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Marmoset PFC Connectome

運用機関: 理化学研究所脳神経科学研究センター

生物種: Callithrix jacchus

説明: マーモセットの前頭前野高密度投射マップです。トレーサーの注入領域、個体情報、大脳の全体画像、スライス画像、トレーサーの種類や色などを収録しています。インタラクティブな大脳マップ... 詳細へ

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琉球の植物ラボ

運用機関: 琉球大学

生物種: Tracheophyta

説明: 琉球大学理学部および教育学部に収蔵されている植物標本のデータベースです。琉球列島を中心とした維管束の標本について、標本写真と標本情報（学名、和名、採集地など）を収録しています。... 詳細へ

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IUPHAR/BPS Guide to PHARMACOLOGY

運用機関: The International Union of Basic and Clinical Pharmacology (IUPHAR), British Pharmacological Society (BPS)

生物種: Homo sapiens | Mus musculus | Plasmodium falciparum | Rattus

説明: リガンドー活性ーターゲットのデータベースです。薬理学および医薬化学の文献からリガンド、ターゲット、疾患、薬理情報を専門家がキュレートし、文献や各データベースへのリンクとともに収... 詳細へ

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(1日目)

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NCIt: NCI Thesaurus

運用機関: National Cancer Institute at Frederick

生物種: Homo sapiens

説明: The National Cancer Institute (NCI) による生物医学用語のシソーラスです。臨床ケア、トランスレーショナルリサーチ、基礎研究に関する用語について、ID、推奨する名称、シノニム、研究コ... 詳細へ

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WHOCC ATC/DDD Index

運用機関: WHO Collaborating Centre for Drug Statistics Methodology, Norwegian Institute of Public Health

生物種: Homo sapiens

説明: 作用部位・薬効・化学構造別分類インデックス（anatomical therapeutic chemical index；ATC index）のリストです。物質名、ATC コード、医薬品平均用量（Defined Daily Dose；DDD）を収録し... 詳細へ

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VGNC: Vertebrate Gene Nomenclature Committee

運用機関: Vertebrate Gene Nomenclature Committee

説明: 脊椎動物の遺伝子名を収録するデータベースです。ヒトの遺伝子を承認，登録するHGNC（HUGO Gene Nomenclature Comittee）の拡張版として、チンパンジー、マカク、イヌ、ネコ、ウシ、ブタ、... 詳細へ

DDrare: 難病・希少疾患創薬データベース（Database of Drug Development for Rare Diseases）

運用機関: 国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所

生物種: Homo sapiens

説明: 指定難病、希少疾患を対象とした臨床試験における開発薬物と、それらの標的遺伝子・パスウェイ情報のデータベースです。WHO-ICTRPのJPRN（日）、ClinicalTrials.gov（米）、EU-CTR（欧）、Ch... 詳細へ

BSM-Arc: Biological Structure Model Archive

運用機関: 大阪大学蛋白質研究所

生物種:

説明: 分子動力学法、ホモロジーモデリング法などの計算により得られた生体高分子構造のアーカイブです。査読付きの雑誌に記載されたタンパク質、DNA、RNAの構造に関連するデータについて、論文DOI... 詳細へ

EMPIAR-PDBj: Electron Microscopy Public Image Archive PDBj

運用機関: 大阪大学蛋白質研究所

生物種:

説明: タンパク質の3D構造を再構築するために用いた大量の生の電子顕微鏡画像を登録するEMPIARの日本版ミラーサイトです。画像データファイル、関連論文、関連するEMDB ID、実験メタデータを収録し... 詳細へ

PreDom

運用機関: 長浜バイオ大学

生物種:

説明: タンパク質立体構造分類データベース（SCOP、CATH）に登録されている構造ドメインのドメイン-ドメイン相互作用面を収集したデータベースと、ドメインインターフェースの予測、およびマルチド... 詳細へ

NBRP-カイコ野蚕遺伝資源の収集・保存・提供

運用機関: 国立遺伝学研究所

説明: 野生下で生息する蚕（野蚕）のデータベースです。カイコガ上科ヤママユガ科のシンジュサン、エリサン、ヤママユガ、サクサン、ウスタビガを収集し、保存しています。各エントリーには系統名... 詳細へ

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ヒト用医薬品の環境影響に関するデータ

運用機関: 国立医薬品食品衛生研究所

説明: 国立研究開発法人日本医療研究開発機構（AMED）の公募研究平成28-30年度医薬品等規制調和・評価研究事業研究課題「構造活性相関手法に基づいたヒト用医薬品の環境影響評価手法に関する研究... 詳細へ

