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FaceBase

運用機関: University of Southern California (USC)

生物種: Danio rerio | Homo sapiens | Mus musculus

説明: FaceBase は、頭蓋顔面の発達と奇形に関するデータベースです。マウス、ヒト、メダカ、チンパンジーについて頭蓋顔面の形成に関わる遺伝子の発現、ゲノムと表現型、CHip-seqについてのデータ... 詳細へ

National Sleep Research Resource: NSRR

運用機関: Division of Sleep & Circadian Disorders, Brigham and Women's Hospital/Harvard Medical School

生物種: Homo sapiens

説明: 睡眠の研究に関する十分に特徴が明らかにされている研究コホートと臨床試験から収集された、匿名化された生理学的シグナルおよび臨床データ要素の大規模コレクションです。提供されたツール... 詳細へ

Mexican Health and Aging Study: MHAS

運用機関:

生物種: Homo sapiens

説明: メキシコの50歳以上の成人を対象とした全国縦断健康調査のサイトです。研究目的は主に以下の２点です：1) 大規模な高齢のメキシコ人回答者グループにおける高齢化過程とその病気および障害に... 詳細へ

Mediterranean Founder Mutation Database: MFMD

運用機関: Institut National de la Sante et de la Recherche Medicale (INSERM), Pasteur Institute of Morocco

生物種: Homo sapiens

説明: 地中海地域の集団における創始者変異データの包括的なデータベースです。遺伝子の変異、疾患、居住地、変異頻度などを収録しています。疾患名、遺伝子名による検索が可能です。地中海地域の... 詳細へ

Model Archive - theoretical models of macromolecular structures: Model Archive

運用機関: Biozentrum, University of Basel, SIB, Swiss Institute of Bioinformatics

生物種:

説明: 学術的文献の中で発表された計算マクロ分子モデルを安定して保存、提供するアーカイブです。寄託された各モデルについて、概要、モデル画像、データマテリアル、計算工程を収録しています。... 詳細へ

Database of small human non-coding RNAs: DASHR

運用機関: University of Pennsylvania, Institute for Biomedical Informatics (IBI), University of Pennsylvania

生物種: Homo sapiens

説明: ヒトの低分子ノンコーディング RNA （sncRNAs）の全ての重要なクラスを対象に、アノテーションと配列決定に基づく発現データを統合的に提供するデータベースです。遺伝子、前駆体と成熟sncRN... 詳細へ

Library of Integrated Network-Based Cellular Signatures Data Portal: LINCS Data Portal

運用機関: Centre for Proteomic and Genomic Research (CPGR)

生物種: Homo sapiens

説明: 細胞シグネチャーに関する統一されたネットワークベースのデータポータルです。LINCS データセットパッケージと試薬を検索することができる統一的なインターフェースを提供します。LINCS の... 詳細へ

休止
(14日以上)

Electronic Medical Records and Genomics: eMERGE

運用機関:

生物種: Homo sapiens

説明: eMERGE は、米国国立ヒトゲノム研究所（NHGRI）によって組織され、かつ資金提供を受けた国家的ネットワークです。DNA 生体リポジトリと、ゲノム医学の実施を支援する大規模かつハイスループ... 詳細へ

Autism Brain Imaging Data Exchange: ABIDE

運用機関:

生物種: Homo sapiens

説明: 自閉症スペクトラム障害（ASD）患者と対照群から得られた機能的および構造的脳イメージングデータのデータベースです。ABIDE IとABIDE II の２つのコレクションで構成されています。ABIDE I... 詳細へ

休止
(4日目)

The Pain and Interoception Imaging Network: PAIN

運用機関: Gail and Gerald Oppenheimer Center for Neurobiology of Stress at UCLA , University of California

生物種: Homo sapiens

説明: UCLA で行われた構造的および機能的磁気共鳴スキャン（MRI、fMRI、および DTI）の脳画像アーカイブであり、すべての疼痛研究者に公開されています。詳細へ

enviPath

運用機関: Eawag, Johannes Gutenberg University

生物種: Bacteria

説明: enviPath は、微生物生体内における有機環境汚染物質の変化に関するデータベース兼予測システムです。実験的に観察された生体内変化パスウェイを保存し、表示することができる他、パスウェイ... 詳細へ

休止
(14日以上)

SigMol

運用機関: Bioinformatics Centre, Institute of Microbial Technology, Council of Scientific and Industrial Research (CSIR)

生物種: Archaea | Bacteria

説明: 原核生物におけるクオラムセンシングシグナリング分子（QSSM：quorom sensing signaling molecule）に特化したリポジトリです。様々なクオラムセンシングのシグナル伝達系に関わる QSSM に関... 詳細へ

