ホーム - Integbio データベースカタログ

休止
(14日以上)

The Signaling Gateway

運用機関: San Diego Supercomputer Center, University of California San Diego

生物種: Bos taurus | Homo sapiens | Mus musculus

説明: 細胞シグナルに関わるタンパク質のデータベースです。公開された資料から名称、配列、機能、関連する相互作用やパスウェイなどの情報を収集しています。Ensembl、Gene Ontology、UniProt、Re... 詳細へ

caArray

運用機関: National Institutes of Health

生物種: All

説明: 癌生物医学情報科学グリッド（caBIG）を利用したマイクロアレイデータのデータベースです。2015年3月31日に運用終了しましたが、（https://wiki.nci.nih.gov/display/caArray2/caArray+Retir... 詳細へ

休止
(14日以上)

Infevers

運用機関: Institute of Human Genetics (IGH)

生物種: Homo sapiens

説明: 遺伝性自己炎症疾患に関わる変異のデータベースです。遺伝子の位置、HGVS（Human genome variation society）で規定されたタンパク質名、配列名、塩基配列、テスト方法などを収録しています... 詳細へ

GenoList Genome Browser: GenoList

運用機関: Institut Pasteur

生物種: Bacteria

説明: GenoList は微生物ゲノムの比較研究のための統合データベースです。現在のリリースは700種以上のゲノムデータを統合しています(Genome Reviews)。クエリーとナビゲーションユーザーインター... 詳細へ

休止
(14日以上)

Transmembrane Helices in Genome Sequences: THGS

運用機関: Indian Institute of Science

生物種: All

説明: ゲノム配列におけるトランスメンブレンヘリックスをまとめたデータベースです。詳細へ

Patent Data Resources

運用機関: Swiss Institute of Bioinformatics (SIB)

生物種: All

説明: ヨーロッパ、日本、韓国、アメリカの特許に記載されたタンパク質のアミノ酸配列、核酸の配列のデータベースです。検索ツールは機能していませんが、機関ごとのデータはFASTAとEMBL形式でダウ... 詳細へ

Comparative Fungal Genomics Platform: CFGP

運用機関: Bioinformatics Portal Site (BPS)

生物種: Fungi

説明: 菌類を中心とした比較ゲノムのデータベースです。コンティグ情報、遺伝子情報、GC値、アミノ酸構成が収録されています。タキソノミー、コンティグ、ゲノム情報やドメインによるブラウズ、お... 詳細へ

Evolutionary Trace

運用機関: Baylor College of Medicine

生物種: All

説明: タンパク質の配列におけるアミノ酸残基の進化的重要性をランク付けし、構造的に利用可能な場合はトップランクの残基を構造にマップして表示するツールです。リアルバリューとインテジャーと... 詳細へ

運用終了

AgBase

運用機関: AgBase, Mississippi State University

生物種: Metazoa | Viridiplantae

説明: 農作物や動物の遺伝子について遺伝子オントロジーを含めた構造アノテーションや機能アノテーションを行うデータベースです。データ収集元のDB名とアクセス番号、タンパク質名、遺伝子名、得... 詳細へ

休止
(14日以上)

RhesusBase

運用機関: Institute of Molecular Medicine (IMM), Peking University

生物種: Rhesus macaques

説明: アカゲザル遺伝子のデータベースです。遺伝子ごとに概要、遺伝子や転写の機構、発現プロファイル、発現調整、変異と繰り返し、ヒト遺伝子との比較、遺伝子機能、表現形や疾患、薬剤開発の情... 詳細へ

Virulence Factor Database: VFDB

運用機関: Institute of Pathogen Biology, Chinese Academy of Medical Sciences & Peking Union Medical College (CAMS&PUMC)

生物種: Bacteria

説明: 病原菌の病原性因子に関する統合データベースです。病原菌ごとに基礎情報、特性、誘引する疾患、ゲノムと関連文献の情報を収録しています。病原菌による絞り込みやBLAST検索、キーワードによ... 詳細へ

TDR Targets

運用機関: University of Washington

生物種: Brugia malayi | Leishmania major | Schistosoma mansoni | Toxoplasma gondii

説明: 熱帯病に関する薬剤と病原体内ターゲットのデータベースです。らい菌、結核菌、マラリア原虫などの病原体に含まれるタンパク質について遺伝子ID、機能、代謝パスウェイ、一次構造（分子量、... 詳細へ

休止
(14日以上)

SuperTarget

運用機関: Structural Bioinformatics Group, Institute of Molecular Biology and Bioinformatics, Charité-University Medicine Berlin

生物種: All

説明: 薬剤とターゲットとの相互作用に関するデータベースです。主に薬剤、タンパク質、副作用に重点を置き、 UniProt、SuperDrug、SIDERなどから以下の情報を収録しています。薬剤：名称、PubChem... 詳細へ

