ホーム - Integbio データベースカタログ

Protein Interaction Network Analysis: PINA

運用機関:

説明: タンパク質間相互作用ネットワークの構築、フィルタリング、可視化、管理のための統合的プラットフォームです。選定された６つの公共データベースから取得したタンパク質名、生物種、相互作... 詳細へ

休止
(14日以上)

Phenomics of yeast Mutants: PhenoM

運用機関: Banting and Best Department of Medical Research, The Donnelly Centre, University of Toronto

生物種: Saccharomyces cerevisiae

説明: 温度感受性変異体の顕微鏡写真から抽出された定量的測定値を収録し、その可視化、データマイニングが可能なデータベースです。ユーザーは、対象の遺伝子の原画像とその定量化された形態デー... 詳細へ

GENI-ACT

運用機関: Microbial Genome Annotation Network (MGAN)

生物種: Bacteria

説明: 研究者のコミュニティが、協力して細菌のゲノムにアノテーションを付すことができるリソースです。既存のゲノムに対し変更を提案することができる他、これらの変更を NCBI Genbank に反映す... 詳細へ

休止
(14日以上)

Newt-omics

運用機関: Bioinformatics and ECCPS bioinformatics service group, Max Planck Institute for Heart and Lung Research

生物種: Notophthalmus viridescens

説明: ハイスループット実験から得られたブチイモリ（red spotted newt Notophthalmus viridescens）のオーミクスデータを集約した包括的なリポジトリです。組織再生の間に発現した遺伝子に関する... 詳細へ

Nucleic Acid Phylogenetic Profile: NAPP

運用機関: Gautheret Lab, Institute for Integrative Biology of the Cell

生物種: Archaea | Bacteria

説明: 配列決定された1000 以上の細菌ゲノムのリストに含まれる任意のゲノムから、RNAリッチのクラスターを検索することができるデータベースです。参照ゲノムの遺伝子間領域を、重なり合う50塩基... 詳細へ

Mouse Phenome Database: MPD

運用機関: The Jackson Laboratory, Bar Harbor

生物種: Mus musculus

説明: マウスの遺伝子と表現型に関する主要な実験、データ収集プロトコル、解析ツールを提供するデータベースです。データセットは、研究者から任意で提供されたソース、または公共のソースから独... 詳細へ

休止
(14日以上)

modMine

運用機関: Lawrence Berkeley National Laboratory, InterMine, System Biology Centre

説明: 線虫とショウジョウバエのゲノムにおける機能エレメントのデータベース modENCODE のデータおよび実験の詳細を閲覧･検索することができる、データとツールの統合的ウェブリソースです。キー... 詳細へ

休止
(14日以上)

MitoMiner

運用機関: MRC Mitochondrial Biology Unit (MBU), University of Cambridge

生物種: Eukaryota

説明: 哺乳類、ゼブラフィッシュ、酵母のミトコンドリア局在に関するエビデンスおよび表現型データを集めた統合的ウェブリソースです。ミトコンドリアの遺伝子、分布、タンパク質とMTS（mitochond... 詳細へ

Identifiers.org Registry: Identifiers.org

運用機関: ELIXIR, Wellcome Genome Campus, Swiss Institute of Bioinformatics (SIB)

生物種: All

説明: データコレクション（管理されたボキャブラリ、データベースなど）およびその URI、対応する物理的 URL（またはリソース）のカタログを核として構成されたレジストリです。これらのリソース... 詳細へ

mirEX

運用機関: Wellcome Trust Sanger Institute, Wellcome Trust Genome Campus

生物種: Arabidopsis thaliana

説明: プライマリ miRNA の発現データの比較解析結果を集めた包括的プラットフォームです。直感的に利用できるユーザーフレンドリーなインターフェイスを備えた、汎用的および拡張可能なデータベー... 詳細へ

MIPModDB: A Central Resource for the Superfamily of Major Intrinsic Proteins

運用機関: Indian Institute of Technology Kanpur

生物種: All

説明: MIP（主要内在性膜タンパク質）ファミリーの構造比較モデルのデータベースです。ほぼ完成されているこの MIP のデータセットは、NCBI が提供している生物の完全長ゲノム配列を用いて特定され... 詳細へ

Molecular INTeraction database: MINT

運用機関: Department of Biology, University of Rome Tor Vergata

生物種: All

説明: 実験的に検証されたタンパク質-タンパク質相互作用のデータベースです。タンパク質名、相互作用の種類、検出方法、文献情報を専門家が学術論文から手動でキュレートしています。タンパク質、... 詳細へ

MINAS - A Database of Metal Ions in Nucleic AcidS: MINAS

運用機関: Department of Chemistry (UZH Chemistry), University of Zurich

生物種: All

説明: PDB および NDB に寄託された核酸の構造における各金属イオンの第一殻および第ニ殻の正確な幾何学的情報を収録したデータベースです。さらに、結合ポケットに近位の核酸の配列情報を含むため... 詳細へ

