データベースのレコード一覧

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運用機関: 国立研究開発法人科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター
生物種: Homo sapiens
説明: 健常者の数十万から数百万のSNPチップデータから検出したCNVのケースコントロール解析の結果を登録し、GUIにより結果を閲覧できるようにしています。なお、データの利用に際しては共有方針の... 詳細へ
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運用機関: 国立研究開発法人科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター
生物種: Homo sapiens
説明: 健常者の数十万から数百万のSNPチップデータから検出したCNVを登録し、GUIにより結果を閲覧できるようにしています。なお、データの利用に際しては共有方針のページ (http://gwas.bioscience... 詳細へ
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運用機関: 国立研究開発法人科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター
生物種: Homo sapiens
説明: 数十万から数百万のSNPチップを用いて解析した健常者のアリル・遺伝子型頻度の情報とハーディーワインバーグ平衡検定値を登録し、GUIにより結果を閲覧できるようにしています。なお、データ... 詳細へ
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運用機関: 京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター
生物種: Homo sapiens
説明: 本DBは、疾患・医薬品・環境物質など社会的ニーズの高いデータを、ゲノム情報を基盤とした生体システム情報として統合し、研究者コミュニティには研究成果を創薬・医療等の応用分野で活用す... 詳細へ
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運用終了
Metagenome.jp (Human Meta BodyMap)
運用機関: 東京工業大学
生物種: Homo sapiens | Bacteria
説明: 世界中で公開されているヒトメタゲノム解析で得られた配列情報を,独自に注意深く再アノテーションしたメタデータに基づき参照できるようにしたDBです。メタデータ検索機能や配列相同性検索... 詳細へ
運用機関: 東京工業大学
生物種: Bacteria
説明: 本DBは,微生物の生息環境に関するメタデータを記述し整理するためのオントロジーであるMEO (Metagenome/Microbes Environmental Ontology)のOWLファイルと,公共のメタゲノムデータのメタデ... 詳細へ
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運用機関: 東京工業大学
生物種: Bacteria | Archaea
説明: 本DBは,微生物に関する多種多様な情報を遺伝子・系統・環境の3つの軸に沿って整理統合し,セマンティックWeb技術を利用して単一の検索ウィンドウからそれらの情報を検索可能な統合DBです。 詳細へ
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運用終了
BioLOD.org:  Biophenome Linked Open Databases
運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種:
説明: 生命科学関連の公開データを、W3CのLODプロジェクト (World Wide Web Consortium Linking Open Data project)に準拠した標準形式で提供しています。2012年3月現在で205件のデータベース、986... 詳細へ
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運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所 筑波研究所
生物種:
説明: 本DBは、生物遺伝材料としての培養細胞株を収録しています。ヒトやマウス等の哺乳類をはじめ様々な生物種にわたる、多種の細胞株を公開しています。ここに登録されている細胞株は、理研バイ... 詳細へ
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運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所 筑波研究所
生物種: Mus musculus
説明: 本DBは、生物遺伝材料としてのマウス系統を収録しています。系統の持つ遺伝子の変異、生物学的な特性が、公共データやオントロジーにリンクされています。リンクの仕方は上位オントロジーに... 詳細へ
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運用機関: 東京大学 大学院理学系研究科 生物化学専攻
生物種:
説明: 本DBは、メタボロミクスを中心とした有田研究室の活動全般を対象としたポータルサイトです。フラボノイド、基礎代謝物、生薬、植物系統分類データベースのほか、ファイトレメディエーション... 詳細へ
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運用機関: MassBank プロジェクト
生物種: Arabidopsis thaliana | Lotus japonicus
説明: 本DBは、植物の組織や微生物試料をLC-, GC-, CE-MSで分析して得られたマススペクトルを代謝物を同定できた、できないにかかわらず収集しています。未同定代謝物のマススペクトルをその化学構... 詳細へ
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運用機関: 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科
生物種:
説明: 代謝物質とそれらの生物活性の関係に関するデータベースです。代謝物質名、生物活性 (機能)、ターゲットとなる生物種および参考文献の情報を収録しています。各データは代謝物質名、C_ID、CA... 詳細へ
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運用機関: 公益財団法人野口研究所
生物種:
説明: 本DBは、糖鎖研究において重要である糖鎖標準品や糖鎖修飾体などに関連した情報を収録しています。糖鎖の化学合成法における反応の基質・生成物・反応条件・収率などを収録した化学反応デー... 詳細へ
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運用機関: 国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
