アーカイブ事業では、国内の研究者が産生した様々なデータセットをダウンロード可能な形（アーカイブ）で維持する活動を行っています。作成されたアーカイブは、「生命科学系データベースアーカイブ」で公開されています。広く再利用されるように、データベースやデータに対する統一形式での説明（メタデータ）や、クリエイディブコモンズを利用した分かり易い利用許諾表示、データの閲覧・簡易検索ページを併せて提供しています。
平成23年度からはNBDCが作成したアーカイブ作成ガイドラインに準拠し、各省でアーカイブ作成を分担しています。
１．「Open TG-GATEs」（厚生労働省より）
131の化合物をラット個体およびラット・ヒト肝細胞へ曝露した際の遺伝子発現と毒性のデータベース
２．「The Rice Growth Monitoring for the Phenotypic Functional Analysis」（農林水産省より）
イネの発芽から開花までの生育画像を数分から数時間間隔で継続的に取得できるシステムによる、
表現型の網羅的解析結果のデータベース
３．「DIAM微生物情報」（経済産業省より）
微生物の同定・分類関連情報、安全関連情報、利用関連情報に関するデータベース