休止
(14日以上)

Mimotope Database: MimoDB

運用機関: Huang's Lab (HLAB)

生物種: All

説明: ファージディスプレイライブラリから選択された活性部位模倣ペプチドのデータベースです。ファージディスプレイ技術を用いて、ランダムなペプチドライブラリから選定されたペプチドに関する... 詳細へ

MetaCrop 2.0

運用機関: Leibniz Institute of Plant Genetics and Crop Plant Research (IPK)

説明: 農業上および経済上重要な穀物の主要な代謝経路に関する情報を主に含むデータベースです。本データベースは、反応およびその反応に伴う動態データに関する情報を、手作業でキュレーションし... 詳細へ

休止
(14日以上)

MAPPER-2: mapperdb

運用機関: University of Florida

生物種: Drosophila melanogaster | Homo sapiens | Mus musculus

説明: 3つのゲノムにおける遺伝子の上流ノンコーディング配列データ情報を掲載し、転写因子結合部位（TFBS）に関する知見を提供するデータベースです。各転写について、スキャンされた領域は転写が... 詳細へ

休止
(14日以上)

LegumeIP

運用機関: Zhao Bioinformatics Laboratory

生物種: Lotus japonicus | Medicago truncatula

説明: LegumeIP 2.0 データベースは、大規模ゲノミクスおよびトランスクリプトミクスデータを収載し、マメ科植物における遺伝子の機能と進化に関する統合的なバイオインフォマティクスツールを提供... 詳細へ

InterEvol database : Diving into the structure and evolution of protein complex interfaces

運用機関: National Centre for Scientific Research (CNRS)

生物種: All

説明: タンパク質の相互作用について構造と進化を解析するためのデータベースです。相互作用の構造を扱うInterEvolDB、アミノ酸配列を扱うInterEvolAlign、両方の情報を組み合わせて解析するInterE... 詳細へ

Integrative and Conjugative Elements in Bacteria: ICEberg

運用機関: State Key Laboratory of Microbial Metabolism, Shanghai Jiaotong University

生物種: Bacteria

説明: 細菌内で見られる integrative and conjugative element (ICE) に関するウェブベースリソースです。PostgreSQLベースのデータベースとして、既知または推定された細菌内の ICE に関する実験... 詳細へ

HotRegion

運用機関: Center for Computational Biology and Bioinformatics and College of Engineering (CCBB), Koc University (KU)

生物種: All

説明: タンパク質の相互作用においてエネルギー的に重要となる残基（ホットスポット）のデータベースです。予測されるホットスポット残基のタイプとインターフェイスの構造的特性（インターフェイ... 詳細へ

休止
(14日以上)

Human Mitochondrial Database: HmtDB

運用機関: University of Bari

生物種: Homo sapiens

説明: 集団遺伝学およびミトコンドリア性疾患研究をサポートするためのオープンリソースです。公開されている集団調査関連の研究から得られたヒトのミトコンドリアゲノム配列について、人種による... 詳細へ

Human Histone Database: HIstome

運用機関: Advanced Centre for Treatment, Research and Education in Cancer (ACTREC), Tata Memorial Centre (TMC)

生物種: Homo sapiens

説明: ヒトのヒストンの多型や翻訳後修飾部位（PTM）、および様々なヒストンを修飾する酵素に関するデータベースです。５種類のヒストンに対する多型の詳細情報（遺伝子ID、プロモーター配列、関... 詳細へ

HaploReg

運用機関:

生物種: Homo sapiens

説明: ハプロタイプブロックのバリアントにおけるノンコーディングゲノム（疾患に関連する遺伝子座における調節 SNP 候補など）についてのアノテーションを探索するツールです。1000 ゲノムプロジ... 詳細へ

Expression Atlas

運用機関: Swiss Institute of Bioinformatics (SIB)

生物種: All

説明: 異なる生物種と条件下における遺伝子やタンパク質の発現パターンに関する情報を集めたデータベースです。マイクロサテライトやRNAシーケンシングを用いた多くの実験データを手動でキュレート... 詳細へ

FunTree: A Resource For Exploring The Functional Evolution Of Structurally Defined Enzyme Superfamilies: FunTree

運用機関:

生物種: All

説明: 配列、構造、系統発生、機能の関係を通じてタンパク質（酵素）の機能進化を探索するためのリソースです。ドメイン構造、EC番号による機能分類、構成クラスターの生物種内分布率、GOアノテー... 詳細へ

Fungal and Oomycete genomics resource: FungiDB

運用機関: Computational Biology and Informatics Laboratory (CBIL), University of Pennsylvania, Center for Tropical & Emerging Global Diseases, University of Georgia, US Department of Health and Human Services

