データベースのレコード一覧  (件数: )

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生物種: All
説明: すべてのタンパク質とゲノムに関する構造的および機能的アノテーションを収録したデータベースです。SCOPスーパーファミリーレベルで構造タンパク質ドメインを表す隠れマルコフモデルのコレ... 詳細へ
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運用機関: Manitoba Centre for Proteomics and Systems Biology (MCPSB)
生物種: All
説明: プロテオミクス実験に関連して、配列アサインメント検証など、特定のバイオインフォマティクス関連タスクに必要な最小限の情報を保持するデータベースです。ほとんどのデータは一連の XML フ... 詳細へ
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運用機関: International Mycological Association (IMA), U.S. National Library of Medicine
生物種: Fungi
説明: 新規に同定された菌の命名エラーを回避するため、菌学上の新たな名称を関連情報と組み合わせて文書化したオンラインデータベースです。最終的には説明とイラストが組み合わされます。 詳細へ
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運用機関: Institute for Systems Biology (ISB), Seattle Proteome Center
生物種: Apis | Bos taurus | Caenorhabditis elegans | Candida | Danio rerio | ...
説明: タンデム質量分析プロテオミクス実験で同定されたペプチドのデータベースです。 詳細へ
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運用機関: Institut National de la Sante et de la Recherche Medicale (INSERM)
生物種: Viruses
説明: VirHostNet 2.0は広範囲に及ぶ原著の文献がキュレートされた、公開されたデータで補完されたウイルス/ウイルス間およびウイルス/ホストのタンパク質間相互作用のデータセットを統合していま... 詳細へ
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運用機関: Laboratoire de Microbiologie et Genetique Moleculaires (LMGM), SBI, bioinsilico.org
生物種: All
説明: 既知のタンパク質構造から抽出されたループの構造的分類のコレクションです。この構造的分類は、ループの幾何学的形態および立体配座に基づいて行われます。幾何学的形態は、4 つの内部変数... 詳細へ
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運用機関: Laboratoire de Microbiologie et Genetique Moleculaires (LMGM), SBI
生物種: Gallus gallus | Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus
説明: オーソロガスな脊椎動物遺伝子のプロモーターにおいて同定された既知の結合部位から得られたアノテーション付き調節因子結合部位のデータベースです。 詳細へ
運用機関: International Centre Genetic Engineering and Biotechnology (ICGEB), Jedlik Laboratories: Bioinformatics, Faculty of Information Technology, Pázmány Péter Catholic University
生物種: All
説明: 機械学習法の性能比較ができるタンパク質分類の標準データセットを作成するためのコレクションです。配列と構造のデータセットが含まれています。 詳細へ
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運用機関: National Centre for Scientific Research (CNRS), Institut de Biologie et Chimie des Proteines (IBCP), Centre National de la Recherche Scientifique, Laboratoire de Microbiologie et Genetique Moleculaires (LMGM)
生物種: Hepatitis C virus
説明: C型肝炎ウイルスのタンパク質配列、構造および機能解析、ならびに構造生物学を主たる焦点とするデータベースです。 詳細へ
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運用機関: Forsyth Institute
生物種: Bacteria | Fungi
説明: ヒトの口腔内に存在する600種以上の原核生物種に関する、部位特異的な包括的データベースです。キュレーションされた 16S rRNA 遺伝子に基づく暫定的命名法と、分類学的情報に基づくゲノム情... 詳細へ
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運用機関: Digital Science, Macmillan Publishers, Datacite
生物種: All
説明: ユーザーの研究者が、自らの研究成果のすべてを、引用、共有、発見が可能な形で公開することができるリポジトリです。 詳細へ
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運用機関: Comparative Genomics Group (CRG)
生物種: All
説明: 遺伝子系統(phylomes)の完全なカタログのための公共データベースです。本リソースを用いて、遺伝子の履歴を、系統樹および複数の配列アラインメントを用いて視覚化することができます。 詳細へ
