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BCCM/MUCL Environmental and Applied Mycology: BCCM/MUCL

運用機関: Université catholique de Louvain

生物種: Fungi

説明: BCCM/MUCL は、糸状菌、酵母、およびアーバスキュラー菌根のコレクションとその関連情報のデータベースです。種名、収集履歴、菌床、生息域などを収録しています。種名、生息域による検索や... 詳細へ

BCCM/IHEM Biomedical Fungi and Yeasts Collection: BCCM/IHEM

運用機関: Section of Mycology and Aerobiology, Scientific Institute of Public Health (WIV-ISP)

生物種: Ascomycetes | Basidiomycetes | Fungi incertae sedis

説明: ヒトや動物の疾患に関わる真菌の培養コレクションです。酵母や糸状菌、病原体、アレルゲン性もしくは毒性種、リファレンス株や教育用資料など、世界中から入手できる分離株が収録されていま... 詳細へ

ViralZone

運用機関: Swiss Institute of Bioinformatics (SIB)

生物種: Viruses

説明: ウイルス属やファミリーの詳細な分子や疫学情報と細胞外状態のウィルス（ビリオン）やゲノムの情報を提供するデータベースです。DVAウィルス、RTウィルス、RNAウィルスを含み、ビリオン状態... 詳細へ

SugarBind

運用機関: Swiss Institute of Bioinformatics (SIB)

生物種:

説明: 病原性生物（細菌、毒素、ウイルス）が特異的に付着する既知の糖化合物配列のデータベースです。ウイルス、バクテリア、および生体毒素レクチンの特異的な結合を公開されている文献からグリ... 詳細へ

BCCM/DCG Diatoms Collection: BCCM/DCG

運用機関: Laboratory for Protistology & Aquatic Ecology (PAE), Ghent University

生物種: Bacillariophyta | Rhodophyta | Phaeophyceae | Chlorophyta

説明: BCCM/DCG パブリックコレクションは、珪藻類を専門とする培養コレクションです。応用的視点から興味深い他の微細藻類もコレクションに含まれています。各培養株ごとに種名、収拾単離の情報、... 詳細へ

BCCM/ITM Mycobacteria Collection: BCCM/ITM

運用機関: Institute of Tropcial Medicine (ITM)

生物種: Mycobacterium

説明: TDR TB-Strain バンクを含む、世界最大級かつ最も多様なマイコバクテリアのコレクションを収蔵しています。ブルーリ潰瘍 (Buruli ulcer) およびその他のマイコバクテリア疾患に対抗する研究... 詳細へ

Orthologous MAtrix: OMA

運用機関: Dessimoz Lab,Computational Evolutionary Biology and Genomics, Swiss Institute of Bioinformatics (SIB)

生物種: All

説明: OMA (Orthologous MAtrix) プロジェクトは、完全長ゲノム間のオーソログを推論するための方法およびデータベースです。種内または種間で保持される相同配列（オーソログ、パラログ）について... 詳細へ

BCCM/ULC Cyanobacteria Collection: BCCM/ULC

運用機関: Centre for Protein Engineering (CIP), University of Liege

生物種: Chroococcales | Nostocales | Oscillatoriales | cyanobacteria

説明: 文書化された（亜）極地に生息するラン藻類のパブリックコレクションです。南極および北極における陸上探検により得られたサンプルについて、系統の分離および培養に依存しない手法（DGGE、... 詳細へ

BCCM/LMG Bacteria Collection: BCCM/LMG

運用機関: Laboratory of Microbiology UGen (LM-UGent), Ghent University, Faculty of Sciences

生物種: Bacteria

説明: BCCM/LMG は、特性が十分明らかになっている菌株で構成される細菌培養コレクションです。本コレクションに含まれる生物学的な発生源は非常に幅広く、食品、臨床、獣医学、農業、水生およびそ... 詳細へ

Microbial Genome Annotation & Analysis Platform: MicroScope

運用機関: Laboratoire d'Analyses Bioinformatiques pour la Genomique et le Metabolisme (LABGeM)

生物種: Bacteria

説明: MicroScope は微生物の比較ゲノム解析と手動機能アノテーションのためのオンラインプラットフォームです。リレーショナルデータベーススキーマを用いて統語論的および機能的アノテーションパ... 詳細へ

LiceBase

運用機関: Sea Lice Research Centre

生物種: Anopheles gambiae | Calanus finmarchicus | Drosophila melanogaster | Gadus morhua | Lepeophtheirus salmonis

説明: フナムシのゲノムのデータベースです。カイアシ目（Lepeophtheirus salmonis）のゲノムアノテーションに加えて、ゲノムブラウザ、BLAST 機能、関連するハイスループットゲノミクスの研究デー... 詳細へ

休止
(14日以上)

Enzyme Portal

運用機関:

説明: 低分子化学、生化学パスウェイ、薬品化合物など、酵素に関する公に利用可能な情報を統合したポータルサイトです。酵素の名称、別名、適合するタンパク質、触媒活性、共因子の情報を収録して... 詳細へ

Ensembl Genomes

運用機関: European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), Wellcome Genome Campus, The Wellcome Trust Sanger Institute, The Wellcome Trust Genome Campus

生物種: Bacteria | Euaryota | Fungi | Vertebrata

説明: 脊椎動物に加え、細菌、原生生物、菌類、植物、無脊椎動物のゲノムに関する情報を収集したデータベースです。ゲノムアッセンブリー、遺伝子アノテーション、比較ゲノミクス、変異の情報を収... 詳細へ

Database Of Local Biomolecular Conformers: Dolbico

運用機関: Laboratory of Informatics and Chemistry

生物種: All

説明: Dolbico は、DNA 構造データを格納するデータベースです。構造データには、DNA の局所的な空間配置に関する情報が含まれます。局所的な DNA 構造の解析は、ジヌクレオチドをいくつかの別個の... 詳細へ

運用終了

CRISPRdb

運用機関: Universitè Paris-Sud 11, CNRS

生物種: Archaea | Bacteria

説明: 公開された微生物ゲノムやユーザーが提供する配列に対して、CRISPR 配列を容易に検出するためのデータベースとツールを提供するサイトです。また、CRISPR-cas （CRISPR-associated sequsence... 詳細へ

休止
(14日以上)

Sequencing Initiative Suomi: SISu

運用機関: University of Helsinki

生物種: Homo sapiens

説明: フィンランドの住民群における配列変異のデータを検索する方法を提供するリソースです。フィンランドのコホートにおける異なる変異の属性と出現を確認し、フィンランドにおける集合的分布を... 詳細へ

Continuously Automated Model Evaluation: CAMEO

運用機関: Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), Swiss Institute of Bioinformatics and the Biozentrum University of Basel

生物種: All

説明: 計算タンパク質構造予測法（およびモデル品質推定技術）を連続的かつ自動的にベンチマーキングするシステムです。CAMEO の評価は、PDB から毎週事前にリリースされた目標の blind prediction... 詳細へ

US Department of Energy Systems Biology Knowledgebase: KBase

運用機関: Lawrence Berkeley National Laboratory (LBNL)

生物種:

説明: KBase は、植物や微生物の研究において、ユーザーが自らのデータをアップロードし、共同作業者や公開データと一緒に分析し、より現実的なモデルを構築し、ワークフローと結論を共有、公開す... 詳細へ

BCCM/GeneCorner Plasmid Collection: BCCM/GeneCorner

運用機関: VIB

生物種: All

説明: プラスミド、微生物宿主株、DNAライブラリの長期保存と配布を保証するコレクションです。微生物宿主株内での複製が可能な組換えプラスミドのコレクションにフォーカスしています。また、系統... 詳細へ

REGULATOR

運用機関: Laboratory of Developmental Biology, Graduate School of Science, Osaka University

生物種: Metazoa

説明: 発達生物学研究のために特化して設計された、後生動物の転写因子（TF）および母性因子に関するリソースです。母性因子は未受精卵で発現し、時間の経過と共に徐々に減少するので、発達上重要... 詳細へ

SureChEMBL

運用機関:

生物種: All

説明: 特許文書の全文、画像および添付ファイルから抽出された化合物データを収録した大規模な公開リソースです。データは、自動テキスト･イメージマイニングパイプラインにより、毎日特許文献から... 詳細へ

SiB Colombia IPT - GBIF Colombia Repository

運用機関: Global Biodiversity Information Facility (GBIF), SiB Colombia

生物種: All

説明: コロンビア生物多様性情報システム (SiB Colombia) が、GBIF Integrated Publishing Toolkit (IPT) をインストールして構築、運営しているデータリポジトリです。本リポジトリでは、データセ... 詳細へ

Canadensys IPT - GBIF Canadensys Repository

運用機関: Canadensys, Universite de Montreal Biodiversity Centre, Global Biodiversity Information Facility (GBIF)

生物種: All

説明: GBIF カナダが、GBIF Integrated Publishing Toolkit (IPT) をインストールして構築、運営しているデータリポジトリです。本リポジトリでは、データセットに DOI を割り当てることができるた... 詳細へ

Atlas of Living Australia IPT - GBIF Australia Repository

運用機関: Global Biodiversity Information Facility (GBIF), Atlas of Living Australia

生物種: All

説明: Atlas of Living Australia （GBIF オーストラリア）が、GBIF 事務局との協力の下、GBIF Integrated Publishing Toolkit (IPT) をインストールして構築、運営しているデータリポジトリです。... 詳細へ