生物種: Fungi | Oomycetes

説明: 菌界のゲノムと機能をまとめた統合的ゲノムデータベースです（EuPathDBのファミリーデータベース）。全ゲノム配列とアノテーションに加え、実験分離株および環境分離株の配列データも収録さ... 詳細へ

Networks of Functional Coupling of proteins: FunCoup

運用機関: Stockholm Bioinformatics Center

説明: ゲノム全体の機能の関係性を推測するためのフレームワークです。タンパク質相互作用、mRNAやタンパク質の共発現、遺伝的相互作用機構の相同性、転写因子結合部位の共有など、物理的な相互作... 詳細へ

DRSC Functional Genomics Resources: DRSC-FGR

運用機関: Howard Hughes Medical Institute, Harvard Medical School

生物種: Drosophila melanogaster

説明: ショウジョウバエの機能ゲノミクスに活用できるプラットフォームです。 Drosophila RNAi Screening Center (DRSC)およびTransgenic RNAi Project (TRiP)により得られた細胞ベースやin vivoの... 詳細へ

eQuilibrator - the biochemical thermodynamics calculator

運用機関: Mayo Clinic, Scottsdale, Massachusetts Institute of Technology

生物種: All

説明: 生化学系の簡単な熱力学的解析をシンプルなウェブインターフェイスで行うことができる生化学反応のための熱力学的計算ツールです。eQuilibrator は、生化学分野の化合物および反応をフリーテ... 詳細へ

Encyclopedia of DNA Elements at UCSC: ENCODE

運用機関: Genomics Institute, University of California

生物種: Homo sapiens | Mus musculus

説明: ヒトゲノムの機能因子のパーツを包括的なリストにまとめたデータベースです。タンパク質やRNAレベルで働く因子や、細胞や遺伝子が活性化する環境を制御する調節因子について、各因子の説明、... 詳細へ

Eukaryotic Linear Motifs: ELM

運用機関: Universitetet i Bergen

生物種: Eukaryota

説明: 真核生物におけるタンパク質相互作用部位の線形モチーフ（Eukaryotic Linear Motif:ELM）のアノテーションと発見に主眼を置いた計算生物学のリソースです。機能の種類、構成、3次元構造、配... 詳細へ

Evolutionary Genealogy of Genes: Non-supervised Orthologous Groups: eggNOG

運用機関:

生物種:

説明: オーソロガスな遺伝子群のデータベースです。（遺伝子オーソログのデータベースです。）これらのオーソロガス群には、機能を説明するアノテーション（様々なアノテーションにもとづき、遺伝... 詳細へ

EcoliWiki

運用機関: Texas A and M University

生物種: Escherichia coli

説明: あらゆる非病原性大腸菌とそのファージ、プラスミド、可動性遺伝因子にアノテーションを付すことを目的とした、コミュニティベースのリソースです。大腸菌の各系統についての遺伝子型、表現... 詳細へ

DistiLD Database: Diseases and Traits in Linkage Disequilibrium Blocks: DistiLD

運用機関: Disease Systems Biology Group, Novo Nordisk Foundation Center for Protein Research, University of Copenhagen

生物種: Homo sapiens

説明: 疾患に関連する SNP および遺伝子を染色体の観点から容易に照会･可視化することができるデータベースです。過去に行われたゲノムワイド関連解析（GWAS：genome-wide association study）の結... 詳細へ

Database of Bacterial Exotoxins for Human: DBETH

運用機関: Structural Biology and Bioinformatics Division Indian Institute of Chemical Biology

説明: ヒトに対する細菌外毒素のデータベースです。本データベースは、ヒトの細菌性疾患の発症に寄与する毒素に関する情報を集約することを目的としています。病原菌については名称とNCBI Taxonomy... 詳細へ

European Union Drug Regulating Authorities Clinical Trials: EudraCT

運用機関: European Medicines Agency

生物種:

説明: 2004 年 5 月 1 日以降、欧州連合（EU）において開始されたすべての介入臨床試験のデータベースです。小児用医薬品開発に関連する臨床試験も含まれています。各エントリーには臨床試験名、基... 詳細へ

Open Researcher and Contributor ID: ORCID

運用機関: Open Research and Contributor ID Initiative (ORCID)

生物種:

説明: ORCID は、研究者を特定する独自の識別子のレジストリです。透明性の高い手法で、これらの識別子に研究活動と成果を結びつけます。ORCID は、学問分野、研究分野、国境を越える拡張性におい... 詳細へ

休止
(14日以上)

Genetic Epidemiology Simulation Database: GESDB

運用機関:

生物種:

