データベースのレコード一覧  (件数: )

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運用機関: Evolution of Protein Structure and Function Group, Biomolecular Modelling and Design Division, Bioinformatics Institute
生物種: Vertebrata
説明: ヒトのタンパク質ファミリーにおける機能的分岐を検出するためのデータベースです。ヒトタンパク質のマルチメンバーファミリーに属するパラログタンパク質中の残基について、事前評価した保... 詳細へ
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運用機関: Institute for Microbial Technology
生物種: All
説明: タンパク質の構造的または機能的アノテーションに広く使用されるデータセットのコレクションです。文献および 蛋白質構造データバンク (PDB:Protein Data Bank) から取得された非常に多くの... 詳細へ
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運用機関: Wishart Lab, University of Alberta
生物種: Archaea | Bacteria
説明: アノテーションが付された細菌ゲノムの写真アトラスです。細菌ゲノムマップのインタラクティブな視覚的データベースです。完全に標識された、ズーム可能な、検索可能なマップが、数百収録さ... 詳細へ
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運用機関: Mayo Clinic
生物種: Danio rerio
説明: ゼブラフィッシュのトランスポゾン標識変異体のリアルタイムデータベースです。研究コミュニティにおける連携を促進するため、規模を問わずゼブラフィッシュの GBT 変異誘発プロジェクトにサ... 詳細へ
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運用機関: The Biotechnology Center (BIOTEC), Technische Universitat Dresden, European Molecular Biology Organisation (EMBO), University of Copenhagen
生物種: All
説明: 化学物質とタンパク質間の既存および予測される相互作用を探索することができるリソースです。実験、データベースおよび文献から得られたエビデンスに基づいて、化学物質を他の化学物質およ... 詳細へ
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運用機関: Korean Bioinformation Center (KOBIC), Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology (KRIBB)
生物種: All
説明: PDB に寄託された NMR 構造の精査したバージョンを収録するデータベースです。これらの精査は、統計的ねじれ角ポテンシャルと構造的または実験的に導出された距離ポテンシャルを用いて行われ... 詳細へ
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運用機関: Switch Laboratory
生物種: Homo sapiens
説明: ヒト一塩基多型(SNP)の表現型決定のためのデータベースです。ヒトプロテオームにおける疾患および多型変異体の分子特性決定およびアノテーションに主な焦点を当てています。さらに、機能的... 詳細へ
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運用機関: Jurisica Lab, Ontario Cancer Institute
生物種: All
説明: 特許メタデータにアクセスできるように設計された化学構造データベースです。米国特許に含まれるパブリックドメインの化学情報にインデックスを付け、特許文書フルテキストの他、個々の特許... 詳細へ
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運用機関: Yale University, Yale University School of Medicine
生物種: All
説明: 計算神経科学モデルを保存し、効果的に検索することができるアクセス先を提供するデータベースです。 ModelDB は NeuronDB と強固に連携しています。モデルは、任意の環境で、任意の言語でコ... 詳細へ
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運用機関:
生物種: All
説明: 全てのカタログ化された三次元核酸 PDB 構造(不一致、対称性内部ループ、ヘアピンループ、バルジループなどの二次構造モチーフを含む)を系統的に検索することができるデータベースです。 詳細へ
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運用機関: Swiss Institute of Bioinformatics (SIB)
生物種: All
説明: 酵素の機能に関するアノテーションと代謝ネットワークの説明を提供するために設計されたリソースです。生化学反応に関する包括的で非冗長なこのリソースは、専門家がキュレーションを行って... 詳細へ
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運用機関: School of Computer Science and Engineering, The Hebrew University of Jerusalem
生物種: All
説明: UniProt のタンパク質配列を系統樹にまとめたリソースです。UniRef50 クラスターを用いたタンパク質のサブファミリーおよびスーパーファミリーの研究が可能です。 詳細へ
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運用機関: Cell Networks, University of Heidelberg
生物種: All
説明: 分子量が低いタンパク質の相互作用の3次元化学構造に関する情報を提供します。 詳細へ
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運用機関: New England Biolabs
