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SHIGEN: Shared Information of GENetic Resources

運用機関: 情報・システム研究機構　国立遺伝学研究所　生物遺伝資源情報総合センター

生物種:

説明: 遺伝資源情報の提供者と利用者が一緒に作り上げる情報アーカイブ。SHIGENプロジェクトは実験研究に必要な遺伝資源材料の情報公開サイトを網羅的に調べて提供する(WGR) 国内の利用可能な資源... 詳細へ

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SEER: Surveillance Epidemiology and End Results

運用機関: National Cancer Institute

生物種: Homo sapiens

説明: 1973年からアメリカでの癌の罹患率や生存率、死亡率等、癌に関する統計データを収集しているサイト。30種類以上の癌の情報を集めており、アメリカの人口の約26パーセントをカバーしています... 詳細へ

老化促進モデルマウス (SAM)研究協議会

運用機関: 老化促進モデルマウス（SAM）研究協議会

生物種: Mus musculus

説明: 老化促進モデルマウス（SAM）に関する情報を集めたサイトです。SAMマウスのマイクロサテライト一覧やSAM命名法、分与に関する情報などが掲載されています。詳細へ

RIKEN BIORESOURCE CENTER EXPERIMENTAL ANIMAL DIVISION

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　筑波研究所

生物種: Mus musculus

説明: バイオリソースセンターにおいて提供を行っている実験動物（マウス）の系統検索等のデータベースのポータルサイト。詳細へ

RGP: The Rice Genome Research Program

運用機関: 国立研究開発法人　農業・食品産業技術総合研究機構

生物種: Oryza sativa

説明: イネゲノムの高密度分子遺伝地図、酵母人工染色体（YAC）の整列化地図、65000個のEST塩基配列情報、及び、これらESTをYAC整列化地図上に位置づけた発現遺伝子地図が公開されています。詳細へ

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Repbase

運用機関: Genetic Information Research Institute

生物種:

説明: 異なる真核生物から得られた反復性DNAを表す原型の配列のデータベースであるRepbase Update(RU) と、電子ジャーナルRepbase Reports(RR)のサービスを提供しています。有料のサブスクリプショ... 詳細へ

REMIB: The World Biodiversity Information Network (REMIB)

運用機関: Mexican National Commission on Biodiversity

生物種:

説明: 生物学的多様性に関する情報を持つ機関・データベースをネットワーク化し、ネットワークに参加しているデータベースの情報に一元的にアクセス・検索することができるシステムです。詳細へ

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RED (アーカイブ): Rice Expression Database

運用機関: 国立研究開発法人　農業・食品産業技術総合研究機構

生物種: Oryza sativa

説明: The Rice Expression Database（RED）は、イネゲノムプロジェクトの一環として進められたマイクロアレイプロジェクトにおいて、8987ESTアレイを用いて解析された遺伝子発現データを集約した... 詳細へ

RAFL cDNAs: RIKEN Arabidopsis Full-length cDNA

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　横浜研究所

生物種: Arabidopsis thaliana

説明: シロイヌナズナの完全長cDNA情報のデータベースです。シロイヌナズナ完全長cDNAの解析を行い、機能注釈を付ける作業を進めた成果を公開しています。155,144の完全長 cDNAsの3'末端ESTsを、14... 詳細へ

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(14日以上)

PKR: Protein Kinase Resource

運用機関: San Diego Supercomputer Center

生物種:

説明: タンパク質キナーゼの様々な情報（配列、立体構造、アノテーション等）を統合し、Webインタフェースからそれらのデータを閲覧、分析できるシステムです。詳細へ

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PRIDE: PRoteomics IDEntifications database

運用機関: European Bioinformatics Institute

生物種:

説明: プロテオームデータの公的レポジトリ。質量分析ペプチドおよび蛋白質の同定データの公的レポジトリ。詳細へ

UMIN 中毒データベース検索システム

運用機関: 大学病院医療情報ネットワーク

生物種:

説明: UMIN (大学病院医療情報ネットワーク) が運営する中毒に関連した情報データベースです。UMINのサイトは医学・医療・生物学系の研究者・専門家及び大学病院の教職員・学生を対象としており、... 詳細へ

Pmda: Pharmaceuticals and Medical Devices Agency (医薬品医療機器情報提供ホームページ)

運用機関: 独立行政法人医薬品医療機器総合機構

生物種:

説明: 医薬品・医療機器等の安全な使用に役立てるため、医薬品関連情報、医療機器関連情報、医療用医薬品および一般医薬品添付文書情報、安全情報を提供しています。詳細へ

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(14日以上)

PlantsT: Functional Genomics of Plant Transporters

運用機関: Purdue University

生物種:

説明: 60種類以上の植物の輸送タンパク質、トランスポーター遺伝子の情報を集めたデータベース。タンパク質の情報（名前、同義語、キーワード、特性、配列、長さ、重量、遺伝子発現データ等）のほ... 詳細へ

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PDBsum

運用機関: European Bioinformatics Institute

生物種:

説明: PDB (Protein Data Bank)に登録されているタンパク質の巨大分子構造をひと目で概観できる画像データベース。タンパク質の分子構造や相互作用を図で見ることができます。詳細へ

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(14日以上)

OWL

運用機関: University of Manchester Bioinformatics Education and Research

生物種: Homo sapiens

説明: Swiss-Prot, PIR, GenBank（翻訳したもの）, NRL_3Dのデータをもとにして、重複がないように再構成したものです。詳細へ

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(14日以上)

Okdb: Ovarian Kaleidoscope Database

運用機関: Stanford University

生物種:

説明: 卵巣内で発現する遺伝子の生物学的機能、発現パターン、発現調節に関する情報を集めたデータベースです。遺伝子配列、染色体上の位置、ヒトおよびマウスの表現形変異、文献の情報も収録して... 詳細へ

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OBO: Open Biomedical Ontologies

運用機関: Berkeley Bioinformatics Open-source Project

生物種:

説明: 医学・生物学分野で使用される語彙を収集し、構造化しています。詳細へ

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OBIS: Ocean Biogeographic Information System

運用機関: Census of Marine Life

生物種:

説明: 様々な情報源（データベース）の海洋学関連のデータを評価・統合し、多数の海洋生物に関するデータを閲覧、検索できるサイトです。詳細へ

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NONCODE

運用機関: Bioinformatics Research Group, Institute of Computing Technology, Chinese Academy of Sciences.

生物種:

説明: あらゆる種類の非コードRNA（noncoding RNAs）のデータベースです（tRNAとrRNAは除く）。公開された文献やデータベースからlncRNAおよびアノテーション情報を検索し、Ensembl、RefSeq、lncRN... 詳細へ

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(14日以上)

Myc Cancer Gene

運用機関: Johns Hopkins University

生物種: Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus | Gallus gallus | Drosophila melanogaster

説明: Myc標的遺伝子およびMycと癌の関連をまとめたデータベースです。詳細へ

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(14日以上)

Mouse SAGE Site

運用機関: Institute of Molecular Genetics of the ASCR, v.v.i.

生物種: Mus musculus

説明: マウスの様々な組織や細胞株から生成された SAGE (Serial Analysis of gene expression) ライブラリのデータベース。詳細へ

Mouse Genetic Resources

運用機関: 情報・システム研究機構　国立遺伝学研究所　系統生物研究センター・哺乳動物遺伝研究室

生物種: Mus musculus

説明: 国立遺伝学研究所系統生物研究センター哺乳動物遺伝研究室において維持されているマウス系統に関する情報、及びそれらのマウス系統を用いた遺伝解析に必要な基礎情報を提供しています。詳細へ

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(14日以上)

MnM: Minimotif Miner (Application to search for short sequence motifs in proteins)

運用機関: University of Connecticut, University of Nevada

生物種:

説明: タンパク質内に存在する短い近接するペプチドモチーフに関するデータベースです。Minimotifとは少なくとも２つ以上のタンパク質で機能が知られたもので、翻訳語修飾、タンパク質やその他分子... 詳細へ

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MassBank: High Resolution Mass Spectral Database

運用機関: 一般社団法人日本質量分析学会

生物種:

説明: 代謝物質（基礎代謝、植物二次代謝標準物質）を高分解能質量分析によって測定したマススペクトルを収集したデータベース。国内外12機関のデータをまとめて検索、閲覧が可能であり、マニュア... 詳細へ

運用終了

MAEDA: Micro Array Expression DAta search

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　横浜研究所

生物種: Arabidopsis thaliana

説明: シロイヌナズナの遺伝子発現データベース。 RARGE- RIKEN Arabidopsis Genome Encyclopedia：http://rarge.gsc.riken.jp/index.html のページで提供されています。詳細へ

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(14日以上)

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LOCATE: subcellular localization database

運用機関: The University of Queensland

生物種: Mus musculus

説明: 理研のFANTOM3のタンパク質配列セットに対して、膜組織や細胞内局在性に関する情報を人の手で付加したデータのデータベース。膜組織は MemO pipeline を用いて予測しており、細胞内局在は免... 詳細へ

Kyushu University Rice Database

運用機関: 情報・システム研究機構　国立遺伝学研究所　生物遺伝資源情報総合センター

生物種: Oryza sativa

説明: 九州大学大学院農学研究院附属遺伝子資源開発研究センター植物遺伝子開発分野が収集および保存しているイネ品種・系統のデータベース。国内外の品種系統(HO系統、1,398 系統)、FAO国際共同研... 詳細へ

運用終了

INE 稲: INtegrated Rice Genome Explorer

運用機関: 国立研究開発法人農業生物資源研究所

生物種: Oryza sativa

説明: イネの染色体の連鎖地図、物理地図、EST Mapを掲載しています。なお、本サイトは運用を停止し、データはWhoGA (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00736) から提供していましたが、Wh... 詳細へ

IMGT/LIGM-DB: IMGT, the international ImMunoGeneTics information system/LIGM-DB

運用機関: CNRS (The National Center for Scientific Research), Montpellier University, Montpellier

生物種:

説明: ヒトおよびその他の脊椎動物の免疫グロブリン、T細胞受容体に関するアノテーションが付与された配列のデータベースです。詳細へ

運用終了

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IARC TP53 Database

運用機関: International Agency for Research on Cancer

生物種: Homo sapiens

説明: p53の変異、遺伝病、その解析結果のデータベースです。詳細へ

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(14日以上)

Human Genome Segmental Duplication Database

運用機関: The Centre for Applied Genomics

生物種: Homo sapiens

説明: ヒトゲノムの重複断片のデータベース。詳細へ

HS3D: Homo Sapiens Splice Sites Dataset

運用機関: Universita degli Studi del Sannio di Benevento

生物種: Homo sapiens

説明: GenBankから抽出したヒトのエキソン、イントロン、スプライス領域のデータセットを提供しています。詳細へ

HOSTS: A Database of the World's Lepidopteran Hostplants

運用機関: Natural History Museum

生物種: Lepidoptera

説明: 世界中に生息するチョウやガの幼虫が食べる植物の情報を集めたデータベース。詳細へ

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Hoppsigen: Homologous Processed Pseudogenes database

運用機関: Pole BioInformatique Lyonnais

生物種: Homo sapiens | Mus musculus

説明: プロセス型偽遺伝子のデータベース。詳細へ

運用終了

HOVERGEN: Homologous Vertebrate Genes Database

運用機関: Pole BioInformatique Lyonnais

生物種:

説明: ACNUC sequence databaseを下地とした脊椎動物遺伝子のデータベース。FamFetch application をインストールすると、GUIからアライメントや系統樹を見ることができます。詳細へ

休止
(14日以上)

