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TOMATOMA (Tomato Mutants Archive)

運用機関: 筑波大学　遺伝子実験センター

生物種: Solanum lycopersicum

説明: 筑波大学遺伝子実験センターではNBRPトマトの中核機関として、多数のトマト栽培種や近縁野生種の種子を保有しています。また、矮性トマト品種マイクロトムのEMSおよびガンマ線変異誘発系統... 詳細へ

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KaTomicsDB

運用機関: 公益財団法人かずさDNA研究所

生物種: Solanum lycopersicum

説明: ナス科のモデル植物であるトマトのゲノムデータベースです。トマトのDNAマーカーやSNPのアノテーション（機能性マーカー）、Selected BAC clone Mixture (SBM)により得られたコンティグやス... 詳細へ

休止
(14日以上)

PepBase: A peptide database with MS/MS spectra

運用機関: 慶應義塾大学

生物種: Arabidopsis thaliana

説明: シロイヌナズナの蛋白質修飾部位データベースです。高精度質量分析計を用いたショットガンプロテオーム解析で取得したペプチド配列やスペクトル、修飾部位などの同定情報が収録されています... 詳細へ

休止
(14日以上)

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LegumeTFDB

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　横浜研究所

生物種: Glycine max | Lotus japonicus | Medicago truncatula

説明: 主要マメ科モデル植物、ダイズ、ミヤコグサ、タルウマゴヤシのゲノム配列から転写因子と予測された遺伝子および網羅的なアノテーション情報を公開しています。現在、ダイズの転写因子モデル5... 詳細へ

Soybean Marker Database

運用機関: 公益財団法人かずさDNA研究所

生物種: Glycine max

説明: ダイズのマーカー情報のデータベースです。各マーカーにつきEST-SSRの情報としてプライマー配列や対応するEST配列へのリンク情報などが収録されています。連鎖地図から簡単にマーカー情報を... 詳細へ

休止
(14日以上)

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SoybeanTFDB

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　横浜研究所

生物種: Glycine max

説明: ダイズの全ゲノム配列 (Glyma1.0モデル)から転写因子と予測された遺伝子および網羅的なアノテーション情報を公開しています。現在のところ61ファミリーに分類される転写因子モデル5,035件を... 詳細へ

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Jatropha Genome Database

運用機関: 公益財団法人かずさDNA研究所

生物種: Jatropha curcas

説明: ヤトロファのゲノムデータベースです。アセンブルにより得られた全ゲノム配列、スキャフォールド、アミノ酸配列、InterProによるモチーフ予測結果などを公開しています。キーワード検索やBLA... 詳細へ

休止
(14日以上)

JSOL: Japan Solanaceae Consortium (日本ナス科コンソーシアム)

運用機関: 公益財団法人かずさDNA研究所

生物種: Solanum

説明: トマトをはじめとするナス科植物の研究を推進するためのリソースの整備、情報交換を目的としているサイトで、国内の公的機関、民間の研究者などにより構成されるJapan Solanaceae Consortium... 詳細へ

Clover Garden

運用機関: 公益財団法人かずさDNA研究所

生物種: Trifolium pratense | Trifolium repens

説明: クローバー (Trifolium species) のマーカー情報を収納したデータベースです。アカクローバーおよびシロクローバーの各種マーカー情報、EST、また連鎖地図などを泳動写真とともに公開してい... 詳細へ

休止
(14日以上)

ChemProt

運用機関: Center for Biological Sequence Analysis, Department of Systems Biology, Technical University of Denmark

生物種:

説明: ChemProtは、化学物質-タンパク質-疾患間の関係に関して複数の無償および商用データベースからの情報をまとめた統合データベースです。化学物質名や標的タンパク質名、化学物質の構造に基づ... 詳細へ

休止
(14日以上)