生物種: All
説明: 公開・未公開のソースに含まれる DNA ポリメラーゼの生化学的、遺伝学的、構造的情報を検索できるオープンデータベースです。 詳細へ
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運用機関: The Abagyan Lab UC San Diego, University of California San Diego
生物種: All
説明: 治療効果が期待できる薬剤の選定につながる結合部位(druggable binding site)の立体構造的な組み合わせに関する百科事典です。この立体構造は、Protein Data Bank. に収載された共結晶構造... 詳細へ
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運用機関: Agriculture Research Service (USDA-ARS), Iowa State University
生物種: Fungi | Nematoda | Oomycetes | Sinorhizobium meliloti | Viridiplantae
説明: 植物と植物の病原体の遺伝子発現に関する統一的リソースです。因子型から表現型への、仮説構築情報倉庫であり、関連する遺伝的、物理的、および経路に関するデータにシームレスにアクセスで... 詳細へ
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運用機関: Ming Chen's Lab, Zhejiang University
生物種: Viridiplantae
説明: 天然のアンチセンス転写物 (NAT:Natural Antisense Transcript) は、調節 RNA の一種であり、植物ゲノムに広く発生し、生理学的、病理学的プロセスにおいて重要な役割を果たしています。本... 詳細へ
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運用機関: Bioinformatics and Computational Biology Program, Roy J. Carver Department of Biochemistry, Biophysics and Molecular Biology (BBMB), Iowa State University
生物種: Arabidopsis thaliana
説明: 遺伝子や代謝物の機能を研究するためのリソースを研究者に提供する、シロイヌナズナのメタボロミクスデータベースです。 詳細へ
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運用機関:
生物種: Caenorhabditis elegans | Drosophila melanogaster | Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus | ...
説明: タンパク質間相互作用ネットワークの構築、フィルタリング、可視化、管理のための統合的プラットフォームです。選定された6つの公共データベースから取得したタンパク質間相互作用のデータを... 詳細へ
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運用機関: Banting and Best Department of Medical Research, The Donnelly Centre, University of Toronto
生物種: Saccharomyces cerevisiae
説明: 温度感受性の変異細胞の顕微鏡写真から抽出された定量的単細胞測定値を収録し、その可視化、データマイニングが可能なデータベースです。ユーザーは、PhenoM を使用して、対象の遺伝子の原画... 詳細へ
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運用機関: Microbial Genome Annotation Network (MGAN)
生物種: Bacteria
説明: 研究者のコミュニティが、協力して細菌のゲノムにアノテーションを付すことができるリソースです。既存のゲノムに対し変更を提案することができる他、これらの変更を NCBI Genbank に反映す... 詳細へ
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運用機関: Bioinformatics and ECCPS bioinformatics service group, Max Planck Institute for Heart and Lung Research
生物種: Notophthalmus viridescens
説明: ハイスループット実験から得られたブチイモリ(red spotted newt Notophthalmus viridescens)のオーミクスデータを集約した包括的なリポジトリです。組織再生の間に発現した遺伝子に関する... 詳細へ
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運用機関: Gautheret Lab, Institute for Integrative Biology of the Cell
生物種: Archaea | Bacteria
説明: 1000 以上の配列決定された細菌ゲノムのリストに含まれる任意のゲノムから、RNAリッチのクラスターを検索することができるデータベースです。RNA リッチのクラスターは個別に見ることができ... 詳細へ
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運用機関: The Jackson Laboratory, Bar Harbor
生物種: Mus musculus
説明: 数百株の実験用マウスの特性解明により、翻訳に関連する新たな発見を促すとともに、実験研究に用いる株を選択する一助となるデータベースです。データセットは、研究者から任意で提供された... 詳細へ
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運用機関: Lawrence Berkeley National Laboratory, InterMine, System Biology Centre
生物種: Caenorhabditis elegans | Drosophila ananassae | Drosophila melanogaster | Drosophila mojavensis | Drosophila pseudoobscura | ...
