本カタログについて

 

Integbioデータベースカタログとは

Integbioデータベースカタログでは文部科学省、厚生労働省、農林水産省、経済産業省の4省による、生命科学系データベースの統合の一環として国内外の生命科学系データベースの所在情報と、データベースについての説明や生物種などのさまざまな属性情報 (メタデータ)をまとめたリストを提供しています。生命科学系データベース統合の取り組みの詳細についてはintegbio.jpをご覧ください。また、国内データベースの所在情報を広く国外に発信すると共に国外のデータベース情報を収集するため、国際的な生命科学系データベース情報を収集・公開しているBioSharingと2017年から連携し、データベース情報の交換を行っています。BioSharingの活動については類似サイトリンク集のページのBioSharingの欄をご覧下さい。


カタログ収録の範囲

本カタログでは以下の既存のデータベースリストのエントリーを照合し、記載内容の統合を行ったものをレコードとして収録しています。今後も継続的に各省と協力し、省や専門領域の枠を越えた国内の生命科学系データベース情報の網羅を目指しています。また海外で運用されているデータベースについては、BioSharingと連携することによって国際的に主要なデータベース情報を収集することに努めています。

 

<本カタログに収録されている既存のデータベースリスト>

  • 生命科学系データベースカタログ (NBDCーバイオサイエンスデータベースセンター)
    ※文部科学省委託研究開発事業「統合データベースプロジェクト」の一環として、ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)で開発されたものを平成23年(2011)4月1日より、バイオサイエンスデータベースセンターから提供しています。
    ※データの一部は(総合科学技術会議) 「科学技術連携施策群 生命科学の基礎・基盤 補完的課題 生命科学データベース統合」に関する調査研究によるものです。
  • WINGpro (NBDCーバイオサイエンスデータベースセンター)
  • MEDALSデータベース便覧 (MEDALS―経済産業省ライフサイエンス統合データベースポータルサイト)
  • AgrIDのデータベース便覧 (AgrID―農畜産物ゲノム情報データベース)
  • 医薬基盤研究所データベースリスト (独立行政法人医薬基盤研究所)

レコードの作成

本カタログのレコードは本事業の関係者が公開されている情報などをもとに作成しています。

<レコードの記述項目> (記載例: KNApSAck Family)

記述項目記述内容備考
基本情報
名称 データベースの名称
別称 データベースの別称
URL データベースをWebで公開している場合、そのURL
運用機関名 現在データベースを運用している機関名
運用機関所在国•地域 運用機関が所在する国及び地域名 コンソーシアムで運用しており運用機関の所在国を定めるのが難しい場合は"Global"としています。
説明 データベースの説明
生物種 データベースが扱う生物種のTaxonomy NameとNCBI TaxnomyのID
タグ (対象) データベースに収録された主要データの対象を示すタグ 下記のタグ一覧を参照のこと
タグ (データの種類) データベースに収録された主要データの種類を示すタグ 下記のタグ一覧を参照のこと
論文等 (PubMed ID) データベースに関連した論文のPubMed ID データベースの作成事実や内容を発表した論文を中心に調査していますが、他の観点からの論文も含まれる場合があることをご了承ください。
言語 データベースの内容の記載に使用されている言語
稼動状況 データベースの稼動状況 以下の4つのステータスに分類されます。
1.【稼動中】データベースサイトにアクセス可能な場合
2.【休止】データベースサイトにアクセスできない場合
3.【公開停止中】データベースサイトの公開が停止されている場合
4.【運用終了】データベースサイトの運用が終了された場合
【稼動中】と【休止】については毎日自動更新されます。
一括ダウンロードデータへのリンク 当該データベースにおけるダウンロードサイト (またはそのリンクがあるページ) へのリンク データベースオリジナルサイトからのデータダウンロードです。
一括ダウンロードデータのデータ説明 当該データベースにおけるダウンロードデータの説明ページへのリンク
一括ダウンロードデータの利用条件 当該データベースにおけるダウンロードデータの利用条件ページへのリンク
拡張情報
LSDBアーカイブへのリンク 「LSDBアーカイブ」へのリンク LSDBアーカイブでは当該データベースのデータセットを一括ダウンロードできます
MEDALSデータベース便覧へのリンク 経済産業省のライフサイエンス統合データベースポータルサイトの「MEDALSデータベース便覧」へのリンク
統合TVへのリンク ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) の「統合TV」へのリンク リンク先では統合TV上でDBの名称(または略称)を用いて絞り込んだ番組リストが表示されます。統合TVでは当該データベースに関連する動画(使い方等)が閲覧できます。
BioSharingへのリンク 「BioSharing」へのリンク
類似データベース 類似の内容を含むと考えられるデータベースの名称 「データベースの説明」の形態素解析から得られた用語と「タグ」を併せて類似度推定を行い、上位10データベースを示しています。
このレコードの管理情報
レコード作成機関 レコードを作成した機関名称
レコード公開日 レコードの公開日
レコード最終更新日 レコードの最終更新日