CADgene: Coronary Artery Disease Gene Database

運用機関: Huazhong University of Science and Technology

生物種: Homo sapiens

説明: 冠動脈疾患 (Coronary artery disease; CAD)関連遺伝子のデータベースです。心疾患研究コミュニティに向けて有用な遺伝子情報を提供することを目的に構築されています。現在、約2,000件の文... 詳細へ

cBARBEL: Catfish Genome Database

運用機関: Department of Fisheries and Allied Aquacultures, Auburn University

生物種: Ictalurus

説明: cBARBELはアメリカナマズの基礎的および応用的な遺伝とゲノムの研究データを収集したサイトです。ESTやBES、完全長cDNA、マーカーについてのBLASTベースの配列検索、contigやゼブラフィッシ... 詳細へ

公開停止中

BISC: BInary SubComplex Database

運用機関: University of California, Santa Cruz

生物種:

説明: タンパク質間相互作用のデータベースです。構造生物学領域と機能ゲノム領域の橋渡しとなることを目的として、現在主流のタンパク間相互作用データベースに収録されているデータのなかで、モ... 詳細へ

運用終了

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Trypanosomes Database

運用機関: 情報・システム研究機構　国立遺伝学研究所

生物種: Trypanosoma | Homo sapiens

説明: トリパノソーマ症（アフリカ睡眠病、南アメリカシャーガス病など）に対する薬剤開発において、効果的なターゲットとなり得るピリミジン生合成や酸化還元反応を触媒する酵素について包括的な... 詳細へ

休止
(14日以上)

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PCI DB: Protein-Compound Interaction Database

運用機関: 情報・システム研究機構　国立遺伝学研究所

生物種:

説明: 世界各地に分散しているタンパク質－化合物相互作用の情報を収集/統合したデータベースです。ChEMBL、DrugBank、CTD、PubChem BioAssayからのデータが取得されており、タンパク質あるいは化... 詳細へ

休止
(14日以上)

FUJI DB: タンパク質オンデマンド解析データベース (Functionally Annotated Japanese Protein Structural Information database)

運用機関: 情報・システム研究機構　国立遺伝学研究所

生物種:

説明: 指定された任意のタンパク質のアミノ酸配列に対し、様々な情報を付加して、機能予測を行うアミノ酸配列オンデマンド解析データベースです。配列の特徴分析、立体構造、天然変成 (disorder)領... 詳細へ

休止
(14日以上)

CASA db: Comprehensive Amino Acids Sequences Annotated database　 (タンパク質配列データベース)

運用機関: 情報・システム研究機構　国立遺伝学研究所

生物種:

説明: 世界各地に分散している多種多様なタンパク質関連情報を収集/統合した網羅的アミノ酸配列データベースです。2012.12月現在、DDBJ DAD、NCBI NR、UniRefを主とした100万件超のアミノ酸配列、5... 詳細へ

休止
(14日以上)

統合検索ASETT β: All-in-one SEarch of Target Tanpaku

運用機関: 情報・システム研究機構　国立遺伝学研究所

生物種:

説明: ターゲットタンパク研究プログラム（TPRP）情報プラットフォームで開発されたデータベース群をまとめて検索できるサイトです。検索可能なデーターベースにはTP Atlas, PREIMS, eSOL, CASA DB... 詳細へ

UCSC Xena

運用機関: University of California, Santa Cruz

生物種: Homo sapiens

説明: 遺伝子と疾患とを関連づけるゲノミクスデータベースです。癌や腫瘍の種類ごとに分類されたデータセットについて、コピー数多型（CNV）、DNAメチレーション、遺伝子やエクソンの発現、タンパ... 詳細へ

SPIKE: Signaling Pathway Integrated Knowledge Engine

運用機関: Tel Aviv University

生物種: Homo sapiens

説明: 既存のパスウェイデータベース、文献情報、タンパク質間相互作用情報を統合した、インタラクティブなヒトシグナルパスウェイデータベース。8種類のシグナルパスウェイマップを収録しており、... 詳細へ