説明: modENCODE データおよび実験の詳細を閲覧・検索することができる、データとツールの統合的ウェブリソースです。この他、結果のダウンロードや、GBrowse ゲノムブラウザへのアクセスも可能です。 詳細へ
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運用機関: MRC Mitochondrial Biology Unit (MBU), University of Cambridge
生物種: Eukaryota
説明: MitoMinerは哺乳類の局在のエビデンスやフェノタイプ、疾病を保管する統合データです。このデータは多くの異なる情報源にわたった洗練されたデータマイニングクエリを作成できるように統合さ... 詳細へ
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運用機関: ELIXIR, Wellcome Genome Campus, Swiss Institute of Bioinformatics (SIB)
生物種: All
説明: データコレクション(管理されたボキャブラリ、データベースなど)およびその URI、対応する物理的 URL(またはリソース)のカタログを核として構成されたレジストリです。これらのリソース... 詳細へ
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運用機関: Wellcome Trust Sanger Institute, Wellcome Trust Genome Campus
生物種: Arabidopsis thaliana
説明: プライマリ miRNA の発現データの比較解析結果を集めた包括的プラットフォームです。直感的に利用できるユーザーフレンドリーなインターフェイスを備えた、汎用的および拡張可能なデータベー... 詳細へ
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運用機関: Indian Institute of Technology Kanpur
生物種: All
説明: MIP(主要内在性タンパク質)ファミリーのタンパク質構造比較モデルのデータベースです。ほぼ完成されているこの MIP のデータセットは、NCBI が提供している完成した生物のゲノム配列を用... 詳細へ
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運用機関: Department of Biology, University of Rome Tor Vergata
生物種: All
説明: MINTは専門家により科学文献から取り出された、実験的に検証されたタンパク質-タンパク質間相互作用にフォーカスしています。科学者の業務削減の手助けをしIT開発を改良するため2013年9月時... 詳細へ
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運用機関: Department of Chemistry (UZH Chemistry), University of Zurich
生物種: All
説明: PDB および NDB に寄託された核酸の構造における各金属イオンの第一殻および第ニ殻の正確な幾何学的情報を含みます。さらに本データベースは、結合ポケットに近位の核酸の配列情報を含むため... 詳細へ
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運用機関: Huang's Lab (HLAB)
生物種: All
説明: ファージディスプレイライブラリから選択された活性部位模倣ペプチドのデータベースです。ファージディスプレイ技術を用いて、ランダムなペプチドライブラリから選定されたペプチドに関する... 詳細へ
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運用機関: Leibniz Institute of Plant Genetics and Crop Plant Research (IPK)
生物種: Arabidopsis thaliana | Beta vulgaris | Brassica napus | Hordeum vulgare | Medicago truncatula | ...
説明: 農業上および経済上重要な穀物の主要な代謝経路に関する情報を主に含むデータベースです。本データベースは、反応およびその反応に伴う運動データに関する情報を、手作業でキュレーションし... 詳細へ
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運用機関: University of Florida
生物種: Drosophila melanogaster | Homo sapiens | Mus musculus
説明: 3つのゲノムにおける遺伝子の上流ノンコーディング配列データ情報を掲載し、転写因子結合部位(TFBS)に関する知見を提供するデータベースです。各転写について、スキャンされた領域は転写が... 詳細へ
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運用機関: Zhao Bioinformatics Laboratory
生物種: Lotus japonicus | Medicago truncatula
説明: LegumeIP 2.0 データベースは、大規模ゲノミクスおよびトランスクリプトミクスデータを収載し、マメ科植物における遺伝子の機能と進化に関する統合的なバイオインフォマティクスツールを提供... 詳細へ
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運用機関: National Centre for Scientific Research (CNRS)
生物種: All
説明: タンパク質の相互作用について構造と進化を解析するためのデータベースです。相互作用の構造を扱うInterEvolDB、アミノ酸配列を扱うInterEvolAlign、両方の情報を組み合わせて解析するInterE... 詳細へ
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運用機関: State Key Laboratory of Microbial Metabolism, Shanghai Jiaotong University
生物種: Bacteria
説明: 細菌内で見られる integrative and conjugative element (ICE) に関するウェブベースリソースです。本リソースは、PostgreSQLベースのデータベース ICEberg として、既知または推定された細... 詳細へ