Ontobee

運用機関: He Group, University of Michigan Medical School

生物種: All

説明: オントロジーデータの共有、視覚化、照会、統合、および分析を容易にすることを目的としたリンクデータサーバーです。個々のオントロジー用語の URI を、 (i) ユーザフレンドリーな web ブラ... 詳細へ

GBIF Spain IPT - GBIF Spain Repository

運用機関: Global Biodiversity Information Facility (GBIF) in Spain, Global Biodiversity Information Facility (GBIF), Copenhagen, Denmark

生物種: All

説明: GBIF スペインが、GBIF Integrated Publishing Toolkit (IPT) をインストールして構築、運営しているデータリポジトリです。本リポジトリでは、データセットに DOI を割り当てることができる... 詳細へ

Virtual Fly Brain: VFB

運用機関: FlyBase administrators, MRC Human Genetics Unit, University of Edinburgh, MRC Laboratory of Molecular Biology (LMB), University of Cambridge, University of Edinburgh

生物種: Drosophila melanogaster

説明: キイロショウジョウバエ (Drosophila melanogaster) の詳細な神経解剖学、ニューロンの接続性、および遺伝子発現を探索するためのインタラクティブなツールです。同一の脳テンプレート上に、... 詳細へ

MorphoBank

運用機関:

生物種: All

説明: 系統分類学における進化研究のためのオンラインデータベースと作業領域を提供するウェブアプリケーションです。査読済み研究を手掛ける研究者に対し、画像をアップロードし、その画像とデー... 詳細へ

休止
(1日目)

MalaCards

運用機関: Weizmann Institute of Science

生物種: Homo sapiens

説明: ヒトの疾患データベースです。既存のデータソースから疾患エントリのそれぞれについて概要、症状、解剖学的情報、薬、遺伝的検査、変異、文献などの情報を収集しています。ソース間で異なる... 詳細へ

Open Targets

運用機関: BioGen, The Wellcome Trust Sanger Institute, The Wellcome Trust Genome Campus

生物種: Homo sapiens

説明: 既知のおよび潜在的な薬物標的と疾患との関連性に関するエビデンスを提供するために設計･開発された統合および可視化プラットフォームです。フォローアップすべき生物学的ターゲットの同定と... 詳細へ

Face Of Fungi: FoF

運用機関:

説明: 真菌の分類学的データ、表現型の詳細、その他有用なデータを収集するデータベースです。その目的は、現在の真菌の分類学的理解を向上させることであり、ひいては、菌類学者が現在の真菌分類... 詳細へ

Swiss-Czech Proteomics Server: SWICZ

運用機関: Biozentrum, University of Basel

生物種: Caulobacter crescentus | Neisseria meningitidis | Streptomyces coelicolor | Streptomyces granaticolor

説明: ストレプトミセス属、カウロバクター属、およびナイセリア属のプロテオミクスデータベースです。この分野におけるユニークなデータベースです。所与の種の様々な発達段階におけるタンパク質... 詳細へ

Hepatitis C Virus Ires Variation Database: HCVIVdb

運用機関:

生物種: Hepatitis C virus

説明: HCVIVdb は、C 型肝炎ウイルスの内部リボソーム進入部位（IRES）内で観察される変異についての公開データを集めたデータベースです。詳細へ

The Benchmark Energy & Geometry Database: BEGDB

運用機関: Institute of Organic Chemistry and Biochemistry of the Czech Academy of Sciences (IOCB)

生物種: All

説明: Benchmark CCSD(T)/完全基底関数極限計算結果を収録したデータベースです。分子構造、エネルギー、および特性に関する高精度の QM 計算結果を収集します。これらのデータは、他の計算方法の... 詳細へ

Target Central Resource Database: TCRD

運用機関: European Commission under FP7 Grant Agreement, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, UNM School of Medicine, University of Miami School of Medicine

生物種: Homo sapiens

説明: TCRD は、ドラッガブルゲノム知識管理センター（IDG-KMC：Druggable Genome Knowledge Management Center ）を支える薬剤のヒトゲノムターゲットに関するリソースです。4 つのターゲットファ... 詳細へ

DrugCentral

運用機関: UNM School of Medicine

生物種: Bacteria | Homo sapiens | Protozoa | Viruses

説明: 薬のオンラインデータベースです。有効成分、化学物質、医薬製品、薬の作用機序、適応症に関する情報を提供しています。FDA、EMA、および PMDA の新薬承認情報を定期的にモニタリングし、リ... 詳細へ

STOREDB

運用機関: CONCERT-European Joint Programme for the Integration of Radiation Protection Research

生物種: Canis familiaris | Drosophila | Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus

説明: STOREDB は、放射線生物学および放射線疫学分野のデータとリソースの共有のためのインフラストラクチャを提供します。放射線の影響に関する研究から得られたあらゆる種類の主要なデータおよ... 詳細へ