ASPicDB: Alternative Splicing Prediction Data Base

運用機関: Consorzio Interuniversitario per le Applicazioni di Supercalcolo per Universita e Ricerca

説明: オルタナティブスプライシング（選択的スプライシング）を受ける遺伝子とタンパク質に関するデータベースです。オルタナティブスプライシングパターンによる条件絞込み検索が可能で、それぞ... 詳細へ

休止
(14日以上)

OGRO: Overview of functionally characterized Genes in Rice Online database

運用機関: 国立研究開発法人　農業・食品産業技術総合研究機構

生物種: Oryza sativa

説明: 文献データベースWeb of Scienceに対して、遺伝子機能解析に用いられる用語をキーワードとして検索し抽出された文献のうち、遺伝子機能が表現型と関連づけられている文献から702の遺伝子座を... 詳細へ

休止
(14日以上)

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Q-TARO: QTL Annotation Rice Online database

運用機関: 国立研究開発法人　農業・食品産業技術総合研究機構

生物種: Oryza sativa

説明: 文献から集めたイネのQTL情報のデータベースです。種々の文献検索サイトよりイネのQTL研究に関した文献情報を抽出し、最終的には1214件の論文から5096件のイネQTL情報を得ました。その上で、... 詳細へ

運用終了

Species Dictionary

運用機関: 情報・システム研究機構　国立遺伝学研究所

生物種:

説明: 生物種及び生物分類情報のデータベースNCBI Taxonomyに収録されているエントリーの各項目 (Taxonomy ID、学名、英名、また属や科などの分類階級)を表形式で閲覧できるように独自に再整理した... 詳細へ

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辞書の構築と公開

運用機関: 情報・システム研究機構　ライフサイエンス統合データベースセンター

生物種:

説明: ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS)では生物種名や学術用語などの生物学関連の用語の整備を行っています。具体的には、個々の概念がそれぞれの出典においてどのような用語で... 詳細へ

休止
(14日以上)

FragmentStore

運用機関: Charite - University Medicine Berlin, Institute for Physiology, Structural Bioinformatics Group

生物種:

説明: FragmentStoreは代謝産物、薬品、毒物である低分子化合物から作成した化合物断片 (フラグメント)のデータベースです。FragmentStoreでは、フラグメントの2D構造、分子量や回転可能な結合数な... 詳細へ

GAIN: Great Ape Information Network (大型類人猿情報ネットワーク)

運用機関: 情報・システム研究機構　国立遺伝学研究所　生物遺伝資源情報総合センター

生物種: Pan troglodytes | Gorilla | Pongo | Hylobates sp.

説明: 日本国内のヒト上科（チンパンジー、ゴリラ、オランウータン、テナガザル）に関連する情報ネットワークです。日本列島における分布図、家系図、個体簿など種々の情報をデータベース化して... 詳細へ

National BioResource Project Paramecium

運用機関: 情報・システム研究機構　国立遺伝学研究所　生物遺伝資源情報総合センター

生物種: Paramecium

説明: ゾウリムシリソースの収集、保存、提供を行っているNBRPのリソース拠点です。山口大学が代表機関としてゾウリムシリソースの整備と提供を目的として以下の事業を実施しています。１）野外か... 詳細へ

RIKEN BRC CELL BANK　研究用ヒト臍帯血材料 (HCB,CBF,CFD,C34)

運用機関: 特定国立研究開発法人理化学研究所

生物種: Homo sapiens

説明: 出生児の臍帯血（へその緒の血）に由来する細胞をゲノムや遺伝子を解析対象とする研究を含めた様々な学術研究のために提供するサイトです。以下のカテゴリーに分けて細胞材料を提供していま... 詳細へ

ナショナルバイオリソースプロジェクト　ニワトリ-ウズラ

運用機関: 名古屋大学　大学院生命農学研究科附属鳥類バイオサイエンス研究センター

生物種: Gallus gallus | Coturnix japonica

説明: ニワトリ及びウズラリソースの保存と育成、および安定供給を行うNBRPのリソース拠点です。(1) リソースの収集、保存、育成、(2) 遺伝モニタリングによるリソースの高品質化(3) 遺伝子導入、... 詳細へ