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運用機関: Center for Computational Biology and Bioinformatics and College of Engineering (CCBB), Koc University (KU)
生物種: All
説明: タンパク質の相互作用においてエネルギー的に重要となる残基(ホットスポット)プロテオームの相互作用のホットスポットのデータベースです。ホットスポットは、タンパク質インターフェイス... 詳細へ
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運用機関: University of Bari
生物種: Homo sapiens
説明: 集団遺伝学およびミトコンドリア性疾患研究をサポートするためのオープンリソースです。 HmtDB は、集団およびヒトのミトコンドリアのゲノム配列およびその変異性データを収録するデータベー... 詳細へ
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運用機関: Advanced Centre for Treatment, Research and Education in Cancer (ACTREC), Tata Memorial Centre (TMC)
生物種: Homo sapiens
説明: ヒトのヒストンの異型多型やその翻訳後修飾部位(PTM)、および酵素を修飾する様々なヒストンを修飾する酵素に関する専門家のためのフリーの電子的データベースです。 5種類のヒストンに対... 詳細へ
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運用機関:
生物種: Homo sapiens
説明: ハプロタイプブロックのバリアントにおけるノンコーディングゲノム(疾患に関連する遺伝子座における調節 SNP 候補など)に関するついてのアノテーションを探索することができるツールです。... 詳細へ
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運用機関: Swiss Institute of Bioinformatics (SIB)
生物種: All
説明: 異なる生物種と条件下における遺伝子やタンパク質の発現パターンに関する情報を集めたデータベースです。マイクロサテライトやRNAシーケンシングを用いた多くの実験データを手動でキュレート... 詳細へ
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運用機関:
生物種: All
説明: 配列、構造、系統発生、機能の関係を通じてタンパク質(酵素)の機能進化を探索するためのリソースです。ドメイン構造、ECによる機能分類、構成クラスターの生物種内分布率、GOアノテーショ... 詳細へ
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運用機関: Computational Biology and Informatics Laboratory (CBIL), University of Pennsylvania, Center for Tropical & Emerging Global Diseases, University of Georgia, US Department of Health and Human Services
生物種: Fungi | Oomycetes
説明: 菌界のゲノムと機能をまとめた統合的ゲノムデータベースです(EuPathDBのファミリーデータベース)。全ゲノム配列とアノテーションを統合した本データベースには、に加え、実験分離株および... 詳細へ
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運用機関: Stockholm Bioinformatics Center
生物種: Arabidopsis thaliana | Caenorhabditis elegans | Canis familiaris | Ciona intestinalis | Danio rerio | ...
説明: ゲノム全体の機能の関係性を推測するためのフレームワークです。タンパク質相互作用、mRNAやタンパク質の共発現、遺伝的相互作用機構の相同性、転写因子結合部位の共有など、物理的な相互作... 詳細へ
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運用機関: Howard Hughes Medical Institute, Harvard Medical School
生物種: Drosophila melanogaster
説明: ショウジョウバエの機能ゲノミクスに活用できるプラットフォームです。 Drosophila RNAi Screening Center (DRSC)およびTransgenic RNAi Project (TRiP)により得られた細胞ベースやin vivoの... 詳細へ
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運用機関: Mayo Clinic, Scottsdale, Massachusetts Institute of Technology
生物種: All
説明: 生化学系の簡単な熱力学的解析をシンプルなウェブインターフェイスで行うことができる生化学反応のための熱力学的計算ツールです。eQuilibrator は、生化学分野の化合物および反応をフリーテ... 詳細へ
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運用機関: Genomics Institute, University of California
生物種: Homo sapiens | Mus musculus
説明: Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE) はヒトゲノムの機能因子の包括的なパーツリストを作成しており、タンパク質やRNAレベルで働く因子や、細胞や遺伝子が活性化する環境を制御する調節因... 詳細へ
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運用機関: Universitetet i Bergen
生物種: Eukaryota
説明: 真核生物の線形モチーフ(Eukaryotic Linear Motif:ELM)のアノテーションと発見に主眼を置いた計算生物学のリソースです。リポジトリアノテーションを付したモチーフデータとモチーフ予測の... 詳細へ
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運用機関:
生物種:
説明: オーソロガスな遺伝子群のデータベースです。(遺伝子オーソログのデータベースです。)これらのオーソロガス群には、機能を説明するアノテーション(様々なアノテーションにもとづき、遺伝... 詳細へ