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Swedish Ocean Archive: SHARK

運用機関: Swedish Meterological and Hydrological Institute (SMHI)

生物種: All

説明: スウェーデン周辺の海の海洋環境モニタリングで得られたデータを含むデータベースです。コンピュータで利用するためのメタデータ、データ、パッケージとして収録しています。人間が読むこと... 詳細へ

休止
(14日以上)

Fulgoromorpha Lists On the Web: FLOW

運用機関: Muséum National d'Histoire Naturelle (MNHN)

生物種: Fulgoroidea | Fulgoromorpha | Hemiptera | Insecta

説明: 経済的に重要な科であるウンカ（Hemiptera、Fulgoromorpha）の公開されている生物学的な一次データについての概要を提供するオンラインデータベースです。分類、命名法、文献、分布の情報な... 詳細へ

VertNet

運用機関: Museum of Vertebrate Zoology at Berkeley (MVZ), University of Colorado Boulder

生物種: All

説明: 世界中の出版社がウェブ上で公開している生物多様性のデータに自由かつオープンにアクセスできるようにすることを目的とした共同プロジェクトです。歴史的に、脊椎動物のデータに重点が置か... 詳細へ

LONI Image Data Archive: IDA

運用機関: Neuroimaging and Informatics Institute, University of Southern California (USC)

生物種: Homo sapiens

説明: ニューロイメージングと関連する臨床データのアーカイブです。北米および欧州の数十の神経イメージング研究プロジェクトに利用され、MRI、PET、MRA、DTI、および他の画像様式を収載していま... 詳細へ

Immune Tolerance Network TrialShare: TrialShare

運用機関:

生物種: Homo sapiens

説明: 免疫寛容データの管理および可視化のポータルサイトです。公開された研究から取得された臨床研究とバイオリポジトリのデータは、全てのユーザーがアクセス可能です。現在進行中の研究に関す... 詳細へ

Immunology Database and Analysis Portal: ImmPort

運用機関: Center for Expanded Data Annotation and Retrieval (CEDAR), Human Immunology Project Consortium, ISA-Tools, University of Oxford, Northrop Grumman Health IT, Stanford University, Technion - Israel Institute of Technology, University at Buffalo, University of California-San Francisco, Accelerating Medicines Partnership (AMP)

生物種: Homo sapiens | Mus musculus

説明: 主に NIAID / DAIT から資金提供を受けた研究者により生成された、免疫学研究データを収録する、長期的かつ持続可能なアーカイブです。研究のタイプ、疾患名、研究計画、アセスメント、薬剤... 詳細へ

MGI Mouse Gene Expression Database: GXD

運用機関: Mouse Genome Informatics (MGI)

生物種: Mus musculus

説明: 実験用マウスから得られた遺伝子発現情報を扱うコミュニティリソースです。遺伝子名、配列マップ、ホモロジー、変異と表現型、文献などの情報を収録しています。さまざまなタイプの発現デー... 詳細へ

SICAS medical image repository: SMIR

運用機関: Swiss Institute for Computer Assisted Surgery

生物種: Homo sapiens

説明: Sicas Medical Image Repository は、医療分野の画像、セグメンテーション画像、SSM などのデータから統計的形状モデルを構築･共有できる集中ストレージシステムです。DICOM、ITISベースの画... 詳細へ

Open Connectome Project: OCP

運用機関:

説明: 脳の膨大なコネクトームデータセットを収集、解析、視覚化するデータベースです。OCP （OPEN CONNECTOME PROJECT）、MRI Cloud、モデル生物のコネクトーム、シナプス研究、透明化、ゼブラフ... 詳細へ

The ribosomal RNA operon copy number database: rrnDB

運用機関: University of Michigan

生物種: Archaea | Bacteria

説明: 細菌および古細菌のリボソームオペロン（rrn）のコピー数をキュレーションして提供する一般公開されたリソースです。16S や 23SのリボソームRNAをコードする遺伝子のコピー数と生物種、NCBI ... 詳細へ

Open Science Framework: OSF

運用機関: Center for Open Science (COS)

生物種: All

説明: OSFは、研究ライフサイクル全体（計画、実行、報告、アーカイブ化、発見）をサポートするフレームワークです。機能は次のとおりです：自動バージョン管理、すべてのアクションのロギング、連... 詳細へ

The human DEPhOsphorylation Database: DEPOD

運用機関:

生物種: Homo sapiens

説明: ヒトに関係する脱リン酸化酵素のデータベースです。活性型脱リン酸化酵素、実験で確認されたそれらのタンパク質および非タンパク質の基質、脱リン酸化部位の情報、関与するパスウェイを手作... 詳細へ

