Currently, the NBDC RDF portal only accepts submissions from research groups in Japan due to the limitations of human and mechanical resources.
The requirements are RDF file(s), a metadata entry sheet, schema diagram(s) and sample SPARQL queries. Only openly available RDF dataset is accepted. In addition, it is necessary to correspond to NBDC's RDF review process. First of all, if you want to submit the RDF dataset, please contact rdf-portal @ integbio.jp.
Datasets
Datasets view shows the list of the RDF datasets sorted by date last updated by default. Each database icon is linked to the corresponding detailed view. User can sort the datasets by alphabetical order, the number of triples or data provider in ascending or descending order by using the control panel in the bottom of the view. User can also filter the datasets by selecting the database categories.
Statistics
Statistics view shows the summary table of statistics of all datasets in this portal.
Links
Links view shows the networks consisting of the links among the RDF datasets in this portal and external datasets, which are listed in the Statistics section of each Details view.
SPARQL
SPARQL endpoint is available against all RDF datasets in this portal. User can execute a SPAQL query written in the query form by clicking the Run Query button. A number of prefixes for major ontologies such as dublin core, dcterms, skos, foaf, xsd, obo are predefined and user can user those prefixes without defining prefixes with @prefix notations. Predefined prefixes are listed in >https://integbio.jp/rdf/sparql?nsdecl< .
Details
Each dataset has its Details view. Details consists of five subsections: Specification, Linked datasets, Statistics, Schema, SPARQL examples and Stanzas.
Specification
Specification section shows meta-data of the dataset: the database categories, the provider, the creators, the latest version, the date issued and the license. The RDF files are also available in this section.
Linked datasets
Linked datasets section shows the statistics of the external links from the dataset. The links in th< form of '>an resource in the dataset< rdfs:seeAlso >an external URI registered in identifiers.org<' are enumerated
Statistics
Statistics section shows the detailed statistics such as the number of each class and property used.
Schema
Schema section shows the schematic image of the RDF model.
SPARQL examples
SPARQL examples section shows example SPARQL queries against the dataset. By clicking the SPARQL button below each query new browser window of the NBDC SPARQL endpoints service will be opened with the example query filled in the query from. User can directly execute the query by clicking the Run Query button below the query form.
Stanzas
Stanza is a web application querying SPRQL endpoints, which is developed by the TogoStanza framework. Stanzas section shows the stanzas using the RDF dataset.
SPARQL samples
Here are some SPARQL query samples against the NBDC RDF portal.
Sample 2
Counts the number of PubMed document citations in each dataset
Sample 3
Retrieve a sample exposed to doxorubicin and the blood test result
Sample 4
Count peptide spectrum matches of a protein
sample 5
Retrieve PDB entries having a secondary structure with beta-sheet to loop to beta-sheet and forming hairpin structure
Sample 6
Retrieve UniProt URIs, ligands, organisms and references from wwPDB/RDF
Datasets
Datasets ページでは、RDFデータセットの一覧が、デフォルトでは更新日順に表示されます。それぞれのデータセットのアイコンは、各データセットのDetailsページにリンクされています。画面下部にある表示設定パネルで、更新日以外にも、アルファベット順、RDFトリプル数順、データ提供者順に、降順または昇順で並べ替えることができます。また、各データセットのデータベースカタログ分類を選ぶことで、表示されるデータセットを絞り込むこともできます。
Statistics
Statistics ページでは、本ポータルサイトに収録された全てのデータセットの統計情報を要約したテーブルが表示されます。
Links
Links ページでは、本ポータルに収録されたRDFデータセットおよび、外部のデータセットの間のリンクから構成されるネットーワーク図が表示されます。リンク情報は、各データセットのDetailsページのStatisticsに一覧されているものを利用しています。
SPARQL
全てのRDFデータセットに大して、SPARQLクエリを実行するためのエンドポイントを提供しています。Query: フォームに記述したSPARQLクエリを、Run Queryボタンをクリックすることで実行することができます。dublin core, dcterms, skos, foaf, xsd, obo 等の主要なオントロジーについては本ポータルにもロードされており、@prefix 記法で定義することなく、予め定義された接頭辞を利用することができます。利用できる接頭辞は、>https://integbio.jp/rdf/sparql?nsdecl< で参照できます。
Details
Details ページでは、各データセットの詳細情報が表示されます。Specification, Linked datasets, Statistics, SPARQL examples, Stanzas の5つのセクションから構成されています。
Specification
Specification セクションには、各データセットに関する、データベースカテゴリー、データ提供者、データ構築者、最新バージョン、構築日、ライセンス等のメタ情報が表示されます。RDFファイルそのものも、このセクションからダウンロードすることができます。
Linked datasets
Linked datasets セクションには、外部リンクへの数が表示されています。次の形式のトリプル '>本データセットのURI< rdfs:seeAlso >identifiers.orgのURI<' の数を利用しています。
Statistics
Statistics セクションには、各クラス、各プロパティ毎のトリプル数等の詳細な統計情報が表示されます。
Schema
Schema セクションには、各データセットのRDFモデルのスキーマ図が表示されます。
SPARQL examples
SPARQL examples セクションでは、各データセットに関するSPARQLクエリの例が表示されます。各SPARQLクエリの下にあるSPARQLボタンを押すことで、SPARQLエンドポイントサービスのページが新しいウインドウで表示されます。query フォームには、SPARQL exmaple が記述されいるので、Run Query ボタンを押すことで、直接クエリを実行することができます。
Stanzas
スタンザとは、TogoStanza を用いて作られたSPARQLを利用するウェブアプリケーションのことです。
Stanzas セクションでは、各RDFデータセットを利用した、スタンザアプリケーションが表示されています。