Big Data Nucleic Acid Simulations Database: BIGNASim

運用機関: Cataland Institution for Research and Advanced Studies (ICREA), Barcelona Supercomputing Center (BSC), Barcelona University, Institute for Research in Biomedicine

生物種: All

説明: 核酸の構造に関する、原子論的ダイナミクスシミュレーション軌道と解析のためのデータベースです。軌道データを保存する Cassandra、および解析とメタデータの格納を行う MongoDB の 2 つの ... 詳細へ

Super-Enhancer Archive: SEA

運用機関: College of Bioinformatics Science and Technology, Harbin Medical University, Group of Computational Epigenetic Research (GCER), Lab of Developmental Biology, Harbin Institute of Technology

生物種: All | Caenorhabditis elegans | Drosophila melanogaster | Homo sapiens | Mus musculus

説明: スーパーエンハンサーの収集、保管、オンライン分析に焦点を当てた、包括的なオンラインリソースです。複数の種におけるスーパーエンハンサーの統合と、それらの細胞同一性遺伝子発現の調節... 詳細へ

休止
(14日以上)

BioXpress

運用機関: George Washington University

生物種: Homo sapiens

説明: 遺伝子発現と疾患の関連についてのキュレーションされたデータベースです。遺伝子の発現レベルがTCGA （The Cancer Genome Atlas）で定義された各種のがんごとに表示されます。mRNAおよびmi... 詳細へ

HGTree

運用機関: Comsats Institute of Information Technology (CIIT), Seoul National University

生物種: Archaea | Bacteria

説明: 完全に配列決定された原核生物ゲノムを対象に、推定によるゲノムワイド水平遺伝子導入（HGT：horizontal gene transfer）情報を提供するデータベースです。明示的な系統樹再構築進化モデルに... 詳細へ

GeneWeaver

運用機関: Baylor University, Churchill Group, The Jackson Laboratory, University of Tennessee

説明: 非均一なデータソースから得られた遺伝子のセットを保存し、キュレーションし、分析することができる、一般に利用可能なオンラインリソースです。各データセットには文献情報、生物種、概要... 詳細へ

休止
(14日以上)

GREENC

運用機関: Sequentia Biotech SL

生物種: Chlorophyta | Viridiplantae

説明: 植物種と藻類を対象に、lncRNA （Long non-coding RNAs）のアノテーションデータを整理、保存するデータベースです。塩基配列、コーディングの可能性、折りたたみ力、GC含有率を収録してい... 詳細へ

E. coli K antigen 3-dimensional structure database: EK3D

運用機関: Indian Institute of Technology Hyderabad (IITH)

生物種:

説明: EK3D は、72 個の大腸菌 K 抗原に関するリポジトリです。糖組成、エピマーおよびエナンチオマーの形態、および糖単量体間の結合に関する情報を提供します。関連するパスウェイに基づいて４... 詳細へ

probeBase

運用機関: University of Vienna, Department of Microbiology and Ecosystem Science

生物種: All

説明: rRNA を標的としたオリゴヌクレオチドプローブおよびプライマーに関する手作業でメンテナンスおよびキュレーションされたデータベースです。各オリゴヌクレオチドエントリーについて、最新の... 詳細へ

Seanoe

運用機関: Institut francais de recherche pour l'exploitation de la mer (Ifremer)

生物種: All

説明: 海洋科学分野における学術的データを取り扱うデータベースです。海洋科学に関連する様々なデータと概要、キーワードを登録できます。このデータは、その作成者が選択したクリエイティブコモ... 詳細へ

short Open Reading Frame database: sorfs.org

運用機関: Lab of bioinformatics and computational genomics (BIOBIX)

生物種:

説明: リボソームプロファイリングを用いて同定された短いオープンリーディングフレーム(sORF) のデータベースです。リボソームプロファイリングからsORF を同定し、最先端のツールと測定基準を組... 詳細へ

Interferome

運用機関: Australian National Data Service (ANDS), eResearch Centre, Monash University

生物種:

説明: ハイスループットデータセット（マイクロアレイ、プロテオミクスデータなど）から個々のインターフェロン調節遺伝子（IRG）または IRG のシグネチャーを高い信頼性の下で同定することができ... 詳細へ

休止
(14日以上)

WholeCellSimDB

運用機関: Karr Lab, Institute for Multiscale Biology & Genomics

生物種:

説明: 全細胞モデルのシミュレーション結果を収録したデータベースです。研究者が、全細胞モデルの予測結果を簡単に調べて分析できるように設計されています。予測には以下の項目が含まれます。- ... 詳細へ