説明: 本DBは、主に糖鎖のパスウェイの情報や糖鎖科学に関する最新の情報をミニレビュー方式で収集したものです。 詳細へ
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運用機関: 国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
説明: 本DBは、主に糖鎖関連遺伝子や糖タンパク質に関連する遺伝子のノックアウマウスのフェノタイプ情報を、名古屋大学・古川グループと共同で収集し構築したものです。 詳細へ
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運用機関: 国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種: Homo sapiens
説明: 本DBは、糖鎖関連遺伝子が原因で引き起こされる病気を遺伝子と結び付けてデータベース化したものです。病態の情報も著者の許可を得て掲載されています。 詳細へ
運用機関: 国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
説明: 本DBは、単糖構造のデータベースです。 詳細へ
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運用機関: 国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
説明: 腫瘍マーカー分子と呼ばれている糖鎖・糖タンパク質・タンパク質の情報や適応度を論文から収集しデータベース化したものです。 詳細へ
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運用機関: 国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
説明: 平成21年度に立命館大学糖鎖工学研究センターと産総研糖鎖医工学研究センターとの共同事業としてスタートした糖鎖科学実験マニュアルです。“書いてあるように進めて行けば必ず上手く行く”実... 詳細へ
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運用機関: 国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
説明: 病原体が宿主(ヒトやマウスなど)由来の糖鎖と結合する実験情報を論文から集めデータベース化したものです。 詳細へ
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運用機関: 国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
説明: 本DBは、糖鎖構造の詳細情報を閲覧するためのページです。各種検索インターフェースや各DBの構造情報とクロスリンクされています。 詳細へ
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運用機関: 国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
説明: 本DBは、糖鎖関連構造の化学構造式を利用して検索できる検索インターフェースです。糖鎖構造・配糖体・合成化合物などを検索できます。 詳細へ
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運用機関: 国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
説明: 本DBは、糖鎖構造をXMLで表記したデータセットから成るデータベースです。米国コンソーシアム(CFG)の単糖シンボルを利用して構造検索できます。 詳細へ
運用機関: 大阪大学 蛋白質研究所
生物種:
説明: 文部科学省ターゲットタンパク研究プログラムで開発された実験プロトコル情報をまとめたデータベース「蛋白質実験情報マネージメント・システム」です。実験プロトコル情報はターゲットタン... 詳細へ
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運用機関: 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
生物種:
説明: AT Atlasは、ターゲットタンパク研究プログラム技術開発研究課題である「生産」、「解析」ならびに「制御」の成果を、Cell Illustratorなどによる概要図と技術の概要や活用事例のテキストを... 詳細へ
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運用機関: 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
生物種: Homo sapiens | Mus musculus | Arabidopsis thaliana | Drosophila melanogaster | Saccharomyces cerevisiae | ...
説明: TP Atlasは、ターゲットタンパク研究の各課題につき、Cell Illustratorを使って表現したネットワーク図をプラットフォームとして、 そこに登場するターゲットタンパク質やその構造などの詳細... 詳細へ
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運用機関: ターゲットタンパク研究プログラム
生物種:
説明: 文部科学省ターゲットタンパク研究プログラムの各課題で解析された蛋白質の立体構造の画像と分子情報のデータベースです。キーワードで検索する他に「生物種」や「X線解像度」などのカテゴリ... 詳細へ
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運用機関: ターゲットタンパク研究プログラム
生物種:
説明: 文部科学省ターゲットタンパク研究プログラムの各課題の成果について報告されたプレスリリースや論文情報をまとめたサイトです。成果ごとに、各研究機関のサイトから公開されたプレスリリー... 詳細へ
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運用機関: 京都大学 大学院医学研究科 附属先天異常標本解析センター
生物種: Homo sapiens
説明: ヒトの発生と先天異常の解析に役立つ形態形成過程の詳細な三次元画像データベースです。1961年以来収集された母体保護法(旧優生保護法)に基づいた4万例以上の器官形成期ヒト胚子・胎児標本... 詳細へ
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運用機関: 慶應義塾大学 理工学部
生物種: Ciona intestinalis | Halocynthia roretzi | Botryllus schlosseri | Phallusia mammillata | Ciona savignyi | ...
