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FIDD: The Frequency of Inherited Disorders Database

運用機関: Cardiff University School of Medicine

生物種: Homo sapiens

説明: 世界中の遺伝病に関する情報を文献から収集・整理したデータベース。詳細へ

休止
(14日以上)

FACTS: Functional Association/Annotation of cDNA Clones from Text/Sequence Sources

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所

生物種:

説明: 遺伝子に、文献情報をマッピングしたデータベースです。詳細へ

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FABA: Four-dimensional Ascidian Body Atlas

運用機関: 慶應義塾大学

生物種: Ciona intestinalis

説明: 多細胞生物の発生の時間的経過に伴う３次元構造画像のデータベース。カタユウレイボヤの受精卵から孵化後幼生までの26段階の発生ステージについて、形態の3次元画像および断面画像を取得し、... 詳細へ

Experimental Animal Database Search

運用機関: 情報・システム研究機構　国立遺伝学研究所　生物遺伝資源情報総合センター

生物種: Metazoa

説明: 実験動物の情報データベースです。日本実験動物協会が収集及び提供する動物実験関連情報を検索することができます。詳細へ

EROP-Moscow: Endogenous Regulatory OligoPeptide knowledgebase

運用機関: Swiss Institute of Bioinformatics

生物種:

説明: オリゴペプチド配列のデータベース。オリゴペプチドの構造、機能、翻訳後修飾等、クォリティの高いアノテーションを提供しています。詳細へ

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ENZYME: Enzyme nomenclature database

運用機関: Swiss Institute of Bioinformatics

生物種: Homo sapiens | Mus musculus

説明: 酵素の分類、名前、機能、基質、生成物、阻害剤などを登録したデータベースです。詳細へ

運用終了

EGO: Eukaryotic Gene Orthologues

運用機関: Dana-Farber Cancer Institute

生物種: Eukaryota

説明: 真核生物のオーソロガス遺伝子のデータベースです。Dana-Farber Cancer InstituteによるEGOの運用は終了しました。EGOのデータはTGIのFTPサイト（ftp://occams.dfci.harvard.edu/pub/bio/tg... 詳細へ

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EcoCyc

運用機関: SRI International

生物種: Escherichia coli

説明: 大腸菌のゲノム、代謝産物、代謝経路に関する情報データベースです。文献から得られた遺伝子、遺伝子産物（タンパク質、酵素）、関連するパスウェイ、遺伝子の位置などの情報やパスウェイマ... 詳細へ

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DO: Disease Ontology

運用機関: Institute of Genome Sciences, University of Maryland School of Medicine

生物種: Homo sapiens

説明: ヒトの疾患に関する用語や概念について整理したDisease Ontologyを提供するサイトです。MeSH、ICD、NCI’s thesaurus、SNOMEDやOMIMへリンク付けられています。キーワードで語彙を検索するこ... 詳細へ

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DGVa: Database of Genomic Variants Archive

運用機関: European Bioinformatics Institute

生物種:

説明: ゲノム上の構造多型データベース。すべての生物種および表現型の生物の構造多型を対象に登録されたデータを、閲覧、ダウンロードすることができます。収録データは、構造多型、ゲノム上の挿... 詳細へ

休止
(14日以上)

CREB Target Gene Database

運用機関: Salk Institute

生物種:

説明: 転写因子CREB（cyclic AMP response element-binding protein：cAMP応答配列結合タンパク質）の標的遺伝子のデータベースです。データベース内の各遺伝子には以下の情報が与えられています。... 詳細へ

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Conserved Domains and Protein Classification

運用機関: National Center for Biotechnology Information

生物種:

説明: 蛋白質の保存されたドメイン構造についてのアノテーションデータベースです。詳細へ

Codon Table

運用機関: 公益財団法人かずさDNA研究所

説明: 各種生物のコドンテーブルを掲載。詳細へ

運用終了

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CGAP: The Cancer Genome Anatomy Project

運用機関: National Center for Biotechnology Information

生物種: Homo sapiens | Mus musculus

説明: 種々の臓器における正常、前癌、癌の各細胞で発現している遺伝子を収録したデータベースです。米国立癌研究所（NCI）のプロジェクトで、正常、前がん状態、がん細胞の発現プロファイルを決定... 詳細へ

