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CropPAL

運用機関: Australian National Data Service (ANDS), Edwards Group, University of Western Australia

生物種: Hordeum vulgare | Oryza sativa | Triticum aestivum | Zea mays

説明: 様々な作物におけるタンパク質の細胞内局在をワンストップで調べることができるデータベースです。大規模スケールのMS/MS（質量分析）結果、蛍光タグ実験の結果、ナズナの実験的タンパク質-... 詳細へ

Banana21

運用機関: Queensland University of Technology (QUT)

生物種: Musa | Musa acuminata | Musa balbisiana

説明: 熱帯や亜熱帯の国々で重要な作物であるバナナについて、遺伝学的手法による品種改良に取り組むBanana21プロジェクトのサイトです。バナナの栄養強化、バナナの病気コントロール、環境ストレ... 詳細へ

Tropical Data Hub: TDH

運用機関: Australian National Data Service (ANDS), James Cook University

生物種: All

説明: 熱帯に関する情報を登録することができるオープンなポータルサイトです。物理的環境および自然環境、社会およびコミュニティ（言語および文化的データ等）、ならびに経済に関係するデータを... 詳細へ

ValidatorDB

運用機関: Central European Institute of Technology

生物種: All

説明: Protein Data Bank を対象としたリガンドと非標準残基の検証結果のコレクションです。重原子 6 個より大きい HET残基が wwPDB CCD に保存されたモデルリガンドまたは残基と同じトポロジーお... 詳細へ

The Chemical Probes Portal

運用機関: The University of North Carolina, Chapel Hill Eshelman School of Pharmacy

生物種:

説明: アノテーションが付された低分子阻害剤、作動薬（アゴニスト）、およびその他の化学的ツールのカタログです。アノテーションは広範であり、細胞およびモデル生物における活性の有無を識別し... 詳細へ

denovo-db

運用機関:

生物種: Homo sapiens

説明: ヒトゲノムで同定された生殖系列 de novo 変異体のコレクションです。子供には存在するが親には存在しない de novo 変異体に関するWhole-ExomeやWhole genomeのシーケンス解析研究を文献から... 詳細へ

MultiCellular DataBase: MultiCellDB

運用機関:

生物種: All

説明: MultiCellDS プロジェクトによるファイルを格納するためのデータベースです。多細胞実験データ、シミュレーションデータ、臨床データを収録しています。乳癌（MCF7、MCF10A、MDA-MB-231）、... 詳細へ

DataMed

運用機関:

生物種: All

説明: DataMedはさまざまなデータレポジトリやデータ集を横断的に検索し、データセットを発見するための生物医学データ検索エンジン（プロトタイプ）です。データセットの検索とそれらに関するア... 詳細へ

Bioconductor: Bioc

運用機関: Bioconductor

生物種: All

説明: Bioconductor は、ハイスループットゲノムデータを解析し、理解するためのツールを提供します。統計的プログラミング言語「R」を使用した、オープンソースかつオープン開発ソフトウェアプロ... 詳細へ

Oxford University Research Archive: ORA

運用機関: Bodleian Library, University of Oxford

生物種: All

説明: Oxford University Research Archive (ORA)はオックスフォード大学組織のレポジトリであり、そのメンバーの学術研究成果物のホームです。リソース内の各項目にはDOIが付与されています。デー... 詳細へ

休止
(14日以上)

CAMPSign

運用機関: National Institute for Research in Reproductive Health (NIRRH)

生物種:

説明: CAMPR3 (Collection of Anti-Microbial Peptides) データベースに含まれる 45 の主要な抗菌性ペプチド (AMP) ファミリーに属する抗菌ペプチドを同定するためのツールです。ペプチドは、実験... 詳細へ

休止
(14日以上)

ViBE-Z: The Virtual Brain Explorer for Zebrafish

運用機関: Life Imaging Center (LIC), University of Freiburg

生物種: Danio rerio

説明: 幼生ゼブラフィッシュの脳における仮想共局在研究のためのイメージングおよび画像解析フレームワークです。現在、72 hpf（受精後経過時間）、48 hpf、および 96 hpf の幼生が利用可能です。V... 詳細へ

Educational and Research Picture Archiving and Communication System

運用機関:

生物種: Homo sapiens

説明: 医用画像情報のアーカイブとコンピュータネットワークを介してデータにアクセスできるようにするプロジェクトです。超音波、デジタルマンモグラフィー、磁気共鳴、CT、RTGなどの診断装置から... 詳細へ

