運用終了
GTOP (Rice version): Genomes to protein structures and functions
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| 運用機関名: | 国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構 (J-Globalへのリンク) |
| 運用機関所在国・地域: | 日本 |
| 説明: | 国立遺伝学研究所が公開している「GTOP」のイネ限定版です。GTOPはゲノムにコードされる全タンパク質の配列データを解析した結果をまとめたデータベースで、配列相同性解析を主な手段としており、立体構造予測（対PDBの配列相同性検索。Reverse PSI-BLASTを使用）、機能予測（対Swissprotの配列相同性検索。BLASTを使用）、モチーフ解析(PROSITE)、ファミリー分類(Pfam)、膜貫通ヘリックス予測(SOSUI)、コイルドコイル予測(Multicoil)、繰り返し配列解析(RepAlign)の結果が収録されています。 |
| 生物種: | |
| タグ （対象）: | タンパク質 |
| タグ (データの種類): | 配列, 3D構造 |
| 論文等 (PubMed ID/DOI): | PubMed ID: DOI: PubMed ID: DOI: PubMed ID: DOI: PubMed ID: DOI: PubMed ID: DOI: PubMed ID: DOI: PubMed ID: DOI: |
| 言語: | 日本語, 英語 |
| 稼動状況: | 運用終了 |
| 一括ダウンロードデータへのリンク: | ftp://spock.genes.nig.ac.jp/pub/gtop/ |
| 一括ダウンロードデータのデータ説明: | ― |
| データベースの利用許諾へのリンク: | ― |
| データベースの使い方 | ― |
| データベースの連絡先: | ― |
| API / SPARQL endpoint: | ― |
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LSDBアーカイブへのリンク:
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MEDALSデータベース便覧へのリンク:
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統合TVへのリンク:
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FAIRsharingへのリンク:
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類似データベース:
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GTOP DB-SPIRE（アーカイブ） MobiDB PDBSTR SAHG （アーカイブ） RepeatsDB Sequence Navigator GPCRdb MIPModDB: A Central Resource for the Superfamily of Major Intrinsic Proteins InterEvol database : Diving into the structure and evolution of protein complex interfaces |
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レコード管理者:
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Integbio Database Catalog |
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レコードの由来:
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レコード公開日:
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2011-12-08 |
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レコード最終更新日:
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2017-08-06 |
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本レコードの利用条件:
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Creative Commons CC0 license |