休止
(14日以上)
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iCOD: Integrated Clinical Omics Database
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| 運用機関名: | 東京医科歯科大学 (J-Globalへのリンク) |
| 運用機関所在国・地域: | 日本 |
| 説明: | 医療への応用に向けたゲノム、プロテオームなどの分子情報の成果をこれまでの臨床・病理情報や環境情報と関連づけ、新たな臨床医学として体系化するためのデータベースを目指しています。2005年より収集したがん症例について、臨床・病理情報、環境情報および分子情報を利用し、研究デザインに沿った統計解析、症例ごとの病態像について固体レベルから、組織レベル、細胞レベルに至るまで、横断的に視覚化するための情報を統合しています。 「症例一覧」「臨床オミックス解析」「遺伝子検索」の３つのメニューがあります。 「症例一覧」とは、2005年より東京医科歯科大学医学部附属病院および本プロジェクトの協力機関にて、研究の同意を得た患者様より頂いた臨床・病理・環境データを元にデータベースを作成しています。主に癌を対象とするいくつかの組織に関して、背景（病歴、生活歴等）、検査所見（血液、尿、画像検査の結果）、病理所見、治療、予後といった情報を多く、網羅的に掲載しています。個人が特定されないための匿名化および個人の特定情報については掲載していません。また、癌細胞における遺伝子発現情報、検体情報についても合わせて掲載しています。 「臨床オミックス解析」とは、臨床、病理、分子の3つの情報を横断的に統計解析し、病態と遺伝子の相関を見るための解析機能のことです。二次元三層マップとは、各層（臨床層、病理層、分子層）で使用するデータの種類と計算方法を指定し、二次元マップ上に配置します。 ある層のある点を選択すると、それに該当する、別の層での位置と関係性が見えるため、それぞれの相関や関係性が視覚的に認識ことができます。また、正則化正準相関分析による、全データの統合的な表示によって、臨床・病理情報と遺伝子発現データとの相関を一度に把握することができます。 「遺伝子検索」では、疾患を選択し、遺伝子名かプローブセットIDを入力すると、対象遺伝子の正常細胞と比較した時の遺伝子発現値を検索できます。 |
| 生物種: | |
| タグ （対象）: | ゲノム/遺伝子, 健康/疾患, 細胞/オルガネラ |
| タグ (データの種類): | 発現, 画像/動画, 書誌/ドキュメント |
| 論文等 (PubMed ID/DOI): | PubMed ID: DOI: |
| 言語: | 日本語, 英語 |
| 稼動状況: | 休止 |
| 一括ダウンロードデータへのリンク: | ― |
| 一括ダウンロードデータのデータ説明: | ― |
| データベースの利用許諾へのリンク: | ― |
| データベースの使い方 | ― |
| データベースの連絡先: | ― |
| API / SPARQL endpoint: | ― |
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LSDBアーカイブへのリンク:
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MEDALSデータベース便覧へのリンク:
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統合TVへのリンク:
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FAIRsharingへのリンク:
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類似データベース:
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東京都医学研・脳神経病理データベース PFDB NCC-CIR SBM DB 病理コア画像 GFP-fusion library of Schizosaccharomyces pombe General Practice Notebook Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology Open Connectome Project Parkinson's Disease Biomarkers Program Data Management Resource |
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レコード管理者:
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Integbio Database Catalog |
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レコードの由来:
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レコード公開日:
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2011-12-08 |
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レコード最終更新日:
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2012-10-01 |
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本レコードの利用条件:
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Creative Commons CC0 license |