<タグ一覧>

  • 本カタログではNBDCの担当者が各データベースに対して適切と思われるタグを以下の表から選択しレコードに記載しています (複数選択可)。
  • データベースが休止や運用終了のために閲覧できない場合は、レコードの記載などをもとにタグを付与している場合があります。
  • このタグ一覧は、Integbioデータベースカタログにおいて収集されたデータベースについて説明を付与するための語彙を集めたものです。Contributor(50音順) 片山俊明, 川島秀一, 小林紀郎, 信定知江, 畠中秀樹, 坂東明日佳, 藤澤貴智, 桝屋啓志, 箕輪真理, 山田一作.
  • 随時タグの追加や変更がありますことをご了承ください。
タグ説明
対象
ゲノム/遺伝子ゲノムや遺伝子関連のDB
cDNA/ESTcDNAやEST関連のDB
遺伝的多様性遺伝的多様性関連のDB
エピジェネティクスエピジェネティクス関連のDB
DNADNA関連のDB
RNARNA関連のDB
タンパク質タンパク質関連のDB
糖質糖質関連のDB
脂質脂質関連のDB
代謝物代謝物関連のDB
化学物質化学物質関連のDB
薬関連のDB
細胞/オルガネラ細胞や細胞内小器官関連のDB
個体/種生物個体やその一部分または生物群集関連のDB
健康/疾患健康・疾患関連のDB
データの種類
表現型表現型・形質関連のDB
バイオリソースバイオリソース関連のDB
手法実験・解析手法関連のDB
オントロジー/用語/命名法オントロジーや用語集、もしくは分子や生物種の命名法及びその目録関連のDB
環境生物と環境関連のDB
配列核酸やアミノ酸配列関連のDB
3D構造3次元構造関連のDB
化学構造化学構造関連のDB
発現転写産物・タンパク質の発現や蓄積量関連のDB
分布分布や局在関連のDB
相互作用/パスウェイ相互作用やパスウェイ関連のDB
生物分類生物分類関連のDB
分類分子の分類関連のDB
画像/動画画像や動画関連のDB
書誌/ドキュメント書誌情報やドキュメント集関連のDB
ポータルデータベース集やツール集関連のDB

検索機能

本カタログでは目的のデータベースのレコードを一覧から効率よく探せるように以下の検索機能を提供しています。


<一覧内を検索する>

収録レコードの記述内容をキーワードにより検索できます。

<一覧を絞りこむ>

収録レコードの記述項目にもとづいた以下の条件により一覧上のレコードを絞り込むことができます。複数の条件を組み合わせることが可能です。本カタログの記述項目についてはレコードの作成をご参照ください。

  • 生物種

    「生物種」項目に記載されているNCBI Taxonomyのエントリー情報にもとづいて一覧を絞り込むことができます。

  • タグ

    「タグ(対象)」及び「タグ(データの種類)」項目に記載されているタグ名で一覧を絞り込むことができます。複数のタグを選択すると、選択したすべてのタグを記載しているレコードに絞り込まれます。

  • 稼動状況

    「稼動状況」項目に記載されている情報をもとに、【稼動中】、【休止】、【公開停止中】、【運用終了】の4つの条件で一覧を絞り込むことができます。 各レコードに記載されている【稼動中】と【休止】の情報については毎日自動更新されます。

  • 地域

    「運用機関所在国」項目に記載されている国名の情報をもとに、【日本】、【日本以外の国・地域】の2つの条件で一覧を絞り込むことができます。

  • その他の条件 > LSDBアーカイブ収載のDB

    「LSDBアーカイブへのリンク」項目にURLが記載されているレコードに絞り込まれます。LSDBアーカイブでは当該データベースのデータセットを一括ダウンロードできます。

  • その他の条件 > 統合TVで紹介のあるDB

    「統合TVへのリンク」項目にURLが記載されているレコードに絞り込まれます。統合TVではDBに関連する動画が提供されています。

  • その他の条件 > 一括ダウンロード可のDB

    「一括ダウンロードデータへのリンク」項目にURLが記載されているレコードに絞り込まれます。これらのDBはまとめてダウンロードできるデータセットを持っています。

本カタログの使い方

統合TVにて解説動画が公開されました (2012年10月29日 版)