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運用機関: Laboratoire Architecture et Fonction des Macromolecules Biologiques (AFMB), Université d'Aix-Marseille
生物種: All
説明: グリコシド結合を分解、改変、または生成する酵素の触媒および炭水化物結合モジュール(または機能的ドメイン)の構造関連ファミリーを記述するデータベースです。 詳細へ
運用機関:
生物種:
説明: Protein Data Bank (PDB) の構造、リガンド、およびアノテーションが付された機能部位残基のデータベースです。PDB コードまたは Uniprot のアクセス番号およびキーワードを用いてアクセス可... 詳細へ
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運用機関: International Cooperation Center for Agricultural Research for Development (CIRAD), Bioversity International, Generation Challenge Programme, South Green
生物種: Viridiplantae
説明: 主要な植物門の進化に関する 37 の完全ゲノムを含むデータベースです。位相同型の植物ファミリーを、広範かつ一貫した形で定義するため、これらのゲノムのクラスタリングが行われました。 詳細へ
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運用機関: Cincinnati Children's Hospital Medical Center
生物種: Homo sapiens
説明: ヒトの一塩基多型(SNP)とそのアノテーションをまとめた統合的データベースです。 詳細へ
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運用機関: Cincinnati Children's Hospital Medical Center, National Institute of Health
生物種: Homo sapiens | Mus musculus
説明: ヒトおよびマウス遺伝子のオーソログセットを系統的に分析することによって得られた、保存された調節因子のデータベースです。NCBI の参照配列(RefSeq)データベースにおけるマウスおよびヒ... 詳細へ
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運用機関: Centre de Biochimie Structurale (CBS)
生物種: All
説明: knottin構造ファミリータンパク質(別名:インヒビターシスチンノット[Inhibitor Cystine Knot: ICK] モチーフ/ファミリー/フォールド)に関する標準化されたデータを提供するデータベースで... 詳細へ
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運用機関: LBI Team (CEA)
生物種: Arabidopsis thaliana | Drosophila melanogaster | Escherichia coli | Helicobacter pylori | Homo sapiens | ...
説明: タンパク質 - タンパク質相互作用ネットワークを推測する自動予測ツールです。オーソロジーと既知の相互作用を用いる本ツールは、多くの種に使用できます。interolog 概念に基づいたメソッド... 詳細へ
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運用機関: Cambridge Crystallographic Data Centre (CCDC)
生物種: All
説明: 1965年に創設された、小分子有機結晶および金属-有機結晶構造の世界的なデータベースです。X線および中性子回折解析から得られた 80 万件以上のエントリーを含むこのユニークなデータベース... 詳細へ
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運用機関: BGEE administrators
生物種: Anolis carolinensis | Bos taurus | Caenorhabditis elegans | Danio rerio | Drosophila melanogaster | ...
説明: 複数のデータタイプ(RNA-Seq、Affymetrix、in situ ハイブリダイゼーション、および EST データ)から作成された複数の動物種の遺伝子発現パターンを検索・比較するためのデータベースです。... 詳細へ
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運用機関: BC Cancer Agency
生物種: Caenorhabditis elegans | Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus
説明: ゲノムスケールのモチーフ探索、類似性、クラスタリング、共発生および共発現計算により同定された保存配列モチーフを収録したデータベースです。配列インプットには、低カバレージゲノム配... 詳細へ
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運用機関: Baylor College of Medicine
生物種: Drosophila melanogaster
説明: 単一の転移性因子を用いた、ショウジョウバエの遺伝子破壊ラインの公的リソースです。 詳細へ
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運用機関: California Academy of Sciences
生物種: Formicidae
説明: アリの既知の種を文書化したウェブサイトです。各々の種についてのレコードは、地理的分布や生活史に関連づけられており、写真も含まれています。 詳細へ
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運用機関: American Chemical Society
生物種: All