Banana Genome Hub: BGH

運用機関: International Cooperation Center for Agricultural Research for Development (CIRAD), Bioversity International, South Green

生物種: Musa

説明: Banana Genome Hub は、バナナ (Musa acuminata) の遺伝子およびゲノムデータのデータベースを集中管理する、バナナの遺伝的リソースのポータルサイトです。各品種の学名、特徴、塩基配列を... 詳細へ

Musa Germplasm Information System: MGIS

運用機関: Bioversity International

生物種: Musa

説明: バナナ（Musa）の生殖質の多様性に関する重要な情報を含むデータベースです。世界中のコレクションで管理されている登録データについて、パスポートデータ（ID、名称、保持するコレクション... 詳細へ

mirDNMR

運用機関: Wenzhou Medical University

生物種: Homo sapiens

説明: 遺伝子中心のバックグラウンド新生突然変異率（DNMR ： novo mutation rate）のデータベースです。異なる方法および集団の変動データから得られたバックグラウンドDNMRや各遺伝子のヒト遺... 詳細へ

Zenodo

運用機関: European Organisation for Nuclear Research (CERN)

生物種: All

説明: 誰もが Open Science に参加できるようにするため、OpenAIRE と CERN が構築、開発したジェネラリストの研究データリポジトリです。フォーマット、サイズ、アクセス制限またはライセンスに関... 詳細へ

LinkProt: A database of proteins with topological links: LinkProt

運用機関: Interdisciplinary Laboratory of Biological Systems Modelling, Center of New Technology (CeNT)

生物種: All

説明: リンクを形成するタンパク質鎖と複合体に関する情報のコレクションです。LinkProt は、決定論的なリンク（システインによって閉じたループ）を検出し、MacroLink と呼ばれるタンパク質鎖ネッ... 詳細へ

Reflora Virtual Herbarium: REFLORA

運用機関: REFLORA Programme

生物種: Chlorophyta | Phaeophyceae | Rhodophyta | Fungi | Viridiplantae

説明: リオデジャネイロ植物園（JBRJ）外国産植物標本館に収蔵されているブラジル植物の画像を表示するためのバーチャル植物園データベースです。標本の写真、学名、同定者、標本所蔵機関、標本の... 詳細へ

Proteome-pI : proteome isoelectric point database: Proteome-pI

運用機関: Quantitative and Computational Biology Group, Max Planck Institute for Biophysical Chemistry

生物種: All

説明: 予測計算されたプロテオームにおける等電点のデータベースです。18 種類の手法を用いて計算された 5,029 件のタンパク質（2,100万の配列）の予測される等電点についてアミノ酸配列、分子量、... 詳細へ

Brazilian Flora 2020

運用機関: REFLORA Programme

生物種: Chlorophyta | Phaeophyceae | Rhodophyta | Fungi | Viridiplantae

説明: ブラジルのすべての既知の植物、藻類、および菌類についてのデータベースです。命名法、地理的分布（ブラジル国内の分布範囲、固有種バイオーム）の他、各生物の生活型、基質、および植生の... 詳細へ

TissueNet v.2: TissueNet

運用機関: Ben-Gurion University of the Negev

生物種: Homo sapiens

説明: 組織内のヒトタンパク質の分子相互作用についてのデータベースです。実験的に同定されたタンパク質-タンパク質相互作用 (PPI) 情報を、双方のタンパク質を発現することが示されたヒトの組織... 詳細へ

Database of local DNA conformers: Dolce

運用機関:

生物種: All

説明: 人が監督する手法と監督しない手法を組み合わせた自動的分類手法に基づく DNA 構造モチーフのデータベースです。2013 年 2 月までにリリースされた、X線および NMR を用いたDNA構造解析に... 詳細へ

Cellosaurus

運用機関: Computer and Laboratory Investigation of Proteins of Human Origin Group (CALIPHO), Swiss Institute of Bioinformatics

生物種: Insecta | Acari | Vertebrata

説明: Cellosaurus は、生物医学研究に用いられる細胞株に関するデータベースです。不死化細胞株、天然の不死化細胞株（例：幹細胞株）、広く流通し、使用されている有限寿命細胞株、ヒト、マウス... 詳細へ

General Practice Notebook: GP Notebook

運用機関:

生物種: Homo sapiens

説明: GPnotebook は臨床医学全分野にわたる簡潔な概要集です。情報を迅速に検索できるよう、体系的に整理して情報を収載しています。GPnotebook の内容は、英国における臨床実務に基づいており、... 詳細へ

Chickpea Portal

運用機関: Edwards Group, University of Western Australia, University of Queensland

生物種: Cicer arietinum

説明: ヒヨコ豆のゲノムと遺伝子の配列、機能、分離された染色体アラインメントを含むリソースです。機能に関するアノテーションを GBrowse で検索できます。また、配列の相同性を検索するツールや... 詳細へ

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