本カタログについて

 

Integbioデータベースカタログとは

Integbioデータベースカタログでは文部科学省、厚生労働省、農林水産省、経済産業省の4省による、生命科学系データベースの統合の一環として国内外の生命科学系データベースの所在情報と、データベースについての説明や生物種などのさまざまな属性情報 (メタデータ)をまとめたリストを提供しています。生命科学系データベース統合の取り組みの詳細についてはintegbio.jpをご覧ください。


カタログ収録の範囲

本カタログでは以下の既存のデータベースリストのエントリーを照合し、記載内容の統合を行ったものをレコードとして収録しています。さらに継続的に各省が収集した情報をこのカタログに集約することで、省や専門領域の枠を越えた国内の生命科学系データベース情報の網羅を目指しています。また海外で運用されているデータベースについては学術雑誌に論文が掲載されているデータベースを積極的にとりあげます。

 

<本カタログに収録されている既存のデータベースリスト>

  • 生命科学系データベースカタログ (NBDCーバイオサイエンスデータベースセンター)

    ※文部科学省委託研究開発事業「統合データベースプロジェクト」の一環として、ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)で開発されたものを平成23年(2011)4月1日より、バイオサイエンスデータベースセンターから提供しています。

    ※データの一部は(総合科学技術会議) 「科学技術連携施策群 生命科学の基礎・基盤 補完的課題 生命科学データベース統合」に関する調査研究によるものです。

  • WINGpro (NBDCーバイオサイエンスデータベースセンター)
  • MEDALSデータベース便覧 (MEDALS―経済産業省ライフサイエンス統合データベースポータルサイト)
  • AgrIDのデータベース便覧 (AgrID―農畜産物ゲノム情報データベース)
  • 医薬基盤研究所データベースリスト (独立行政法人医薬基盤研究所)

レコードの作成

本カタログのレコードは本事業の関係者が公開されている情報などをもとに作成しています。

<レコードの記述項目> (記載例: KNApSAck Family)

記述項目記述内容備考
基本情報
名称 データベースの名称
別称 データベースの別称
URL データベースをWebで公開している場合、そのURL
運用機関名 現在データベースを運用している機関名
運用機関所在国•地域 運用機関が所在する国及び地域名 コンソーシアムで運用しており運用機関の所在国を定めるのが難しい場合は"Global"としています。
説明 データベースの説明
生物種 データベースが扱う生物種のTaxonomy NameとNCBI TaxnomyのID
カテゴリ (対象) データベースに収録された主要データの対象を示すカテゴリ 下記のカテゴリ一覧を参照のこと
カテゴリ (データの種類) データベースに収録された主要データの種類を示すカテゴリ 下記のカテゴリ一覧を参照のこと
論文等 (PubMed ID) データベースに関連した論文のPubMed ID データベースの作成事実や内容を発表した論文を中心に調査していますが、他の観点からの論文も含まれる場合があることをご了承ください。
言語 データベースの内容の記載に使用されている言語
稼動状況 データベースの稼動状況 以下の3つのステータスに分類されます。
1.【稼動中】データベースサイトにアクセス可能な場合 2.【休止】データベースサイトにアクセスできない場合 3.【運用終了】データベースサイトの運用が終了された場合
 【稼動中】と【休止】については毎日自動更新されます。
拡張情報
LSDBアーカイブへのリンク 「LSDBアーカイブ」へのリンク LSDBアーカイブでは当該データベースのデータセットを一括ダウンロードできます
MEDALSデータベース便覧へのリンク 経済産業省のライフサイエンス統合データベースポータルサイトの「MEDALSデータベース便覧」へのリンク
統合TVへのリンク ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) の「統合TV」へのリンク リンク先では統合TV上でDBの名称(または略称)を用いて絞り込んだ番組リストが表示されます。統合TVでは当該データベースに関連する動画(使い方等)が閲覧できます。
一括ダウンロードデータへのリンク 当該データベースにおけるダウンロードサイト (またはそのリンクがあるページ) へのリンク データベースオリジナルサイトからのデータダウンロードです。
一括ダウンロードデータのデータ説明 当該データベースにおけるダウンロードデータの説明ページへのリンク
一括ダウンロードデータの利用条件 当該データベースにおけるダウンロードデータの利用条件ページへのリンク
このレコードの管理情報
レコード公開日 レコードの公開日
レコード最終更新日 レコードの最終更新日

