ModBase database of comparative protein structure models: ModBase
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| 運用機関名: | Laboratory of Andrej Sali, University of California at San Francisco (UCSF) |
| 運用機関所在国・地域: | アメリカ合衆国 |
| 説明: | アノテーションが付されたタンパク質構造比較モデルのデータベースです。モデルは、MODELLERプログラム（http://salilab.org/modeller/）に基づいた、自動モデリングパイプライン ModPipe を用いて計算しています。配列から理論的に計算で得られたタンパク質構造モデルについて、生物種、機能アノテーション、３次元画像に加えて、推定リガンド結合部位、SNP注釈、およびタンパク質間相互作用に関する情報も収録しています。また、モデルがカバーする配列領域が生物種ごとに一覧で表示されます。ユーザーは、ModWeb モデリングサーバー（http://salilab.org/modweb）へのインターフェイスを介して、オンデマンドで比較モデルを計算またはアップデートできます。ModBaseモデルは、Protein Model Portal（http://www.proteinmodelportal.org/）からも入手できます。 |
| 生物種: | |
| タグ （対象）: | タンパク質 |
| タグ (データの種類): | 配列, 3D構造 |
| 論文等 (PubMed ID/DOI): | PubMed ID: DOI: |
| 言語: | 英語 |
| 稼動状況: | 稼動中 |
| 一括ダウンロードデータへのリンク: | ― |
| 一括ダウンロードデータのデータ説明: | ― |
| データベースの利用許諾へのリンク: | ― |
| データベースの使い方 | ― |
| データベースの連絡先: | ― |
| API / SPARQL endpoint: | ― |
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LSDBアーカイブへのリンク:
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MEDALSデータベース便覧へのリンク:
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統合TVへのリンク:
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FAIRsharingへのリンク:
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https://fairsharing.org/10.25504/FAIRsharing.jwhdyr |
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類似データベース:
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Protein Model Database MIPModDB: A Central Resource for the Superfamily of Major Intrinsic Proteins Model Archive - theoretical models of macromolecular structures SAHG （アーカイブ） MobiDB TMPDB （アーカイブ） Continuously Automated Model Evaluation PKR RepeatsDB ValidatorDB |
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レコード管理者:
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See the corresponding part in the FAIRsharing record. |
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レコードの由来:
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 (2018-12-21)
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レコード公開日:
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2019-03-28 |
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レコード最終更新日:
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2020-07-09 |
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本レコードの利用条件:
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Creative Commons Attribution and Share-alike (CC-BY-SA) International 4.0 license |
