休止
(14日以上)
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MAPPER-2: mapperdb
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| 運用機関名: | University of Florida |
| 運用機関所在国・地域: | アメリカ合衆国 |
| 説明: | 3つのゲノムにおける遺伝子の上流ノンコーディング配列データ情報を掲載し、転写因子結合部位（TFBS）に関する知見を提供するデータベースです。各転写について、スキャンされた領域は転写が開始される上流 10,000bp から配列コーディングが開始される下流 50bp にわたります。したがって、データベースには、遺伝子プロモーターにおける、および初期のイントロンおよびノンコーディングエクソンにおける推定結合部位が含まれます。各推定結合部位について提示される情報には、転写因子名、その位置（染色体上の絶対的位置または遺伝子の相対的位置）、予測スコア、および部位が属する遺伝子の領域などがあります。選択された遺伝子が他の2種類の生物において相同体を有する場合、このプログラムはオプションでその総胴体における推定 TFBS を表示することができます。 |
| 生物種: | , , |
| タグ （対象）: | ゲノム/遺伝子, タンパク質 |
| タグ (データの種類): | 相互作用/パスウェイ |
| 論文等 (PubMed ID/DOI): | PubMed ID: DOI: PubMed ID: DOI: |
| 言語: | 英語 |
| 稼動状況: | 休止 |
| 一括ダウンロードデータへのリンク: | ― |
| 一括ダウンロードデータのデータ説明: | ― |
| データベースの利用許諾へのリンク: | ― |
| データベースの使い方 | ― |
| データベースの連絡先: | ― |
| API / SPARQL endpoint: | ― |
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LSDBアーカイブへのリンク:
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MEDALSデータベース便覧へのリンク:
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統合TVへのリンク:
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FAIRsharingへのリンク:
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https://fairsharing.org/10.25504/FAIRsharing.1ex4pm |
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類似データベース:
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PINT HOmo sapiens transcription factor COmprehensive MOdel COllection PTM-Switchboard YPA ChIP-Atlas GENIES Annotated regulatory Binding Sites from Orthologous Promoters CollecTF GenomeTraFaC PRofils pour l'Identification Automatique du Metabolisme |
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レコード管理者:
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See the corresponding part in the FAIRsharing record. |
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レコードの由来:
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 (2018-12-21)
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レコード公開日:
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2019-03-28 |
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レコード最終更新日:
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2019-03-28 |
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本レコードの利用条件:
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Creative Commons Attribution and Share-alike (CC-BY-SA) International 4.0 license |