HOmo sapiens transcription factor COmprehensive MOdel COllection: HOCOMOCO
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| 運用機関名: | Institute of Systems Biology Ltd, King Abdullah University of Science and Technology (KAUST), Vavilov Institute of General Genetics, Russian Academy of Sciences |
| 運用機関所在国・地域: | ロシア連邦, サウジアラビア |
| 説明: | ヒト転写因子（TF）およびマウス TF に対する TF 結合モデルを提供するデータベースです。基本的なモノヌクレオチド位置特異的マトリックス（PWM）の他、ChIP-Seqデータに基づいてジヌクレオチドPWM一式を提供しています。 全てのモデルは、ChIPMunk モチーフ探索ツールによって生成されたものです。モチーフ探索のための ChIP-Seq データは、BioUML プラットフォームの GTRD データベースから抽出されます。また、HOCOMOCO モデルによるモチーフ探索（配列スキャニング）インターフェースも提供します。TF と結合する DNA 領域の他の配列は、既存のデータベースおよび他の公的データから収集したものです。各 TF に対し適切な TFBS モデルを選択した上で、関連する TF には類似するモデルを選択しています。 モチーフ探索に使用された全ての TFBS モデルおよび初期結合セグメントのデータは、UniPROT ID にマッピングされています。TF コード遺伝子は、GeneCards エントリーにリンクされています。DNA 結合ドメインは TF クラスデータベースにリンクされています。 |
| 生物種: | , |
| タグ （対象）: | タンパク質, ゲノム/遺伝子 |
| タグ (データの種類): | 相互作用/パスウェイ |
| 論文等 (PubMed ID/DOI): | PubMed ID: DOI: PubMed ID: DOI: PubMed ID: DOI: PubMed ID: DOI: PubMed ID: DOI: |
| 言語: | 英語 |
| 稼動状況: | 稼動中 |
| 一括ダウンロードデータへのリンク: | ― |
| 一括ダウンロードデータのデータ説明: | ― |
| データベースの利用許諾へのリンク: | ― |
| データベースの使い方 | ― |
| データベースの連絡先: | ― |
| API / SPARQL endpoint: | ― |
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LSDBアーカイブへのリンク:
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MEDALSデータベース便覧へのリンク:
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統合TVへのリンク:
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FAIRsharingへのリンク:
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https://fairsharing.org/10.25504/FAIRsharing.c1bjep |
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類似データベース:
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ChIP-Atlas PINT MAPPER-2 Plant Transcription Factor Database PTM-Switchboard ReMap SPAD LinkProt: A database of proteins with topological links Interologous Interaction Database PRofils pour l'Identification Automatique du Metabolisme |
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レコード管理者:
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See the corresponding part in the FAIRsharing record. |
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レコードの由来:
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 (2018-12-21)
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レコード公開日:
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2019-03-28 |
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レコード最終更新日:
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2020-07-09 |
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本レコードの利用条件:
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Creative Commons Attribution and Share-alike (CC-BY-SA) International 4.0 license |