休止
(14日以上)

PDBWiki

運用機関:

生物種:

説明: PDBデータを用いてユーザーが蛋白質の構造アノテーションを行い、情報交換ができるコミュニティを形成するためのプロジェクトです。これにより、データの質が高まり、また情報の重複を最小限... 詳細へ

HGD: Hymenoptera Genome Database

運用機関: Georgetown University

生物種: Hymenoptera

説明: ハチおよびアリのゲノム情報のデータベースです。ゲノムおよびゲノムにマッピングされた遺伝子セットの配列ファイルのダウンロードおよびゲノムブラウザによるブラウザ上での閲覧が可能です。詳細へ

休止
(14日以上)

CancerResource

運用機関: Charite - University Medicine Berlin, Institute for Physiology, Structural Bioinformatics Group

生物種: Homo sapiens

説明: CancerResourceは、ガンに関連するターゲット遺伝子と薬剤との相互作用情報をまとめた統合データベースです。PubMedから独自にテキストマイニングにより抽出した情報と外部のデータベースか... 詳細へ

wiki.jscpb.org - Who's Who

運用機関: 日本比較生理生化学会

生物種: Metazoa

説明: 日本比較生理生化学会が提供する研究者データベースです。2012年11月現在テスト運用中です。研究者名および種名の50音検索やキーワードに加えて、「動物の分類から探す」を利用することで系... 詳細へ

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MatrixDB: Extracellular Matrix interaction Database

運用機関: Institut de Biologie et Chimie des Proteines, UMR 5086 CNRS-Universite Lyon 1

生物種:

説明: 細胞外マトリックスタンパク質間相互作用、及び糖鎖との相互作用に着目したデータベースです。コラーゲン、ラミニン、トロンボスポンジンのような多量体を形成している細胞外タンパク質も扱... 詳細へ

公開停止中

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ArachnoServer

運用機関: Queensland Facility for Advanced Bioinformatics, The University of Queensland

生物種: Araneae

説明: クモ毒由来のタンパク質毒素の配列、立体構造、生物活性に関するデータベースで、手動でキュレーションした情報を収録しています。現在、85生物種由来の800件の毒素が登録されています。毒性... 詳細へ

休止
(14日以上)

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TMPad: TransMembrane Protein Helix-Packing Database

運用機関: Bioinformatics Lab., Institute of Information Science, Academia Sinica

生物種:

説明: αヘリックス型膜タンパク質のヘリックスパッキングデータベース。実験的に決定された膜貫通ヘリックスの配置、トポロジー、脂質アクセシビリティ、リガンドとの結合部位等の情報が収められて... 詳細へ

休止
(14日以上)

PmiRKB: Plant microRNA Knowledge Base

運用機関: Zhejiang University

生物種: Arabidopsis thaliana | Oryza sativa

説明: miRNAの4つの主要セクション (functional modules)から構成されている植物miRNA知識データベースです。対象生物はシロイヌナズナとイネです。(1) 「SNP」では、miRNA前駆体やmiRNA, 標的サイ... 詳細へ

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miRTarBase

運用機関: Institute of Bioinformatics and Systems Biology, National Chiao Tung University

説明: 世界最大規模および最新のmiRNA-ターゲット相互作用 (miRNA-target interaction; MTI)を蓄積しているデータベースです。MTIの収集は、miRNAの機能解析研究に関する文献からテキストマイニン... 詳細へ

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(14日以上)

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PSSRdb: Polymorphic Simple Sequence Repeats Database

運用機関: Centre for DNA Fingerprinting and Diagnostics

生物種: Bacteria | Archaea

説明: 原核生物の持つ繰り返し回数に多様性のある1～6bpの短い配列モチーフからなる反復配列のデータベース。バクテリアゲノムのコーディング領域、非コーディング領域中に含まれるタンデムリピー... 詳細へ

