検索結果 - Integbio データベースカタログ

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SNP2APA

運用機関: College of informatics, HZAU

生物種: Homo sapiens

説明: 代替ポリアデニル化（APA）に対する一塩基多型（SNP）の影響を調査するためのデータベースです。 SNP2APAでは次のようなデータの閲覧、検索が可能です。・さまざまな種類のがんのcis-apaQTL... 詳細へ

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OGRDB: Open Germline Receptor Database

運用機関: Institute of Structural and Molecular Biology, Birkbeck College

生物種: Homo sapiens

説明: ヒトの生殖細胞系列変異のデータベースです。世界の研究者から提出された配列データを国際がん研究機関（IARC）が検証し、信頼性が認められた変異について、IMGTの定めた配列名、全体の配列... 詳細へ

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ncRNA-eQTL

運用機関: Huazhong Agricultural University, College of Informatics

生物種: Homo sapiens

説明: ヒトのncRNA（non-coding RNA）発現に影響を与えるSNPに関する情報のデータベースです。TCGA　(The Cancer Genome Atlas) のデータから、33種類のがんそれぞれについて、ncRNA発現量に関連す... 詳細へ

ChemProteoBase: Proteomic profiling for classification of compounds

運用機関: 特定国立研究開発法人理化学研究所

生物種: Homo sapiens

説明: 化合物に応答したプロテオーム解析の結果をまとめたデータベースです。がんの代謝阻害剤を含む化合物を暴露した細胞の2D-DIGEを用いたプロテオーム解析により、プロテオームの変動を分析して... 詳細へ

CIVIC: Clinical Interpretation of Variants in Cancer

運用機関: The McDonnell Genome Institute, Washington University School of Medicine

生物種: Homo sapiens

説明: CIViCは癌におけるバリアントの臨床的解釈のための知識ベースです。遺伝性および体細胞性の全てのタイプの癌におけるバリアント情報と、その治療、予後、診断、素因への関連性を、専門家によ... 詳細へ

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MSigDB: Molecular Signatures Database

運用機関: Broad Institute, Inc., UC San Diego

生物種: Homo sapiens

説明: 遺伝子発現のエンリッチメント解析をするための元になる遺伝子セットをまとめたコレクションです。2つの生物学的状態間で遺伝子セットに統計的に有意な差があるかどうかを判断するソフトウェ... 詳細へ

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Pancan-meQTL: Pan-cancer methylation quantitative trait loci

運用機関: 華中科技大学, University of Texas Health Science Center at Houston

生物種: Homo sapiens

説明: ゲノム全体の遺伝子型と統合したDNAメチル化の量的形質遺伝子座 (meQTL) を提供するデータベースです。ゲノムのメチル化レベルに対するSNPの影響を体系的に予測する目的で作成されました。Ca... 詳細へ

統合がんゲノムデータポータル

運用機関: 公益財団法人がん研究会がん研究所

生物種: Homo sapiens

説明: がんゲノム研究で集積されたゲノム、トランスクリプトーム、miRNAなどの研究プロジェクトに関する情報を整理したデータベースです。研究プロジェクトの概要、検体の解析方法、患者から提供さ... 詳細へ

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OncoBase

運用機関: Peking University Cancer Hospital and Institute, Chinese Academy of Sciences, University of Michigan

生物種: Homo sapiens

説明: がんに関わる体細胞変異の統合データベースです。TCGA、ICGC、COSMIC、ClinVarから収集した体細胞変異について、アノテーションを行なっています。局所的なクロマチンシグネチャー、異なる細... 詳細へ

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FusionGDB2: Fusion Gene annotation DataBase

運用機関: University of Texas Health Science Center at Houston

生物種: Homo sapiens

説明: がんに関わる融合遺伝子のデータベースです。 Entrez mRNA sequence librariesとChiTars 5.0 、ChimerDB 4.0から得られたTCGAデータをもとに、融合遺伝子の概要、遺伝子オントロジー、ORF情... 詳細へ