HIV Structural Database and Chem-BLAST

運用機関: National Institute of Standards and Technology

生物種: Human immunodeficiency virus | Homo sapiens

説明: HIVの構造データベース。2次元構造（化学式）、3次元構造（立体構造）どちらも見ることができます。詳細へ

運用終了

RIKEN Hub Database Project

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　横浜研究所

生物種: Homo sapiens | Mus musculus | Caenorhabditis elegans | Arabidopsis thaliana

説明: タイリングアレイ（遺伝子発現情報）とゲノム情報を組み合わせて統計的に解析することにより、遺伝子の構造を高い精度で推定する新しい情報処理技術を開発しました。この技術をシロイヌナズ... 詳細へ

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(14日以上)

GOALL

運用機関: 情報・システム研究機構　国立遺伝学研究所　生物遺伝資源情報総合センター

生物種:

説明: GeneOntology、TraitOntology、Taxonomyのデータ構造のビューア。元のデータはGene Ontology Database http://www.godatabase.org/dev/database/ から得ています。詳細へ

GISD: Global Invasive Species Database

運用機関: The Invasive Species Specialist Group

生物種:

説明: 全世界の侵入生物種（invasive species）に関するデータベース。詳細へ

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GenomeNet

運用機関: 京都大学　化学研究所　附属バイオインフォマティクスセンター

生物種:

説明: ゲノムネットは、生物学・医学に関連したさまざまなデータベースと解析ツールが誰でも自由に利用できるインターネットサービスです。世界中に存在する生物学・医学関連の多様なデータベース... 詳細へ

GeneLoc

運用機関: Weizmann Institute of Science

生物種: Homo sapiens

説明: ヒト染色体の統合化されたマップを公開しています。詳細へ

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BioGPS

運用機関: Genomics Institute of the Novartis Research Foundation

生物種: Homo sapiens | Mus musculus

説明: ヒトおよびマウスの遺伝子発現情報データベース。詳細へ

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GenBank

運用機関: National Center for Biotechnology Information

生物種: All

説明: 公に利用できる注釈付きDNA配列のデータベース。 The International Nucleotide Sequence Database Collaborationの一部。 the DNA DataBank of Japan (DDBJ), the European Molecular Biolo... 詳細へ

休止
(11日目)

GENATLAS

運用機関: Universite Rene Descartes

生物種: Homo sapiens

説明: ヒトゲノム計画の成果を公開している分子生物学データベースです。詳細へ

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(14日以上)

GeMCRIS: Genetic Modification Clinical Research Information System

運用機関: Office of Biotechnology Activities

生物種: Homo sapiens

説明: NIHにより登録されたヒトの遺伝子導入研究に関する情報を提供するデータベースです。研究対象となる疾患、研究に使用される遺伝子産物、遺伝子産物の配布情報、プロトコルの概要等を収録して... 詳細へ

FMA: FoundationalModelAnatomy

運用機関: University of Washington

生物種: Homo sapiens

説明: 人体の解剖学における用語を統一するための情報データベースです。ヒトの体の解剖学の用語について、人間にもコンピュータにも理解できるようにオントロジーをフレームワーク化しています。... 詳細へ

休止
(14日以上)

FMRIDC: The fMRI Data Center

運用機関: University of California

生物種: Homo sapiens

説明: 機能的磁気共鳴映像法（fMRI）データの集積所としての役割をはたしているサイトです。詳細へ

休止
(14日以上)

Flytrap

運用機関: The University of Edinburgh

生物種: Drosophila melanogaster

説明: ショウジョウバエ脳におけるP（Gal4）line の発現パターンを収録したデータベースです。詳細へ

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FishBase

運用機関: FishBase Consortium

生物種:

説明: 世界中に生息する魚類の詳細な情報を集めたデータベースです。学名、一般名、生態写真、分類、生息地、サイズ、参考文献などの情報を収録しています。学名と日本語、中国語、アラビア語、ロ... 詳細へ

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