tRNADB-CE: tRNA gene database curated manually by experts
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| 運用機関名: | 新潟大学 工学部情報工学科 (J-Globalへのリンク) |
| 運用機関所在国・地域: | 日本 |
| 説明: | 3種類のtRNA遺伝子予測プログラム（tRNAScan-SE、Aragorn、tRNAfinder）を用いて、塩基配列の解読された原核生物や真核生物のゲノムからtRNA遺伝子の網羅的検索を行い、その結果を収録しています。プログラム間で予測結果が一致しない場合にはエキスパートが手作業で精査しています。生物種ごとにコドン使用頻度とtRNA遺伝子数との関係を閲覧することができ、メジャーisoaccepting tRNAが解読するコドン(適合コドン)やマイナーtRNAが解読するコドン（不適合コドン）を調べることができます。 |
| 生物種: | , , |
| タグ （対象）: | ゲノム/遺伝子, RNA |
| タグ (データの種類): | 配列 |
| 論文等 (PubMed ID/DOI): | PubMed ID: DOI: PubMed ID: DOI: |
| 言語: | 英語 |
| 稼動状況: | 稼動中 |
| 一括ダウンロードデータへのリンク: | https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/trnadb-ce/download.html |
| 一括ダウンロードデータのデータ説明: | ftp://ftp.biosciencedbc.jp/archive/trnadb_ce/LATEST/README.html |
| データベースの利用許諾へのリンク: | https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/trnadb-ce/lic.html |
| データベースの使い方 | ― |
| データベースの連絡先: | ― |
| API / SPARQL endpoint: | ― |
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LSDBアーカイブへのリンク:
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https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/trnadb-ce/desc.html |
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MEDALSデータベース便覧へのリンク:
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統合TVへのリンク:
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https://togotv.dbcls.jp/result.html?type=manual&page=1&query=tRNADB-CE |
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FAIRsharingへのリンク:
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類似データベース:
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Codon Table Codon Usage Database GtRNAdb Extremobase mitotRNAdb PlantRNA tRNAdb Streptococcus pyogenes Komugi GSP Noncoding RNA database |
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レコード管理者:
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Integbio Database Catalog |
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レコードの由来:
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レコード公開日:
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2011-12-08 |
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レコード最終更新日:
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2022-01-24 |
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本レコードの利用条件:
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Creative Commons CC0 license |