先天異常データベース

運用機関: クリアリングハウス国際モニタリングセンター日本支部

生物種: Homo sapiens

説明: 昭和47年から全国的な規模で開始された外表奇形等統計調査のデータベースです。各年度ごとに統計の方法、施設数、分娩数，奇形児総数などの調査状況、奇形の種類別発生順位を収録しています。詳細へ

CUBIC-Cloud

運用機関: 株式会社CUBICStars

生物種: Mus musculus

説明: マウスのwhole-brain解析をするためのプラットフォームです．brain dataをアップロードし管理できる「Brain database」、解析とグラフ作成を行う「Notebooks」、インタラクティブな３次元ビ... 詳細へ

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PheWeb.jp: BioBank Japan PheWeb

運用機関: バイオバンク・ジャパン, 大阪大学医学系研究科

生物種: Homo sapiens

説明: 疾患バイオバンクであるBioBank Japan Project (BBJ) で得られた日本人のgenome-wide association study (GWAS) 結果の概要を公開するデータシェアリングプラットフォームです。遺伝子の発現... 詳細へ

Yeast strains with specific characteristics

運用機関: 特定国立研究開発法人理化学研究所

生物種: Saccharomycetales

説明: 理化学研究所バイオリソース研究センター微生物材料開発室（JCM）が保有する菌株の特性に基づいた酵母のリストです。The Yeasts, a taxonomic study 第５版に基づきGalactose、Sucrose、Malt... 詳細へ

Genome sequencing of JCM strains under the NBRP program (Eukaryotic microbes)

運用機関: 特定国立研究開発法人理化学研究所

説明: 理化学研究所バイオリソース研究センター微生物材料開発室（JCM）が保有する一般真核微生物株のドラフトゲノム配列とリソース情報のデータベースです。NBRPプログラムによりライフサイエンス... 詳細へ

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FANTOM6: Functional Annotation of the Mammalian Genome 6

運用機関: 特定国立研究開発法人理化学研究所

生物種: Homo sapiens | Gallus gallus | Rattus norvegicus | Canis lupus | Macaca fascicularis

説明: FANTOMは、ゲノムDNAから転写されているRNAの機能をカタログ化することを目的として2000年に発足した理化学研究所が主催する国際研究コンソーシアムです。第６期 (FANTOM6)では、ヒトゲノム... 詳細へ

鹿児島大学博物館維管束植物DB

運用機関: 鹿児島大学総合研究博物館

生物種: Tracheophyta

説明: 鹿児島大学総合研究博物館植物標本室が収蔵する植物標本のデータベースです。学名、和名、採集情報、同定情報、タイプ情報、標本のスキャン画像を収録しています。科・属・種・和名による検... 詳細へ

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OOPID: Open Oral Pathological Images Dataset

運用機関: 日本大学松戸歯学部

生物種: Homo sapiens

説明: ヒトの口腔病理画像のデータベースです。パパニコロウ染色による細胞診画像および舌の経口剥離細胞診画像を収録しています。詳細へ

ImmuNexUT: Immune Cell Gene Expression Atlas from the University of Tokyo

運用機関: 東京大学医学部附属病院

生物種: Homo sapiens

説明: 免疫細胞で遺伝子多型の遺伝子発現に与える影響をデータベースにしたものです。日本人の末梢血サンプルを用いて、免疫細胞28種の遺伝子発現を定量化し、全ゲノムシークエンスで得られたゲノ... 詳細へ

PyDISH: Python-based database & analyzer for DIStortion of Heme porphyrin

運用機関: 広島市立大学

生物種:

説明: ヘムタンパク質の構造と機能を統合するためのデータベースです。このデータベースには6000以上のPDBエントリーから取得した16000以上のヘムタンパク質の構造と歪みや配位子、機能などのデー... 詳細へ

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NeuroGT database

運用機関: 特定国立研究開発法人理化学研究所

生物種: Mus musculus

説明: ”誕生日タグづけ”法によるマウスの脳画像データベースです。このデータベースには、マウス胚で同時期に分化した神経細胞群を可視化した全脳切片画像が含まれています。発生過程で、短時間の... 詳細へ

Exp-Plant Catalog: RIKEN BRC Experimental Plant Web Catalog

運用機関: 特定国立研究開発法人理化学研究所

説明: 理化学研究所バイオリソース研究センター（BRC）実験植物開発室が提供する植物リソースのデータベースです。代表的な実験植物のシロイヌナズナとミナトカモジグサの種子のほか、多様なモデル... 詳細へ

NIBIOHN JMD

運用機関: 国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所

生物種: Enterobacteriaceae

説明: 健康な人を対象とした腸内細菌叢のデータベースです。16S rRNA遺伝子アンプリコンシーケンシングとショットガンメタゲノムシーケンシングの腸内細菌叢データに加え、食事や摂取栄養素、身体... 詳細へ