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EVmiRNA: Extracellular vesicles miRNA database

運用機関: College of Life Science and Technology, HUST

生物種: Homo sapiens

説明: 細胞外小胞（EV; extracellular vesicle）に含まれるmiRNAの包括的なデータベースです。NCBI SRAからダウンロードした全てのエキソソームと微細小胞サンプルのデータを解析しています。miRNA... 詳細へ

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Cell Model Passports

運用機関: Wellcome Sanger Institute

生物種: Homo sapiens

説明: がん細胞株およびオルガノイドモデルの情報を提供するデータベースです。患者、検体及び細胞モデル間の関係についての情報や、遺伝子変異・発現・CNV・メチル化・薬剤感受性等の、付随するゲ... 詳細へ

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CellMarker

運用機関: Harbin Medical University

生物種: Homo sapiens | Mus musculus

説明: ヒトおよびマウスの組織における様々な細胞タイプに対する網羅的で正確な細胞マーカーの情報を提供するデータベースです。細胞マーカー、組織タイプ、細胞タイプ、がんタイプおよびソースの... 詳細へ

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CancerSplicingQTL

運用機関: Huazhong University of Science and Technology

生物種: Homo sapiens

説明: 33のヒトがんタイプにおける、スプライシング量的形質座位（sQTL）の情報を提供するデータベースです。ユーザーは、sQTL、患者の全生存期間と関連のあるsQTL、および、GWASによる連鎖不平衡... 詳細へ

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CancerSEA: Cancer Single-cell State Atlas

運用機関: Harbin Medical University

生物種: Homo sapiens

説明: 25のがんタイプにおける、単一細胞レベルでの機能的な状態および遺伝子発現プロファイルを提供するデータベースです。シングルセルRNA-seqデータから情報を収集し、各細胞に14の機能的状態（... 詳細へ

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P-CREATEゲノム解析データポータル

運用機関: 次世代がんP-CREATEサポート機関事務局（公益財団法人がん研究会がん研究所内）

生物種: Homo sapiens

説明: 「次世代がん研究シーズ戦略的育成プログラム(P-DIRECT)」のゲノム解析データポータルを引き継ぎ、「次世代がん医療創生研究事業(P-CREATE)」で取得されるデータと併せて公開しています。オ... 詳細へ

EORTC clinical trials: EORTC

運用機関:

生物種: Homo sapiens

説明: EORTC（欧州癌研究治療機関）の臨床研究に関するデータベースです。EORTCが関わる臨床治療、放射線療法、診断、分子イメージング、生体サンプルについて、対象サンプル数、処置、研究スタッ... 詳細へ

caArray

運用機関: National Institutes of Health

生物種: All

説明: 癌生物医学情報科学グリッド（caBIG）を利用したマイクロアレイデータのデータベースです。2015年3月31日に運用終了しましたが、（https://wiki.nci.nih.gov/display/caArray2/caArray+Retir... 詳細へ

休止
(14日以上)

Integrated Genomic Database of Non-Small Cell Lung Cancer: IGDB.NSCLC

運用機関: Institute of Biomedical Sciences (IBMS), Academia Sinica

生物種: Homo sapiens

説明: 肺がんに関わるゲノムセットのデータベースです。肺がん遺伝子やmicroRNAについて以下の情報が収録されています。（１）肺がん遺伝子の体細胞突然変異、実験的知見、臨床病理学的特徴（２）... 詳細へ

Online GEne Essentiality database: OGEE

運用機関:

生物種: All

説明: 遺伝子の必須性に着目したデータベースです。各遺伝子ごとにConditional（必須遺伝子）かNonessentialかの情報が付与されています。必須性の判断について、元になった文献情報、実験条件、遺... 詳細へ

NCI Center for Strategic Scientific Initiatives Data Coordinating Center: CSSI DCC