RepeatsDB

運用機関: BioComputing laboratory, University of Padua, Institue of Molecular Biology, gGmbH, Structural Bioinformatics and Molecular Modelling Group, CRBM

生物種: All

説明: アノテーションを付したタンデムリピートタンパク質構造のデータベースです。最先端のリピート検出法と手作業のキュレーションを利用して、タンパク質データバンクに体系的にアノテーション... 詳細へ

MobiDB

運用機関: University of Padova

生物種: All

説明: タンパク質の天然変性（disorder）と可動性に関するアノテーションのデータベースです。DisProtデータベースから手動で抽出されたキュレーションデータ、実験データに基づき PDB 構造から推... 詳細へ

Compartmentalized Protein-Protein Interaction: ComPPI

運用機関: Link-Group, NetBiol, Semmelweis University, Hungary

生物種: Caenorhabditis elegans | Drosophila melanogaster | Homo sapiens | Saccharomyces cerevisiae

説明: タンパク質-タンパク質間相互作用ネットワーク解析のための複数のデータベースから情報を統合した、相互作用、タンパク質、およびその局在に関する定性的な情報を提供するデータベースです。... 詳細へ

休止
(14日以上)

Protein-ligand affinity change upon mutation: Platinum

運用機関: Fiocruz Minas Centro de Pesquisas Rene Rachou (CPQRR), St Vincent's Institute, Department of Biochemistry, University of Cambridge

生物種: All

説明: 突然変異とタンパク質-リガンド親和性の変化についてのデータベースです。実験データを文献から手動でキュレートし、タンパク質-リガンド複合体の３次元構造と関連づけています。タンパク質... 詳細へ

KnotProt: A database of proteins with knots and slipknots: KnotProt

運用機関: University of Warsaw

生物種: All

説明: ノット構造やスリップノット構造を有するタンパク質に関する情報を収録するデータベースです。タンパク質のノット構造の複雑さを、全ポリペプチド鎖および各部分鎖の結び目のタイプを示した... 詳細へ

euL1db, the European database of L1-HS retrotransposon insertions in humans: euL1db

運用機関:

生物種: Homo sapiens

説明: ヒトにおけるレトロトランスポゾン挿入のデータベースです。健常または病理学的なヒト試料で同定され、査読済みジャーナルで発表されたL1-HS 挿入多型に関する情報をキュレーションし、挿入... 詳細へ

Bio2RDF

運用機関:

生物種:

説明: Bio2RDF は、セマンティックウェブ技術を使用し、リンクした生命科学データの最大のネットワークを構築し、提供するオープンソースプロジェクトです。複数のデータプロバイダから得られた様... 詳細へ

運用終了

Nuclear Receptor Signaling Atlas: NURSA

運用機関: Baylor College of Medicine

生物種: Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus

説明: ヒトの生理と疾患における核内受容体（NR）および共調節因子などの情報を収録したリソースです。NR、共調節因子、リガンドについての遺伝子、RNA、タンパク質、構造、タンパク質相互作用、お... 詳細へ

Open Source Brain: OSB

運用機関:

生物種: Homo sapiens

説明: 神経システムの計算モデルを共有し、共同開発するためのリソースです。神経モデルの形態、文献、参加などの情報を収録しています。プロジェクト名や神経システム（細胞とネットワーク）によ... 詳細へ

MouseMine @ MGI: MouseMine

運用機関: Cambridge Systems Biology Centre, University of Cambridge, Mouse Genome Informatics (MGI)

生物種: Mus musculus

説明: InterMineを使用し、MGI（Mouse Genome Informatics）のマウスデータを統合したデータベースです。ホモロジー、タンパク質、相互作用、遺伝子オントロジー、発現、調整、表現型、疾患などの... 詳細へ

FlyMine

運用機関: Cambridge Systems Biology Centre, University of Cambridge

生物種: Anopheles gambiae | Caenorhabditis elegans | Drosophila melanogaster

説明: ショウジョウバエ、ハマダラカ、および線虫のゲノム、発現およびタンパク質データの統合データベースです。データが統合されているため、生物学的知識の領域にまたがる高度なデータマイニン... 詳細へ

Candidate Cancer Gene Database: CCGD

運用機関: National Institute of Health

生物種: Mus musculus

説明: トランスポゾンに基づく順遺伝学的スクリーニングを用いて同定したマウスの癌候補遺伝子を広めるために開発されたデータベースです。遺伝子名、ヒト遺伝子における名称、相同遺伝子、報告文... 詳細へ

NCBI Trace Archives

運用機関: National Center for Biotechnology Information (NCBI)

