TMBETA-GENOME （アーカイブ）: Annotation of Beta-Barrel Membrane Proteins in Genomic Sequences
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| 運用機関名: | 国立研究開発法人産業技術総合研究所 (J-Globalへのリンク) |
| 運用機関所在国・地域: | 日本 |
| 説明: | TMBETA-GENOMEはゲノム配列が完了している生物種のゲノム中に含まれるβ-バレル型膜タンパク質のデータベースです。各ゲノム配列に対して、機械学習と統計手法を用いた計算が実行され、それらのアノテーション結果がデータベースに格納されていました。その他、アミノ酸配列を入力してβ-バレル型膜タンパク質の判別解析を行う「TMBETA-DISC」や「TMBETA-SVM」などのツールも提供されていました。 現在、産業技術総合研究所によるオリジナルサイトからのデータ提供は終了していますが、TMBETA-GENOMEのデータベースは引き続き生命科学系データベースアーカイブからご利用いただけます。また、ツールはMEDALSのTMBETA-DISCのページ（http://medals.jp/list/detail/162.html） に情報が掲載されています。 |
| 生物種: | , , |
| タグ （対象）: | タンパク質 |
| タグ (データの種類): | 配列 |
| 論文等 (PubMed ID/DOI): | PubMed ID: DOI: PubMed ID: DOI: PubMed ID: DOI: PubMed ID: DOI: PubMed ID: DOI: |
| 言語: | 日本語, 英語 |
| 稼動状況: | 稼動中 |
| 一括ダウンロードデータへのリンク: | https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/tmbeta-genome/download.html |
| 一括ダウンロードデータのデータ説明: | https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/tmbeta-genome/LATEST/README.html |
| データベースの利用許諾へのリンク: | https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/tmbeta-genome/lic.html |
| データベースの使い方 | ― |
| データベースの連絡先: | ― |
| API / SPARQL endpoint: | ― |
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LSDBアーカイブへのリンク:
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https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/tmbeta-genome/desc.html |
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MEDALSデータベース便覧へのリンク:
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http://medals.jp/list/detail/70.html |
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統合TVへのリンク:
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FAIRsharingへのリンク:
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類似データベース:
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TMFunction（アーカイブ） TMBETA-DISC PIR InBase IPI H-EPD FAMSBASE Termini-Oriented Protein Function INferred Database OWL AAindex |
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レコード管理者:
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Integbio Database Catalog |
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レコードの由来:
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レコード公開日:
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2011-12-08 |
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レコード最終更新日:
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2022-01-13 |
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本レコードの利用条件:
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Creative Commons CC0 license |