EnteroBase

運用機関: Warwick Medical School, University of Warwick

説明: 腸内細菌のゲノムデータベースです。サルモネラ菌、大腸菌、赤痢菌、マイコバクテリウム、ビブリオ属、エルシニア属、ヘリコバクター、モラクセラの各strainごとにメタデータ、ゲノム配列、... 詳細へ

LSDBアーカイブへ一括ダウンロード可

JEDI System/OCEANS DB: Joint Environmental Data Integration System/Oshima Coastal Environmental data Acquisition Network System database

運用機関: 東京海洋大学

生物種: All

説明: JEDI System/OCEANS DBは、海洋プランクトンの画像と環境モニタリングデータを含むデータベースです。伊豆大島・波浮港(北緯34度40分58.5秒，東経139度26分39.7秒, 水深約20m)に設置したJEDI... 詳細へ

RNAapt3D

運用機関: 国立研究開発法人産業技術総合研究所

生物種: Homo sapiens

説明: RNAapt3Dは、RNAアプタマーのデータベースであり、RNA配列や2次/3次構造情報、標的タンパク質、RNA-タンパク質の相互作用ネットワーク情報を含んでいる。RNAアプタマーの3次構造は、与えられ... 詳細へ

phosprof: Phosphorylation activity measurement-based pathway profiling database for drug-response

運用機関: 国立研究開発法人産業技術総合研究所

生物種: Homo sapiens

説明: 薬剤の投与により細胞内で起こるパスウェイの変化をまとめたデータベースです。産業技術総合研究所　細胞分子生物工学研究所が独自開発したタンパク質リン酸化測定および解析技術を用いて全9... 詳細へ

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PubChem

運用機関: National Center for Biotechnology Information

生物種:

説明: 統合的な化学情報データベースです。化学物質とその生物活性に関する情報を収録したPubChem Substance、医薬品名やその効能、LogP値などの物性値や類似構造を持つ別の化合物の情報を収録した... 詳細へ

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MetaboBank

運用機関: 情報・システム研究機構　国立遺伝学研究所　生命情報・DDBJ センター

生物種:

説明: メタボロミクスデータの登録を受付ける公共リポジトリです。質量分析、NMR、もしくは質量分析イメージングによって得られたデータファイルやメタデータを収録しています。GC-MS、LC-MS、LC-... 詳細へ

ABCD database: AntiBodies Chemically Defined database

運用機関: Geneva Antibody Facility, University of Geneva

生物種: All

説明: 配列を決定した抗体（主に組換え抗体）のデータベースです。文献や特許、タンパク質構造データ、大規模なファージディスプレイ法やハイブリドーマ配列解析プロジェクトの論文やリポジトリか... 詳細へ

Flora of Myanmar Database

運用機関: 国立科学博物館

生物種: Tracheophyta | Ascomycota

説明: ミャンマーの植生標本データベースです。国立科学博物館、東京大学、ミャンマー天然資源環境保全省に寄託された植物標本について、生物種、採集者、採集地の情報と標本の写真を収録していま... 詳細へ

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MOROKOSHI Sorghum transcriptome database

運用機関: 特定国立研究開発法人理化学研究所環境資源科学研究センター

生物種: Sorghum bicolor

説明: モロコシ（Sorghum bicolor）の遺伝子発現データベースです。モロコシの植物体全体の５つの発生段階と花の３つの成長段階から、標準化された完全長cDNAライブラリを作成してESTを取得したデ... 詳細へ

BioHiKR

運用機関: お茶の水女子大学理学部, 早稲田大学理工学術院

生物種: All

説明: 生物発光のデータベースです。発光生物がもつ発光タンパク質を文献から検索し、生物種と生息域、発光タンパク質とその構造、リガンド、波長についての情報を統合しています。生物種の情報はW... 詳細へ

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OHNOLOGS

運用機関: The Isambert Lab, Institute Curie

説明: 全ゲノム重複（whole genome duplication: WGD）に由来する遺伝子重複（オーノログ）のデータベースです。27種の脊椎動物ゲノムについてオーノログのファミリーやペアとその確からしさ、重... 詳細へ

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MSDB: MicroSatellite DataBase

運用機関: CSIR-Centre for Cellular & Molecular Biology (CCMB)

生物種: All

説明: マイクロサテライト（単純反復配列）のデータベースです。12種のモデル生物を含む4万を超える生物種について、SSRの染色体位置、繰り返しの種類、繰り返しの長さ、関連遺伝子の情報などを収... 詳細へ

MatrisomeDB

運用機関: Koch Institute for Integrative Cancer Research at MIT, University of Illinois at Chicago