生物種: All

説明: 塩基配列のデータベースです。以下のアーカイブにより構成されています：・配列リードアーカイブ（SRA：Sequence Read Archive）：454、IonTorrent、Illumina、SOLiD、Helicos、Complete Gen... 詳細へ

Environmental Data Initiative Data Repository: EDI

運用機関:

生物種: All

説明: Environmental Data Initiative （EDI）による環境関連データのデータベースです。NSF DEB が資金提供するプロジェクトで得られたデータに重点を置いています。環境生物学における長期研究（... 詳細へ

Moroccan Genetic Disease Database: MGDD

運用機関: Pasteur Institute of Morocco

生物種: Homo sapiens

説明: モロッコ人集団に関して報告された変異と多型頻度を収集し、文書化したデータベースです。研究者や臨床医は、MGDD に含まれる情報を利用して、特定の疾患または遺伝子に関係する変異を見つけ... 詳細へ

Experimental data repository for KInetic MOdels of biological SYStems: KiMoSys

運用機関:

生物種: All

説明: システムバイオロジー分野において、ODE ベースの動態モデルを構築することができるユーザーフレンドリーなプラットフォームです。代謝物濃度（時系列および定常状態）、フラックスデータ、... 詳細へ

休止
(14日以上)

The Improved Database Of Chimeric Transcripts and RNA-Seq Data: ChiTaRS

運用機関:

説明: キメラ転写物とRNAシークエンシングデータのデータベースです。ヒト、マウス、ショウジョウバエ、ゼブラフィッシュ、ウシ、ラット、ブタおよび酵母におけるキメラ転写物と、ヒトがんにおける... 詳細へ

The Knowledge Network for Biocomplexity: KNB

運用機関: DataONE, National Center for Ecological Analysis and Synthesis (NCEAS)

生物種: All

説明: 生態学および環境の研究を促進するための国際的なレポジトリです。研究の概要や生データ、メタデータを世界中のフィールドステーション、研究室、リサーチサイト、および個々の研究者から得... 詳細へ

European Variation Archive: EVA

運用機関: Genetic European Variation in Disease (GEUVADIS), Principe Felipe Research Centre Computational Genomics Department (CIPF), European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), European Molecular Biology Laboratory (EMBL)

生物種: All

説明: すべての種のすべての遺伝的変異タイプを対象としたオープンアクセスのアーカイブです。全てのユーザーは、いずれのデータセットもダウンロードすることができ、データの登録も可能です。ま... 詳細へ

SciCrunch

運用機関:

生物種: All

説明: NIF (Neuroscience Information Framework) レジストリを拡張した生物医学を対象とするデータ共有、表示のためのプラットフォームです。誰でも、数百のデータソースの検索可能なサブセットを... 詳細へ

International Neuroimaging Data-Sharing Initiative: INDI

運用機関: National Institutes of Health Blueprint for Neuroscience Research (NIH), Nathan S. Kline Institute for Psychiatric Research (NKI)

生物種: Homo sapiens

説明: 世界 50 以上のサイトから収集された安静状態の脳の fMRI および DTI 画像のオープンなデータ共有のためのデータベースです。これらのコレクションには、データ利用規約を通じてオープンに利... 詳細へ

Coherent X-ray Imaging Data Bank: CXIDB

運用機関: National Energy Research Scientific Computing Center (NERSC), Uppsala University

生物種: All

説明: 世界中の科学者に、コヒーレントX線イメージング（CXI）実験のデータにアクセスする機会を提供するデータバンクです。このデータバンクは、すべての光源に対応していますが、X 線自由電子レ... 詳細へ

NeuroVault

運用機関: INCF, Max Planck Institute for Human Cognitive and Brain Sciences, Stanford Digital Library, Stanford University

生物種: Homo sapiens

説明: 人間の脳の統計的マップを収集し、配布することを目的としたデータベースです。統計的マップは、MRI や PET などの脳イメージング技術を利用して脳の機能と構造をマッピングする取り組みに基... 詳細へ

iSpyBio

運用機関:

生物種: All

説明: 生命科学のためのインテリジェントで偏りのない検索エンジンです。論文、レビュー、特性決定画像、テスト済みアプリケーションなどのデータ数により試薬をランク付けします。抗体、タンパク... 詳細へ

The MOuse NOnCode Lung database: MONOCLdb

運用機関:

生物種: Mus musculus

説明: Collaborative Cross (http://compgen.unc.edu/) のファウンダーマウスにおいて、インフルエンザおよびSARSによる呼吸器感染症に応答して発現する長鎖ノンコーディングRNA （lncRNA）のアノ... 詳細へ

OpenNeuro

運用機関: Laura and John Arnold Foundation, Stanford University, National Institutes of Health (NIH)