Scratchpads

運用機関: BioVeL, Encyclopedia of Life, Natural History Museum, Pensoft Publishers, The Biodiversity Heritage Library (BHL), Virtual Biodiversity Research and Access Network for Taxonomy (ViBRANT), Vizzuality, e-monocot project

生物種: All

説明: 誰もが自分のデータを共有して独自の研究ネットワークを作成できる、生物多様性研究者のためのオンライン仮想研究環境です。オンライン登録フォームを入力した研究者には無料でサイトが提供... 詳細へ

Digenic diseases database: DIDA

運用機関:

生物種: Homo sapiens

説明: 多因子遺伝の最もシンプルな形態である二遺伝子遺伝疾患の消化器疾患に関与するデータベースです。２つの遺伝子の遺伝子名、変異塩基、タンパク質、疾患名を収録しています。遺伝子、多型、... 詳細へ

Colorectal Cancer Atlas: CRC Atlas

運用機関:

生物種: Homo sapiens

説明: 結腸直腸癌の細胞株および組織に関連するゲノムおよびプロテオームを統合したオンラインリソースです。カタログ化されたデータには、定量的および非定量的タンパク質発現、配列変異、細胞シ... 詳細へ

SIGNOR, the SIGnaling Network Open Resource: SIGNOR

運用機関: Bioinformatics and Computational biology Unit, Molecular genetics Lab, University of Rome Tor Vergata

生物種: Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus

説明: 学術的な文献に掲載されているシグナリング情報を構造的に整理し、保存するオープンリソースです。得られた情報は、生物学的実体間の二元因果関係として保存され、活動フローとして図式的に... 詳細へ

VirusMentha

運用機関: University of Rome Tor Vergata

生物種: Viruses

説明: VirusMenthaはIMExコンソーシアムに関わるタンパク質ータンパク質データベースから手動キュレーションしたウイルス相互作用のコレクションです。タンパク質ータンパク質相互作用に関する情報... 詳細へ

Integrated Digitized Biocollections: iDigBio

運用機関:

生物種: All

説明: 証拠として保存されている博物学コレクションの電子的情報を収録した米国の国家的リソースです。数百万の生物標本について採集地、作成者、タキソノミーと画像を収録しています。詳細へ

休止
(14日以上)

ReMap

運用機関:

生物種: Homo sapiens

説明: 公開されている転写因子のクロマチン免疫沈降シーケンス（ChIP-seq）実験結果をEncodeデータセットと統合した、包括的解析のためのリソースです。転写因子（TF）、転写コアクチベーター（TCA... 詳細へ

休止
(14日以上)

ProteoRed

運用機関: Centro de Investigacion Medica Aplicada (CIMA)

生物種: Archaea | Bacteria | Eukaryota

説明: スペインのプロテオミクス研究施設の連携、統合、発展を目的とした国家的ネットワークサイトです。プロテオミクス分野の技術提供、Human Proteome Project (HPP) を含む国際プロジェクトへの... 詳細へ

openSNP

運用機関: Seven Bridges, openSNP Administrators

生物種: Homo sapiens

説明: ヒトのゲノムデータのクラウドソースコレクションです。SNP のジェノタイピングデータ、エクソンの配列決定データ、表現型に付されたアノテーション、定量化された自己追跡データを提供しま... 詳細へ

休止
(14日以上)

PlasmID

運用機関: Beth Israel Deaconess Medical Center, Boston Children's Hospital, Division of Sleep & Circadian Disorders, Brigham and Women's Hospital/Harvard Medical School, Dana-Farber Cancer Institute, Harvard Medical School, Massachusetts General Hospital, National Cancer Institute

生物種: Homo sapiens | Mus musculus

説明: プラスミドの配列決定とプラスミドサービスを廉価に提供するサービスです。ベクターの名前、種類、サイズ、クローンの挿入配列などが収録されています。ほとんどのヒトの cDNA および shRNA ... 詳細へ

National Database for Clinical Trials related to Mental Illness: NDCT

運用機関: US National Institute of Mental Health (NIMH)

生物種: Homo sapiens

説明: 米国国立精神衛生研究所（National Institute of Mental Health）が資金を提供する臨床試験のデータを共有するための情報科学プラットフォームです。本データベースは、米国国立自閉症研究デ... 詳細へ

運用終了

Research Domain Criteria Database: RDoCdb

運用機関: US National Institute of Mental Health (NIMH)

生物種: Homo sapiens

説明: メンタルヘルス研究に関連する被験者データを共有するための情報科学プラットフォームです。データ提出の計画、データの共有、既に共有されているデータの照会、出版物や検索結果に関連する... 詳細へ