CarpeDB: A Comprehensive Database on the Genetics of Epilepsy

運用機関: The University of Alabama

生物種: Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus | Drosophila melanogaster | Caenorhabditis elegans

説明: 遺伝性てんかんの包括的なデータベースで、遺伝子の情報や論文情報を閲覧できます。また新規データの登録も受付けています。詳細へ

CAGE Basic Viewer

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　横浜研究所

生物種: Homo sapiens | Mus musculus

説明: CAGE法によって集められたRNAライブラリやCAGEライブラリなどのデータを検索、閲覧するシステムです。CAGE(Cap Analysis Gene Expression)法とは、遺伝子プロモーター領域を効率よく同定でき... 詳細へ

運用終了

一括ダウンロード可

Blocks

運用機関: Fred Hutchinson Cancer Research Center

生物種: Homo sapiens

説明: 類似タンパク質のアミノ酸配列のマルチプルアライメントから自動的に抽出したモチーフのデータベースです。詳細へ

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BioCyc

運用機関: SRI International

説明: 各種生物の代謝マップが納められたパスウェイデータベースです。詳細へ

運用終了

Bio-Resourse Network

運用機関: 独立行政法人科学技術振興機構

生物種:

説明: Bio-Resourse Networkの各種システムは、微生物株の分類同定を支援し、ユーザの研究資材データベース作成を支援します。詳細へ

休止
(14日以上)

BGPlants: Data-base on the plants kept in the Botanical Garden

運用機関: 研究用植物データベース作成グループ

生物種: Embryophyta

説明: 施設に保存されている研究用植物のデータベース。日本全国の植物園などの施設に系統保存されている植物データの登録・公開を行っています。詳細へ

BOLD: Barcode of Life Data Systems

運用機関: The Consortium for the Barcode of Life (CBOL)

生物種:

説明: DNAバーコード（生物種を特徴付ける短いDNA配列）のデータベースです。以下の4つのデータベースで構成されています。（1）「Public Data Portal」公開されたバーコード情報を収録したデー... 詳細へ

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Avibase: The World Bird Database

運用機関: Bird Studies Canada

生物種: Aves

説明: 全世界に生息する鳥に関するデータベース。鳥の分布、分類、同義語、各言語での名称表記法（日本語もある）等を見ることができ、分布は世界地図（画像）で見ることができます。鳥の調査のた... 詳細へ

休止
(14日以上)

AnoBase: The Anopheles Database

運用機関: The National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID)

生物種: Anopheles gambiae | Aedes aegypti

説明: ガンビエハマダラカ、ネッタイシマカなどのマラリアを媒介する蚊の種名情報やゲノム情報のデータベースです。詳細へ

Amphibian Species of the World

運用機関: American Museum of Natural History

生物種: Amphibia

説明: 世界に生息する両性類の種のデータベース。階層化された両生類の生物学上の分類が表示され、各分類（網:class、目:order、科:family、亜科:subfamily、属:genus、種:species）ついて同義語、... 詳細へ

休止
(14日以上)

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Plasma Proteome Database

運用機関: Johns Hopkins University

生物種: Homo sapiens

説明: ヒト血漿タンパク質とそのisoformの包括的リソースです。Isoform特異的発現、関連する疾患、局在、翻訳後修飾、一塩基多型の情報が収集されています。このデータベースで提供される情報は、... 詳細へ

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dbVar: Database of Genomic Structural Variation

運用機関: National Center for Biotechnology Information

説明: 大規模なゲノム構造変異（挿入、欠失、転座、逆位など）に関する情報を収録しています。詳細へ

運用終了

Epigenomics

運用機関: National Center for Biotechnology Information

生物種:

説明: クロマチン修飾（ヒストン修飾、DNAメチル化、DNA分解酵素フットプリント法）のゲノム網羅的研究結果を収録しています。一研究につき、サンプル情報、アッセイの種類、データソース、文献情... 詳細へ

休止
(14日以上)

GeneCards

運用機関: Weizmann Institute of Science

生物種: Homo sapiens

説明: オーソロジー、疾患関連、SNPs、遺伝子発現、遺伝子機能はもちろん、広範囲に存在するゲノミクス、プロテオミクス、トランスクリプトミクス情報を効率よく検索できるようにしたヒトゲノム情... 詳細へ

