Trips-Viz
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| 運用機関名: | University College Cork |
| 運用機関所在国・地域: | アイルランド |
| 説明: | Trips-vizは、リボソームプロファイリング (Ribo-Seq) データについて様々な可視化ツールを備えたデータベースです。公的に利用できるリボソームプロファイリングデータとRNA-seqデータセットをSRAからダウンロードして作成しています。生物種を選択し、下記のプロットの種類を選択すると、目的に応じたデータをグラフとして見ることができます。 （１）Single transcript plot; １つの転写物にコドンのフレームをずらして表示したリボソームプロファイリングデータをまとめて可視化する （２）Single transcript comparison plot; １つの転写物に対して異なるサンプルから得たデータをプロットし比較する （３）Meta-Information; データセットからメタ情報を得る （４）Differential plot; 発現量の変化した遺伝子を見つける ユーザ自身のデータをアップロードすることもできます。 |
| 生物種: | , , , , , , , |
| タグ （対象）: | ゲノム/遺伝子, RNA |
| タグ (データの種類): | 発現 |
| 論文等 (PubMed ID/DOI): | PubMed ID: DOI: |
| 言語: | 英語 |
| 稼動状況: | 稼動中 |
| 一括ダウンロードデータへのリンク: | http://trips.ucc.ie/downloads/ |
| 一括ダウンロードデータのデータ説明: | ― |
| データベースの利用許諾へのリンク: | ― |
| データベースの使い方 | ― |
| データベースの連絡先: | http://trips.ucc.ie/contactus/ |
| API / SPARQL endpoint: | ― |
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LSDBアーカイブへのリンク:
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MEDALSデータベース便覧へのリンク:
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統合TVへのリンク:
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FAIRsharingへのリンク:
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類似データベース:
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BloodSpot D3G microRNA.org Database of small human non-coding RNAs CistromeDB doRiNA GeneProf GWIPS-viz fRNAdb （アーカイブ） Plant snoRNA Database |
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レコード管理者:
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Integbio Database Catalog |
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レコードの由来:
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レコード公開日:
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2020-04-22 |
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レコード最終更新日:
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2020-04-22 |
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本レコードの利用条件:
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Creative Commons CC0 license |