<カテゴリ一覧>

  • 本カタログではNBDCの担当者が各データベースに対して適切と思われるカテゴリを以下の表から選択しレコードに記載しています (複数選択可)。
  • データベースが休止や運用終了のために閲覧できない場合は、レコードの記載などをもとにカテゴリを付与する場合があります。
  • カテゴリ一覧の作成にあってはBioMed Central Databasesをはじめとする海外の既存のカタログサイトのカテゴリやキーワードのリストを参考にしました。
  • 随時カテゴリの追加や変更がありますことをご了承ください。
カテゴリ説明
対象
ゲノム ゲノムの全配列や構造を対象としたデータベース
遺伝子 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象としたデータベース
cDNA cDNA配列/ライブラリーを対象としたデータベース
タグ配列 (核酸) EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象としたデータベース
多型 SNPなどの多型を対象としたデータベース
その他のDNA 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象としたデータベース
RNA RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象としたデータベース
蛋白質 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象としたデータベース
酵素 RNA、蛋白質のうち触媒活性をもつ分子を対象としたデータベース
その他の生体分子 DNA、RNA、蛋白質、酵素を除く生体分子の属性及び機能を対象としたデータベース (二次代謝物、糖、脂質など)
薬剤/化学物質 薬剤や低分子化合物などの化学物質を対象としたデータベース
細胞 細胞の構造、属性、及び機能を対象としたデータベース
個体/種 個体/生物種の特徴や属性を対象としたデータベース
健康/疾患
  • ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見を対象としたデータベース
  • ヒト疾患モデル動物の情報を対象としたデータベース
  • 健康科学や栄養学に関する知見を対象としたデータベース
その他 いずれのカテゴリも該当しないデータベース
調査中 サイトが休止や運用を終了しているなどの理由からカテゴリの選択が難しいデータベース
データの種類
配列 核酸配列及びアミノ酸配列のデータベース
構造 生体分子/生理活性物質の化学構造及び3次元構造のデータベース
遺伝子発現 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベルに関するデータベース
相互作用/パスウェイ
  • 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用のデータベース
  • 細胞内における一連の化学反応に関するデータベース
系統発生/分類 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類のデータベース
画像/動画 研究や教育のための画像/動画を扱うデータベース
オントロジー/用語/学名/命名法
  • 統制語彙及びオントロジーの開発や維持に関するデータベース
  • 分子や生物種の命名法及び目録のデータベース
論文/その他報告書/書誌
  • 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコルのデータベース
  • 書誌情報のデータベース
バイオリソース DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関に関するデータベース
その他 いずれのカテゴリも該当しないデータベース
調査中 サイトが休止や運用を終了しているなどの理由からカテゴリの選択が難しいデータベース

検索機能

本カタログでは目的のデータベースのレコードを一覧から効率よく探せるように以下の検索機能を提供しています。


<一覧内を検索する>

収録レコードの記述内容をキーワードにより検索できます。

<一覧を絞りこむ>

収録レコードの記述項目にもとづいた以下の条件により一覧上のレコードを絞り込むことができます。複数の条件を組み合わせることが可能です。本カタログの記述項目についてはレコードの作成をご参照ください。

  • 生物種

    「生物種」項目に記載されているNCBI Taxonomyのエントリー情報にもとづいて一覧を絞り込むことができます。

  • カテゴリ

    「カテゴリ(対象)」及び「カテゴリ(データの種類)」項目に記載されているカテゴリ名で一覧を絞り込むことができます。複数のカテゴリを選択すると、選択したすべてのカテゴリを記載しているレコードに絞り込まれます。

  • 稼動状況

    「稼動状況」項目に記載されている情報をもとに、【稼動中】、【休止】、【運用終了】の3つの条件で一覧を絞り込むことができます。 各レコードに記載されている【稼動中】と【休止】の情報については毎日自動更新されます。

  • 地域

    「運用機関所在国」項目に記載されている国名の情報をもとに、【日本】、【日本以外の国・地域】の2つの条件で一覧を絞り込むことができます。

  • その他の条件 > LSDBアーカイブ収載のDB

    「LSDBアーカイブへのリンク」項目にURLが記載されているレコードに絞り込まれます。LSDBアーカイブでは当該データベースのデータセットを一括ダウンロードできます。

  • その他の条件 > 統合TVで紹介のあるDB

    「統合TVへのリンク」項目にURLが記載されているレコードに絞り込まれます。統合TVではDBに関連する動画が提供されています。

  • その他の条件 > 一括ダウンロード可のDB

    「一括ダウンロードデータへのリンク」項目にURLが記載されているレコードに絞り込まれます。これらのDBはまとめてダウンロードできるデータセットを持っています。

本カタログの使い方

統合TVにて解説動画が公開されました (2012年10月29日 版)