休止
(3日目)

Bio-Mirror

運用機関: University of Indiana

生物種: All

説明: 最新のDNAおよびタンパク質の生物学的配列を収録したデータバンクへの高速アクセスを提供するバイオインフォマティクスにおける世界的な公共サービスです。 Bio-mirrorの各国サイトとダウン... 詳細へ

NCBI BioSample: BioSample

運用機関: National Center for Biotechnology Information (NCBI)

生物種: All

説明: 投稿者から提供された、実験アッセイに利用される生体物質に関する記述的情報またはメタデータを保管するデータベースです。NCBI の主要なデータアーカイブに収録されているデータは、本デー... 詳細へ

Structural Biology Data Grid: SBGrid-DG

運用機関: The Institute for Quantitative Social Service, Harvard University, Harvard Medical School, SBGrid Consortium

生物種: All

説明: X線回折、MicroED、LLSM データセット、構造モデルを含む実験データを登録、保管、公開するためのデータベースです。 PBD ID、独自の回析画像、サンプル情報、データセットの種類、研究室へ... 詳細へ

Metabolomics Workbench: MW

運用機関:

生物種: All

説明: NIH の Metabolomics Resource Cores（RCMRC）やその他の NIH が資金提供したプロジェクトにより生成された実験データをオンラインインタフェースにより検索および分析できるワークベンチで... 詳細へ

MoonProt

運用機関: University of Illinois at Chicago

生物種: All

説明: 遺伝子融合、複数の RNA スプライシング変異体、または多面発現によらずに複数の生化学的機能を持つ単一のポリペプチド（ムーンライティングタンパク質）のデータベースです。ムーンライティ... 詳細へ

Parkinson's Progression Markers Initiative: PPMI

運用機関: Laboratory of Neuro Imaging (LONI), University of Southern California

生物種: Homo sapiens

説明: PPMI は、パーキンソン病における進行マーカーを確認するための観察臨床試験に関するサイトです。パーキンソン病の進行に関するバイオマーカーを特定するために用いられる臨床データ、画像デ... 詳細へ

Human Connectome Project: HCP

運用機関: University of Oxford, University of Minnesota, Washington University in St Louis, Radboud University

生物種: Homo sapiens

説明: 多数の健常な成人におけるヒトのコネクトームを可能な限り正確にマッピングし、科学コミュニティに自由に利用できるようにしたリソースです。若い健常成人のMRによる神経画像と行動データ、... 詳細へ

NIDDK Information Network: dkNET

運用機関: University of California San Diego

生物種: Caenorhabditis elegans | Danio rerio | Drosophila melanogaster | Mus musculus

説明: NIDDK のミッションに関連する大規模なデータプールへのアクセスを提供するリソースです。dkNET ポータルには、抗体、ベクター、マウスの系統、データ、プロトコル、文献などといった研究リ... 詳細へ

休止
(14日以上)

NIDDK Central Repository: NIDDK

運用機関:

生物種: Homo sapiens

説明: NIDDK が資金を提供する臨床研究のうち、指定されたものから収集されたバイオサンプル、遺伝学的データおよびその他のデータを保存するレジストリです。研究の種類、器官組織、疾患状況など... 詳細へ

Medical Information Mart for Intensive Care III: MIMIC-III

運用機関: Beth Israel Deaconess Medical Center, Laboratory for Computational Physiology (LCP), Massachusetts Institute of Technology (MIT), Philips Healthcare

生物種: Homo sapiens

説明: 2001〜2012年の間にBeth Israel Deaconess Medical Centerに関わった患者の医療データを収録したデータベースです。性別、年齢、居住地域、職業、学歴などの人口統計学的属性、バイタルサイ... 詳細へ

Stem Cell Commons: SCC

運用機関: Harvard Stem Cell Institute, Oxford e-Research Centre, Department of Engineering Science, University of Oxford

生物種: Danio rerio | Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus

説明: ハーバード幹細胞研究所（Harvard Stem Cell Institute）によって創設された、幹細胞データの共有、処理、解析を行うことができるオープンソースです。幹細胞に関するデータセットを、キュレ... 詳細へ

Plant Genomics and Phenomics Research Data Repository: PGP

運用機関: trans-national infrastructure for plant genomic science (transPLANT), Leibniz Institute of Plant Genetics and Crop Plant Research (IPK)

生物種: Viridiplantae

説明: Leibniz Institute of Plant Genetics and Crop Plant Research (IPK) およびドイツ植物表現型ネットワーク（DPPN：German Plant Phenotyping Network）の研究活動により得られた植物ゲノム... 詳細へ