Liverpool CCI OMERO

運用機関: Centre for Cell Imaging, Institute of Integrative Biology, University of Liverpool

生物種: All

説明: リバプール大学細胞イメージングセンターのユーザーをサポートするために作成された画像/ SPMデータのリポジトリです。プロジェクトや文献に使用した免疫染色画像、データセットなどを収録し... 詳細へ

休止
(14日以上)

Haeckaliens

運用機関: Instituto Gulbenkian de Ciencia (IGC)

生物種: All

説明: オープンソース光学断層撮影スキャナ「OPenT」で撮影された胚の 3D データセットおよび胚の再構成データのコレクションです。ウサギ、ブタ、マウス、ウズラなどの３次元再構成画像、骨格や血... 詳細へ

Synapse

運用機関: Sage Bionetworks

生物種: All

説明: Synapse はチームがデータをシェア、分析を追跡、共同研究するための、共同的なオープンソース研究のプラットフォームです。データベースのインフラとホスティングを提供します。詳細へ

Mammography Image Analysis Society Database

運用機関: School of Clinical Medicine, University of Cambridge

生物種: Homo sapiens

説明: デジタル形式のマンモグラフィ画像のデータベースです。「Portable Gray Map (PGM)」形式の解像度 50 ミクロンの画像が 322 枚（161ペア）、および関連するトルース（検証）データが含まれて... 詳細へ

Broad Bioimage Benchmark Collection: BBBC

運用機関:

生物種: Caenorhabditis elegans | Cricetulus griseus | Drosophila | Homo sapiens | Mus musculus

説明: 自由にダウンロード可能な生物の顕微鏡画像セットのコレクションです。研究者は、ライフサイエンス分野の新たな画像分析アルゴリズムを開発、テスト、公開する際に、これらの画像セットを基... 詳細へ

BioEmergences

運用機関: UNESCO UNITWIN CS-DC

説明: in vivo での 3D+時間を含むトータルイメージングデータの保存とアノテーションのためのウェブサービスです。独自設計のアルゴリズムによる細胞検出、形状セグメンテーション、運動解析のた... 詳細へ

TERN AEKOS: AEKOS

運用機関: The University of Adelaide (TERN Eco-informatics)

生物種: Animalia | Viridiplantae

説明: オーストラリアの陸生植物、動物、およびそれらの環境に関するデータや研究方法のデータベースです。方形区、グリッド、捕獲などの手法によりサンプリングされた同じ地点での生態プロットデ... 詳細へ

休止
(14日以上)

Curie Image Database: CID

運用機関: BioImage Informatics, IPDM, France Bio-Imaging, Institut Curie, Strand Avadis

生物種: Aedes aegypti | Drosophila | Homo sapiens | Mus musculus | Saccharomyces

説明: 進行中の共同研究に使用されるデータの他、France Bio Imaging の顕微鏡施設で撮影された画像を公開するデータベースです。出版物に関連しているか、画像処理の観点から関心を集めている（開... 詳細へ

Clinical Knowledgebase: JAX-CKB

運用機関: The Jackson Laboratory

生物種: Homo sapiens

説明: 半自動/手作業でキュレーションされた腫瘍に関するゲノムプロファイルのデータベースです。遺伝子/変異体のアノテーション、治療に関する知見、診断/予後情報、および臨床試験に関するデータ... 詳細へ

Virtual Parts Repository: VPR

運用機関:

生物種:

説明: モジュール化され構成することができる、再利用可能な生物学的パーツのリポジトリです。プロモーター、機能パーツ、RBSなどの生物学的パーツについて、塩基配列、生物種、内生事象、相互作... 詳細へ

Image Data Resource: IDR

運用機関: Cambridge Systems Biology Centre, University of Cambridge, European Commission under FP7 Grant Agreement

説明: バイオイメージング画像を公開し、マイニングし、および統合するためのプロトタイププラットフォームです。Open Microscopy Environment が開発した OMERO および Bio-Formats オープンソー... 詳細へ

MitoCheck

運用機関:

生物種: Homo sapiens

説明: ヒト遺伝子の細胞機能に関する情報を統合し、表現型を示す顕微鏡画像などの補助的情報へのアクセスを提供するデータベースです。 EUが支援する２つのプロジェクト MitoCheck と MitoSysによ... 詳細へ

Japanese Genotype-phenotype Archive: JGA

運用機関: Bioinformation and DDBJ Center

生物種: Homo sapiens

説明: 生物医学研究プロジェクトの成果として得られた、あらゆる種類の個人レベルでの遺伝的データと匿名化された表現型データを永続的にアーカイブし、共有するためのサービスです。アレイと新世... 詳細へ

