TMPDB （アーカイブ）: TransMembrane Protein DataBase
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| 運用機関名: | 弘前大学大学院 理工学研究科 (J-Globalへのリンク) |
| 運用機関所在国・地域: | 日本 |
| 説明: | 収集した膜貫通トポロジーに関する文献 (1074論文) から、X線結晶構造回折、NMR、遺伝子融合などの実験によって決定された、信頼度の高い302の膜貫通トポロジーモデルを抽出し、それらをSWISS- PROTなどのデータベースと結びつけることによって、膜貫通トポロジーデータベース (TMPDB) として構築しました。 弘前大学の http ://bioinfo.si.hirosaki-u.ac.jp/~TMPDB からは提供を終了し、現在は生命科学系データベースアーカイブからデータを取得可能です。 |
| 生物種: | ― |
| タグ （対象）: | タンパク質 |
| タグ (データの種類): | 配列, 3D構造 |
| 論文等 (PubMed ID/DOI): | PubMed ID: DOI: |
| 言語: | 日本語 |
| 稼動状況: | 稼動中 |
| 一括ダウンロードデータへのリンク: | https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/tmpdb/download.html |
| 一括ダウンロードデータのデータ説明: | https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/tmpdb/LATEST/README.html |
| データベースの利用許諾へのリンク: | https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/tmpdb/lic.html |
| データベースの使い方 | ― |
| データベースの連絡先: | ― |
| API / SPARQL endpoint: | ― |
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LSDBアーカイブへのリンク:
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https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/tmpdb/desc.html |
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MEDALSデータベース便覧へのリンク:
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統合TVへのリンク:
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FAIRsharingへのリンク:
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類似データベース:
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Protein Classification Benchmark Collection GENIUS II（アーカイブ） ModBase database of comparative protein structure models InterEvol database : Diving into the structure and evolution of protein complex interfaces ValidatorDB MobiDB DB-SPIRE（アーカイブ） AlphaFold DB GPCRdb SAHG （アーカイブ） |
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レコード管理者:
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Integbio Database Catalog |
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レコードの由来:
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レコード公開日:
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2011-12-08 |
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レコード最終更新日:
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2022-01-13 |
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本レコードの利用条件:
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Creative Commons CC0 license |