HGTree
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| 運用機関名: | Comsats Institute of Information Technology (CIIT), Seoul National University |
| 運用機関所在国・地域: | パキスタン, 大韓民国 |
| 説明: | 完全に配列決定された原核生物ゲノムを対象に、推定によるゲノムワイド水平遺伝子導入（HGT：horizontal gene transfer）情報を提供するデータベースです。明示的な系統樹再構築進化モデルに基づき、各オーソログ遺伝子セットの系統樹と、それに対応する 16S rRNA による種の系統樹との間の矛盾を評価することによりHGTを検出しています。各HGTごとにタンパク質名、遺伝子機能、関連の強いゲノムのリストと系統ツリーが表示されます。本データベース上では、数百の原核生物を対象として、ゲノム中の HGT 関連遺伝に迅速かつ容易にアクセスすることができる他、ユーザーがカスタマイズしたデータセット、遺伝子、およびゲノム配列から HGT を検出する機能を利用することができます。本データベースは自由に利用でき、ゲノム情報が急速に増加した場合にもそれに合わせて容易に拡大や縮小、更新することができます。 |
| 生物種: | , |
| タグ （対象）: | ゲノム/遺伝子, RNA, 個体/種 |
| タグ (データの種類): | 生物分類 |
| 論文等 (PubMed ID/DOI): | PubMed ID: DOI: |
| 言語: | 英語 |
| 稼動状況: | 稼動中 |
| 一括ダウンロードデータへのリンク: | ― |
| 一括ダウンロードデータのデータ説明: | ― |
| データベースの利用許諾へのリンク: | ― |
| データベースの使い方 | ― |
| データベースの連絡先: | ― |
| API / SPARQL endpoint: | ― |
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LSDBアーカイブへのリンク:
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MEDALSデータベース便覧へのリンク:
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統合TVへのリンク:
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FAIRsharingへのリンク:
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https://fairsharing.org/10.25504/FAIRsharing.q33qzy |
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類似データベース:
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TreeBase Genome Project of Streptomyces avermitilis Greengenes Ancestral Genomes RDP TreeFam RECOG Evolutionary Genealogy of Genes: Non-supervised Orthologous Groups OHNOLOGS 系譜情報データベース： Pedigree Finder |
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レコード管理者:
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See the corresponding part in the FAIRsharing record. |
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レコードの由来:
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 (2018-12-21)
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レコード公開日:
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2019-03-28 |
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レコード最終更新日:
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2020-07-09 |
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本レコードの利用条件:
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Creative Commons Attribution and Share-alike (CC-BY-SA) International 4.0 license |