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PROSITE: Database of protein domains, families and functional sites

運用機関: Swiss Institute of Bioinformatics

生物種:

説明: タンパク質のファミリーやドメインに関するデータベースで、主にUniProtKB/Swiss-Protエントリーのドメイン機能のアノテーションに使用されています。現在、1,000以上のファミリーやドメイン... 詳細へ

可移植性腫瘍株一覧表

運用機関: 東北大学　加齢医学研究所

説明: この一覧表は、全国の研究者にアンケートを送って移植腫瘍の情報を収集し、まとめたものです。1,002株の情報が収められています。詳細へ

民族薬物データベース

運用機関: 富山大学　和漢医薬学総合研究所

生物種:

説明: 民族薬物データベースには、民族薬物資料館に保管されている生薬の標本情報及び学術情報が収録されています。その内、和漢薬4,800点（英語3,500点）、ユナニー生薬177点、タイ生薬668点、ア... 詳細へ

休止
(14日以上)

LSDBアーカイブへ一括ダウンロード可

Soybean Proteome Database: ダイズプロテオームデータベース

運用機関: 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構　作物研究所

生物種: Glycine max

説明: 二次元電気泳動および電気泳動を介さない方法によるダイズのプロテオーム解析の結果を主に収録しているデータベースです。ダイズの各器官に存在するタンパク質や細胞内局在性を示すタンパク... 詳細へ

休止
(14日以上)

TABR: Tropical Asian Bees Reference Database

運用機関: 九州大学　大学院農学研究院

生物種: Apoidea

説明: 熱帯アジア産ハナバチ類文献データベース(TABR)は、熱帯・亜熱帯アジア産ハナバチ類に関する主要な文献について、掲載された各文献中のハナバチの分類単位(種、属、科等の学名)を一つのレコ... 詳細へ

LSDBアーカイブへ一括ダウンロード可

GETDB: Gal4 Enhancer Trap Insertion Database

運用機関: 京都工芸繊維大学　ショウジョウバエ遺伝資源センター

生物種: Drosophila melanogaster

説明: ショウジョウバエにおいてGal4-UAS法に基づくエンハンサートラップ系統をNPコンソーシアムとして約４６００の挿入系統を作成し、それらのすべてについてエンハンサー活性を胚および幼虫にお... 詳細へ

休止
(14日以上)

3DPSD: ３次元医薬品構造データベース

運用機関: 東京薬科大学　薬学部

生物種:

説明: ３次元医薬品構造データベース(3DPSD)は医療用医薬品の３次元構造を格納したデータベースで、全ての構造データを公開しています。3DPSDは医薬品の一般名（英名）をアルファベット順に収納し... 詳細へ

運用終了

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AgriTOGO: 農林水産生物ゲノム情報統合データベース

運用機関: 国立研究開発法人　農業・食品産業技術総合研究機構

生物種:

説明: 農林水産生物ゲノム情報統合データベースは、農林水産省の研究の成果として公開している情報を統合し、より価値の高い情報を発信することを目的としています。統合検索システム、統合データ... 詳細へ

休止
(14日以上)

統合失調症の脳内遺伝子発現プロファイル

運用機関: 新潟大学　脳研究所　基礎神経科学部門　分子神経生物学分野

生物種: Homo sapiens

説明: 高感度の放射活性を利用したDNAアレイを利用して、統合失調症の脳3領域における病態遺伝子プロファイルを取得し、約2-3000個の主要な既知遺伝子mRNAの発現変化率とその個人差を解析した結果... 詳細へ

植物培養細胞カタログ

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　筑波研究所

生物種: Embryophyta

説明: 平成8年度より植物細胞開発銀行が提供をおこなっていた植物培養細胞のカタログです。植物細胞開発銀行の業務は2001年4月より理化学研究所バイオリソースセンターに移管しており、現在では実... 詳細へ

植物遺伝子材料カタログ

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　筑波研究所

生物種: Embryophyta

説明: 平成8年度より植物細胞開発銀行より提供をおこなっていた遺伝子材料について引き続き実験植物開発室より提供を行なっています。詳細へ

原生生物情報サーバ

運用機関: 法政大学

説明: 原生生物とその他の微生物の画像（静止画 81037枚、内訳：総計765属、3203種、15434サンプル、および、動画 2261クリップ、淡水産が主）と関連情報を提供しています。詳細へ