運用終了

Stem Cell Discovery Engine: SCDE

運用機関: Dana-Farber Cancer Institute

生物種: Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus

説明: がん幹細胞の研究情報や分子プロファイルの解析ツールをまとめたポータルサイトです。幹細胞に関するデータセットやオンラインツールを収録したGalaxyとStem Cell Commonsがリンクされていま... 詳細へ

休止
(14日以上)

Integrated Genomic Database of Non-Small Cell Lung Cancer: IGDB.NSCLC

運用機関: Institute of Biomedical Sciences (IBMS), Academia Sinica

生物種: Homo sapiens

説明: 肺がんに関わるゲノムセットのデータベースです。肺がん遺伝子やmicroRNAについて以下の情報が収録されています。（１）肺がん遺伝子の体細胞突然変異、実験的知見、臨床病理学的特徴（２）... 詳細へ

休止
(14日以上)

Gene3D

運用機関: University College London, Research Department of Structural and Molecular Biology, Institute of Structural and Molecular Biology, University College London

生物種: All

説明: Gene3Dは(PDB構造からの)CATHドメインファミリーを取得し、それらをPDB構造のない数百万のタンパク質配列に(HMMERから作成されたHidden Markovモデルを使って)割り当てます。詳細へ

休止
(14日以上)

Death Domain Database

運用機関: Myongji University

生物種: Canis familiaris | Danio rerio | Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus

説明: アポトーシス、炎症、ネクローシスおよび免疫細胞のシグナリングパスウェイの鍵となるdeath domain (DD) super family のデータベースです。文献から収集したヒトのDDについて、タンパク質名... 詳細へ

休止
(14日以上)

Autism Knowledgebase: Autism KB

運用機関: Center for Bioinformatics (CBI), Peking University

生物種: Homo sapiens

説明: 自閉スペクトラム症（ASD）の遺伝的情報を収録したデータベースです。GWAS、ゲノムワイドCNV、連鎖解析、小さなスケールでの遺伝的関連、発現プロファイルなどから得られたASDに関連する遺伝... 詳細へ

休止
(14日以上)

The Human OligoGenome Resource: A Database for Customized Targeted Resequencing Covering the Human Genome

運用機関: Stanford University School of Medicine

生物種: Homo sapiens

説明: ヒトゲノムでキャプチャーされたオリゴヌクレオチドのデータベースです。ヌクレオチドの染色体上での位置、長さ、制限酵素、塩基配列、5末端'と3'末端の配列などを収録しています。染色体番... 詳細へ

Online GEne Essentiality database: OGEE

運用機関:

生物種: All

説明: 遺伝子の必須性に着目したデータベースです。各遺伝子ごとにConditional（必須遺伝子）かNonessentialかの情報が付与されています。必須性の判断について、元になった文献情報、実験条件、遺... 詳細へ

IMG/M: the integrated metagenome data management and comparative analysis system

運用機関: Biological Data Management and Technology Center, Lawrence Berkeley National Laboratory

生物種: Archaea | Bacteria | Eukaryota | Viruses

説明: 微生物のゲノムとマイクロバイオームのデータセットについてアノテーション、解析、分配をサポートするサイトです。DOE's Joint Genome Institute (JGI)で得られた配列にEBI Genome Reviews... 詳細へ

運用終了

GABI-Kat SimpleSearch: GABI-Kat

運用機関:

生物種: Arabidopsis thaliana

説明: シロイヌナズナのT-DNA挿入変異体由来のFlanking Sequence Tag（FST）のデータベースです。ベクター、対応する遺伝子、BLAST検索で一致する塩基配列、予測の挿入位置、遺伝子コードなどが収... 詳細へ

ExoCarta

運用機関: Mathivanan Lab, La Trobe Institute for Molecular Science

生物種: All

説明: 細胞から分泌される直径30〜150nmの膜小胞（エクソソーム）のデータベースです。エクソソームについて、生物種、実験方法、検出した分子、文献、関連するパスウェイやタンパク質相互作用など... 詳細へ

doRiNA

運用機関: Center for Comparative Functional Genomics, Department of Biology, New York University, Max Delbrueck Center for Molecular Medicine (MDC), Max Planck Institute for Biology of Ageing, Howard Hughes Medical Institute

生物種: Caenorhabditis elegans | Homo sapiens | Mus musculus

説明: 転写から翻訳までの間に行われるRNAレベルでの発現調整についてのデータベースです。発現調整を行うRNA結合タンパク質（RBP）およびマイクロRNA（miRNA）に対するRNA上の結合サイトの情報を... 詳細へ

休止
(14日以上)

DNAtraffic

運用機関: Institute of Biochemistry and Biophysics Polish Academy of Sciences

説明: 細胞活動において起こるゲノムの変化についてのデータベースです。クロマチンの再構成、ヒストンの変形、転写などのゲノムダイナミクス、DNA複製や翻訳などのDNA合成、DNAの修復、ダメージの... 詳細へ

