UTRdb
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| 運用機関名: | Institute for Biomedical Technologies |
| 運用機関所在国・地域: | イタリア |
| 説明: | 真核生物mRNAの5'および3'非翻訳領域は、mRNAの細胞質輸送や翻訳効率、局在や安定性の機能に関わることで遺伝子発現を制御する役割があります。UTRdbは真核生物mRNAの5'および3'非翻訳領域に関するキュレートデータベースです。実験で実証された機能性モチーフ、miRNAターゲットと保存配列エレメントはアノテーションが付与され、UTRsiteデータベースとリンクしています。各エントリーは遺伝子を基本としており、選択的スプライシングなどによる5'および3'非翻訳領域の変異体も網羅するように視覚化されています。UTRdbは、UTRefとUTRfullの2つのサブデータベースが含まれています。 UTRefには、79生物種の遺伝子483,605件について、473,330件の5'UTR と527,323件の3'UTRが登録されています。 UTRfullは、ヒトに特化したデータベースで、ASPicDB由来の全長転写産物のUTRが含まれています。124,345件の5'UTR（3.37件/遺伝子）と194,503件（5.18件/遺伝子）の3'UTRが登録されています。 |
| 生物種: | |
| タグ （対象）: | RNA |
| タグ (データの種類): | 配列 |
| 論文等 (PubMed ID/DOI): | PubMed ID: DOI: PubMed ID: DOI: PubMed ID: DOI: PubMed ID: DOI: PubMed ID: DOI: PubMed ID: DOI: |
| 言語: | 英語 |
| 稼動状況: | 稼動中 |
| 一括ダウンロードデータへのリンク: | http://utrdb.ba.itb.cnr.it/home/download |
| 一括ダウンロードデータのデータ説明: | ― |
| データベースの利用許諾へのリンク: | ― |
| データベースの使い方 | ― |
| データベースの連絡先: | ― |
| API / SPARQL endpoint: | ― |
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LSDBアーカイブへのリンク:
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MEDALSデータベース便覧へのリンク:
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統合TVへのリンク:
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FAIRsharingへのリンク:
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類似データベース:
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worm UTRome Noncoding RNA database miRBase 5S Ribosomal RNA Database GtRNAdb tRNAdb AREsite The European ribosomal RNA Database 機能性RNAゲノムブラウザー Recount DB |
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レコード管理者:
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Integbio Database Catalog |
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レコードの由来:
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レコード公開日:
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2011-12-08 |
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レコード最終更新日:
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2012-10-01 |
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本レコードの利用条件:
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Creative Commons CC0 license |