The ITHANET Portal: ITHANET

運用機関:

生物種: Homo sapiens

説明: 血友病（haemoglobinopathy）を扱う臨床医および研究者のための拡張リソースであり、専門家のアドバイスを求める患者のためのポータルサイトでもあります。ニュース、イベント、臨床試験、サ... 詳細へ

Ontology and Knowledge Base of Probability Distributions: ProbOnto

運用機関: Drug Disease Model Resource (DDMoRe)

生物種:

説明: 確率分布のオントロジーに基づく知識ベースです。150 以上の単変量分布と多変量分布を、その定義関数、特性、関係および再パラメータ化式を取り扱っています。本リソースは、モデルのアノテ... 詳細へ

Medical Data Models: MDM

運用機関: Institute of Medical Informatics (IMI), University of Muenster

生物種: Homo sapiens

説明: 医療用フォームを作成、分析、共有、再利用するためのメタデータレジストリです。日常的な健康データの記録フォーム（EHR）や臨床試験の症例報告書（CRF）をシステムに依存しない CDISC Oper... 詳細へ

休止
(14日以上)

Cell Line Integrated Molecular Authentication Database: CLIMA

運用機関: Istituto di Ricovero e Cura a Carattere Scientifico (IRCCS)

生物種: Homo sapiens

説明: CLIMA 2 は、独自のデータベースに、認証されたヒト細胞株 STR プロファイルの全てを収載することを目指した統合データベースです。データベースの内容は、ホームページのテーブル内でダイナ... 詳細へ

CancerData: candat

運用機関: MAASTRO Clinic

生物種: Homo sapiens

説明: がんに関する臨床プロトコル、出版物、および研究データセットを持続的に保存するオンラインリポジトリです。提供されるデータは、文書からスプレッドシート、生体医療画像、治療シミュレー... 詳細へ

休止
(14日以上)

OmicsDB: ODB

運用機関:

生物種: All | Homo sapiens

説明: オミックスデータを補助的情報とともに格納し、管理するためのデータベースです。種間、手法間、タイプ間データが含まれています。また、規格の遵守にかかる作業を減らすことを目的としたユ... 詳細へ

iDog

運用機関: Big Data Center, Beijing Institute of Genomics (BIGD)

生物種: Canis lupus

説明: イヌおよびオオカミのゲノムの変異に関する情報を収載したゲノム SNP データベースです。SNP位置、変異塩基、変異頻度の情報をイヌとオオカミについて並べて表示します。一覧やブラウザによ... 詳細へ

BioPortal

運用機関: Stanford Center for Biomedical Informatics Research

生物種:

説明: ウェブ･オントロジー言語（OWL）、リソース記述フレームワーク（RDF）、オープン生物学･生物医学オントロジー（OBO）フォーマット、プロテジェ（Protégé）フレーム、およびリッチリリースフ... 詳細へ

Coral Trait Database

運用機関:

生物種: Scleractinia

説明: イシサンゴ目の珊瑚の生活史形質、系統発生的および生物地理的データを集めたデータベースです。野外調査や採取したもの、文献から抽出した情報など観察データや形質情報を収録しています。... 詳細へ

RNA Binding Protein Variant Database: RBP-Var

運用機関:

生物種: Homo sapiens

説明: RNA 結合タンパク質によって媒介される転写後調節に関与する機能的変異体のデータベースです。RBP結合部位（rbSNP）におけるdbSNP、SNPによる二次構造変化（RiboSNitch）、miRNAの結合部位お... 詳細へ

e-Mouse Atlas of Gene Expression: EMAGE

運用機関: Churchill Group, The Jackson Laboratory, MRC Institute of Genetics & Molecular Medicine (IGMM), University of Edinburgh

生物種: Mus musculus

説明: EMAGE は、マウス胚における in situ での遺伝子発現データを収載したデータベースです。データには、mRNA の in situ ハイブリダイゼーション、タンパク質の免疫組織化学、in situ トランス... 詳細へ

e-Mouse Atlas: EMA

運用機関: Churchill Group, The Jackson Laboratory, MRC Institute of Genetics & Molecular Medicine (IGMM), University of Edinburgh

生物種: Mus musculus

説明: e-Mouse Atlas (EMA) は、発生中のマウスの詳細なモデルです。マウスの形状、全身の解剖学的構造、および詳細な組織学的構造に関する情報、ならびに、遺伝子機能に関する情報をマッピングす... 詳細へ