生物種: Homo sapiens

説明: タスクベースの機能的磁気共鳴画像法 (task-based fMRI) の生のデータセットを提供する、オープンなデータベースです。全てのユーザーはデータの閲覧と登録が可能です。詳細へ

休止
(14日以上)

Manually Curated Database of Rice Proteins: MCDRP

運用機関: University of Delhi

生物種: Oryza sativa

説明: イネタンパク質に関する、マニュアルキュレーションされたユニークなデータベースです。データは、公表された実験データに基づいています。現在、本データベースには、550を超える研究論文の... 詳細へ

一括ダウンロード可

DisGeNET: a database of gene-disease associations

運用機関: Integrative Biomedical Informatics Group (IBI), Research Programme on Biomedical Informatics (GRIB) IMIM-UPF

生物種: Homo sapiens

説明: ヒト疾患に関与する遺伝子および変異体の最大級のコレクションを収録したプラットフォームです。専門家にキュレーションされたリポジトリ、GWASカタログ、動物モデル、および学術的文献から... 詳細へ

CollecTF

運用機関: University of Maryland

生物種: Bacteria

説明: 細菌ドメインにおける転写因子結合部位（TFBS）のデータベースです。カスタマイズ可能なナビゲーションおよびデータ抽出機能、コミュニティに対する意義、格納データの品質と詳細さ、情報の... 詳細へ

OMERO

運用機関: Open Microscopy Environment

生物種: All

説明: 生物分野の顕微鏡画像と付随するメタデータの閲覧、管理、解析、出版のためのオープンソースクライアント/サーバソフトウェアです。OMEROクライアントパッケージはフリーにダウンロードする... 詳細へ

休止
(14日以上)

bNAber

運用機関: Ragon Institute, SBMRI, Sanford-Burnham Prebys Medical Discovery Institute, TSRI

生物種: Homo sapiens | Human immunodeficiency virus

説明: 抗HIV広域中和抗体（bNAb）の中和プロファイル、配列、および３次元構造（解明されている場合）を含む詳細データを提供するデータベースです。また、中和データを解析するためのヒートマップ... 詳細へ

休止
(14日以上)

CentrosomeDB

運用機関: National Centre for Biotechnolgy (CNB)

生物種: Drosophila melanogaster | Homo sapiens

説明: 文献および他のリソースで報告されたヒトおよびショウジョウバエの中心体遺伝子のデータベースです。本データベースを利用して、中心体の進化、機能および構造を研究することができます。Gen... 詳細へ

ModBase database of comparative protein structure models: ModBase

運用機関: Laboratory of Andrej Sali, University of California at San Francisco (UCSF)

生物種: All

説明: アノテーションが付されたタンパク質構造比較モデルのデータベースです。モデルは、MODELLERプログラム（http://salilab.org/modeller/）に基づいた、自動モデリングパイプライン ModPipe を... 詳細へ

CiteAb

運用機関: CiteAB, STORM Consultancy

生物種: All | Mus musculus | Xenopus

説明: 引用数でランク付けされた最大の抗体検索エンジンであり、有用な抗体を簡単に見つけることができます。抗体の順位を決める透明性の高い方法として、引用の数を使用しています。また、強力な... 詳細へ

休止
(14日以上)

GeneProf

運用機関:

生物種:

説明: 解析された機能的ゲノミクス実験のためのオープンなウェブリソースです。本データベースは、注目度の高い公共のデータセットを注意深くかつ透明性高い手法で再解析し、注釈を付けることによ... 詳細へ

arrayMap - Genome Profiles in Cancer: arrayMap

運用機関: Michael Baudis Group, Institute of Molecular Life Sciences, SIB Swiss Institute of Bioinformatics

生物種: Homo sapiens

説明: arrayMapはヒトがんにおけるコピー数プロファイリングデータを対象としたリファレンスデータベースとバイオインフォマティクスリソースです。がんゲノムCNAデータのメタ解析とシステムレベル... 詳細へ

Progenetix - genomic copy number aberrations in cancer: Progenetix

運用機関: Michael Baudis Group, Institute of Molecular Life Sciences

生物種: Homo sapiens

説明: 比較ゲノムハイブリダイゼーション（CGH）実験や全ゲノム・全エクソームシーケンス（WGS、WES）研究から得られた、ヒトがんにおけるコピー数異常の概要を提供するデータベースです。がんプロ... 詳細へ

休止
(14日以上)

JCB DataViewer

運用機関:

生物種:

説明: ロックフェラー大学出版の査読済ジャーナルである The Journal of Cell Biology に掲載された論文と関連したオリジナルの顕微鏡画像データセットの画像をホストし、可視化するプラットフォー... 詳細へ

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