休止
(14日以上)
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MethMotif
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| 別称: | ― |
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| 運用機関名: | Cancer Science Institute of Singapore |
| 運用機関所在国・地域: | シンガポール |
| 説明: | DNAメチル化プロファイルと統合した転写因子結合サイトのデータベースです。 転写因子結合部位（TFBS: transcription factor binding sites）について、ChIP-seqとWhole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS）の組み合わせから計算された細胞型特異的CpGメチル化情報と共にTFBS位置特異的重みマトリックスを収録しています。ChIP-seqとWGBSのデータはENCODEおよびGEOからダウンロードしています。全てのChIP済みタンパク質のピーク領域を囲むDNAメチル化レベルを細胞タイプごとにヒートマップから選択したり、２次元TFBS一覧からの閲覧や絞り込みができます。 |
| 生物種: | , |
| タグ （対象）: | ゲノム/遺伝子, エピジェネティクス, DNA, タンパク質, 細胞/オルガネラ |
| タグ (データの種類): | 配列, 相互作用/パスウェイ |
| 論文等 (PubMed ID/DOI): | PubMed ID: DOI: |
| 言語: | 英語 |
| 稼動状況: | 休止 |
| 一括ダウンロードデータへのリンク: | https://bioinfo-csi.nus.edu.sg/methmotif/release_notes/data_download.php |
| 一括ダウンロードデータのデータ説明: | ― |
| データベースの利用許諾へのリンク: | ― |
| データベースの使い方 | https://bioinfo-csi.nus.edu.sg/methmotif/manual/index.php |
| データベースの連絡先: | https://bioinfo-csi.nus.edu.sg/methmotif/cite/index.php |
| API / SPARQL endpoint: | ― |
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LSDBアーカイブへのリンク:
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MEDALSデータベース便覧へのリンク:
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統合TVへのリンク:
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FAIRsharingへのリンク:
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類似データベース:
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Factorbook SwissRegulon MethylomeDB iMETHYL ReMap NGS-QC ChIP-Atlas IHEC Data Portal FlyFactorSurvey TEC database |
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レコード管理者:
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Integbio Database Catalog |
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レコードの由来:
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レコード公開日:
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2019-11-05 |
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レコード最終更新日:
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2021-06-03 |
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本レコードの利用条件:
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Creative Commons CC0 license |