Gemma

運用機関:

説明: 機能ゲノミクスデータのメタ分析、再利用、および共有のためのデータベースです。遺伝子発現プロファイルの分析を主なターゲットとしています。Gemma には数千件の公的研究のデータが含まれ... 詳細へ

STRENDA DB

運用機関: STRENDA Commission

生物種: All

説明: Beilstein-Institut のサポートを受けるデータ保存･検索プラットフォームです。機能的酵素に関するデータを含む論文を執筆している研究者に対し、原稿をジャーナルに提出する前に、データセ... 詳細へ

data.eNanoMapper.net

運用機関: eNanoMapper

生物種:

説明: ナノ材料の特性データと生物学的および毒物学的情報を収載する公開データベースです。材料の名称、報告文献、プロトコル、出力方法を収録しています。情報を検索し、JSON、CSV、XLSX、RDFな... 詳細へ

一括ダウンロード可

MetaNetX: MNXref

運用機関: SIB Swiss Institute of Bioinformatics

生物種: Animalia | Archaea | Bacteria | Fungi | Viridiplantae

説明: ゲノムスケールで代謝ネットワークを集約することを目的とした、代謝産物と生化学反応の調和に関するデータベースです。各代謝ネットワークやパスウェイのモデルについて、化学化合物、細胞... 詳細へ

休止
(14日以上)

Deciphering the Mechanisms of Developmental Disorders: DMDD

運用機関: Francis Crick Institute

生物種: Mus musculus

説明: マウスの胚性致死的ノックアウト株についてのデータベースです。包括的な 3D イメージング、組織学、免疫細胞化学、およびトランスクリプトミクスを組み合わせることで、発生ステージごとに... 詳細へ

Type 2 Diabetes Knowledge Portal: T2D KP

運用機関:

生物種: Homo sapiens

説明: 2 型糖尿病（T2D）に関するヒトの遺伝的情報を収載したオープンアクセスリソースです。DNA 変異体のうち、T2D または関連する形質（高いボディマス指数など）に伴うリスクの変化に関係するも... 詳細へ

ENCODE Project: ENCODE

運用機関:

生物種: Caenorhabditis | Drosophila | Homo sapiens | Mus musculus

説明: ENCODE は、ヒトゲノムの機能因子のパーツを包括的なリストにまとめることを目的としたデータベースです。タンパク質や RNA レベルで機能する因子、細胞や遺伝子が活性化する環境を統制する... 詳細へ

miRandola: extracellular circulating RNAs database: miRandola

運用機関: Institute of Clinical Physiology (IFC-CNR), Icahn School of Medicine at Mount Sinai, Institute of Informatics and Telematics (ITT), National Research Council, Ohio State University, University of Catania

生物種: Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus

説明: 細胞外循環 RNA を取り扱ったデータベースです。主に、循環 miRNA およびその他のノンコーディング RNA に関する情報を含みます。本データベースは、PubMed に掲載された論文と Exocarta (エ... 詳細へ

Genomics England | PanelApp: PanelApp

運用機関: Genomics England

生物種: Homo sapiens

説明: ヒト疾患に関連する仮想の遺伝子パネルの作成、保存、照会を可能にする、公開データベースです。100,000 Genomes Projectによりマッピングされた疾患関連の遺伝子について、疾患、遺伝様式、... 詳細へ

Global Unique Device Identification Database: GUDID

運用機関: US Food and Drug Administration (FDA)

生物種: Homo sapiens

説明: UDI（Unique Device Identifiers）システムの一貫として、デバイス企業が FDA に提出した医療デバイス識別情報を収録するデータベースです。データベース内の情報を取得するための主要なキ... 詳細へ

MODOMICS

運用機関: Bujnicki Lab, Laboratory of Bioinformatics and Protein Engineering, International Institute of Molecular and Cell Biology in Warsaw (IIMCB)

説明: RNA修飾に関する包括的なデータベースです。修飾されたヌクレオシドの化学構造、RNA配列におけるそれらの局在、それらの生合成のパスウェイ、およびタンパク質補因子と共同でそれぞれの反応... 詳細へ

休止
(14日以上)

Protein Protein Interaction Inhibition Database: 2P2Idb

運用機関: Laboratory of Integrative Structural & Chemical Biology (iSCB)

生物種: All

説明: タンパク質 - タンパク質相互作用（PPI）のモジュール化に特化した、構造的データベースです。手作業でキュレーションされています。タンパク質 - タンパク質複合体およびタンパク質−モジュ... 詳細へ

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