運用機関: Frederick National Laboratory for Cancer Research

生物種: All

説明: CSSI (Center for Strategic Scientific Initiatives) DCC （Data Coordinating Center） Portal は、CSSI から資金提供を受けているがん研究データやユーザーの登録データを保管し、データ... 詳細へ

MultiCellular DataBase: MultiCellDB

運用機関:

生物種: All

説明: MultiCellDS プロジェクトによるファイルを格納するためのデータベースです。多細胞実験データ、シミュレーションデータ、臨床データを収録しています。乳癌（MCF7、MCF10A、MDA-MB-231）、... 詳細へ

CancerData: candat

運用機関: MAASTRO Clinic

生物種: Homo sapiens

説明: がんに関する臨床プロトコル、出版物、および研究データセットを持続的に保存するオンラインリポジトリです。提供されるデータは、文書からスプレッドシート、生体医療画像、治療シミュレー... 詳細へ

neXtProt

運用機関: Computer and Laboratory Investigation of Proteins of Human Origin Group (CALIPHO), Swiss Institute of Bioinformatics, SIB Swiss Institute of Bioinformatics

生物種: Homo sapiens

説明: ヒトタンパク質関連のデータをシームレスに統合するプラットフォームです。PTM、タンパク質-タンパク質相互作用、細胞内分布などの情報に加えて、siRNA実験データ、3D実験データ、パスウェイ... 詳細へ

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(14日以上)

BRCA Share

運用機関: Universal Mutations Database (UMD)

生物種: Homo sapiens

説明: Universal Mutation Database (UMD)のBRCA1 および BRCA2 遺伝子データへのアクセスを世界中の科学者および民間試験機関に提供するサイトです。遺伝子、タンパク質、変異、医療機関の情報を... 詳細へ

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(14日以上)

BioXpress

運用機関: George Washington University

生物種: Homo sapiens

説明: 遺伝子発現と疾患の関連についてのキュレーションされたデータベースです。遺伝子の発現レベルがTCGA （The Cancer Genome Atlas）で定義された各種のがんごとに表示されます。mRNAおよびmi... 詳細へ

Colorectal Cancer Atlas: CRC Atlas

運用機関:

生物種: Homo sapiens

説明: 結腸直腸癌の細胞株および組織に関連するゲノムおよびプロテオームを統合したオンラインリソースです。カタログ化されたデータには、定量的および非定量的タンパク質発現、配列変異、細胞シ... 詳細へ

Candidate Cancer Gene Database: CCGD

運用機関: National Institute of Health

生物種: Mus musculus

説明: トランスポゾンに基づく順遺伝学的スクリーニングを用いて同定したマウスの癌候補遺伝子を広めるために開発されたデータベースです。遺伝子名、ヒト遺伝子における名称、相同遺伝子、報告文... 詳細へ

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(14日以上)

The Improved Database Of Chimeric Transcripts and RNA-Seq Data: ChiTaRS

運用機関:

説明: キメラ転写物とRNAシークエンシングデータのデータベースです。ヒト、マウス、ショウジョウバエ、ゼブラフィッシュ、ウシ、ラット、ブタおよび酵母におけるキメラ転写物と、ヒトがんにおける... 詳細へ

arrayMap - Genome Profiles in Cancer: arrayMap

運用機関: Michael Baudis Group, Institute of Molecular Life Sciences, SIB Swiss Institute of Bioinformatics

生物種: Homo sapiens

説明: arrayMapはヒトがんにおけるコピー数プロファイリングデータを対象としたリファレンスデータベースとバイオインフォマティクスリソースです。がんゲノムCNAデータのメタ解析とシステムレベル... 詳細へ

