ChIP-Atlas
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| 運用機関名: | 九州大学 大学院医学研究院 (J-Globalへのリンク), 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター (J-Globalへのリンク) |
| 運用機関所在国・地域: | 日本 |
| 説明: | 論文などで報告された ChIP-seq データの可視化と解析を行うサイトです。公開 NGS データレポジトリ (NCBI, EMBL-EBI, DDBJ) に登録されたほぼ全ての ChIP-seq データをデータソースとしています。 ChIP-Atlasは以下の4つのサービスで構成されています。 1) Peak Browser ChIP-seq データをゲノムブラウザー上に表示し、何がどこに結合しているかを一目で分かるようにしています。 2) Target Genes 転写因子からターゲット遺伝子を予測します。 3) Colocalization 転写因子から共局在する相手のタンパク質を予測します。 4) Enrichment Analysis 既存データを使ってユーザデータの解析を行います。似たようなChIP-seq データの探索、指定したモチーフに結合するタンパク質の探索、指定した遺伝子に結合するタンパク質の探索などができます。 |
| 生物種: | , , , , |
| タグ （対象）: | ゲノム/遺伝子, タンパク質 |
| タグ (データの種類): | 相互作用/パスウェイ |
| 論文等 (PubMed ID/DOI): | PubMed ID: DOI: |
| 言語: | 英語 |
| 稼動状況: | 稼動中 |
| 一括ダウンロードデータへのリンク: | http://chip-atlas.org/peak_browser, http://chip-atlas.org/target_genes, http://chip-atlas.org/colo |
| 一括ダウンロードデータのデータ説明: | https://github.com/inutano/chip-atlas/wiki |
| データベースの利用許諾へのリンク: | ― |
| データベースの使い方 | ― |
| データベースの連絡先: | ― |
| API / SPARQL endpoint: | ― |
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LSDBアーカイブへのリンク:
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https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/chip-atlas/desc.html |
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MEDALSデータベース便覧へのリンク:
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統合TVへのリンク:
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https://togotv.dbcls.jp/result.html?type=manual&page=1&query=ChIP-Atlas |
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FAIRsharingへのリンク:
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類似データベース:
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HOmo sapiens transcription factor COmprehensive MOdel COllection PINT ReMap CistromeDB MAPPER-2 Interologous Interaction Database Factorbook PTM-Switchboard GeneProf Molecular INTeraction Database |
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レコード管理者:
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Integbio Database Catalog |
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レコードの由来:
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レコード公開日:
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2016-01-19 |
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レコード最終更新日:
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2024-05-16 |
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本レコードの利用条件:
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Creative Commons CC0 license |