説明: CAS は米国化学会(American Chemical Society) の一部門であり、化学物質情報のデータを提供しています。CAS 登録番号(CAS RN または CAS番号と呼ばれることが多い)は、化学物質の認識違... 詳細へ
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運用機関: AGRIS Administrators, Ohio State University
生物種: Arabidopsis thaliana
説明: シロイヌナズナのプロモーター配列、転写因子、およびそれらの標的遺伝子を収録した新しい情報リソースです。現在、AtcisDB (Arabidopsis thaliana cis-regulatory database)および AtTFD... 詳細へ
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運用機関: AFTOL Team, Oregon State University
生物種: Fungi
説明: 生命の主要なクレードの1つである、菌界の進化の理解を大幅に強化することを目的とするプロジェクトです。 詳細へ
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運用機関: Max Planck Institute of Molecular Plant Physiology (MPIMP)
生物種: Viridiplantae
説明: 大規模スクリーニングや新規代謝バイオマーカー発見のために、最も広く利用されているルーチン技術のためのガスクロマトグラフィー(GC)質量分析(MS)の基準スペクトル、基準代謝産物プロ... 詳細へ
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運用機関:
生物種: All
説明: フローサイトメトリー実験のデータベースです。MIFlowCyt 標準に従って収集およびアノテーション付けされたデータを照会およびダウンロードすることができます。データは一般的に査読済み論... 詳細へ
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運用機関: J. Craig Venter Institute (JCVI), Northrop Grumman Health IT, Vecna Technologies
生物種: Influenza virus
説明: 米国国立アレルギー・感染症研究所が、Bioinformatics Resource Centers プログラムを通じて資金を提供し、公開されているインフルエンザに関するオープンアクセスの公開リソースです。イン... 詳細へ
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運用機関: Neuroscience Information Framework (NIF)
生物種: All
説明: 研究者に論文で使用されている抗体を普遍的に同定する方法を提供するためのレジストリです。約 200 のサプライヤーが販売する市販抗体のリストが掲載されています。各々の製品には一意の識別... 詳細へ
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運用機関: Centre for Structural and Functional Genomics, Concordia University
生物種: Fungi
説明: 特徴が同定されている真菌由来のリグノセルロース - 活性タンパク質に関する知識とアノテーションを検索することができるリソースです。 詳細へ
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運用機関: American Society for Cell Biology (ASCB)
生物種: All
説明: 細胞の画像、動画、およびアニメーションを集めた公共データベースです。簡単にアクセスでき、多様な生物、細胞型、細胞プロセスをカバーしています。本データベースは、人間の健康を向上さ... 詳細へ
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運用機関: Comparative Genomics Group (CRG)
生物種: Musa | Oryza | Solanaceae | Viridiplantae
説明: 植物の抵抗性遺伝子に関する情報が毎日更新されるオープンな場です。このファミリーに関するすべての情報が保存され、キュレーションされ、議論されています。研究コミュニティによる植物耐... 詳細へ
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運用機関: 慶應義塾大学 医学部 臨床遺伝学センター
生物種: Homo sapiens
説明: 日本人の生殖細胞系列の病的変異(バリアント)の情報を提供するデータベースです。主に難病希少疾患領域における病的変異の情報を、論文からのキュレーションや既存のデータベースから収録... 詳細へ
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運用機関: 特定国立研究開発法人理化学研究所
生物種: Homo sapiens
説明: 核酸医薬の開発支援のための、ヒトと実験動物(霊長類)のRNAデータを網羅するデータベース(2019年3月現在テスト版)です。RefSeq、Gencode、FANTOM5のデータから作成されたヒトのゲノムやR... 詳細へ
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運用機関: 国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所
生物種:
説明: 医薬基盤・健康・栄養研究所が公開している16のデータベース(生物資源および研究データ)を横断的に検索できるシステムです。キーワードを入力し、対象のデータベースを選択した検索の他、... 詳細へ
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運用機関: 日本環境変異原学会
生物種: Homo sapiens | Bacteria | Salmonella Typhimurium | Escherichia coli | Drosophila | ...