休止
(14日以上)

DOMMINO: A comprehensive database of macromolecular interactions

運用機関:

生物種: All

説明: 高分子内相互作用のデータベースです。高分子タンパク質のPDB ID、タンパク質に含まれるサブユニット、その相互作用の数とタイプ、および立体的な構造を収録しています。データはPDB IDやSCO... 詳細へ

Alliance of Genome Resources

運用機関:

説明: Alliance of Genome Resourcesは、6つのモデル生物データベース（Saccharomyces Genome Database, WormBase, FlyBase, Zebrafish Information Network, Mouse Genome Database, Rat Genome D... 詳細へ

Planteome

運用機関: Oregon State University, Bioversity International, New York Botanical Garden, Lawrence Berkeley National Laboratory

説明: 植物のリファレンスオントロジーと遺伝子、表現型のデータを統合したデータベースです。Planteomeプロジェクトの開発した植物オントロジー（PO）、植物形質オントロジー（TO）、植物実験条件... 詳細へ

Brain Life: BL

運用機関: Indiana University Bloomington

生物種: All

説明: クラウドコンピューティングおよびHPC（高性能計算）を利用した脳科学データの解析、データ管理、および可視化のためのオープンなオンラインプラットフォームです。ユーザーは自身のデータを... 詳細へ

Target Pathogen

運用機関: Facultad de Ciencias Exactas y Naturales - Universidad de Buenos Aires

生物種: All

説明: 病原体における薬剤標的の優先順位付けをするためのバイオインフォマティクスデータベースです。13の微生物ゲノム情報と実験情報、およびタンパク質の構造に基づいたドラッガビリティ予測、... 詳細へ

ProteomicsDB: PrDB

運用機関: Technical University of Munich

生物種: Homo sapiens

説明: 定量的質量分析に基づく大規模なプロテオミクスデータの探索が行えるインメモリデータベースです。遺伝子名やアクセッション番号などからのタンパク質/ペプチドの検索および染色体表示からヒ... 詳細へ

FlavorDB

運用機関: Indraprastha Institute of Information Technology (IIIT-Delhi)

生物種: All

説明: FlavorDB は、味と香りを表すフレーバー分子を収載したデータベースです。これらのうち 2,254 分子は、34 のカテゴリーに属する 936 の天然成分に由来しています。ダイナミックでユーザーフ... 詳細へ

NASA GeneLab: genelab

運用機関: NASA Ames Research Center

説明: NASA GeneLab は、地球上の生物の宇宙飛行環境に対する分子反応を探る実験に対する研究者のアクセスを拡大するリソースです。国際宇宙ステーション上で行われた実験で生成された膨大な量の生... 詳細へ

Database of fuzzy protein complexes: FuzDB

運用機関:

生物種: All

説明: タンパク質の天然変性（ID：intrinsic disorder）領域がパートナー（タンパク質、核酸または小分子）との相互作用においても維持され、生物学的機能に直接影響を及ぼすファジータンパク質複... 詳細へ

Disordered Binding Sites Database: DIBS

運用機関: Institute of Enzymology, Research Centre for Natural Sciences, Hungarian Academy of Sciences, MTA-ELTE Momentum Bioinformatics Research Group

生物種: All

説明: 天然変性タンパク質（IDPs: Intrinsically Disordered Proteins）と立体構造を持つタンパク質の複合体を収載したデータベースです。機能や構造のアノテーション情報に加え、結合強度に関する... 詳細へ

Mutual Folding Induced by Binding Database: MFIB

運用機関: Institute of Enzymology, Research Centre for Natural Sciences, Hungarian Academy of Sciences, MTA-ELTE Bioinformatics Research Group

生物種: All

説明: 天然変性タンパク質同士で構成されるタンパク質複合体のデータベースです。単体の状態で安定した三次構造を持たないこれらのタンパク質の折りたたみは、複合体形成によって相互に誘導されま... 詳細へ

G-Node Data Infrastructure Services: GIN

運用機関: Ludwig-Maximilians-Universität München, Department Biologie II, Division of Neurobiology, Leibniz Supercomputing Centre of the Bavarian Academy of Sciences and Humanities

生物種: All

説明: 神経科学データのための包括的で再現性のある管理･共有プラットフォームです。アップロードしたデータへの様々な場所からのアクセス、同期、バージョン管理、制限付きのデータ共有およびDOI... 詳細へ

The MGA Data Repository: MGA

運用機関: Ecole Polytechnique Federale de Lausanne, SIB Swiss Institute of Bioinformatics

生物種: Eukaryota

説明: 公開された次世代シーケンシングデータおよびその他のゲノムアノテーションデータ（転写開始部位、SNP など）を標準フォーマット（SGA: Simple Genome Annotation）で保存するリポジトリで... 詳細へ