Progenetix - genomic copy number aberrations in cancer: Progenetix

運用機関: Michael Baudis Group, Institute of Molecular Life Sciences

生物種: Homo sapiens

説明: 比較ゲノムハイブリダイゼーション（CGH）実験や全ゲノム・全エクソームシーケンス（WGS、WES）研究から得られた、ヒトがんにおけるコピー数異常の概要を提供するデータベースです。がんプロ... 詳細へ

The Cancer Imaging Archive: TCIA

運用機関: Frederick National Laboratory for Cancer Research, University of Arkansas for Medical Sciences

生物種: Homo sapiens

説明: 誰でもアクセス･ダウンロードすることが可能な、がんの医療画像の大規模なアーカイブです。すべての画像は DICOM ファイル形式で保存されています。画像は、疾患名、疾患部位、画像の種類（M... 詳細へ

Tumor Associated Gene database: TAG

運用機関: National Cheng Kung University (NCKU) Bioinformatics Center

生物種: Homo sapiens

説明: 十分に特性が明らかになっているがん遺伝子およびがん抑制遺伝子の情報を収集したデータベースです。各遺伝子について、染色体上の位置、別称、タンパク質のサブユニットや機能、ドメイン、... 詳細へ

休止
(14日以上)

Melanoma Molecular Map Project: MMMP

運用機関: Melanoma Molecular Map Project (MMMP)

生物種: Homo sapiens

説明: メラノーマに焦点を当てた、がんの発症と進行に関わる分子相互作用のマップとパスウェイのコレクションです。このコレクションは３つのデータベースで構成されています：（１）個別の患者デ... 詳細へ

PhosphoSite Plus: PSP

運用機関: Icahn School of Medicine at Mount Sinai, US National Cancer Institute

生物種: Drosophila | Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus

説明: タンパク質の翻訳後修飾（PTM）に関する広範な情報を提供するデータベースです。タンパク質の機能、分布、配列、３次元構造、関与するリン酸化酵素やタンパク質、がん部位での変異、他生物種... 詳細へ

健康と病いの語り

運用機関: 認定特定非営利活動法人健康と病いの語りディペックス・ジャパン

生物種: Homo sapiens

説明: 病気の診断を受けた人やその家族が、同じような経験をした人たちの「語り」に触れて、病気と向き合う勇気と知恵を身につけるために作られたウェブサイトです。認知症、乳がん、前立腺がん、... 詳細へ

PED: Pancreatic Expression Database

運用機関: Barts Cancer Institute

生物種: Homo sapiens | Mus musculus

説明: 膵臓由来の遺伝学データを収録しているデータベースです。トランスクリプトーム、プロテオーム、メチレーション、miRNAの研究から得られる遺伝子発現データベースとゲノムの研究から得られる... 詳細へ

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MGeND: Medical genomics Japan Variant Database

運用機関: 国立研究開発法人国立国際医療研究センター

生物種: Homo sapiens

説明: 日本人の臨床データと遺伝子変異データとを結びつけて収集・公開するオープンアクセスのデータベースです。「がん」「希少・難治性疾患」「感染症」「認知症」「難聴」の疾患領域を対象とし... 詳細へ

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(14日以上)

D-iOrgansAtlas

運用機関: Karydo TherapeutiX 株式会社

生物種: Mus musculus

説明: 医薬品によって起こる体内様々な器官における遺伝子発現変化を網羅したデータベースです。がん、糖尿病、神経疾患、高コレステロール、代謝疾患などの治療のために世界中で多く使用されてい... 詳細へ

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Oncomine

運用機関: Thermo Fisher Scientific Inc.