説明: GESDB は、ヒト遺伝子研究についてのシミュレーションデータを共有し、シミュレーション技術を議論するためのプラットフォームです。データベースには、シミュレーションの説明、シミュレー... 詳細へ

BiGG Models

運用機関: University of California

生物種: All

説明: BiGG は、公開されたゲノムスケールの代謝ネットワークの概説をまとめたフリーのリソースです。遺伝子はNCBI ゲノムアノテーションを使用してマッピングし、代謝産物は KEGG、PubChem などの... 詳細へ

Host Pathogen Interaction Database: HPIDB

運用機関: AgBase, Mississippi State University

生物種: All

説明: 宿主-病原体間におけるタンパク質-タンパク質間相互作用（PPI： protein-protein interaction）を収録したデータベースです。実験から得られた PPI についてタンパク質名と生物種名を一覧で... 詳細へ

JWS Online

運用機関: Universiteit Stellenbosch

生物種: All

説明: 運動モデルの構築、修正、シミュレーションを行う他、キュレーションされたモデルを保存するためのシステム生物学ツールです。モデル名、生物種、組織、反応過程、シミュレーション、文献の... 詳細へ

Validated Antibody Database: VAD

運用機関: Labome

生物種: All

説明: 市販の試薬についての情報を整理したデータベースです。試薬には、抗体、siRNA / shRNA、ELISA キット、cDNA クローン、タンパク質/ペプチド、および生化学物質が含まれます。抗体の品質に関... 詳細へ

Genetic and Genomic Information System: GnpIS

運用機関: ELIXIR-Hub, UK, URGI, transplant

説明: 植物や真菌の害虫に特化した多種統合的な情報システムです。遺伝学データとゲノムデータを橋渡しすることで、研究者に農学に関係する種の遺伝的情報（遺伝地図、定量的形質遺伝子座、関連遺... 詳細へ

FAIRDOMHub

運用機関: Heidelberg Institute for Theoretical Studies, University of Manchester

生物種: All

説明: 科学研究の資源、行程、結果を共有するためのプラットフォームです。科学的コミュニティ内での共同作業を可能にする SEEK ソフトウェアを使用して構築されています。FAIRDOM は、欧州システ... 詳細へ

Physiome Model Repository: PMR

運用機関: Auckland Bioengineering Institute

生物種: All

説明: IUPS フィジオームプロジェクトのためのメインのオンラインリポジトリです。器官システム、器官、組織、細胞と細胞に関わるタンパク質モジュール（イオンチャネル、シグナル、パスウェイ）の... 詳細へ

休止
(14日以上)

Visualizing Continuous Health Usability Test Results Dataset

運用機関: Personal Health Informatics - Tampere University

生物種:

説明: モデル化された患者の継続的な健康状態を視覚化するソフトウェアツールを対象とした、一連のユーザビリティテストから得られたデータセットです。結果は、hFigures による可視化ライブラリに... 詳細へ

SwissLipids

運用機関: Swiss-Prot group, SIB Swiss Institute of Bioinformatics, Vital-IT group, SIB Swiss Institute of Bioinformatics

説明: 脂質および脂質のデータを生物学的な知識およびモデルと統合するためのフレームワークを提供するリソースです。構造、電荷、代謝、遺伝子オントロジー、相互作用、細胞や組織の情報を専門家... 詳細へ

RegenBase

運用機関: Stanford University Center for Biomedical Informatics Research, University of Miami School of Medicine

生物種: All

説明: RegenBase は、脊髄損傷 (SCI) の生物学的ナレッジベースです。SCI のための初めてのオントロジーの形で、文献ベースのファクトと実験の詳細、SCI が化合物の酵素活性と細胞増殖に与える影響... 詳細へ

Movebank Data Repository

運用機関: Max Planck Institute for Ornithology (MPIO), University of Konstanz Library

生物種: Animalia

説明: 査読済み出版物と関連する動物のトラッキングデータセットを無料で公開するアーカイブです。動物の追跡調査を行う研究者が、データを管理、共有、保護、分析、およびアーカイブする無料のオ... 詳細へ

NIH Human Microbiome Project: HMP

運用機関: Baylor College of Medicine, Human Microbiome Project, Broad Institute, J. Craig Venter Institute (JCVI), NIH Data Analysis and Coordination Center (DACC), Washington University in St Louis School of Medicine

生物種: Homo sapiens

説明: 人体で見出される微生物群とヒトの健康や疾病との関わりを分析するNIH Human Microbiome Projectのデータベースです．健康な人の５つの部位（鼻腔、口腔、皮膚、胃腸管、泌尿生殖路）で見出... 詳細へ

データベースのレコード一覧 (件数: )

一覧内を検索する

一覧を絞り込む

生物種

タグ＜対象＞

タグ＜データの種類＞

稼動状況

地域

その他の条件

メニュー

新着情報

本カタログの使い方