説明: 天然物を含め、食品や食品添加物、医薬品や医療用品、農薬などのほか、それらの材料として使用されてきた既存の工業用化学物質に対して国内外で行われた変異原性試験の結果を収集したデータ... 詳細へ
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運用機関: 難病プラットフォーム
生物種: Homo sapiens
説明: 日本医療研究開発機構(AMED)の「難治性疾患実用化研究事業」および厚生労働省が所管する「難治性疾患政策研究事業」で行われている難病を対象としたレジストリ研究の共通基盤を提供するサ... 詳細へ
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運用機関: 東京大学医学部附属病院
生物種: Homo sapiens
説明: 東京大学医学部附属病院脳神経外科で開発された健常成人(アジア人男性)の頭部解剖構造の3次元コンピュータグラフィックス(ポリゴンモデル)です。検体データを基礎とし、複数の教科書や医... 詳細へ
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運用機関: Neotoma Leadership Council
生物種: Spermatophyta | Vertebrata | Bacillariophyta | Ostracoda | Insecta | ...
説明: コミュニティベースの古生態学データベースです。約500万年前からの花粉、哺乳類、珪藻、貝形虫などの化石のデータおよび地質学データを含みます。ユーザーはCC BY 4.0の利用条件の下でデー... 詳細へ
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運用機関: 国立科学博物館
生物種: Tracheophyta
説明: 日本の絶滅危惧維管束植物(環境省 2012)について、周辺地域となる中国、韓国、台湾、ロシア東部における分布と状態(絶滅危惧あるいは非絶滅危惧)を、各国および各地域のレッドリストをも... 詳細へ
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運用機関: 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター, TEC group
生物種: Escherichia coli
説明: 大腸菌の全シグマ因子・転写因子とその制御標的遺伝子セットを格納したデータベースです。新規に開発したGonomic SELEX法により、全シグマ因子・転写因子の認識配列を同定しています。転写因... 詳細へ
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運用機関: 東京大学, 国立研究開発法人 森林研究・整備機構, 地方独立行政法人 北海道立総合研究機構, 明治大学
生物種: Abies sachalinensis
説明: トドマツのトランスクリプトームデータベースです。網羅的に収集された、トドマツの主要な器官(雄花、雌花、新葉、内樹皮)で働く遺伝子の発現と塩基配列情報およびアノテーションを提供し... 詳細へ
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運用機関: 京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター
生物種: Bacteria | Archaea | Viruses | Eukaryota
説明: ウィルスとその宿主をNCBI taxonomy IDのペアとして整理したデータベースです。NCBI/RefSeq、またはアクセッション番号がEBI GenomesにリストされたGenBankに完全長ゲノム配列が置かれている... 詳細へ
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運用機関: 大阪府立大学大学院 生命環境科学研究科 緑地環境科学専攻
生物種: Embryophyta
説明: 大阪府立大学キャンパスおよび森林、公園、緑化現場などで出現した樹木の実生画像約170種を紹介しています。 詳細へ
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運用機関: 東邦大学 理学部 生物分子科学科
生物種: Homo sapiens
説明: 核内ホルモン受容体スーパーファミリーで転写因子として働く retinoid X receptor (RXR) のヒトゲノム内の結合部位配列および結合部位内のrSNPs (regulatory SNPs) の情報を提供するサイトで... 詳細へ
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運用機関: 公益財団法人 かずさDNA研究所
生物種: Allium cepa | Allium cepa var. aggregatum | Allium roylei | Allium fistulosum
説明: ネギ属のトランスクリプトームデータベースです。次世代シークエンサーによるRNA-Seqで、日本ネギ(A. fistulosum, FF)、Shallot (A. cepa Aggregatum group, AA)、Shallot由来の余分な染色... 詳細へ
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運用機関: 大阪府立大学大学院 生命環境科学研究科 緑地環境科学専攻
生物種: Embryophyta
説明: 大阪府立大学のキャンパスに生育する200種以上の樹木を紹介しています。種名・科名・花やたねおよび風景の写真から樹木の検索ができます。 詳細へ
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運用機関: 大阪府立大学大学院 生命環境科学研究科 緑地環境科学専攻
生物種: Aves
説明: 大阪府立大学とその隣にあるにさんざい古墳で観察された野鳥約40種を紹介しています。種名・科名・および風景の写真から検索ができます。 詳細へ