oRNAment: o RNA motifs enrichment in complete transcriptomes
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| 運用機関名: | Lécuyer Lab, Institut de Recherches Cliniques de Montéral |
| 運用機関所在国・地域: | カナダ |
| 説明: | ヒトやマウスなど5種類の生物のRNA結合タンパク質の推定結合ドメインのデータベースです。各RNA結合タンパク質について、生物種、コードする遺伝子名、モチーフ名、モチーフのゲノム上の位置情報、種特異性の有無、標準モチーフとの配列類似性スコアなどのデータが収録されています。データは、生物種、RNA結合タンパク質名、遺伝子やmRNAの性質、配列の存在領域から検索可能で、検索結果およびすべてのデータをダウンロードすることができます。 |
| 生物種: | , , , , |
| タグ （対象）: | ゲノム/遺伝子, RNA, タンパク質 |
| タグ (データの種類): | 配列, 分類, 相互作用/パスウェイ |
| 論文等 (PubMed ID/DOI): | PubMed ID: DOI: |
| 言語: | 英語 |
| 稼動状況: | 稼動中 |
| 一括ダウンロードデータへのリンク: | https://rnabiology.ircm.qc.ca/oRNAment/downloads/ |
| 一括ダウンロードデータのデータ説明: | https://rnabiology.ircm.qc.ca/oRNAment/downloads/ |
| データベースの利用許諾へのリンク: | ― |
| データベースの使い方 | https://rnabiology.ircm.qc.ca/oRNAment/tutorial/ |
| データベースの連絡先: | https://rnabiology.ircm.qc.ca/oRNAment/tutorial/ |
| API / SPARQL endpoint: | ― |
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LSDBアーカイブへのリンク:
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MEDALSデータベース便覧へのリンク:
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統合TVへのリンク:
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FAIRsharingへのリンク:
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類似データベース:
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RBPDB ENPD cis-Regulatory Element Database Blocks AREsite Eukaryotic Linear Motifs STRING snOPY Networks of Functional Coupling of proteins MnM |
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レコード管理者:
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Integbio Database Catalog |
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レコードの由来:
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レコード公開日:
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2021-08-24 |
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レコード最終更新日:
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2024-05-15 |
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本レコードの利用条件:
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Creative Commons CC0 license |