LSDBアーカイブへ

Mutant Panel: Tos17ミュータントパネルのページ

運用機関: 国立研究開発法人　農業・食品産業技術総合研究機構

生物種: Oryza sativa Japonica Group

説明: 農業生物資源研究所遺伝子機能研究チームは、イネの遺伝子破壊系統を内在性トランスポゾン(Tos17)を転移させて作成しています。このデータベースではトランスポゾンに隣接する塩基配列を検索... 詳細へ

休止
(14日以上)

カイコ完全長cDNAデータベース

運用機関: 東京大学　大学院農学生命科学研究科

生物種: Bombyx mori

説明: カイコの完全長cDNAデータベースです。カイコ完全長cDNA末端塩基配列データベース、カイコEST塩基配列データベース(SilkBase： http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00203 ) を対象にし... 詳細へ

NBRP Yeast: ナショナルバイオリソースプロジェクト - 酵母

運用機関: 大阪市立大学　大学院理学研究科

生物種: Saccharomyces | Schizosaccharomyces pombe

説明: 分裂、出芽酵母株の菌株、プラスミド、ライブラリ、完全長cDNAなどのリソースの検索が可能です。また、それらの分与申し込みも可能です。詳細へ

ナショナルバイオリソースプロジェクト　ネッタイツメガエル　収集・保存・提供

運用機関: 広島大学両生類研究センター

生物種: Xenopus tropicalis

説明: NBRPネッタイツメガエルのサイトです。ネッタイツメガエルの寄託・譲渡の受付、系統の高品質化・保存、生体（胚・幼生・亜成体・成体）や非生体リソース（DNA など）の提供を行っています。... 詳細へ

一括ダウンロード可

XDB: Xenopus laevis Database

運用機関: 自然科学研究機構　基礎生物学研究所

生物種: Xenopus laevis

説明: アフリカツメガエル(Xenopus laevis)のEST、そのアセンブリ、WISH画像が登録されています。アセンブリは、NCBI-NR, UniGene(X.laevis), TIGR-XGI, Xenopus protein databse (NIH) を対象にし... 詳細へ

休止
(14日以上)

一括ダウンロード可

V. parahaemolyticus Genome Information

運用機関: 東京工業大学　大学院生命理工学研究科

生物種: Vibrio parahaemolyticus

説明: 腸炎ビブリオ菌の全ゲノム配列およびアノテーションを掲載したデータベースです。ゲノムビューワやrRNAおよびtRNAの表、ORF検索、遺伝子検索、ブラスト検索などが利用できます。データ全体の... 詳細へ

UTGB Medaka Genome Browser: University of Tokyo Genome Browser

運用機関: 東京大学　大学院新領域創成科学研究科

生物種: Oryzias latipes

説明: UTGB (University of Tokyo Genome Browser) を利用したメダカに関するゲノムブラウザです。予測遺伝子、EST、GC含有量、繰り返しと比較ゲノミクスなど基本的な情報をブラウズできます。また... 詳細へ

運用終了

Probe

運用機関: National Center for Biotechnology Information

生物種:

説明: 遺伝子型決定や遺伝子発現解析、SNP解析、ゲノムマッピング、遺伝子サイレンシングなどの研究に用いられる核酸プローブ情報を登録するデータベースです。各プローブにつき、配列、文献、実験... 詳細へ

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UniProt: The Universal Protein Resource

運用機関: UniProt Consortium

生物種: All

説明: アミノ酸配列とその機能情報を掲載している代表的なデータベースです。「UniProtKB」、「UniRef」、「UniParc」の3種類のデータベースから構成されています。UniProtKB: 文献情報などを元に... 詳細へ

運用終了

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UniGene

運用機関: National Center for Biotechnology Information

生物種: All

説明: 転写産物の非冗長配列セット（クラスター）を自動的に生成し、収録しています。各クラスターは別々の遺伝子、あるいは発現偽遺伝子を表し、クラスタごとに相同タンパク、遺伝子発現、ゲノム... 詳細へ

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