カイコ参照トランスクリプトームデータ
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| 運用機関名: | 国立研究開発法人科学技術振興機構 NBDC事業推進部 (J-Globalへのリンク) |
| 運用機関所在国・地域: | 日本 |
| 説明: | カイコの組織別遺伝子発現データのデータベースです。カイコの新規リファレンスゲノム配列を用いてRNAseqで解析したカイコP50T系統の前部絹糸腺、後部絹糸腺、中部絹糸腺（前部・中部・後部）、中腸、脂肪体、マルピーギ管、精巣、卵巣のトランスクリプトームデータに、SRAから収集したデータも加え、TPM値で比較しています。カイコの各転写物をヒト、ショウジョウバエの遺伝子セットに対してBlast検索した結果をアノテーションとして示しています。データは国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構(農研機構) 生物機能利用研究部門/農業情報研究センターによって作成され、生命科学系データベースアーカイブから公開されています。 |
| 生物種: | |
| タグ （対象）: | ゲノム/遺伝子 |
| タグ (データの種類): | 発現, 配列, 局在 |
| 論文等 (PubMed ID/DOI): | PubMed ID: DOI: |
| 言語: | 日本語, 英語 |
| 稼動状況: | 稼動中 |
| 一括ダウンロードデータへのリンク: | https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/kaiko/download.html |
| 一括ダウンロードデータのデータ説明: | https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/kaiko/LATEST/README.html |
| データベースの利用許諾へのリンク: | https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/kaiko/lic.html |
| データベースの使い方 | ― |
| データベースの連絡先: | https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/kaiko/desc.html |
| API / SPARQL endpoint: | ― |
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LSDBアーカイブへのリンク:
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https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/kaiko/desc.html |
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MEDALSデータベース便覧へのリンク:
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統合TVへのリンク:
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FAIRsharingへのリンク:
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類似データベース:
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SAGD MitoGenesisDB Melonet DB TodoFirGene Tree Shrew Database Soybean Proteome Database mirEX ViBrism Database MOROKOSHI Sorghum transcriptome database EnhancerAtlas 2.0 |
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レコード管理者:
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Integbio Database Catalog |
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レコードの由来:
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レコード公開日:
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2019-10-23 |
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レコード最終更新日:
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2022-05-29 |
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本レコードの利用条件:
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Creative Commons CC0 license |