があります。各エン... 詳細へ
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運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所 筑波研究所
生物種: Populus
説明: 森林総合研究所から寄託を受けたポプラ完全長cDNAクローンのキーワード検索が可能です。キーワードには、リソース番号、NCBI Accession Number、clone nameを指定することが可能です。 詳細へ
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運用機関: The University of Tennessee Health Science Center
生物種: Homo sapiens | Mus musculus | Mus musculus
説明: microRNA(miRNA)のTargetSiteのDNA自然変異に関する情報を集めているデータベースです。miRNA Target siteの変異により、遺伝子発現に影響を及ぼすことがあります。SNPID,miRID,GeneID,GeneS... 詳細へ
運用機関: Michigan State University
生物種: Embryophyta
説明: 12種類の植物の反復配列データベースを提供しているサイトです。各配列に含まれている反復配列は配列や構造の類似性を基にsuper-class, class, subclassに分類されています。主に塩基配列をB... 詳細へ
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運用機関: 東京大学 医科学研究所
生物種:
説明: タンパク質立体構造データベースPDBを利用して、タンパク質複合体の相互作用部位を網羅的に集めたデータベースです。相互作用部位を集める際に、異なる複数のタンパク質と相互作用出来るタン... 詳細へ
運用機関: Beijing Genomics Institute
生物種: Sus scrofa
説明: 配列の判明している領域における豚の遺伝子アノテーションを正確に提供しているサイトです。Sino-Danish Pig Genome Projectで得られたWGSデータ、ESTデータGenbankのデータを統合しています... 詳細へ
運用機関: 大学病院医療情報ネットワーク
生物種: Homo sapiens
説明: ヒトの非同義置換(アミノ酸置換をともなう)SNP (Non-synonymous SNP; nsSNP)を収集したデータベースです。nsSNPは遺伝子の機能に従って分類し、タンパク質機能の階層分類リストガイダンス... 詳細へ
運用機関: 帝京大学 医真菌研究センター
生物種: Fungi
説明: 病原真菌データベース(PFDB)は、病原真菌の研究と教育のために利用できる画像とデータを公開しています。データベースの内容は、起因菌別あるいは疾患別に整理した病原真菌、および病理、臨... 詳細へ
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運用機関: 山口大学 理学部
生物種:
説明: ビジュアルな例を通して、ペトリネットによる生命パスウェイの構築方法を理解することができます。現在はシグナル伝達経路だけですが、代謝経路、遺伝子ネットワークなど追加される予定です。 詳細へ
運用機関: National Institutes of Health
生物種:
説明: タンデム型質量分析器測定で得られたペプチドやタンパク質同定データを蓄積している公共データベースです。イオン化方法や同定エンジン、修飾情報等、同定時のパラメータや生データを取得す... 詳細へ
運用機関: Fred Hutchinson Cancer Research Center
生物種: Homo sapiens | Mus musculus
説明: 前立腺での遺伝子発現に関するデータを集めたデータベースです。EST配列、cDNAライブラリに関する情報、マイクロアレイデータ等を提供しています。 詳細へ
運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所 神戸研究所
生物種: Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus
説明: 保存されているnon-coding領域転写開始領域、転写因子結合領域の情報を統合した、哺乳類のプロモーター/エンハンサーデータベースを提供しているサイトです。Gene SymbolやRefSeqID、Functio... 詳細へ
運用機関: Institute for Systems Biology, University of Cambridge
生物種:
説明: プリオン病研究に特化したデータを扱っているデータベースです。このサイトではプリオン病研究を行っている研究者に、解析、データの投稿、共有を他の研究者と行うことができるようにするこ... 詳細へ
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運用機関: European Bioinformatics Institute
生物種:
説明: 欧州蛋白質構造データバンク(PDBe: Protein Data Bank Europe)は、米国の構造バイオインフォマティクス研究共同体(RCSB)、生物学的磁気共鳴データバンク(BMRB)、および日本蛋白質構造データ... 詳細へ
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運用終了
PDB-REPRDB:  代表タンパク質チェイン決定システム
運用機関: 国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
説明: PDB(Protein Data Bank)により提供されるタンパク質チェインを分類して代表タンパク質チェインを決定し、「代表チェインのリスト」と「代表チェインに従属するチェイングループのリスト」を... 詳細へ
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運用終了
PAZAR:  A Public Database of Transcription Factor and Regulatory Sequence Annotation
運用機関: Centre for Molecular Medicine and Therapeutic
生物種:
説明: 転写因子と転写制御配列のデータベースです。キーワード検索が可能です。またプロジェクトで生産されたデータの投稿が可能です。 詳細へ
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運用機関: 社団法人日本病理学会
生物種: Homo sapiens
説明: 主に医学部学生の自主学習や教員の方の講義の教材として活用してもらうことを目的にしたヒトの病理画像データベースです。日本病理学会教育委員会が中心となって作成されました。24の臓器... 詳細へ
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運用機関: Memorial Sloan-Kettering Cancer Center, the University of Toronto
生物種: Eukaryota | Bacteria | Viruses
説明: 約325件の生体パスウエイ関連データベース、分子相互作用関連データベースのリンクURL、詳細情報、利用方法を整理し、提供しています。各データベースはサブカテゴリー(タンパク質-タンパク... 詳細へ
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運用機関: The European Bioinformatics Institute
生物種:
説明: Pfam databaseを基にしたアミノ酸配列、塩基配列のアラインメント情報をまとめたもの、多くのタンパクで共通しているドメインの進化系統樹情報を提供しているサイトです。 2005年9月以降デー... 詳細へ
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運用終了
OriDB:  DNA Replication Origin Database
運用機関: University of Aberdeen Foresterhill
生物種: Saccharomyces cerevisiae
説明: 出芽酵母の複製起点(ori)に関する提供者の情報をまとめて公開しているサイトです。各複製起点の情報確度、染色体上の位置が示されており、キーワード検索も可能です。 現在は運用を終了して... 詳細へ
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運用終了
OmicScan (Integrating MEDLINE and Omics Database)
運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種: Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus | Caenorhabditis elegans | Arabidopsis thaliana
説明: MEDLINE、OMIM、PPI等の文献情報とオントロジーを関連付けたデータベースです。ヒト、マウス、ラット、線虫、シロイヌナズナの生物種のデータがあります。文献、遺伝子、疾患名、代謝名、変... 詳細へ
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運用終了
OmicBrowse
運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種: Homo sapiens | Rattus norvegicus | Mus musculus | Caenorhabditis elegans | Arabidopsis thaliana | ...
説明: ゲノム上に存在する遺伝子などのさまざまなアノテーション情報に関する多数のデータベース群を同時に検索して、その結果を可視化する機能を持ちます。データサーバーとビューアーから構成さ... 詳細へ
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運用機関: 創価大学
生物種:
説明: 生体高分子のオリゴマー構造をインタラクティブな分子ビューアと簡便な式の形で見ることができます。Protein Data Bank (PDB)中の全ての立体構造について4次構造のキュレーションを行ってお... 詳細へ
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運用機関: Center for Biological Sequence Analysis
生物種:
説明: O-linked glycosylationサイトを少なくともひとつ持つことが実験的に確認されている糖タンパク質を公開データベースおよび文献から収集し整理したデータベースです。各エントリには配列の他... 詳細へ