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TOMATOMICS
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| 別称: | ― |
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| 運用機関名: | 明治大学 農学部 (J-Globalへのリンク) |
| 運用機関所在国・地域: | 日本 |
| 説明: | トマトの統合オミックスデータベースです。全てのトマトのEST配列、マイクロトムの完全長cDNA配列、ITAG2.4遺伝子モデルの配列を収録しています。各配列は予測されたゲノム上の位置に基づいてクラスター化され、対応づけられており、InterProやKEGG PathwayなどのデータベースへのBLAST結果に基づいてアノテーションされています。ゲノムブラウザーである「JBrowse」では、ゲノム構造アノテーション、Heinz 1906とMicro-TomのSNP、RNA-seqの情報などをみることができます。遺伝子発現や共発現の情報もITAG gene modelについて示されています。遺伝子名、ゲノムブラウザーでの検索やBLASTによる検索が可能です。 |
| 生物種: | |
| タグ （対象）: | ゲノム/遺伝子, cDNA/EST, 遺伝的多様性 |
| タグ (データの種類): | 配列, 発現 |
| 論文等 (PubMed ID/DOI): | ― |
| 言語: | 英語 |
| 稼動状況: | 休止 |
| 一括ダウンロードデータへのリンク: | http://bioinf.mind.meiji.ac.jp/tomatomics/download.php |
| 一括ダウンロードデータのデータ説明: | http://bioinf.mind.meiji.ac.jp/tomatomics/download.php |
| データベースの利用許諾へのリンク: | ― |
| データベースの使い方 | ― |
| データベースの連絡先: | ― |
| API / SPARQL endpoint: | ― |
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LSDBアーカイブへのリンク:
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MEDALSデータベース便覧へのリンク:
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統合TVへのリンク:
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FAIRsharingへのリンク:
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類似データベース:
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Cucurbit Genomics Database PEDE KaTomicsDB UTGB Medaka Genome Browser MiBASE Daphnia Water Flea Genome Database Ghost Database Chickpea Portal Striga hermonthica EST Database cBARBEL |
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レコード管理者:
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Integbio Database Catalog |
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レコードの由来:
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レコード公開日:
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2016-01-19 |
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レコード最終更新日:
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2017-11-27 |
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本レコードの利用条件:
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Creative Commons CC0 license |