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GTOP (Rice version): Genomes to protein structures and functions
国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構 (J-Globalへのリンク) | |
日本 | |
国立遺伝学研究所が公開している「GTOP」のイネ限定版です。GTOPはゲノムにコードされる全タンパク質の配列データを解析した結果をまとめたデータベースで、配列相同性解析を主な手段としており、立体構造予測(対PDBの配列相同性検索。Reverse PSI-BLASTを使用)、機能予測(対Swissprotの配列相同性検索。BLASTを使用)、モチーフ解析(PROSITE)、ファミリー分類(Pfam)、膜貫通ヘリックス予測(SOSUI)、コイルドコイル予測(Multicoil)、繰り返し配列解析(RepAlign)の結果が収録されています。 | |
タンパク質 | |
配列, 3D構造 | |
PubMed ID: DOI: PubMed ID: DOI: PubMed ID: DOI: PubMed ID: DOI: PubMed ID: DOI: PubMed ID: DOI: PubMed ID: DOI: | |
日本語, 英語 | |
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ftp://spock.genes.nig.ac.jp/pub/gtop/ | |
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GTOP DB-SPIRE(アーカイブ) MobiDB PDBSTR SAHG (アーカイブ) RepeatsDB Sequence Navigator GPCRdb MIPModDB: A Central Resource for the Superfamily of Major Intrinsic Proteins InterEvol database |
Integbio Database Catalog | |
2011-12-08 | |
2017-08-06 | |
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