公開停止中

蛋白質核酸酵素バックナンバー全文検索

運用機関: 情報・システム研究機構　ライフサイエンス統合データベースセンター

生物種:

説明: 蛋白質核酸酵素のアーカイブ記事全文検索のサイトです。検索に加えて出版年ごとに記事を閲覧することも可能です。当サイトで提供するPDFファイルは個人の用途以外での利用はできません。収録... 詳細へ

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lncRNAdb: Long Non-Coding RNA Database

運用機関: Institute for Molecular Bioscience, The University of Queensland

生物種: Eukaryota

説明: 真核生物long non-coding RNA (lncRNA)の包括的アノテーション情報を提供しているデータベースです。収録データのほとんど (～75%)のlncRNAは哺乳動物由来ですが、その他脊椎動物から単細胞... 詳細へ

CCDB: Cervical Cancer Gene Database

運用機関: Institute of Cytology and Preventive Oncology

生物種: Homo sapiens

説明: 子宮頸癌に関わる遺伝子のカタログデータベースです。実験結果をもとに子宮頸癌の様々なステージに関与するであろうと考えられる遺伝子及びmiRNAの情報を、手作業のキュレーションにより収集... 詳細へ

休止
(14日以上)

COMBREX: COMputational BRidge to Experiments

運用機関: Boston University

生物種: Archaea | Bacteria

説明: COMBREXは微生物ゲノムにコードされた遺伝子の機能決定の促進を目的とし、微生物を研究対象とするインフォマティクスのコミュニティとウェットのコミュニティの交流の場の形成をサポートする... 詳細へ

WDDD: Worm Developmental Dynamics Database

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　生命システム研究センター

生物種: Caenorhabditis elegans

説明: 線虫の初期胚において、野生型と各胚発生必須遺伝子の機能をRNAiで阻害した場合の細胞分裂動態データを、4次元微分干渉顕微鏡（DIC）とコンピュータ画像処理を用いて収集しました。これは動... 詳細へ

休止
(14日以上)

BSDB: Bio-molecule Stretching Database

運用機関: Institute of Physics, Polish Academy of Sciences

生物種:

説明: タンパク質をはじめとする生体分子の機械的伸張性についてのシミュレーション結果のデータベースです。現在はタンパク質に限ってデータを提供しています。文献に基づく実際の伸張実験の結果... 詳細へ

休止
(14日以上)

BriX

運用機関: Flanders Institute of Biotechnology, Free University of Brussels

生物種:

説明: 主鎖骨格の類似性によりクラスタリングされたタンパク質断片のデータベースです。登録されているタンパク質断片は、Astral40のデータセットから取得した7290のタンパク質について4～14アミノ... 詳細へ

ASD: Allosteric Database

運用機関: Shanghai Jiaotong University

生物種:

説明: アロステリックタンパク質とそのエフェクター (制御因子)に関するデータベース。101の生物種にわたる336のアロステリックタンパク質および8095のエフェクターが登録されています。タンパク質... 詳細へ

AREsite

運用機関: Institute of Theoretical Chemistry, University of Vienna

生物種: Homo sapiens | Mus musculus

説明: 脊椎動物のmRNAのUTR配列のAU-リッチ領域 (AU-rich elements; ARE)に関するデータベースです。 AREはmRNAの3'非翻訳領域上のシスエレメントの一つであり、多くのRNA安定化/不安定化に関わるA... 詳細へ

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AmoebaDB

運用機関: EuPathDB Bioinformatics Resource Center

説明: 寄生アメーバである赤痢アメーバやアカンソアメーバのゲノム及びゲノムの機能解析結果をまとめた統合データベースです（EuPathDBのファミリーデータベース）。全ゲノムシーケンスデータやマ... 詳細へ

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