生物種: Homo sapiens

説明: Oncomine™は、ガンの遺伝子発現データを収集したデータベースであり、ウェブベースでデータマイニングを行えるプラットフォームです。学術研究や非商業的研究に使用できる無料の「Oncomine R... 詳細へ

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RegPhos: Regulatory Network in Protein Phosphorylation

運用機関: Department of Computer Science and Engineering, Yuan Ze University

生物種: Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus

説明: タンパク質リン酸化酵素（キナーゼ）と基質タンパク質のデータベースです。キナーゼまたは基質の説明、種々のガンにおける発現、基質となるタンパク質名（キナーゼ）、リン酸化部位（基質）... 詳細へ

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DDPC: Dragon Database of Genes Implicated in Prostate Cancer

運用機関: King Abdullah University of Science and Technology

生物種: Homo sapiens

説明: DDPCは実験的に検証された前立腺がん関連遺伝子の知識統合データベースです。前立腺がん遺伝子に関して、遺伝子情報、実験的エビデンス、関連タンパク質、オントロジー、関連パスウェイ、関... 詳細へ

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薬剤の制ガン作用と関連する遺伝子発現変化・公開データベース

運用機関: Screening Committee of Anticancer Drugs (SCADS)

生物種: Homo sapiens

説明: 化合物の制がん作用と関連する遺伝子発現変化の情報を提供するデータベースです。5種類のヒトがん細胞株（結腸がん HT-29，卵巣がん SKOV3，白血病 K562，肺がん H2228，肺がん PC-9）をさま... 詳細へ

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(14日以上)

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GeneSigDB: Gene Signature DataBase

運用機関: Dana-Farber Cancer Institute

生物種: Homo sapiens | Mus musculus | Rattus

説明: 公開された文献から手動でキュレートした遺伝子シグニチャー（遺伝子発現解析結果からの変動遺伝子群）のデータベースです。主にがん、幹細胞、免疫細胞、発生、肺疾患に関連する遺伝子発... 詳細へ

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ICGC Data Portal

運用機関: International Cancer Genome Consortium (ICGC)

生物種: Homo sapiens

説明: 国際がんゲノムコンソーシアム（ICGC）に登録、公開されているがんのゲノム変異の研究データを、可視化、検索、ダウンロードするためのサイトです。日本からも国立がん研究センター等、大... 詳細へ

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P-DIRECT ゲノム解析データポータル

運用機関: P-DIRECT

生物種: Homo sapiens

説明: 文部科学省次世代がん研究シーズ戦略的育成プログラム (P-DIRECT) の「がん臨床シーズ育成グループ」が解析した、がん組織を含む様々なヒト試料についての全エクソンシーケンスなどの網羅的... 詳細へ

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Integrative Disease Omics Database （iDOx DB）

運用機関: 国立研究開発法人　国立がん研究センター

生物種: Homo sapiens

説明: 多層的な疾患オミックス解析の統合データベースです。(独)医薬基盤研究所の先駆的医薬品・医療機器研究発掘支援事業で採択された「多層的オミックス解析による創薬標的の網羅的探索を目指し... 詳細へ

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(14日以上)

Epigenome project portal site

運用機関: 国立研究開発法人産業技術総合研究所

生物種: Homo sapiens

説明: エピゲノム解析の国際標準化を進めるEpigenome Projectのポータルサイトです。プロジェクトにより得られたヒト遺伝子に関するエピゲノムデータベース、がんに特異的なメチル化異常のデータベ... 詳細へ

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(14日以上)

RTCGD: Retrovirous and Transposon tagged Cancer Gene Database

運用機関: オハイオ州立大学

生物種: Mus musculus

説明: レトロウイルスとトランスポゾンによる挿入変異を目印としたマウス腫瘍遺伝子のデータベースです。各遺伝子について、NCBIやMGI (Mouse Genome Database) へのリンクや、レトロウイルス、ト... 詳細へ

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Radiation Oncology Database （仮称：旧ROGAD）

運用機関: 公益社団法人　日本放射線腫瘍学会

生物種: Homo sapiens

説明: 日本放射線腫瘍学会が運用する放射線治療に関する病暦記録調査のデータベースです。日本全国の放射線治療を行う登録施設から、通院情報、検査情報、診察情報、投薬情報などが登録できます。... 詳細へ

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