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CSML: Cell System Markup Language
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| 運用機関名: | 東京大学 医科学研究所 (J-Globalへのリンク) |
| 運用機関所在国・地域: | 日本 |
| 説明: | CSMLは、細胞内の遺伝子制御ネットワーク、代謝ネットワーク、シグナル伝達系、細胞間の制御関係などを、システムダイナミクスを含めて記述するためのXMLフォーマットです。他の生体内パスウェイ記述 XMLフォーマットであるCellMLやSBML形式を包含できるよう定義されています。さらに、より厳密かつ効率的に他形式とのデータのやりとりを実現するため、CSMLは、OWL(Web Ontology Language)で記述したオントロジー言語CSO(Cell System Ontology)を利用して定義しています。CSOは、シグナル伝達経路や遺伝子制御ネットワークをダイナミクスを含めて知識表現するにおいて必須と考えられる語彙を定義しています。さらに、さまざまなアプリケーション間で視覚情報も標準化して相互にやりとりできるようにするため、CSOでは各語彙に対して標準のアイコンを定義しています。 |
| 生物種: | ― |
| タグ （対象）: | タンパク質, 細胞/オルガネラ |
| タグ (データの種類): | オントロジー/用語/命名法, 相互作用/パスウェイ |
| 論文等 (PubMed ID/DOI): | ― |
| 言語: | 英語 |
| 稼動状況: | 休止 |
| 一括ダウンロードデータへのリンク: | http://www.csml.org/models/ |
| 一括ダウンロードデータのデータ説明: | ― |
| データベースの利用許諾へのリンク: | ― |
| データベースの使い方 | ― |
| データベースの連絡先: | ― |
| API / SPARQL endpoint: | ― |
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LSDBアーカイブへのリンク:
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MEDALSデータベース便覧へのリンク:
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統合TVへのリンク:
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FAIRsharingへのリンク:
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類似データベース:
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INOH Pathway Database （アーカイブ） GON PINT PCoM MoonDB DBGET Search - ENZYME Protein Interaction Network Analysis platform PRO MONDO OBO |
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レコード管理者:
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Integbio Database Catalog |
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レコードの由来:
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レコード公開日:
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2011-12-08 |
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レコード最終更新日:
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2020-08-10 |
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本レコードの利用条件:
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Creative Commons CC0 license |