生物種: Homo sapiens | Mus musculus

説明: 細胞外マトリックス (ECM) に関するプロテオームデータを統合するデータベースです。コラーゲン、ECM糖タンパク質、プロテオグリカンなどECMの主要物質や、生体サンプル（ヒト、マウス、異... 詳細へ

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EnhancerAtlas 2.0

運用機関: Johns Hopkins School of Medicine

説明: エンハンサーアノテーションを提供するデータベースです。ヒト（hg19）、マウス（mm9）、ハエ（dm3）、線虫（ce10）、ゼブラフィッシュ（danRer10）、ラット（rn5）、酵母（sacCer3）、ニワ... 詳細へ

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DNAproDB

運用機関: University of Southern California

生物種: All

説明: DNA-タンパク質複合体の構造解析のためのデータベースです。構造データ、構造処理パイプライン、Web ベースの視覚化ツールで構成されています。データベースには、Protein Data Bank に含... 詳細へ

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VISDB: Viral Integration Site DataBase

運用機関: University of Texas Health Science Center at Houston (UTHealth)

説明: ヒトゲノムに組み込まれたウィルスの統合位置と関連情報のデータベースです。 5 つの DNA 腫瘍ウィルス (HBV、HPV、EBV、MCV、AAV2) と 4 つの RNA レトロウィルス (HIV、MLV、HTLV、XMRV) ... 詳細へ

VDJbase

運用機関: Faculty of Engineering, Bar Ilan University, Institute of Structural and Molecular Biology, Birkbeck College

生物種: Homo sapiens | Macaca mulatta | Macaca fascicularis |

説明: 適応免疫の受容体遺伝子、遺伝子型、ハプロタイプのデータベースです。特定の集団で特に代表される対立遺伝子及び遺伝子を検出できます。適応免疫受容体レパートリー（adaptive immune rec... 詳細へ

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VARIDT: Variability of Drug Transporter Database

運用機関: College of Pharmaceutical Sciences, Zhejiang University

説明: 薬剤トランスポーターとその多様性に関するデータベースです。薬剤トランスポーターに関する遺伝子、タンパク質名、トランスポーターの配列や３D構造、結合する薬剤の名称、関連疾患、および... 詳細へ

有体物管理センター

運用機関: 国立大学法人九州大学有体物管理センター

生物種: All

説明: 研究成果として得られた研究材料・遺伝資源などの有体物（マテリアル）の情報を公開するデータベースです。九州大学を中心に、宮崎大学、京都大学などが保有している植物や動物、微生物、遺... 詳細へ

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ComeJisyo

運用機関: 西南女学院大学

生物種:

説明: 医療記録の分かち書きを支援するための実践医療用語辞書です。形態素解析器Mecabのユーザ辞書として使用できます。分かち書き結果から合成語を生成するツール「GoMusubi」も提供しています。詳細へ

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MedDRA/J: ICH国際医薬用語集日本語版

運用機関: 一般財団法人　医薬品医療機器レギュラトリーサイエンス財団

生物種:

説明: 医薬品規制調和国際会議（ICH）の専門家ワーキンググループ（EWG) で開発され、ICHとして合意された医学用語集であるMedDRAに日本語を付加した用語集です。MedDRA英日版と同様に多言語が... 詳細へ

MEDIS標準マスター

運用機関: 一般財団法人　医療情報システム開発センター

生物種:

説明: 標準病名や標準医薬品コードなど医療情報に係わる用語の標準マスターデータベースです。病名マスター（ICD10対応標準病名マスター）、手術・処置マスター、臨床検査マスター（生理機能検査を... 詳細へ

TSEA-DB

運用機関: University of Texas Health Science Center at Houston

生物種: Homo sapiens

説明: 形質に関連する組織特異性のデータベースです。組織特異的エンリッチメント分析（tissue-specific enrichment analysis; TSEA）を行った形質コレクションと、（1）手動キュレーションによる... 詳細へ

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TerrestrialMetagenomeDB

運用機関: Helmholz-Zentrum for Environmental Research

生物種: terrestrial metagenome | Bacteria

説明: 陸生のマイクロバイオーム研究に関わるメタゲノムデータのレポジトリとしてメタデータを収録しているデータベースです。主要レポジトリである MG-RAST と Sequence Read Archive (SRA) から... 詳細へ

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(3日目)

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SyntDB

運用機関: Faculty of Biology, Adam Mickiewicz University

生物種: Primates

説明: 霊長類間で保存されているヒトの長鎖ノンコーディングRNAのデータベースです。各レコードには、Ensembl ID、遺伝子ID、転写産物のタイプ、類似RNA、lncRNA情報、発現、配列、疾患や相互作用... 詳細へ

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