FANTOM5: Functional Annotation of the Mammalian Genome
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| 運用機関名: | 国立研究開発法人理化学研究所 (J-Globalへのリンク) |
| 運用機関所在国・地域: | 日本 |
| 説明: | FANTOMは、ゲノムDNAから転写されているRNAの機能をカタログ化することを目的として2000年に発足した理化学研究所が主催する国際研究コンソーシアムです。これまでに第４期に渡って活動が行われており、本サイトから過去のFANTOMプロジェクトで整備されたリソースにアクセスすることができます。 第５期 (FANTOM５)では、ヒトの主要な組織、200種以上の癌細胞、30種類の細胞分化やマウス発生の経時解析用サンプル、200種以上の初代培養細胞、などから抽出したRNAについて1分子CAGE法を用いてプロモーター及びエンハンサーの活性を測定しており、CAGE ピーク領域とアノテーション、パスウェイクラスタ、エンハンサー、サンプルオントロジーなど網羅的解析により得られたリソースデータが公開されています。 |
| 生物種: | , |
| タグ （対象）: | DNA, RNA |
| タグ (データの種類): | 配列, 発現 |
| 論文等 (PubMed ID/DOI): | PubMed ID: DOI: PubMed ID: DOI: |
| 言語: | 日本語, 英語 |
| 稼動状況: | 稼動中 |
| 一括ダウンロードデータへのリンク: | http://fantom.gsc.riken.jp/data/ |
| 一括ダウンロードデータのデータ説明: | ― |
| データベースの利用許諾へのリンク: | http://fantom.gsc.riken.jp/data/ |
| データベースの使い方 | ― |
| データベースの連絡先: | ― |
| API / SPARQL endpoint: | ― |
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LSDBアーカイブへのリンク:
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https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/fantom5/desc.html |
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MEDALSデータベース便覧へのリンク:
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統合TVへのリンク:
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FAIRsharingへのリンク:
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類似データベース:
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FANTOM4 FANTOM6 D3G DiProDB The UCSC Archaeal Genome Browser The Diatom EST Database Noncoding RNA database Yeast Searching for Transcriptional Regulators and Consensus Tracking Transmembrane Helices in Genome Sequences Plant snoRNA Database |
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レコード管理者:
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Integbio Database Catalog |
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レコードの由来:
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レコード公開日:
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2014-05-07 |
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レコード最終更新日:
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2022-01-20 |
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本レコードの利用条件:
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Creative Commons CC0 license |