説明: ホヤ研究においてこれまでに使われたことのある小分子化合物、あるいは単離された小分子化合物のデータベースです。過去の論文800報(1970-2009年)を調査してアノテーションされたものです。 詳細へ
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運用機関: 慶應義塾大学 理工学部
生物種: Ciona intestinalis
説明: カタユウレイボヤ初期胚におけるタンパク質の局在情報の3次元イメージ(免疫局在、GFP融合タンパクの発現)、および関連情報(細胞局在、染色法、発生ステージ、実験条件など)を搭載したデ... 詳細へ
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運用機関: 千葉大学 大学院融合科学研究科 ナノサイエンス専攻
生物種: Ciona intestinalis
説明: カタユウレイボヤ幼若体/成体の遺伝子発現プロファイルデータベースです。WISHデータ(約1,700)を各種関連データ(組織別ESTグラフ、ステージ別ESTグラフ、ステージ別マイクロアレイグラフ、... 詳細へ
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運用機関: 大阪大学 蛋白質研究所
生物種:
説明: PDBエントリに対し、指定した立体構造に類似の立体構造を持つタンパク質を検索します。結果はASH類似度(ASH similarity score)によって順位付けされ、構造ドメイン(「鋳型 (templates)」... 詳細へ
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運用機関: 大阪大学 蛋白質研究所
生物種:
説明: PDBエントリに対し、PDB ID やアミノ酸配列を入力してBLAST検索を行います。結果を類似性でクラスタリングする機能があり、また PDB ID 入力では、各配列の構造の重ね合わせができます。 詳細へ
運用機関: 国立研究開発法人科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター
生物種:
説明: バイオ研究分野の膨大なデータを標準形式化し、バイオ情報資源の選択的統合利用を可能にすることを目指した「バイオ基幹情報資源の高準化と共用化」BIRD受託事業の一環で作成されたデータベ... 詳細へ
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運用機関: 東京理科大学
生物種:
説明: 生物学分野のデータベース情報をまとめたデータベースです。概要やカテゴリ、PubMed IDなどのリストを閲覧できます。また、いわゆるリンク集ではなくデータベースごとにCGI情報をまるごと保... 詳細へ
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運用終了
GIB-IS:  Genome Information Broker for Insertion sequence
運用機関: 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター
生物種: Bacteria
説明: DDBJに登録されている塩基配列から抽出したバクテリアの挿入配列(IS)のデータベースです。 詳細へ
運用機関: 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
生物種: Homo sapiens | Mus musculus
説明: さまざまなデータソース(マイクロアレイ、EST、SAGE)を扱う遺伝子発現解析システム。空間的、時間的変化による遺伝子発現情報を3次元グラフィック上で表示することができます。また、異な... 詳細へ
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運用終了
GTPS:  Gene Trek in Prokaryote Space
運用機関: 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター
生物種: Archaea | Bacteria
説明: ゲノム配列が決定された原核生物を対象に各種解析を行い再アノテーションを行ったデータベース。GIB (Genome Information Broker) に登録されている真正細菌と古細菌のORFを共通プロトコルを... 詳細へ
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運用機関: 国立研究開発法人製品評価技術基盤機構
生物種: Streptomyces | その他多数
説明: 細菌がもつ二次代謝産物の生合成遺伝子クラスターについての知見を集約したデータベースです。 放線菌をはじめとする細菌が産生する二次代謝産物は医薬品・化合物合成の候補品として注目され... 詳細へ
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運用機関: 国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
説明: タンパク質の類似リガンド結合部位データベースです。 詳細へ
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運用機関: かずさディー・エヌ・エー研究所
生物種:
説明: 精密質量値から予測される組成式を高速に推定することができます。 既存の化合物データベースに対する質量値からの検索も高速に行えます。 詳細へ
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運用機関: かずさディー・エヌ・エー研究所
生物種: Lotus japonicus | Arabidopsis thaliana
説明: ミヤコグサやシロイヌナズナのESTや完全長cDNA、 マイクロアレイプローブなど、PMPj (NEDO植物物質生産プロジェクト、H14-22)で得られた遺伝子配列情報をBlast検索することができるデータ... 詳細へ
運用機関: 東京医科歯科大学
生物種: Homo sapiens
説明: 日本人の健常者集団を対象として独自に開発したBACアレイ( MCGアレイ )ならびにSNPアレイ (illumina, HumanOmniExpress Beadchip)を用いた解析を行い、 検出された CNVと LOHを収録したデ... 詳細へ
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運用機関: かずさディー・エヌ・エー研究所
生物種: Lotus japonicus
説明: ミヤコグサの完全長cDNAの配列情報をInterProで解析したデータを集積したデータベースです。 詳細へ
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運用機関: 大阪大学 微生物病研究所
生物種: Caenorhabditis elegans
説明: 表現型および遺伝子名から検索可能な線虫の胚発生致死温度感受性変異株のデータベース。 変異株毎に、遺伝子名等の一般的な情報、及び変異情報、表現型の情報等を格納しています。 大阪大学 ... 詳細へ
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運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所
生物種: Homo sapiens | Mus musculus
説明: 高等動植物等タンパク質の立体構造解析実験データベース。タンパク3000プロジェクトにおいてRSGIにより取得された、X線回折画像データ、結晶化スクリーニング観察画像データと、発現・精製... 詳細へ
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運用機関: 国立研究開発法人産業技術総合研究所 生物プロセス研究部門
生物種: Cimex lectularius
説明: トコジラミCimex leculariusのさまざまな器官や体全体に発現する遺伝子配列(EST)のデータベース です。 トコジラミはヒトなどの温血動物を吸血する害虫です。この昆虫は体内に栄養相利共生... 詳細へ
運用機関: 厚生労働省 国立医薬品食品衛生研究所
生物種:
説明: 食物アレルギーを引き起こす抗原(アレルゲン)タンパク質のデータベースです。既知のアレルゲン同士の交差反応性の予測や、新規の食品のアレルゲン性を予測することを目的としています。既... 詳細へ