統合TVへ

Omics Discovery Index: OmicsDI

運用機関: European Molecular Biology Laboratory (EMBL), National Center for Protein Sciences

生物種: All

説明: 複数のレポジトリからのオミックスデータ（トランスクリプトミクス、ゲノミクス、プロテオミクス、メタボロミクス）を統合し、検索を可能にしたリソースです。ArrayExpress、PRIDE、MassIVE... 詳細へ

NCI Center for Strategic Scientific Initiatives Data Coordinating Center: CSSI DCC

運用機関: Frederick National Laboratory for Cancer Research

生物種: All

説明: CSSI (Center for Strategic Scientific Initiatives) DCC （Data Coordinating Center） Portal は、CSSI から資金提供を受けているがん研究データやユーザーの登録データを保管し、データ... 詳細へ

休止
(14日以上)

The Encyclopedia of Proteome Dynamics: EPD

運用機関: Lamond Group, University of Dundee

生物種: Caenorhabditis elegans | Homo sapiens | Mus musculus

説明: ダンディー大学の Lamond グループと共同研究者によって行われた大規模実験データを提供するプロテオームのエンサイクロペディアです。ヒトおよびモデル生物の3万件以上のタンパク質に対する... 詳細へ

iReceptor Public Archive: IPA

運用機関: iReceptor, Simon Fraser University

生物種:

説明: 適応免疫（抗原/B-cell, T-cell）受容体レパートリーにおける次世代シーケンシングデータ (AIRR-seq) を保存し、共有するためのプラットフォームです。iReceptor Gateway (http://gateway.ir... 詳細へ

e-ReColNat

運用機関: RECOLNAT

生物種: All

説明: e-ReColNatはデジタル化された過去350年間の植物、動物、化石、地理に関する自然史コレクションを提供します。800万以上の標本と700万以上の画像データを含みます。アカウントを作成してデー... 詳細へ

VDJdb: a curated database of T-cell receptors with known antigen specificity: VDJdb

運用機関:

生物種: Homo sapiens | Mus musculus

説明: T細胞受容体配列を既知の抗原特異性とともに収録したキュレーションデータベースです。ウェブインターフェースからデータのブラウジングと検索を直感的に行うことができます。ユーザーのRepS... 詳細へ

Project Tycho: Data for Health

運用機関: Project Tycho, University of Pittsburgh, University of Pittsburgh Medical Center, Public Health Dynamics Laboratory, University of Pittsburgh, Department of Epidemiology, University of Pittsburgh

説明: 1888年から2014年の間のアメリカ合衆国50州1284市の保健機関から報告された50の通知義務のある疾患についての毎週の症例数を含んだデータベースです。Project Tycho 2.0 は合衆国で通知義務... 詳細へ

Biological and Chemical Oceanography Data Management Office: BCO-DMO

運用機関:

生物種: All

説明: BCO-DMO は、世界中の海洋学データを公開するレポジトリです。BCO-DMOのメンバーは、米国立科学財団（NSF）の海洋科学（OCE）部および極地プログラムオフィス（OPP）から資金提供を受けた研... 詳細へ

Donders Repository: DR

運用機関: Radboud University, Donders Institute for Brain, Cognition and Behavior

生物種: Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus

説明: ラドバウド大学ドンデルス脳認知行動研究所が、同研究所で作成･加工された研究データを管理、保存、共有するために構築したリポジトリです。公開データ情報の一部はログインせずに閲覧する... 詳細へ

Swedish National Data Service: SND

運用機関: Swedish National Data Service, University of Gothenburg

生物種: All

説明: SND は、スウェーデン国内外に存在する新規および既存のスウェーデンの研究データへのアクセスを容易にする国家的サービスです。SND はあわせて、データ管理のプロセス全体にわたってスウェ... 詳細へ

CSIRO Data Access Portal: CSIRO DAP

運用機関: Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation, Australian National Data Service (ANDS)

生物種: All

説明: Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation (CSIRO) がさまざまな分野で公開した研究データ、ソフトウェア、その他のデジタルリソースへのアクセスを提供するポータル... 詳細へ

BioStudies

運用機関: European Commission under FP7 Grant Agreement, European Molecular Biology Laboratory (EMBL)

生物種: All

説明: BioStudies データベースには、生物学的研究の説明、EMBL-EBI または外部のデータベースに含まれる生物学的研究データへのリンク、および EMBL-EBI の構造化されたアーカイブに適合しないデ... 詳細へ

データベースのレコード一覧 (件数: )

一覧内を検索する

一覧を絞り込む

生物種

タグ＜対象＞

タグ＜データの種類＞

稼動状況

地域

その他の条件

メニュー

新着情報

本カタログの使い方